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- EMDB-19077: Cryo-EM structure of P. urativorans 70S ribosome in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19077
タイトルCryo-EM structure of P. urativorans 70S ribosome in complex with hibernation factor Balon and EF-Tu(GDP) (structure 3).
マップデータ
試料
  • 複合体: Ribosomes isolated from ice-treated cultures of Psychrobacter urativorans.
    • タンパク質・ペプチド: x 52種
    • RNA: x 3種
  • リガンド: x 3種
キーワードRibosome / Hibernation factor / Dormancy / Balon
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity ...guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 3 / Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 3 / Ribosomal protein L31 type B / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Elongation factor Tu, domain 2 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain ...Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 3 / Bacterial archaeo-eukaryotic release factor family 3 / Ribosomal protein L31 type B / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Elongation factor Tu, domain 2 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Methyl-accepting chemotaxis protein / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL30 ...Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Methyl-accepting chemotaxis protein / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Elongation factor Tu / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL21
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter urativorans (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Helena-Bueno K / Rybak MY / Gagnon MG / Hill CH / Melnikov SV
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Royal SocietyRGS/R2/202003 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: A new family of bacterial ribosome hibernation factors.
著者: Karla Helena-Bueno / Mariia Yu Rybak / Chinenye L Ekemezie / Rudi Sullivan / Charlotte R Brown / Charlotte Dingwall / Arnaud Baslé / Claudia Schneider / James P R Connolly / James N Blaza / ...著者: Karla Helena-Bueno / Mariia Yu Rybak / Chinenye L Ekemezie / Rudi Sullivan / Charlotte R Brown / Charlotte Dingwall / Arnaud Baslé / Claudia Schneider / James P R Connolly / James N Blaza / Bálint Csörgő / Patrick J Moynihan / Matthieu G Gagnon / Chris H Hill / Sergey V Melnikov /
要旨: To conserve energy during starvation and stress, many organisms use hibernation factor proteins to inhibit protein synthesis and protect their ribosomes from damage. In bacteria, two families of ...To conserve energy during starvation and stress, many organisms use hibernation factor proteins to inhibit protein synthesis and protect their ribosomes from damage. In bacteria, two families of hibernation factors have been described, but the low conservation of these proteins and the huge diversity of species, habitats and environmental stressors have confounded their discovery. Here, by combining cryogenic electron microscopy, genetics and biochemistry, we identify Balon, a new hibernation factor in the cold-adapted bacterium Psychrobacter urativorans. We show that Balon is a distant homologue of the archaeo-eukaryotic translation factor aeRF1 and is found in 20% of representative bacteria. During cold shock or stationary phase, Balon occupies the ribosomal A site in both vacant and actively translating ribosomes in complex with EF-Tu, highlighting an unexpected role for EF-Tu in the cellular stress response. Unlike typical A-site substrates, Balon binds to ribosomes in an mRNA-independent manner, initiating a new mode of ribosome hibernation that can commence while ribosomes are still engaged in protein synthesis. Our work suggests that Balon-EF-Tu-regulated ribosome hibernation is a ubiquitous bacterial stress-response mechanism, and we demonstrate that putative Balon homologues in Mycobacteria bind to ribosomes in a similar fashion. This finding calls for a revision of the current model of ribosome hibernation inferred from common model organisms and holds numerous implications for how we understand and study ribosome hibernation.
履歴
登録2023年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19077.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19077.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 540 pix.
= 390.42 Å		0.72 Å/pix.
x 540 pix.
= 390.42 Å		0.72 Å/pix.
x 540 pix.
= 390.42 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.723 Å
密度

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表面レベル登録者による: 0.0189
最小 - 最大-0.06979084 - 0.15579414
平均 (標準偏差)0.00050477736 (±0.0042308164)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 390.41998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19077_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

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追加マップ: #2

ファイルemd_19077_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_19077_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19077_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19077_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ribosomes isolated from ice-treated cultures of Psychrobacter ura...

全体名称: Ribosomes isolated from ice-treated cultures of Psychrobacter urativorans.
要素
  • 複合体: Ribosomes isolated from ice-treated cultures of Psychrobacter urativorans.
    • タンパク質・ペプチド: Methyl-accepting chemotaxis protein
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Elongation factor Tu
    • RNA: 23S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS18
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL32
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL25
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL28
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL27
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL31B
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL34
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL35
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL33
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL36
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL9
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Ribosomes isolated from ice-treated cultures of Psychrobacter ura...

