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- EMDB-19084: Cryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19084
タイトルCryo-EM structure of bacterial RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 9nt complex
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 9nt complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma-54 factor
    • DNA: DNA (45-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*C)-3')
    • DNA: DNA (49-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードinitiation / rna polymerase / sigma54 / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription antitermination / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 ...DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Gao F / Zhang X
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/M011178/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structural basis of σ displacement and promoter escape in bacterial transcription.
著者: Forson Gao / Fuzhou Ye / Bowen Zhang / Nora Cronin / Martin Buck / Xiaodong Zhang /
要旨: Gene transcription is a fundamental cellular process carried out by RNA polymerase (RNAP). Transcription initiation is highly regulated, and in bacteria, transcription initiation is mediated by sigma ...Gene transcription is a fundamental cellular process carried out by RNA polymerase (RNAP). Transcription initiation is highly regulated, and in bacteria, transcription initiation is mediated by sigma (σ) factors. σ recruits RNAP to the promoter DNA region, located upstream of the transcription start site (TSS) and facilitates open complex formation, where double-stranded DNA is opened up into a transcription bubble and template strand DNA is positioned inside RNAP for initial RNA synthesis. During initial transcription, RNAP remains bound to σ and upstream DNA, presumably with an enlarging transcription bubble. The release of RNAP from upstream DNA is required for promoter escape and processive transcription elongation. Bacteria sigma factors can be broadly separated into two classes with the majority belonging to the σ class, represented by the σ that regulates housekeeping genes. σ forms a class on its own and regulates stress response genes. Extensive studies on σ have revealed the molecular mechanisms of the σ dependent process while how σ transitions from initial transcription to elongation is currently unknown. Here, we present a series of cryo-electron microscopy structures of the RNAP-σ initial transcribing complexes with progressively longer RNA, which reveal structural changes that lead to promoter escape. Our data show that initially, the transcription bubble enlarges, DNA strands scrunch, reducing the interactions between σ and DNA strands in the transcription bubble. RNA extension and further DNA scrunching help to release RNAP from σ and upstream DNA, enabling the transition to elongation.
履歴
登録2023年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19084.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19084.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214.4 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214.4 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.072 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0085
最小 - 最大-0.011811618 - 0.03289559
平均 (標準偏差)0.000059276637 (±0.0023243001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 214.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Locally sharpened map

ファイルemd_19084_additional_1.map
注釈Locally sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19084_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19084_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 9nt complex

全体名称: RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 9nt complex
要素
  • 複合体: RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 9nt complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma-54 factor
    • DNA: DNA (45-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*C)-3')
    • DNA: DNA (49-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 9nt complex

超分子名称: RNA polymerase-sigma54 initial transcribing complex - 9nt complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 35.726789 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: SVTEFLKPRL VDIEQVSSTH AKVTLEPLER GFGHTLGNAL RRILLSSMPG CAVTEVEIDG VLHEYSTKEG VQEDILEILL NLKGLAVRV QGKDEVILTL NKSGIGPVTA ADITHDGDVE IVKPQHVICH LTDENASISM RIKVQRGRGY VPASTRIHSE E DERPIGRL ...文字列:
SVTEFLKPRL VDIEQVSSTH AKVTLEPLER GFGHTLGNAL RRILLSSMPG CAVTEVEIDG VLHEYSTKEG VQEDILEILL NLKGLAVRV QGKDEVILTL NKSGIGPVTA ADITHDGDVE IVKPQHVICH LTDENASISM RIKVQRGRGY VPASTRIHSE E DERPIGRL LVDACYSPVE RIAYNVEAAR VEQRTDLDKL VIEMETNGTI DPEEAIRRAA TILAEQLEAF VDLRDVRQPE VK EEKPEFD PILLRPVDDL ELTVRSANCL KAEAIHYIGD LVQRTEVELL KTPNLGKKSL TEIKDVLASR GLSLGMRLEN WPP A

