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- EMDB-18860: CryoEM structure of the symmetric Pho90 dimer from yeast with sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18860
タイトルCryoEM structure of the symmetric Pho90 dimer from yeast with substrates.
マップデータ
試料
  • 複合体: Dimeric ScPho90
    • タンパク質・ペプチド: Low-affinity phosphate transporter PHO90
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: water
キーワードPhosphate transporter / Plasma membrane protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphate transmembrane transport / phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / polyphosphate metabolic process / cell periphery / transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SPX domain / Citrate transporter-like domain / Citrate transporter / SPX domain / SPX domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-affinity phosphate transporter PHO90
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Schneider S / Kuehlbrandt W / Yildiz O
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Complementary structures of the yeast phosphate transporter Pho90 provide insights into its transport mechanism.
著者: Simon Schneider / Werner Kühlbrandt / Özkan Yildiz /
要旨: Phosphate homeostasis is essential for all living organisms. Low-affinity phosphate transporters are involved in phosphate import and regulation in a range of eukaryotic organisms. We have determined ...Phosphate homeostasis is essential for all living organisms. Low-affinity phosphate transporters are involved in phosphate import and regulation in a range of eukaryotic organisms. We have determined the structures of the Saccharomyces cerevisiae phosphate importer Pho90 by electron cryomicroscopy in two complementary states at 2.3 and 3.1 Å resolution. The symmetrical, outward-open structure in the presence of phosphate indicates bound substrate ions in the binding pocket. In the absence of phosphate, Pho90 assumes an asymmetric structure with one monomer facing inward and one monomer facing outward, providing insights into the transport mechanism. The Pho90 transport domain binds phosphate ions on one side of the membrane, then flips to the other side where the substrate is released. Together with functional experiments, these complementary structures illustrate the transport mechanism of eukaryotic low-affinity phosphate transporters.
履歴
登録2023年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18860.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.815 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.878
最小 - 最大-2.4829016 - 3.8832471
平均 (標準偏差)0.000015565705 (±0.07457332)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 293.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_18860_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: density-modified map

ファイルemd_18860_additional_2.map
注釈density-modified map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18860_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18860_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric ScPho90

全体名称: Dimeric ScPho90
要素
  • 複合体: Dimeric ScPho90
    • タンパク質・ペプチド: Low-affinity phosphate transporter PHO90
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Dimeric ScPho90

超分子名称: Dimeric ScPho90 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Low-affinity phosphate transporter PHO90

分子名称: Low-affinity phosphate transporter PHO90 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 97.786219 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MRFSHFLKYN AVPEWQNHYM DYSELKNLIY TLQTDELQVG DNEEGFGAGK SSNITDRFKN KFSFKNAKED TSSGMNKDAG IVEETIELR ELPTAQTVAA KPSPFRRMKE KIFYKRRSSS ASSVSSTANE NLQLDTYDTF VGDLTAEKQK VDDFYKRTEA K FYDKFDAL ...文字列:
MRFSHFLKYN AVPEWQNHYM DYSELKNLIY TLQTDELQVG DNEEGFGAGK SSNITDRFKN KFSFKNAKED TSSGMNKDAG IVEETIELR ELPTAQTVAA KPSPFRRMKE KIFYKRRSSS ASSVSSTANE NLQLDTYDTF VGDLTAEKQK VDDFYKRTEA K FYDKFDAL VKDLKKIGVI EYDIDDDTLF NEPIASTNDE VPPLDLDDDE DDDEFYDDQS NIEDNTALLH HSQYNIKSQK KS LLKKSIV NLYIDLCQLK SFIELNRIGF AKITKKSDKV LHLNTRTELI ESEQFFKDTY AFQAETIELL NSKISQLVTF YAR ITDRPH NISHSKQELK SYLHDHIVWE RSNTWKDMLG LLSQADELTP KETEYNANKL VGKLDLEYYR WPLPRPINLK FTSI NNVAL PKLFFTKKAY KIYFIILVTG LLLGIKTFND AAQHRCMALV ECVAFLWASE AIPLHITAFL VPLLVVLFKV LKTSD GAIM SAASASSEIL AAMWSSTIMI LLAGFTLGEV LAQYNIAKVL ASWLLAFAGC KPRNVLLMAM CVVFFLSMWI SNVAAP VLT YSLLSPLLDA MDADSPFAQA LVLGVALAAN IGGMSSPISS PQNIISMSYL KPYGIGWGQF FAVALPSGIL AMLLVWI LL FTTFKMNKTK LEKFKPIKTK FTVKQYYIIT VTVATILLWC VESQIEGAFG SSGQIAIIPI VLFFGTGLLS TQDLNAFP W SIVILAMGGI ALGKAVSSSG LLSTIAKALQ KKIENDGVFA ILCIFGILML VVGTFVSHTV SAIIIIPLVQ EVGDKLGNP KAAPILVFGC ALLSSCGMGL ASSGFPNVTA ISKVDRKGDR YLSVMTFLTR GVPASILAFL CVITLGYGIM ASVVKGNATS A

UniProtKB: Low-affinity phosphate transporter PHO90

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分子 #2: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 62 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClSodium chloride
20.0 mMPotassium phosphate
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 192548
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 20 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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