超分子名称: Ribosomes isolated from ice-treated cultures of Psychrobacter urativorans.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#55
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)

+
分子 #1: Methyl-accepting chemotaxis protein

分子名称: Methyl-accepting chemotaxis protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 41.159938 KDa
配列文字列: MKATLKSLRE TKANPAVSIF VKTHREHPAN DQDPIALKNQ LKIVEERLTN EFDKRTATTI LDKIHAETKE YNHKYNLDTL AIFASVDDV QLIRMPLDTP ERVVISNRFA TRDLVRDMAS AVHYYTVVLT RDKARLIEAA NDRVVAEFDT DNAKQNNMEG I PFPIDNNG ...文字列:
MKATLKSLRE TKANPAVSIF VKTHREHPAN DQDPIALKNQ LKIVEERLTN EFDKRTATTI LDKIHAETKE YNHKYNLDTL AIFASVDDV QLIRMPLDTP ERVVISNRFA TRDLVRDMAS AVHYYTVVLT RDKARLIEAA NDRVVAEFDT DNAKQNNMEG I PFPIDNNG LYTTGDGGSD RSANNENSYL KEFFNQVDKS VQELWGEHKM PLVIVGDVRN ISYYKEVCDR PENIIATVSN LT ELEDGNA QRIIDGVQDA VEGYRTSLHE AALGEIDKAR GANALSTDLQ DVYRAAFQGA GETLYVRRGY IQAAKVDEDA QTL TMADAA ADGVTDDAVG LIIEHVINNG GKAVFMPQEM MSADQPIALV TRY

UniProtKB: Methyl-accepting chemotaxis protein

+
分子 #2: Large ribosomal subunit protein bL12

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 12.667524 KDa
配列文字列:
MALSKDDVLN AIAEMSVMDI VELISAMEEK FGVTAAVAAA PAAAGPAAAA AEEKDEFDVI LASFGEKKVG VIKAVREATG LGLKEAKDL VESAPAPIKE GANKAEAEEL KKKLEEAGAT VELK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL12

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 14.27847 KDa
配列文字列:
MERNYGTGRR KTSTARVFLA KGTGSIVVNG KPLDEYFSRE TSRMVVRQPL ELLDSPTAYD LYITVKGGGI SGQAGAIRHG ITRALIELD DTNKPALKAA GFVTRDSRQV ERKKLGLRKA RKRPQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #4: Elongation factor Tu

分子名称: Elongation factor Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 43.108789 KDa
配列文字列: MAKAKFERLK PHVNVGTIGH VDHGKTTLTA AIATVAAITS GGEAKDYASI DSAPEEKARG ITINTSHVEY DTPSRHYAHV DCPGHADYV KNMITGAAQM DGAILVVSAT DGPMPQTREH ILLSRQVGVP YIVVFMNKCD MVDDEELLEL VEMEVRELLS D YDFPGDDT ...文字列:
MAKAKFERLK PHVNVGTIGH VDHGKTTLTA AIATVAAITS GGEAKDYASI DSAPEEKARG ITINTSHVEY DTPSRHYAHV DCPGHADYV KNMITGAAQM DGAILVVSAT DGPMPQTREH ILLSRQVGVP YIVVFMNKCD MVDDEELLEL VEMEVRELLS D YDFPGDDT PIVKGSATEA LKGSQEKYGQ PAVVELLNIL DTYIPEPERD IDKAFLMPIE DVFSISGRGT VVTGRVESGI VK VGDEIEI VGIRDTQKTT CTGVEMFRKL LDEGRAGENC GVLLRGTKRE DVQRGQVLAK PGSITPHTKF DAEVYVLSKE EGG RHTPFL NGYRPQFYFR TTDVTGAIQL QDGTEMVMPG DNVEMGVELI HPIAMDKGLR FAIREGGRTV GAGVVANVNV

UniProtKB: Elongation factor Tu

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein bS18

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 8.973312 KDa
配列文字列:
MARFYRRRKF CRFTAEGITH IDYKDVELLK QYISENGKIV PSRITGTSTK YQRQLATAIK QARYLSLLPY TDNHQG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 29.465469 KDa
配列文字列: MATKNPTKIE MRDLLQAGAH FGHQTRFWNP KMGPYIFGAR NKIHIINLEH TVKAFNEALN YVNGLASKKN KVLFVGTKRA ASGIIAEQA TRAGMPYVDH RWLGGMLTNW KTLRQSINRL KELEKQAEDG TFAKLTKREA LERTRDMQKL ERSLGGIKDM G GLPDAIFV ...文字列:
MATKNPTKIE MRDLLQAGAH FGHQTRFWNP KMGPYIFGAR NKIHIINLEH TVKAFNEALN YVNGLASKKN KVLFVGTKRA ASGIIAEQA TRAGMPYVDH RWLGGMLTNW KTLRQSINRL KELEKQAEDG TFAKLTKREA LERTRDMQKL ERSLGGIKDM G GLPDAIFV VDVDHEAIAI KEAKNLGIPV IGIVDTNSNP DNVDYIIPAN DDAIRAVSLY VTAMADAIIA GKEYAQTQAS GN AADAEQE VEQAATAEEA ADVATPVEAK AE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 18.192918 KDa
配列文字列:
MARNDKNDKN EQTDGLVERL VTVDRVAKVV KGGRIFSFTA LTVVGDGNGR VGFGRGKARE VPAAIQKALE AAKRNMITVE LNDATLHHP IKARHGASKV YMQPASEGTG VIAGGAMRAV LEVAGVKDVL TKCYGSTNTA NVVRATFNGL RDMSTPEKMA A KRGKSVDE ILG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 13.753143 KDa
配列文字列:
MATTNQLIRK GRKTIKEKSK VPALQACPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSAMR KVCRVRLTSG YEVSSYIGGE GHNLQEHSVV LIRGGRVKD LPGVRYHTVR GALDCAGVKD RKQGRSKYGA KKPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #10: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 19.841166 KDa
配列文字列:
MARLKALYNN ELKQKIKEEL GLDNVMQVPK ITKITLNMGV GGASQDKKLL EGAVADMTAI AGQKPVVTKA RKSIAGFKIR EEWPIGCKV TLRGEQMYEF LDRLIAVAIP RVRDFRGFSP KAFDGRGNYS LGIKEQIVFP EVDFDKIDRI RGMDVTITTS A ATDDEGRA LLKAFGFPFK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 21.971307 KDa
配列文字列: MDLKTVTGAA VELSDTAFGR EFNEALVHQV VTAYLAGGRQ GTRAQKTRAE VSGGGIKPWR QKGTGRARAG SIRSPIWRGG GRAFAAKPQ DWSQKVNRKM YRGAMQCILA ELIRQERLIL VEELTISAPK TKELIAKLSE LNAPRALIIT KEVDENLYLA A RNIPHVNV ...文字列:
MDLKTVTGAA VELSDTAFGR EFNEALVHQV VTAYLAGGRQ GTRAQKTRAE VSGGGIKPWR QKGTGRARAG SIRSPIWRGG GRAFAAKPQ DWSQKVNRKM YRGAMQCILA ELIRQERLIL VEELTISAPK TKELIAKLSE LNAPRALIIT KEVDENLYLA A RNIPHVNV LDTSEVDPVS LIAFDKVIMS VEAAKQFEEA LA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #13: Large ribosomal subunit protein bL32