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 150.69175 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MDQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 152.040266 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: LLKFLKAQTK TEEFDAIKIA LASPDMIRSW SFGEVKKPET INYRTFKPER DGLFCARIFG PVKDYECLCG KYKRLKHRGV ICEKCGVEV TQTKVRRERM GHIELASPTA HIWFLKSLPS RIGLLLDMPL RDIERVLYFE SYVVIEGGMT NLERQQILTE E QYLDALEE ...文字列:
LLKFLKAQTK TEEFDAIKIA LASPDMIRSW SFGEVKKPET INYRTFKPER DGLFCARIFG PVKDYECLCG KYKRLKHRGV ICEKCGVEV TQTKVRRERM GHIELASPTA HIWFLKSLPS RIGLLLDMPL RDIERVLYFE SYVVIEGGMT NLERQQILTE E QYLDALEE FGDEFDAKMG AEAIQALLKS MDLEQECEQL REELNETNSE TKRKKLTKRI KLLEAFVQSG NKPEWMILTV LP VLPPDLR PLVPLDGGRF ATSDLNDLYR RVINRNNRLK RLLDLAAPDI IVRNEKRMLQ EAVDALLDNG RRGRAITGSN KRP LKSLAD MIKGKQGRFR QNLLGKRVDY SGRSVITVGP YLRLHQCGLP KKMALELFKP FIYGKLELRG LATTIKAAKK MVER EEAVV WDILDEVIRE HPVLLNRAPT LHRLGIQAFE PVLIEGKAIQ LHPLVCAAYN ADFDGDQMAV HVPLTLEAQL EARAL MMST NNILSPANGE PIIVPSQDVV LGLYYMTRDC VNAKGEGMVL TGPKEAERLY RSGLASLHAR VKVRITEYEK DANGEL VAK TSLKDTTVGR AILWMIVPKG LPYSIVNQAL GKKAISKMLN TCYRILGLKP TVIFADQIMY TGFAYAARSG ASVGIDD MV IPEKKHEIIS EAEAEVAEIQ EQFQSGLVTA GERYNKVIDI WAAANDRVSK AMMDNLQTET VINRDGQEEK QVSFNSIY M MADSGARGSA AQIRQLAGMR GLMAKPDGSI IETPITANFR EGLNVLQYFI STHGARKGLA DTALKTANSG YLTRRLVDV AQDLVVTEDD CGTHEGIMMT PVIEGGDVKE PLRDRVLGRV TAEDVLKPGT ADILVPRNTL LHEQWCDLLE ENSVDAVKVR SVVSCDTDF GVCAHCYGRD LARGHIINKG EAIGVIAAQS IGEPGTQLTM RTFHIGGAAS RAAAESSIQV KNKGSIKLSN V KSVVNSSG KLVITSRNTE LKLIDEFGRT KESYKVPYGA VLAKGDGEQV AGGETVANWD PHTMPVITEV SGFVRFTDMI DG QTITRQT DELTGLSSLV VLDSAERTAG GKDLRPALKI VDAQGNDVLI PGTDMPAQYF LPGKAIVQLE DGVQISSGDT LAR IPQESG GTKDITGGLP RVADLFEARR PKEPAILAEI SGIVSFGKET KGKRRLVITP VDGSDPYEEM IPKWRQLNVF EGER VERGD VISDGPEAPH DILRLRGVHA VTRYIVNEVQ DVYRLQGVKI NDKHIEVIVR QMLRKATIVN AGSSDFLEGE QVEYS RVKI ANRELEANGK VGATYSRDLL GITKASLATE SFISAASFQE TTRVLTEAAV AGKRDELRGL KENVIVGRLI PAGTGY AYH QDRMRRRAAG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 8.449504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
ARVTVQDAVE KIGNRFDLVL VAARRARQMQ VGGKDPLVPE ENDKTTVIAL REIEEGLINN QILDVRERQE QQEQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma-54 factor

分子名称: RNA polymerase sigma-54 factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア)
分子量理論値: 36.725473 KDa
組換発現生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア)
配列文字列: AGTPSGNGVG ETTQSLQDYL MWQVELTPFT DTDRAIATSI VDAVDDTGYL TIQIEDIVDS IGDDEIGLEE VEAVLKRIQR FDPVGVAAK DLRDCLLIQL SQFAKETPWL EEARLIISDH LDLLANHDFR TLMRVTRLKE EVLKEAVNLI QSLDPRPGQS I QTGEPEYV ...文字列:
AGTPSGNGVG ETTQSLQDYL MWQVELTPFT DTDRAIATSI VDAVDDTGYL TIQIEDIVDS IGDDEIGLEE VEAVLKRIQR FDPVGVAAK DLRDCLLIQL SQFAKETPWL EEARLIISDH LDLLANHDFR TLMRVTRLKE EVLKEAVNLI QSLDPRPGQS I QTGEPEYV IPDVLVRKVN DRWVVELNSD SLPSANDTLL RVSRCIVEQQ QAFFEQGEEY MKPMVLADIA QAVEMHESTI SR VTTQKYL HSPRGIFELK YFFSSHVNTE GGGEASSTAI RALVKKLIAA ENPAKPLSDS KLTSMLSEQG IMVARRTVAK YRE SLSIPP SNQ

+
分子 #6: DNA (45-MER)

分子名称: DNA (45-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア)
分子量理論値: 13.794841 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA) (DT)(DT)(DC)(DA)(DT)

+
分子 #8: DNA (49-MER)

分子名称: DNA (49-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア)
分子量理論値: 15.165748 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA) (DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DC)

+
分子 #7: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*C)-3') / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア)
分子量理論値: 2.846759 KDa
配列文字列:
GCCGCGAUC

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0001

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13704
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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