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万見
- EMDB-19417: COPII inner coat on vesicles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19417
タイトルCOPII inner coat on vesicles
マップデータMap.
試料
  • 複合体: COPII inner coat on vesicles
    • タンパク質・ペプチド: Sec24
    • タンパク質・ペプチド: Sec23
    • タンパク質・ペプチド: Sar1
キーワードCOPII / coat / PROTEIN TRANSPORT
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.4 Å
データ登録者Zanetti G / Pyle E
資金援助European Union, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)852915European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T002670/1 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-electron tomography reveals how COPII assembles on cargo-containing membranes
著者: Zanetti G / Pyle E
履歴
登録2024年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19417.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19417.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 390.656 Å		3.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 390.656 Å		3.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 390.656 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.052 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0863
最小 - 最大-0.06062308 - 0.18542963
平均 (標準偏差)0.0077098534 (±0.024778109)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 390.656 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19417_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_19417_half_map_1.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_19417_half_map_2.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : COPII inner coat on vesicles

全体名称: COPII inner coat on vesicles
要素
  • 複合体: COPII inner coat on vesicles
    • タンパク質・ペプチド: Sec24
    • タンパク質・ペプチド: Sec23
    • タンパク質・ペプチド: Sar1

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超分子 #1: COPII inner coat on vesicles

超分子名称: COPII inner coat on vesicles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: COPII inner coat on vesicles formed from native-like membranes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 210 KDa

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分子 #1: Sec24

分子名称: Sec24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSHHKKRVYP QAQLQYGQN A TPLQQPAQ FM PPQDPAA AGM SYGQMG MPPQ GAVPS MGQQQ FLTP AQEQLH QQI DQATTSM ND MHLHNVPL V DPNAYMQPQ VPVQMGTPLQ QQQQPMAAP A YGQPSAAM GQ NMRPMNQ LYP IDLLTE LPPP ITDLT ...文字列:
MSHHKKRVYP QAQLQYGQN A TPLQQPAQ FM PPQDPAA AGM SYGQMG MPPQ GAVPS MGQQQ FLTP AQEQLH QQI DQATTSM ND MHLHNVPL V DPNAYMQPQ VPVQMGTPLQ QQQQPMAAP A YGQPSAAM GQ NMRPMNQ LYP IDLLTE LPPP ITDLT LPPPP LVIP PERMLV PSE LSNASPD YI RSTLNAVP K NSSLLKKSK LPFGLVIRPY QHLYDDIDP P PLNEDGLI VR CRRCRSY MNP FVTFIE QGRR WRCNF CRLAN DVPM QMDQSD PND PKSRYDR NE IKCAVMEY M APKEYTLRQ PPPATYCFLI DVSQSSIKS G LLATTINT LL QNLDSIP NHD ERTRIS ILCV DNAIH YFKIP LDSE NNEESA DQI NMMDIAD LE EPFLPRPN S MVVSLKACR QNIETLLTKI PQIFQSNLI T NFALGPAL KS AYHLIGG VGG KIIVVS GTLP NLGIG KLQRR NESG VVNTSK ETA QLLSCQD SF YKNFTIDC S KVQITVDLF LASEDYMDVA SLSNLSRFT A GQTHFYPG FS GKNPNDI VKF STEFAK HISM DFCME TVMRA RGST GLRMSR FYG HFFNRSS DL CAFSTMPR D QSYLFEVNV DESIMADYCY VQVAVLLSL N NSQRRIRI IT LAMPTTE SLA EVYASA DQLA IASFY NSKAV EKAL NSSLDD ARV LINKSVQ DI LATYKKEI V VSNTAGGAP LRLCANLRMF PLLMHSLTK H MAFRSGIV PS DHRASAL NNL ESLPLK YLIK NIYPD VYSLH DMAD EAGLPV QTE DGEATGT IV LPQPINAT S SLFERYGLY LIDNGNELFL WMGGDAVPA L VFDVFGTQ DI FDIPIGK QEI PVVENS EFNQ RVRNI INQLR NHDD VITYQS LYI VRGASLS EP VNHASARE V ATLRLWASS TLVEDKILNN ESYREFLQI M KARISK

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分子 #2: Sec23

分子名称: Sec23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DFETNEDING VRFTWNVFP S TRSDANSN VV PVGCLYT PLK EYDELN VAPY NPVVC SGPHC KSIL NPYCVI DPR NSSWSCP IC NSRNHLPP Q YTNLSQENM PLELQSTTIE YITNKPVTV P PIFFFVVD LT SETENLD SLK ESIITS LSLL PPNAL ...文字列:
DFETNEDING VRFTWNVFP S TRSDANSN VV PVGCLYT PLK EYDELN VAPY NPVVC SGPHC KSIL NPYCVI DPR NSSWSCP IC NSRNHLPP Q YTNLSQENM PLELQSTTIE YITNKPVTV P PIFFFVVD LT SETENLD SLK ESIITS LSLL PPNAL IGLIT YGNV VQLHDL SSE TIDRCNV FR GDREYQLE A LTEMLTGQK PTGPGGAASH LPNAMNKVT P FSLNRFFL PL EQVEFKL NQL LENLSP DQWS VPAGH RPLRA TGSA LNIASL LLQ GCYKNIP AR IILFASGP G TVAPGLIVN SELKDPLRSH HDIDSDHAQ H YKKACKFY NQ IAQRVAA NGH TVDIFA GCYD QIGMS EMKQL TDST GGVLLL TDA FSTAIFK QS YLRLFAKD E EGYLKMAFN GNMAVKTSKD LKVQGLIGH A SAVKKTDA NN ISESEIG IGA TSTWKM ASLS PYHSY AIFFE IANT AANSNP MMS APGSADR PH LAYTQFIT T YQHSSGTNR IRVTTVANQL LPFGTPAIA A SFDQEAAA VL MARIAVH KAE TDDGAD VIRW LDRTL IKLCQ KYAD YNKDDP QSF RLAPNFS LY PQFTYYLR R SQFLSVFNN SPDETAFYRH IFTREDTTN S LIMIQPTL TS FSMEDDP QPV LLDSIS VKPN TILLL DTFFF ILIY HGEQIA QWR KAGYQDD PQ YADFKALL E EPKLEAAEL LVDRFPLPRF IDTEAGGSQ A RFLLSKLN PS DNYQDMA RGG STIVLT DDVS LQNFM THLQQ VAVS GQA

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分子 #3: Sar1

分子名称: Sar1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAGWDIFGWF RDVLASLGL W NKHGKLLF LG LDNAGKT TLL HMLKND RLAT LQPTW HPTSE ELAI GNIKFT TFD LGGHIQA RR LWKDYFPE V NGIVFLVDA ADPERFDEAR VELDALFNI A ELKDVPFV IL GNKIDAP NAV SEAELR SALG LLNTT ...文字列:
MAGWDIFGWF RDVLASLGL W NKHGKLLF LG LDNAGKT TLL HMLKND RLAT LQPTW HPTSE ELAI GNIKFT TFD LGGHIQA RR LWKDYFPE V NGIVFLVDA ADPERFDEAR VELDALFNI A ELKDVPFV IL GNKIDAP NAV SEAELR SALG LLNTT GSQRI EGQR PVEVFM CSV VMRNGYL EA FQWLSQYI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 3.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / ソフトウェア - 詳細: Alpha version / 使用したサブトモグラム数: 12187
抽出トモグラム数: 765 / 使用した粒子像数: 13248
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / ソフトウェア - 詳細: Alpha version
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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