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 7.169215 KDa
配列文字列:
MAVQKSRKSR SRRDMRRSHH HMTVAELSVD ATTGEKHRRH HMTKDGFYRG RQLFKVSQEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #14: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 13.635945 KDa
配列文字列:
MRHRKSGVKL GRTSSHRKAM FQNMTNSLFE HELIKTTLPK AKELRRVAEP LITMAKEDSV ANRRLAFSRM RSKTMVGKLF GTLGPRYQN RPGGYLRIVK CGNRDGDNAP MAYVELVDRD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #15: Large ribosomal subunit protein bL25

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 23.887184 KDa
配列文字列: MSINHFALNA VDRSAELQGK GASRRLRKQN LVPAIIYGGN EEPASISIKI NELVKALEFE AFFSHILTIT VDGVEEQAVI KALQRHPAK GFPMHADFQR IVKGQKINMN VPLHFTGAED APGTKKSGIL STVVTDVEIV CLPSQLPEYL AVDVSGMEIG D LFRLSDIK ...文字列:
MSINHFALNA VDRSAELQGK GASRRLRKQN LVPAIIYGGN EEPASISIKI NELVKALEFE AFFSHILTIT VDGVEEQAVI KALQRHPAK GFPMHADFQR IVKGQKINMN VPLHFTGAED APGTKKSGIL STVVTDVEIV CLPSQLPEYL AVDVSGMEIG D LFRLSDIK LPEGVILFDL DMEDAHDRTI VNMQAPTVEE VDTATVDASE VPATAQTKDA E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #16: Large ribosomal subunit protein bL28

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 9.16879 KDa
配列文字列:
MSRVCQVTGK RPMVGNNVSH ANNKTRRRFL PNLHHHRFWV ESENRFVRLR ISTKGMRIID KLGIDKVLVD LRAQGQKV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #17: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 7.519604 KDa
配列文字列:
MKISELRDKS LEELTQLLDE KQLDAFRIRM AKATGQLGNT HEVRVNRRAI AQLQTLINEK QRGDS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #18: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 11.932995 KDa
配列文字列:
MEVTAKLRGA AISAQKVRLV ADEVRGKSIE RALDILTYSN KKGAVFVKKC LNSAIANAEH NHGLDIDGLK VATIYVDEGI TLKRILPRA KGRADRISKR TCHITIKVGE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #19: Small ribosomal subunit protein bS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 15.839572 KDa
配列文字列:
MRHYEVVLLV HPDQSDQVVG MVERYIKLVQ DNNGIIHRLE DWGRRQLAYP INKIHKAHYV LFNIETNGET LAELEELFRY NDAIIRSLV MRRDDAITEE SQLAKNADEK RARKATTRRP DSRENDNDDN DHSED

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #20: Large ribosomal subunit protein bL27

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 9.119537 KDa
配列文字列:
MAHKKAAGSS RNGRDSNPKM LGVKIFGGQA IVAGNIIVRQ RGTEFHAGAG VGMGRDHTLF ALNDGVVKFA TKGKFNRRYV MVEEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #21: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 11.465125 KDa
配列文字列:
MSKLRKGDTV IVIAGKDKGK QGTVQAVKND RIKVEGINIV TKHQKPNQAT GVEGGILKQE AFLHISNVAI LNAQTQKADR ITYQFGEDG KKQRVYRSNG EVVATA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #22: Large ribosomal subunit protein bL31B

