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- EMDB-1888: Thermus thermophilus V-type (A-type) ATPase at 16 Angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1888
タイトルThermus thermophilus V-type (A-type) ATPase at 16 Angstroms resolution
マップデータThermus thermophilus V-type (A-type) ATPase
試料
  • 試料: V/A-ATPase from Thermus thermophilus solubilized with the detergent dodecyl maltoside.
  • 細胞器官・細胞要素: V-ATPase
キーワードVacuolar type ATPase / V-ATPase / A-ATPase / Thermus thermophilus / ATP synthase / membrane protein
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Lau WCY / Rubinstein JL
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Structure of intact Thermus thermophilus V-ATPase by cryo-EM reveals organization of the membrane-bound V(O) motor.
著者: Wilson C Y Lau / John L Rubinstein /
要旨: The eubacterium Thermus thermophilus uses a macromolecular assembly closely related to eukaryotic V-ATPase to produce its supply of ATP. This simplified V-ATPase offers several advantages over ...The eubacterium Thermus thermophilus uses a macromolecular assembly closely related to eukaryotic V-ATPase to produce its supply of ATP. This simplified V-ATPase offers several advantages over eukaryotic V-ATPases for structural analysis and investigation of the mechanism of the enzyme. Here we report the structure of the complex at approximately 16 A resolution as determined by single particle electron cryomicroscopy (cryo-EM). The resolution of the map and our use of cryo-EM, rather than negative stain EM, reveals detailed information about the internal organization of the assembly. We could separate the map into segments corresponding to subunits A and B, the threefold pseudosymmetric C-subunit, a central rotor consisting of subunits D and F, the L-ring, the stator subcomplex consisting of subunits I, E, and G, and a micelle of bound detergent. The architecture of the V(O) region shows a remarkably small area of contact between the I-subunit and the ring of L-subunits and is consistent with a two half-channel model for proton translocation. The arrangement of structural elements in V(O) gives insight into the mechanism of torque generation from proton translocation.
履歴
登録2011年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年4月8日-
マップ公開2011年4月8日-
更新2014年11月26日-
現状2014年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.425
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 0.425
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1888.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1888.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Thermus thermophilus V-type (A-type) ATPase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.425 / ムービー #1: 0.425
最小 - 最大-0.24713653 - 1.14009678
平均 (標準偏差)0.00813209 (±0.14459489)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin363636
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS363636
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.2471.1400.008

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添付データ

+
添付マップデータ: emd 1888 additional 1.map

ファイルemd_1888_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 1888 additional 10.map

ファイルemd_1888_additional_10.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1888 additional 11.map

ファイルemd_1888_additional_11.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1888 additional 2.map

ファイルemd_1888_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 1888 additional 3.map

ファイルemd_1888_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 1888 additional 4.map

ファイルemd_1888_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1888 additional 5.map

ファイルemd_1888_additional_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1888 additional 6.map

ファイルemd_1888_additional_6.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1888 additional 7.map

ファイルemd_1888_additional_7.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1888 additional 8.map

ファイルemd_1888_additional_8.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 1888 additional 9.map

ファイルemd_1888_additional_9.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
その他

詳細[Supplementary_Map_Information.txt]
Author has deposited these 11 additional maps that represent segments of
subunits and subcomplexes from the overall map (emd_1888.map)
1.EMD1888-A1.map, Subunit A from pair 1, 2.8 A/pixel, Contour = 0.427
2.EMD1888-A2.map, Subunit A from pair 2, 2.8 A/pixel, Contour = 0.454
3.EMD1888-A3.map, Subunit A from pair 3, 2.8 A/pixel, Contour = 0.406
4.EMD1888-B1.map, Subunit B from pair 1, 2.8 A/pixel, Contour = 0.434
5.EMD1888-B2.map, Subunit B from pair 2, 2.8 A/pixel, Contour = 0.394
6.EMD1888-B3.map, Subunit B from pair 3, 2.8 A/pixel, Contour = 0.363
7.EMD1888-C.map, Subunit C, 2.8 A/pixel, Contour = 0.379
8.EMD1888-DetMicelle.map, Detergent micelle, 2.8 A/pixel, Contour = 0.113
9.EMD1888-DF.map, Subunits D and F, 2.8 A/pixel, Contour = 0.389
10.EMD1888-IE2G2.map, Subunits I, E (x2) and G (x2), 2.8 A/pixel, Contour = 0.363
11.EMD1888-LRing.map, 12mer of subunit L, 2.8 A/pixel, Contour = 0.323

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試料の構成要素

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全体 : V/A-ATPase from Thermus thermophilus solubilized with the deterge...

全体名称: V/A-ATPase from Thermus thermophilus solubilized with the detergent dodecyl maltoside.
要素
  • 試料: V/A-ATPase from Thermus thermophilus solubilized with the detergent dodecyl maltoside.
  • 細胞器官・細胞要素: V-ATPase

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超分子 #1000: V/A-ATPase from Thermus thermophilus solubilized with the deterge...

超分子名称: V/A-ATPase from Thermus thermophilus solubilized with the detergent dodecyl maltoside.
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hetero 26mer / Number unique components: 9
分子量理論値: 600 KDa

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超分子 #1: V-ATPase

超分子名称: V-ATPase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: ATPase / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 細胞中の位置: Plasma membrane

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris-HCl 150mM NaCL 5mM MgCl2 O.02% DDM
グリッド詳細: Quantifoil 2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mark III / 手法: Blot approx. 20 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Images averaged 2x2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particle images were manually selected with Ximdisp.
CTF補正詳細: MRC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Rotan, Frealign / 使用した粒子像数: 19825

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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