+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18886 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Focused map on the Roc-COR domains of the Roco protein from C. tepidum in the GTP state bound to the activating Nanobody NbRoco1 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | GTPase / Nanobody / Parkinson's Disease / Allostery activator / HYDROLASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Chlorobaculum tepidum (バクテリア) / Lama glama (ラマ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Galicia C / Versees W | ||||||||||||
資金援助 | ベルギー, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Structural insights into the GTP-driven monomerization and activation of a bacterial LRRK2 homolog using allosteric nanobodies. 著者: Christian Galicia / Giambattista Guaitoli / Marcus Fislage / Christian Johannes Gloeckner / Wim Versées / 要旨: Roco proteins entered the limelight after mutations in human LRRK2 were identified as a major cause of familial Parkinson's disease. LRRK2 is a large and complex protein combining a GTPase and ...Roco proteins entered the limelight after mutations in human LRRK2 were identified as a major cause of familial Parkinson's disease. LRRK2 is a large and complex protein combining a GTPase and protein kinase activity, and disease mutations increase the kinase activity, while presumably decreasing the GTPase activity. Although a cross-communication between both catalytic activities has been suggested, the underlying mechanisms and the regulatory role of the GTPase domain remain unknown. Several structures of LRRK2 have been reported, but structures of Roco proteins in their activated GTP-bound state are lacking. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy to solve the structure of a bacterial Roco protein (CtRoco) in its GTP-bound state, aided by two conformation-specific nanobodies: Nb and Nb. This structure presents CtRoco in an active monomeric state, featuring a very large GTP-induced conformational change using the LRR-Roc linker as a hinge. Furthermore, this structure shows how Nb and Nb collaborate to activate CtRoco in an allosteric way. Altogether, our data provide important new insights into the activation mechanism of Roco proteins, with relevance to LRRK2 regulation, and suggest new routes for the allosteric modulation of their GTPase activity. #1: ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Structural insights in the GTP-driven monomerization and activation of a bacterial LRRK2 homologue using allosteric nanobodies 著者: Galicia C / Guaitoli G / Fislage M / Gloeckner CJ / Versees W | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18886.map.gz | 421.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-18886-v30.xml emd-18886.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18886_fsc.xml | 5.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18886.png | 94.2 KB | ||
マスクデータ | emd_18886_msk_1.map | 18.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18886.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_18886_half_map_1.map.gz emd_18886_half_map_2.map.gz | 16.8 MB 16.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18886 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18886 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18886_validation.pdf.gz | 632 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_18886_full_validation.pdf.gz | 631.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18886_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18886_validation.cif.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18886 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18886 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r4dMC 8r4bC 8r4cC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18886.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4381 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18886_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18886_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18886_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CtRoco in the active GTP state bound to the two activating Nanobo...
全体 | 名称: CtRoco in the active GTP state bound to the two activating Nanobodies NbRoco1 and NbRoco2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CtRoco in the active GTP state bound to the two activating Nanobo...
超分子 | 名称: CtRoco in the active GTP state bound to the two activating Nanobodies NbRoco1 and NbRoco2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Chlorobaculum tepidum (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Rab family protein
分子 | 名称: Rab family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: CtRoco bound to GTPgammaS / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Chlorobaculum tepidum (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 124.313453 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GAMGSMSDLD VIRQIEQELG MQLEPVDKLK WYSKGYKLDK DQRVTAIGLY DCGSDTLDRI IQPLESLKSL SELSLSSNQI TDISPLASL NSLSMLWLDR NQITDIAPLA SLNSLSMLWL FGNKISDIAP LESLKSLTEL QLSSNQITDI APLASLKSLT E LSLSGNNI ...文字列: GAMGSMSDLD VIRQIEQELG MQLEPVDKLK WYSKGYKLDK DQRVTAIGLY DCGSDTLDRI IQPLESLKSL SELSLSSNQI TDISPLASL NSLSMLWLDR NQITDIAPLA SLNSLSMLWL FGNKISDIAP LESLKSLTEL QLSSNQITDI APLASLKSLT E LSLSGNNI SDIAPLESLK SLTELSLSSN QITDIAPLAS LKSLTELSLS SNQISDIAPL ESLKSLTELQ LSRNQISDIA PL ESLKSLT ELQLSSNQIT DIAPLASLKS LTELQLSRNQ ISDIAPLESL NSLSKLWLNG NQITDIAPLA SLNSLTELEL SSN QITDIA PLASLKSLST LWLSSNQISD IAPLASLESL SELSLSSNQI SDISPLASLN SLTGFDVRRN PIKRLPETIT GFDM EILWN DFSSSGFITF FDNPLESPPP EIVKQGKEAV RQYFQSIEEA RSKGEALVHL QEIKVHLIGD GMAGKTSLLK QLIGE TFDP KESQTHGLNV VTKQAPNIKG LENDDELKEC LFHFWDFGGQ EIMHASHQFF MTRSSVYMLL LDSRTDSNKH YWLRHI EKY GGKSPVIVVM NKIDENPSYN IEQKKINERF PAIENRFHRI SCKNGDGVES IAKSLKSAVL HPDSIYGTPL APSWIKV KE KLVEATTAQR YLNRTEVEKI CNDSGITDPG ERKTLLGYLN NLGIVLYFEA LDLSEIYVLD PHWVTIGVYR IINSSKTK N GHLNTSALGY ILNEEQIRCD EYDPAKNNKF TYTLLEQRYL LDIMKQFELC YDEGKGLFII PSNLPTQIDN EPEITEGEP LRFIMKYDYL PSTIIPRLMI AMQHQILDRM QWRYGMVLKS QDHEGALAKV VAETKDSTIT IAIQGEPRCK REYLSIIWYE IKKINANFT NLDVKEFIPL PGHPDELVEY KELLGLEKMG RDEYVSGKLE KVFSVSKMLD SVISKEERNK ERLMGDINIK L ENIGNPTI PIHQQVEVNV SQETVQHVEN LQGFFENLKA DILREAELEI DDPKERKRLA NELELAENAI TKMDAAVKSG KN KLKPDVK DRLGEFIDNL ANENSRLRKG IALVMNGAEK VQKLARYYNN VAPFFDLPSV PPVLLGKEKT UniProtKB: Rab family protein |
-分子 #2: NbRoco1
分子 | 名称: NbRoco1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 15.206718 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCANSGLTFS TYTMGWFRQA PGKEREFVAA IRWSGTSTYY QDHADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC AASRLRAGVK APSEYDYWGQ GTQVTVSSHH HHHHEPEA |
-分子 #3: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
分子 | 名称: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GSP |
---|---|
分子量 | 理論値: 539.246 Da |
Chemical component information | ChemComp-GSP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.08 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.55 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 60000 |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
| ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||
得られたモデル | PDB-8r4d: |