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL31B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 10.708704 KDa
配列文字列:
MRKDIHPDYH DVLFHDTNAD VFFLTRSTVK TKTTREYEGS EYPYYPLDIS SASHPFYTGE QRKTSTEGRV ASFNKRFGAF GGRNKKADT DSAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31B

+
分子 #23: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 11.777817 KDa
配列文字列:
MAKKSMINRE LKREKEVAKY ADKRTKLKET ISDMNASDEV RMDAMLELQA LPRNSSPVRL RNRCAITGRP HGYFRKFGLS RNMLRERVM QGDVPGVRKA SW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #24: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 10.218672 KDa
配列文字列:
MLTNSDREQI IAQYQRGEND TGSPEVQVAL LSARINDLQN HFKAHKADHH SRRGLIRMVN TRRKLLDYLK GKDLGRYTTL ISQLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #25: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 13.244396 KDa
配列文字列:
MARIAGVNIP DNKHAVISLT YIFGVGRTTA QKILEAVGIA PTTKVSQLDD IQLDAIRAQV ANYMTEGDLR REVSMNIKRL VDLGCYRGI RHRRNLPVRG QNTKNNARTR KGPTRPLKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 13.539965 KDa
配列文字列:
MARVKRGVQA NRRHKKILKR AKGYYGARSR VYRVAVQAVT KAGQYAYRDR RNKKRTFRRL WIARINAGAR LNGLSYSRFI NGMKKANIT IDRRVLADIA MHDAATFGAL VEKAKAELA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #28: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 10.336156 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF IDAHLFAKVE NALETNSRKP IKTWSRRSMI LPQMVGLTLS VHNGRTHVPV IVSEQMVGHK LGEFAPTRTY RGHGIDRKA KR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #29: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 14.086257 KDa
配列文字列:
MSMQDTVGDM LTRIRNAQMA NKVSVAMPSS KLRKSIADLL VSEGYVASAV VNAEENNKAT LSIELKYFEG KAVIETIQRF SRPGLRQHR GKDAIPTVKQ GMGVAIVSTS QGIMSDRAAR AAGIGGEVVA FVA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #30: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 19.536309 KDa
配列文字列:
MSRVAKAPVT LPNGVSVTLN DRQVEVKGKN GNLSLRLHDL VELKQEDDVV TLSPTVDSKE AMMHTGTIRA LLNNYVIGVT EGFERRLQL IGVGYRAQAT GNKVTLNVGY SHPVEYTLPE GVSAETPTQT EIVLKSNDKQ QLGQAAAKIR GFRPPEPYKG K GIRYSDEH VIRKEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #31: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 17.760559 KDa
配列文字列:
MPRRRVVATR EILPDPKFGS QTIAKFINHV MSHGKKSTAE RIVYGALETV AQKRNIEDPV AFFEDVLENV RPMVEVKARR VGGATYQVP MEVRPSRRTA LAMRWLAEAA AKRSEKSMAL RLAGELSDAS EGKGNAMKKR DEVHRMADAN KAFSHYRF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #32: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 27.12034 KDa
配列文字列: MGQKVHPIGI RLGVVKKHNA NWYASPKQYS EYLINDIQVR EYLRKKLDSA MISNIMIERP TGAAKITIAT ARPGIVIGKK GEDIERLQK ELTKMMGVPA QVNIEEITSP DLDARLVADG IGSQLERRVM FRRAMKRAVQ NSMRSGAKGI KVELSGRLGG A EIARTEWY ...文字列:
MGQKVHPIGI RLGVVKKHNA NWYASPKQYS EYLINDIQVR EYLRKKLDSA MISNIMIERP TGAAKITIAT ARPGIVIGKK GEDIERLQK ELTKMMGVPA QVNIEEITSP DLDARLVADG IGSQLERRVM FRRAMKRAVQ NSMRSGAKGI KVELSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYASVR AETTYGTIGV KVWIFRGEIL DGMNSVYNPV KEEQTRAPKR RGRGGNRRNS DR G

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #33: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 13.676589 KDa
配列文字列:
MAKDTRSRKK VTRRSVSEGI AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALAWATSGGQ GFRGSRKSTP FAAQVAAEVA GKAAQEYGVK NIDVLVKGP GPGRESAVRA LGALGYKVNS ISDVTPIPHN GCRAPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #34: Small ribosomal subunit protein bS21

