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- EMDB-19066: TREK2 in OGNG/CHS detergent micelle with biparatopic inhibitory n... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19066
タイトルTREK2 in OGNG/CHS detergent micelle with biparatopic inhibitory nanobody Nb6158
マップデータTREK2 with linked inhibitory nanobody in OGNG CHS detergent micelle at pH 7.5
試料
  • 複合体: Complex of TREK2 and inhibitory nanobody Nb6158
    • タンパク質・ペプチド: TREK2
    • タンパク質・ペプチド: Nb6158
キーワードIon channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / memory / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, TREK / Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel subfamily K member 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.37 Å
データ登録者Smith KHM / Tucker SJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI) 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Extracellular modulation of TREK-2 activity with nanobodies provides insight into the mechanisms of K2P channel regulation.
著者: Karin E J Rödström / Alexander Cloake / Janina Sörmann / Agnese Baronina / Kathryn H M Smith / Ashley C W Pike / Jackie Ang / Peter Proks / Marcus Schewe / Ingelise Holland-Kaye / Simon R ...著者: Karin E J Rödström / Alexander Cloake / Janina Sörmann / Agnese Baronina / Kathryn H M Smith / Ashley C W Pike / Jackie Ang / Peter Proks / Marcus Schewe / Ingelise Holland-Kaye / Simon R Bushell / Jenna Elliott / Els Pardon / Thomas Baukrowitz / Raymond J Owens / Simon Newstead / Jan Steyaert / Elisabeth P Carpenter / Stephen J Tucker /
要旨: Potassium channels of the Two-Pore Domain (K2P) subfamily, KCNK1-KCNK18, play crucial roles in controlling the electrical activity of many different cell types and represent attractive therapeutic ...Potassium channels of the Two-Pore Domain (K2P) subfamily, KCNK1-KCNK18, play crucial roles in controlling the electrical activity of many different cell types and represent attractive therapeutic targets. However, the identification of highly selective small molecule drugs against these channels has been challenging due to the high degree of structural and functional conservation that exists not only between K2P channels, but across the whole K channel superfamily. To address the issue of selectivity, here we generate camelid antibody fragments (nanobodies) against the TREK-2 (KCNK10) K2P K channel and identify selective binders including several that directly modulate channel activity. X-ray crystallography and CryoEM data of these nanobodies in complex with TREK-2 also reveal insights into their mechanisms of activation and inhibition via binding to the extracellular loops and Cap domain, as well as their suitability for immunodetection. These structures facilitate design of a biparatropic inhibitory nanobody with markedly improved sensitivity. Together, these results provide important insights into TREK channel gating and provide an alternative, more selective approach to modulation of K2P channel activity via their extracellular domains.
履歴
登録2023年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19066.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TREK2 with linked inhibitory nanobody in OGNG CHS detergent micelle at pH 7.5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 256 pix.
= 240.64 Å		0.94 Å/pix.
x 256 pix.
= 240.64 Å		0.94 Å/pix.
x 256 pix.
= 240.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.261
最小 - 最大-0.40462807 - 0.53327763
平均 (標準偏差)0.0026648482 (±0.035020113)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 240.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19066_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19066_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19066_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TREK2 and inhibitory nanobody Nb6158

全体名称: Complex of TREK2 and inhibitory nanobody Nb6158
要素
  • 複合体: Complex of TREK2 and inhibitory nanobody Nb6158
    • タンパク質・ペプチド: TREK2
    • タンパク質・ペプチド: Nb6158

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超分子 #1: Complex of TREK2 and inhibitory nanobody Nb6158

超分子名称: Complex of TREK2 and inhibitory nanobody Nb6158 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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分子 #1: TREK2

分子名称: TREK2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGLQTVMKWK TVVAIFVVVV VYLVTGGLVF RALEQPFESS QKNTIALEKA EFLRDHVCVS PQELETLIQH ALDADNAGVS PIGNSSNNSS HWDLGSAFFF AGTVITTIGY GNIAPSTEGG KIFCILYAIF GIPLFGFLLA GIGDQLGTIF GKSIARVEKV FRKKQVSQTK ...文字列:
MGLQTVMKWK TVVAIFVVVV VYLVTGGLVF RALEQPFESS QKNTIALEKA EFLRDHVCVS PQELETLIQH ALDADNAGVS PIGNSSNNSS HWDLGSAFFF AGTVITTIGY GNIAPSTEGG KIFCILYAIF GIPLFGFLLA GIGDQLGTIF GKSIARVEKV FRKKQVSQTK IRVISTILFI LAGCIVFVTI PAVIFKYIEG WTALESIYFV VVTLTTVGFG DFVAGGNAGI NYREWYKPLV WFWILVGLAY FAAVLSMIGD WLRVLSKKTK EEVGEAENLY FQSHHHHHHH HHHDYKDDDD K

UniProtKB: Potassium channel subfamily K member 10

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分子 #2: Nb6158

分子名称: Nb6158 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLVESGGG LVQAGDSLRV SCAGSGFTFT SYGMGWFRQA PGKEREFVAS INWNSNTAYA DSVRGRFTIS RDNAESMMYL QMNSLKPEDT AVYYCAATRA YSKPRVDSRH YDYWGQGTQV TVSSGGGGSG GGGSGGGGSQ VQLVESGGGL VQAGGSLRLS CAASGRAGSG ...文字列:
QVQLVESGGG LVQAGDSLRV SCAGSGFTFT SYGMGWFRQA PGKEREFVAS INWNSNTAYA DSVRGRFTIS RDNAESMMYL QMNSLKPEDT AVYYCAATRA YSKPRVDSRH YDYWGQGTQV TVSSGGGGSG GGGSGGGGSQ VQLVESGGGL VQAGGSLRLS CAASGRAGSG YAMGWFRQAP GKEREIVGAI SWSGDNTYYA DSVRGRVTIS RDYAQNTVYL QMNSLKPEDT AVYYCAADGR GNLRRGTAGR YVEYWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMKClPotassium chloride
0.12 % w/vC27H52O12Octyl glucose neopentyl glycol
0.012 % w/vC35H61NO7Cholesteryl hemisuccinate tris salt
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 301660
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8qz1

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / 使用した粒子像数: 17788
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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