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- EMDB-19346: In situ cryo-electron tomogram of an autophagosome in the project... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19346
タイトルIn situ cryo-electron tomogram of an autophagosome in the projection of an iPSC-derived neuron #1
マップデータTomogram of an autophagosome containing ER captured in the projection of an iPSC-derived neuron. Tomogram denoised with cryo-CARE with a model trained on a tomogram with a similar thickness.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: autophagosome containing membrane cargo captured in situ in the peripheral projections of iPSC-derived neurons grown a EM grid
キーワードAutophagy / ERphagy / Degradation / Neuron / Cargo / Microtubules / ER / Autophagosome / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Hoyer MJ / Capitanio C / Smith IR / Paoli JC / Bieber A / Jiang Y / Paulo JA / Gonzalez-Lozano MA / Baumeister W / Wilfling F ...Hoyer MJ / Capitanio C / Smith IR / Paoli JC / Bieber A / Jiang Y / Paulo JA / Gonzalez-Lozano MA / Baumeister W / Wilfling F / Schulman BA / Harper WJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Aligning Science Across Parkinsons (ASAP)ASAP-000282 米国
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2024
タイトル: Combinatorial selective ER-phagy remodels the ER during neurogenesis.
著者: Melissa J Hoyer / Cristina Capitanio / Ian R Smith / Julia C Paoli / Anna Bieber / Yizhi Jiang / Joao A Paulo / Miguel A Gonzalez-Lozano / Wolfgang Baumeister / Florian Wilfling / Brenda A ...著者: Melissa J Hoyer / Cristina Capitanio / Ian R Smith / Julia C Paoli / Anna Bieber / Yizhi Jiang / Joao A Paulo / Miguel A Gonzalez-Lozano / Wolfgang Baumeister / Florian Wilfling / Brenda A Schulman / J Wade Harper /
要旨: The endoplasmic reticulum (ER) employs a diverse proteome landscape to orchestrate many cellular functions, ranging from protein and lipid synthesis to calcium ion flux and inter-organelle ...The endoplasmic reticulum (ER) employs a diverse proteome landscape to orchestrate many cellular functions, ranging from protein and lipid synthesis to calcium ion flux and inter-organelle communication. A case in point concerns the process of neurogenesis, where a refined tubular ER network is assembled via ER shaping proteins into the newly formed neuronal projections to create highly polarized dendrites and axons. Previous studies have suggested a role for autophagy in ER remodelling, as autophagy-deficient neurons in vivo display axonal ER accumulation within synaptic boutons, and the membrane-embedded ER-phagy receptor FAM134B has been genetically linked with human sensory and autonomic neuropathy. However, our understanding of the mechanisms underlying selective removal of the ER and the role of individual ER-phagy receptors is limited. Here we combine a genetically tractable induced neuron (iNeuron) system for monitoring ER remodelling during in vitro differentiation with proteomic and computational tools to create a quantitative landscape of ER proteome remodelling via selective autophagy. Through analysis of single and combinatorial ER-phagy receptor mutants, we delineate the extent to which each receptor contributes to both the magnitude and selectivity of ER protein clearance. We define specific subsets of ER membrane or lumenal proteins as preferred clients for distinct receptors. Using spatial sensors and flux reporters, we demonstrate receptor-specific autophagic capture of ER in axons, and directly visualize tubular ER membranes within autophagosomes in neuronal projections by cryo-electron tomography. This molecular inventory of ER proteome remodelling and versatile genetic toolkit provide a quantitative framework for understanding the contributions of individual ER-phagy receptors for reshaping ER during cell state transitions.
履歴
登録2024年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19346.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19346.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of an autophagosome containing ER captured in the projection of an iPSC-derived neuron. Tomogram denoised with cryo-CARE with a model trained on a tomogram with a similar thickness.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.93 Å/pix.
x 504 pix.
= 1476.72 Å		2.93 Å/pix.
x 1024 pix.
= 3000.32 Å		2.93 Å/pix.
x 1024 pix.
= 3000.32 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-35.192590000000003 - 34.991836999999997
平均 (標準偏差)0.30295902 (±1.4567542)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ10241024504
Spacing10241024504
セルA: 3000.32 Å / B: 3000.32 Å / C: 1476.7201 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : autophagosome containing membrane cargo captured in situ in the p...

全体名称: autophagosome containing membrane cargo captured in situ in the peripheral projections of iPSC-derived neurons grown a EM grid
要素
  • 細胞器官・細胞要素: autophagosome containing membrane cargo captured in situ in the peripheral projections of iPSC-derived neurons grown a EM grid

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超分子 #1: autophagosome containing membrane cargo captured in situ in the p...

超分子名称: autophagosome containing membrane cargo captured in situ in the peripheral projections of iPSC-derived neurons grown a EM grid
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: iPSC KOLF2.0_AAVS-TREG3-NGN2 / 組織: induced-Neurons, DIV 18 / 細胞中の位置: neuronal projections

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細iPSC-derived iNeurons on the grid were transduced at Day 12 with Lentiviruses carrying mCherry-LC3B and TEX264-GFP and plunged at DIV 18.
Cryo protectantnone
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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