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 8.548242 KDa
配列文字列:
MPAVKVKENE PVDIAIRRFK RACEKAGVLS DVRKREFYEK PTQVRKRKKA AAVKRYKKKL QRETIRTTRM Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #35: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 6.615821 KDa
配列文字列:
MKTMKVTQLK SGAHRLKSHK ASLKGLGLRR INHSVVVEDT PSTRGMVNRV NYLVKVEEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #36: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 15.802331 KDa
配列文字列:
MKTLSAKPAE VTHDWFVVDA DGKTLGRLAT QIASRLRGKH KTNYTPHVDT GDFIVVINAE KIAVTGKKAQ DKKYYRHSGY PGGIKETNF TKLIAHKPED VLHKAVKGML PKGPLGYAMI KKLKLYAGTD HPHEAQQPKE LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #37: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 11.635426 KDa
配列文字列:
MANQRIRIRL KSFDHRLIDQ SAQEIVDTAK RTGAQVCGPV PLPTRIERFN VLTSPHVNKD ARDQYEIRTH KRMVDIVQPT DKTVDALMK LDLAAGVDVQ IALG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #38: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 10.362991 KDa
配列文字列:
MSDNNQATTN ASVLTGRVVS DKMDKSITVL IERLVRHPLY GKQLRRSTKI KAHDENNVCQ QGDLVRIKET RPISKTKAWT LVDVVEKVE KI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #39: Large ribosomal subunit protein bL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 5.292455 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVI KRKRTHGFRA RMATKKGRQV LARRRAKGRH RLTV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #40: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 11.773672 KDa
配列文字列:
MYAVIKTGGK QHRVVVDELL KVELLKAEQG ETITFNDVLM VVDGETVKIG QPVVDGASVE VEVIEHGRGE KIRIVKHNRR KHYHKEQGH RQWYTLLKIK AINA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #41: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 12.550402 KDa
配列文字列:
MFDKKAARLR RAKKTRAHIR FLGVYRLTVN RTPKHIYAQI ISPNGGEVIA QASTLDGSLR SGATGNADAA TSVGQLIAER AKAAGITKV AFDRSGFKYH GRVKALAEAA RENGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #42: Large ribosomal subunit protein uL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 15.448876 KDa
配列文字列:
MGLRLNELSP GVGAKKTAQR RGRGIGSGLG KTGGRGVKGQ KSRSGSSIRA GFEGGQTPLY RRLPKFGFTS KMAMTTAEVR LSELNKVEG DVISVATLKT ANIIRHDMKR ARIILSGDVT KAYTFQGVKV TKGAKQAIEA AGGSIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #43: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 13.417765 KDa
配列文字列:
MIQVESMLEV ADNSGARRVQ CIKVLGGSHR RYASVGDIIK VTVKEAIPRG RVKKGDVMNA VVVRTKKGVR RPDGSVLRFD DNAAVLLNQ NKAPIATRIF GPVTRELRGD QFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #44: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 22.236305 KDa
配列文字列: MAIGLVGKKC GMTRVFTEAG ASIPVTVVEI SANRITQVKN TDVDGYQAIQ VTTGTRRDSR VTAAQKGHFA KAGVAAGRGV WEFRANDSD LEGREIGGEI LADLFEQGQM VDVTGNSKGK GFQGGVKRHN FSMQDATHGN SVSHRAIGST GQNQSPGKVF K GKKMPGQM ...文字列:
MAIGLVGKKC GMTRVFTEAG ASIPVTVVEI SANRITQVKN TDVDGYQAIQ VTTGTRRDSR VTAAQKGHFA KAGVAAGRGV WEFRANDSD LEGREIGGEI LADLFEQGQM VDVTGNSKGK GFQGGVKRHN FSMQDATHGN SVSHRAIGST GQNQSPGKVF K GKKMPGQM GNKRVTVQGL EVISVDVEKG LLVIKGAIPG ATGGDVIVRP SVKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #45: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 15.626741 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNTGL AHRGSTVAFG QFGLKSLTRG RMTARQIEAA RRTITRKIKR GGKIWIRVFP DKPISNKPLE VRMGKGKGP VEYWVCEIKP GKMLYELEGI SEELAREALT LAAAKLPFKT TIVKRTIM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #46: Large ribosomal subunit protein bL35

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 7.594275 KDa
配列文字列:
MKVKMKTKSG AAKRFKRTAN GFKRKQAFKS HILTKKSSKR IRQLRGLKMV DKSDEAAVRR MCPYI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #47: Large ribosomal subunit protein bL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 14.598023 KDa
配列文字列:
MSNKHLLVQA VENAQIIERP SFGPGDTVVV QVKVREGERE RLQAFEGIVI AKRNRGLNSA FTVRKISSGV GVERAFQLHS PIIESIEVK RRGAVRRAKL YYLRERSGKS ARIREKLAPR APKVVKPKAD A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #48: Small ribosomal subunit protein bS16

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 9.955363 KDa
配列文字列:
MVVIRLARGG AKKRPFYQVV VADQRRARDG RYIENIGFFN PLAKESEEAV RLNMEAYHAW IAKGAQPSDR VASLVRAYNK AATTTEATA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #49: Large ribosomal subunit protein bL33

