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- EMDB-19255: Human Replication protein A (RPA; trimeric core) - ssDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19255
タイトルHuman Replication protein A (RPA; trimeric core) - ssDNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Open ring conformation of human RAD52 in complex with ssDNA
    • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 32 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 14 kDa subunit
キーワードssDNA binding protein / DNA damage repair / Single-strand annealing / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / chromatin-protein adaptor activity / single-stranded telomeric DNA binding / regulation of DNA damage checkpoint / Removal of the Flap Intermediate / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / protein localization to site of double-strand break / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand ...protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / chromatin-protein adaptor activity / single-stranded telomeric DNA binding / regulation of DNA damage checkpoint / Removal of the Flap Intermediate / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / protein localization to site of double-strand break / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / G-rich strand telomeric DNA binding / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / telomeric DNA binding / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / telomere maintenance via telomerase / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / HSF1 activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Activation of the pre-replicative complex / mismatch repair / Activation of ATR in response to replication stress / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / telomere maintenance / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic cell cycle / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / double-strand break repair via homologous recombination / Translesion Synthesis by POLH / base-excision repair / G2/M DNA damage checkpoint / HDR through Homologous Recombination (HRR) / PML body / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / Meiotic recombination / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / protein phosphatase binding / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / enzyme binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Replication factor A protein 2 / Replication protein A, C-terminal / Replication protein A C terminal / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein-like / Replication factor-A protein 1, N-terminal domain / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain ...Replication factor A protein 2 / Replication protein A, C-terminal / Replication protein A C terminal / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein-like / Replication factor-A protein 1, N-terminal domain / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication protein A 32 kDa subunit / Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / Replication protein A 14 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liang CC / West SC
資金援助 英国, European Union, スイス, 8件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteCC2098 英国
Cancer Research UKCC2098 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2098 英国
Wellcome TrustCC2098 英国
European Research Council (ERC)ERC-ADG-666400European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W01355X/1 英国
Louis-Jeantet Foundation スイス
Wellcome Trust206175/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Mechanism of single-stranded DNA annealing by RAD52-RPA complex.
著者: Chih-Chao Liang / Luke A Greenhough / Laura Masino / Sarah Maslen / Ilirjana Bajrami / Marcel Tuppi / Mark Skehel / Ian A Taylor / Stephen C West /
要旨: RAD52 is important for the repair of DNA double-stranded breaks, mitotic DNA synthesis and alternative telomere length maintenance. Central to these functions, RAD52 promotes the annealing of ...RAD52 is important for the repair of DNA double-stranded breaks, mitotic DNA synthesis and alternative telomere length maintenance. Central to these functions, RAD52 promotes the annealing of complementary single-stranded DNA (ssDNA) and provides an alternative to BRCA2/RAD51-dependent homologous recombination repair. Inactivation of RAD52 in homologous-recombination-deficient BRCA1- or BRCA2-defective cells is synthetically lethal, and aberrant expression of RAD52 is associated with poor cancer prognosis. As a consequence, RAD52 is an attractive therapeutic target against homologous-recombination-deficient breast, ovarian and prostate cancers. Here we describe the structure of RAD52 and define the mechanism of annealing. As reported previously, RAD52 forms undecameric (11-subunit) ring structures, but these rings do not represent the active form of the enzyme. Instead, cryo-electron microscopy and biochemical analyses revealed that ssDNA annealing is driven by RAD52 open rings in association with replication protein-A (RPA). Atomic models of the RAD52-ssDNA complex show that ssDNA sits in a positively charged channel around the ring. Annealing is driven by the RAD52 N-terminal domains, whereas the C-terminal regions modulate the open-ring conformation and RPA interaction. RPA associates with RAD52 at the site of ring opening with critical interactions occurring between the RPA-interacting domain of RAD52 and the winged helix domain of RPA2. Our studies provide structural snapshots throughout the annealing process and define the molecular mechanism of ssDNA annealing by the RAD52-RPA complex.
履歴
登録2023年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19255.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.028584117 - 0.052212548
平均 (標準偏差)0.000015986516 (±0.0006004926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19255_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19255_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Open ring conformation of human RAD52 in complex with ssDNA

全体名称: Open ring conformation of human RAD52 in complex with ssDNA
要素
  • 複合体: Open ring conformation of human RAD52 in complex with ssDNA
    • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 32 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 14 kDa subunit

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超分子 #1: Open ring conformation of human RAD52 in complex with ssDNA

超分子名称: Open ring conformation of human RAD52 in complex with ssDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Recombinant RAD52 purified from E. coli, and the open ring conformation was separated by cation exchange. The RAD52-ssDNA complex was reconstituted in vitro.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit, N-terminally pr...