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 6.053298 KDa
配列文字列:
MRDKIKLVST AGTGYYYTTT KNKRTMPGKM EMKKFDPKIR QHVLFKEAKI K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #50: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 30.263127 KDa
配列文字列: MPIVKAKPTS PGRRFVEKVV HPHLYKGRPF AALLESKSKT GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ HYRIIDFKRT KDNIPATVER IEYDPNRTA HIALLKYADG ERRYIIAAKK QAVGDTVMSG EASPIRPGNC LPLKNIPLGT VIHNIELKIG KGAQMARAAG A SVQLLGRD ...文字列:
MPIVKAKPTS PGRRFVEKVV HPHLYKGRPF AALLESKSKT GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ HYRIIDFKRT KDNIPATVER IEYDPNRTA HIALLKYADG ERRYIIAAKK QAVGDTVMSG EASPIRPGNC LPLKNIPLGT VIHNIELKIG KGAQMARAAG A SVQLLGRD GIYAILRLRS GETRRVHVNC RAVIGEVSNT ENNLKSLGKA GASRWRGIRP SVRGVAMNPV DHPHGGGEGR NK GRHPTSP WGQKSKGLKT RHNKRTDSMI IRRAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #51: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 24.279043 KDa
配列文字列: MARYIGPKLK LSRREGTDLG LKSGVKPYDV KTKKAARPPG QHGVSRNKTS EYALQLREKQ KVKRIYGVLE RQFANYYKEA ARKRGATGE NLLAMLESRL DNVVYRMGFG STRAEARQLV SHRTVMVKKA GRDEFVRVNI PSIQLQDGDV IAIQEKSREQ L RIKNAIEL ...文字列:
MARYIGPKLK LSRREGTDLG LKSGVKPYDV KTKKAARPPG QHGVSRNKTS EYALQLREKQ KVKRIYGVLE RQFANYYKEA ARKRGATGE NLLAMLESRL DNVVYRMGFG STRAEARQLV SHRTVMVKKA GRDEFVRVNI PSIQLQDGDV IAIQEKSREQ L RIKNAIEL ATQRGIPEWL DVDHSKLQGT FKKAPDRIDL PAEINESLIV ELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #52: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 12.816646 KDa
配列文字列:
MNNARLYQVL RGPVFSEKSQ MLGDSLGVQV FKIDSKATKL EVKKAVELMF EGVEVLKVNT LNVKGKTKRF GKNIGRRNDY KKAYVTLKA GHDVQMADAG EEVANTTAST SETANNE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #53: Small ribosomal subunit protein bS20

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 9.980646 KDa
配列文字列:
MANTAQARKR ARQNTKRRQN SASQRSMVRT YLKRVDAAIA AKDYDAATEA YKKAIPVLDR MADKGIIHKN KAARRKSRLN KTIKGLQA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #54: Large ribosomal subunit protein bL36

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 4.330293 KDa
配列文字列:
MKVQASVKKI CGSCKVVRRK GRVHIICTAE PRHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #55: Large ribosomal subunit protein bL9

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 18.195211 KDa
配列文字列:
MQIILLQRIV NLGKLGETVD VKPGYGRNFL IPLGKALPAT AANIEKFEAR RAELEAEEKK ELDAAQERAD ALTDVNVIMR AKSGDEGKL FGSIGTRDIA EALTNSGLEV DRAEIKLPEG ALRQVGEYNV DIQLHHDVTA TILVTILSED GDDQVEEDDN E GDYSEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #5: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 933.563125 KDa
配列文字列: GUUGUAUGGU CAAGUAAUGA AGCGCACAUG GUGGAUGCCU UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA AGACGUGACA GCCUGCGAUA AGCUUCGGG GAGGCGGCAA UAUCCUGUGA UCCGGAGAUU UCUGAAUGGG GAAACCCACU UACCAUAAGG UAGGUAUCUU G UACUUGUA ...文字列:
GUUGUAUGGU CAAGUAAUGA AGCGCACAUG GUGGAUGCCU UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA AGACGUGACA GCCUGCGAUA AGCUUCGGG GAGGCGGCAA UAUCCUGUGA UCCGGAGAUU UCUGAAUGGG GAAACCCACU UACCAUAAGG UAGGUAUCUU G UACUUGUA CAAGAAGCGA ACGAGGGGAA GUGAAACAUC UCAGUACCCU UAGGAAAAGA CAUCAAAUGA GAUUCCCCAA GU AGCGGCG AGCGAACGGG GAGAAGCCGA UUAAUGCUAA UGUAGAAGAA CAGCGUGGGA AAGCUGACCG UAGUAGGUGA UAG UCCUGU AUUCGAAACA UUAGCGUUAA CAUAUUAAGU AGGGCGGGAC ACGAGAAAUC CUGUCUGAAG AUGGGGGGAC CAUC CUCCA AGGCUAAAUA CUCCUGACUG ACCGAUAGUG AACCAGUACC GUGAGGGAAA GGCGAAAAGA ACCCCUGUGA GGGGA GUGA AAUAGAACCU GAAACCGUGU GCGUACAAGC AGUAGGAGCC UCAAUUUAUU GGGGUGACUG CGUACCUUUU GUAUAA UGG GUCAGCGACU UAUAUUCUGU AGCAAGGUUA ACCGUUUAGG GGAGCCGUAG GGAAACCGAG UCUUAAUAGG GCGUCUA GU UGCAGGGUAU AGACCCGAAA CCGAGUGAUC UAUCCAUGAG CAGGUUGAAA GUGCCGUAAC AGGCACCGGA GGACCGAA C CCACUGUCGU UGAAAAGCCA GGGGAUGACU UGUGGAUAGG GGUGAAAGGC UAAUCAAACU CGGUGAUAGC UGGUUCUCC CCGAAAGCUA UUUAGGUAGC GCCUCGGACG AAUACCAUUG GGGGUAGAGC ACUGUUUCGG CUAGGGGGUC AUACCGACUU ACCAAACCG AUGCAAACUC CGAAUACCGA UGAGUAAUAU CCGGGAGACA CACGGCGGGU GCUAACGUCC GUCGUGGAGA G GGAAACAA CCCAGACCGC CAGCUAAGGC CCCAAAUUCC UAGUUAAGUG GGAAACGAGG UGGGAAGGCA UAGACAGCUA GG AGGUUGG CUUAGAAGCA GCCAUCCUUU AAAGAAAGCG UAAUAGCUCA CUAGUCGAGU CGGCCUGCGC GGAAGAUGUA ACG GGGCUC AAACUAGGAG CCGAAGCUGC GGAUUUGAAA CUUGUUUUCA AGUGGUAGGG GAGCGUUGUG UAAGCCUGUG AAGG UGUGU CGUAAGGCAU GCUGGAGGUA UCACAAGAGC GAAUGCUGAC GUGAGUAACG AUAAUGCGAG UGAAAAGCUC GCACG CCGG AAGAUCAAGG GUUCCAGUCC AACGUUAAUC GGGGCUGGGU GAGUCGACCC CUAAGGCGAG GCCGAAAGGC GUAGUC GAU GGGAAAUUGG UUAAUAUUCC AAUACUUGUU UAUAGUGCGA UGGAGGGACG GAGAAGGUUA UGUCAGCCUG GCGUUGG UU GUCCAGGUGA AAGGAUGUAG GCUUACAGUU UAGGCAAAUC CGGACUGUAA UAUGGCUGAG AUCUGAUAGC AAGCUGUA C UUGUACAGCG AAGUGGCAAA UACCAUGCUU CCAGGAAAAG CUUCUAAGCA AUAGCUAUAA ACGAAUCGUA CCCUAAACC GACACAGGUG AUCAGGUAGA GAAUACCAAG GCGCUUGAGA GAACUCUGCU GAAGGAACUA GGCAAAAUGG UACCGUAACU UCGGGAGAA GGUACGCUGU UGAUGGUGAU AGGACUUUCU CCUUGAGCUU UCGACAGUCG CAGAUACCAG GCUGCUGCAA C UGUUUAUU AAAAACACAG CACUCUGCAA ACACGAAAGU GGACGUAUAG GGUGUGAUGC CUGCCCGGUG CUGGAAGGUU AA UUGAUGG GGUUAGCGUA AGCGAAGCUC UUGAUCGAAG CCCCAGUAAA CGGCGGCCGU AACUAUAACG GUCCUAAGGU AGC GAAAUU CCUUGUCAGG UAAGUUCUGA CCUGCACGAA UGGCAUAAUG AUGGCAGCGC UGUCUCCAGC AGAGACUCAG UGAA AUCGA AAUCGCAGUG AAGAUGCUGU GUACCCGCGG CUAGACGGAA AGACCCCGUG AACCUUUACU ACAGCUUUAC AUUGA ACUU UGACCUGACU UGUGCAGGAU AGGUGGGAGG CUUUGAAGCC GAGACGCUAG UCUCGGUGGA GCCAAUCUUG AAAUAC CAC CCUGGUCAUG UCGGGGUUCU AACUCAGGUA UAACAAUACC GAGGACAAUG UAUGGUGGGU AGUUUGACUG GGGCGGU CU CCUCCUAAAG AGUAACGGAG GAGUACGAAG GUGCGCUCAG AACGGUCGGA AAUCGUUCAU AGAGUAUAAA GGCAAAAG C GCGCUUAACU GCGAGACCCA CAAGUCGAGC AGGUACGAAA GUAGGUCUUA GUGAUCCGGU GGUUCUGUAU GGAAGGGCC AUCGCUCAAC GGAUAAAAGG UACUCUGGGG AUAACAGGCU GAUACCGCCC AAGAGUUCAU AUCGACGGCG GUGUUUGGCA CCUCGAUGU CGGCUCAUCU CAUCCUAGGG CUGAAGCAGG UCCUAAGGGU AUGGCUGUUC GCCAUUUAAA GAGGUACGCG A GCUGGGUU UAGAACGUCG UGAGACAGUU CGGUCCCUAU CUACCGUGGG CGUUGGAAAU UUGAGAGGAU CUGCUCCUAG UA CGAGAGG ACCAGAGUGG ACGAACCUCU GGUGUUCGGG UUGUCACGCC AGUGGCAUUG CCCGGUAGCU ACGUUCGGAU GGG AUAACC GCUGAAAGCA UCUAAGCGGG AAGCCCACCU CAAGAUUAGA UUUCCCUAAA GAGCCGUUGA AGACUACGAC GUUG AUAGG CAGGGUGUGG AAGUGCAGCG AUGCAUGUAG CUAACCUGUA CUAAUUGCUC GUUUGGCUUG ACCAUACAAC ACCCA AG