分子名称: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit, N-terminally processed
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.212977 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVGQLSEGAI AAIMQKGDTN IKPILQVINI RPITTGNSPP RYRLLMSDGL NTLSSFMLAT QLNPLVEEEQ LSSNCVCQIH RFIVNTLKD GRRVVILMEL EVLKSAEAVG VKIGNPVPYN EGLGQPQVAP PAPAASPAAS SRPQPQNGSS GMGSTVSKAY G ASKTFGKA ...文字列:
MVGQLSEGAI AAIMQKGDTN IKPILQVINI RPITTGNSPP RYRLLMSDGL NTLSSFMLAT QLNPLVEEEQ LSSNCVCQIH RFIVNTLKD GRRVVILMEL EVLKSAEAVG VKIGNPVPYN EGLGQPQVAP PAPAASPAAS SRPQPQNGSS GMGSTVSKAY G ASKTFGKA AGPSLSHTSG GTQSKVVPIA SLTPYQSKWT ICARVTNKSQ IRTWSNSRGE GKLFSLELVD ESGEIRATAF NE QVDKFFP LIEVNKVYYF SKGTLKIANK QFTAVKNDYE MTFNNETSVM PCEDDHHLPT VQFDFTGIDD LENKSKDSLV DII GICKSY EDATKITVRS NNREVAKRNI YLMDTSGKVV TATLWGEDAD KFDGSRQPVL AIKGARVSDF GGRSLSVLSS STII ANPDI PEAYKLRGWF DAEGQALDGV SISDLKSGGV GGSNTNWKTL YEVKSENLGQ GDKPDYFSSV ATVVYLRKEN CMYQA CPTQ DCNKKVIDQQ NGLYRCEKCD TEFPNFKYRM ILSVNIADFQ ENQWVTCFQE SAEAILGQNA AYLGELKDKN EQAFEE VFQ NANFRSFIFR VRVKVETYND ESRIKATVMD VKPVDYREYG RRLVMSIRRS ALM

UniProtKB: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit

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分子 #2: Replication protein A 32 kDa subunit

分子名称: Replication protein A 32 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.276795 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWNSGFESYG SSSYGGAGGY TQSPGGFGSP APSQAEKKSR ARAQHIVPCT ISQLLSATLV DEVFRIGNVE ISQVTIVGII RHAEKAPTN IVYKIDDMTA APMDVRQWVD TDDTSSENTV VPPETYVKVA GHLRSFQNKK SLVAFKIMPL EDMNEFTTHI L EVINAHMV ...文字列:
MWNSGFESYG SSSYGGAGGY TQSPGGFGSP APSQAEKKSR ARAQHIVPCT ISQLLSATLV DEVFRIGNVE ISQVTIVGII RHAEKAPTN IVYKIDDMTA APMDVRQWVD TDDTSSENTV VPPETYVKVA GHLRSFQNKK SLVAFKIMPL EDMNEFTTHI L EVINAHMV LSKANSQPSA GRAPISNPGM SEAGNFGGNS FMPANGLTVA QNQVLNLIKA CPRPEGLNFQ DLKNQLKHMS VS SIKQAVD FLSNEGHIYS TVDDDHFKST DAE

UniProtKB: Replication protein A 32 kDa subunit

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分子 #3: Replication protein A 14 kDa subunit

分子名称: Replication protein A 14 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.583714 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MVDMMDLPRS RINAGMLAQF IDKPVCFVGR LEKIHPTGKM FILSDGEGKN GTIELMEPLD EEISGIVEVV GRVTAKATIL CTSYVQFKE DSHPFDLGLY NEAVKIIHDF PQFYPLGIVQ HD

UniProtKB: Replication protein A 14 kDa subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride
0.25 mMC9H15O6PTCEP
0.1 mMC32H58N2O8SCHAPSO
2.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium acetate
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 21697126
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: RELION 3D initial model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 1316062
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8rk2:
Human Replication protein A (RPA; trimeric core) - ssDNA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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