+
分子 #11: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 11
詳細: Compared to reference sequence, it contains an insertion between bases 84 and 85 (an additional U) and a variant C88A
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 36.948945 KDa
配列文字列:
GCUGACGACC AUAGCACGAU GGCACCACCU GAUCCCUUCC CGAACUCAGA AGUGAAACAU CGUCGCGCCA AUGGUAGUGU GGUUUCGAC CAUGUGAGAG UAGGUCAUCG UCAGCU

GENBANK: GENBANK: CP012678.1

+
分子 #26: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 26 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
分子量理論値: 514.94975 KDa
配列文字列: GAUGAGCCAA GUUUAGAAGC UUCUUUAAAG AGCUUCAUAG CAAGAUUAAA CUGAAGAGUU UGAUCAUGGC UCAGAUUGAA CGCUGGCGG CAGGCUUAAC ACAUGCAAGU CGAGCGGUAA CAGGAGAAGC UUGCUUCUUG CUGACGAGCG GCGGACGGGU G AGUAAUAC ...文字列:
GAUGAGCCAA GUUUAGAAGC UUCUUUAAAG AGCUUCAUAG CAAGAUUAAA CUGAAGAGUU UGAUCAUGGC UCAGAUUGAA CGCUGGCGG CAGGCUUAAC ACAUGCAAGU CGAGCGGUAA CAGGAGAAGC UUGCUUCUUG CUGACGAGCG GCGGACGGGU G AGUAAUAC UUAGGAAUCU ACCUAGUAGU GGGGGAUAGC UCGGGGAAAC UCGAAUUAAU ACCGCAUACG ACCUACGGGA GA AAGGGGG CAACUUGUUG CUCUCGCUAU UAGAUGAGCC UAAGUCGGAU UAGCUAGAUG GUGGGGUAAA GGCCUACCAU GGC GACGAU CUGUAGCUGG UCUGAGAGGA UGAUCAGCCA CACCGGGACU GAGACACGGC CCGGACUCCU ACGGGAGGCA GCAG UGGGG AAUAUUGGAC AAUGGGGGCA ACCCUGAUCC AGCCAUGCCG CGUGUGUGAA GAAGGCCUUU UGGUUGUAAA GCACU UUAA GCAGUGAAGA AGACUCCGUG GUUAAUACCC ACGGACGAUG ACAUUAGCUG CAGAAUAAGC ACCGGCUAAC UCUGUG CCA GCAGCCGCGG UAAUACAGAG GGUGCAAGCG UUAAUCGGAA UUACUGGGCG UAAAGGGAGC GUAGGUGGCU CGAUAAG UC AGAUGUGAAA UCCCCGGGCU UAACCUGGGA ACUGGCAUCU GAUACUGUUG AGCUAGAGUA UGUGAGAGGA AGGUAGAA U UCCAGGUGUA GCGGUGAAAU GCGUAGAGAU CUGGAGGAAU ACCGAUGGCG AAGGCAGCCU UCUGGCAUAA UACUGACAC UGAGGCUCGA AAGCGUGGGU AGCAAACAGG AUUAGAUACC CUGGUAGUCC ACGCCGUAAA CGAUGUCUAC UAGUCGUUGG GUCCCCUUG AGGACUUAGU GACGCAGCUA ACGCAAUAAG UAGACCGCCU GGGGAGUACG GCCGCAAGGU UAAAACUCAA A UGAAUUGA CGGGGGCCCG CACAAGCGGU GGAGCAUGUU GUUUAAUUCG AUGCAACGCG AAGAACCUUA CCUGGUCUUG AC AUAUCUA GAAUCCUGCA GAGAUGCGGG AGUGCCUUCG GGAAUUAGAA UACAGGUGCU GCAUGGCUGU CGUCAGCUCG UGU CGUGAG AUGUUGGGUU AAGUCCCGCA ACGAGCGCAA CCCUUGUCCU UAGUUACCAG CGGGUUAAGC CGGGAACUCU AAGG AUACU GCCAGUGACA AACUGGAGGA AGGCGGGGAC GACGUCAAGU CAUCAUGGCC CUUACGACCA GGGCUACACA CGUGC UACA AUGGUAGGUA CAGAGGGCAG CUACACAGCG AUGUGAUGCG AAUCUCAAAA AGCCUAUCGU AGUCCCGGAU UGGAGU CUG CAACUCGACU CCAUGAAGUA GGAAUCGCUA GUAAUCGCGG AUCAGAAUGC CGCGGUGAAU ACGUUCCCGG GCCUUGU AC ACACCGCCCG UCACACCAUG GGAGUUGAUU GCACCAGAAG UGGAUAGCUU AACCUUCGGG AAGGCGUUCA CCACGGUG U GGUUGAUGAC UGGGGUGAAG UCGUAACAAG GUAGCCGUAG GGGAACCUGC GGCUGGAUCA CCUCCUUAU

GENBANK: GENBANK: CP012678.1

+
分子 #56: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #57: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #58: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12151
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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