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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18859 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the symmetric Pho90 dimer from yeast without substrates. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Phosphate transporter / Plasma membrane protein / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Citrate transporter-like domain / Citrate transporter / SPX domain / SPX domain / SPX domain profile. / transmembrane transporter activity / membrane / PHO90 isoform 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å | |||||||||
データ登録者 | Schneider S / Kuehlbrandt W / Yildiz O | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Complementary structures of the yeast phosphate transporter Pho90 provide insights into its transport mechanism. 著者: Simon Schneider / Werner Kühlbrandt / Özkan Yildiz / 要旨: Phosphate homeostasis is essential for all living organisms. Low-affinity phosphate transporters are involved in phosphate import and regulation in a range of eukaryotic organisms. We have determined ...Phosphate homeostasis is essential for all living organisms. Low-affinity phosphate transporters are involved in phosphate import and regulation in a range of eukaryotic organisms. We have determined the structures of the Saccharomyces cerevisiae phosphate importer Pho90 by electron cryomicroscopy in two complementary states at 2.3 and 3.1 Å resolution. The symmetrical, outward-open structure in the presence of phosphate indicates bound substrate ions in the binding pocket. In the absence of phosphate, Pho90 assumes an asymmetric structure with one monomer facing inward and one monomer facing outward, providing insights into the transport mechanism. The Pho90 transport domain binds phosphate ions on one side of the membrane, then flips to the other side where the substrate is released. Together with functional experiments, these complementary structures illustrate the transport mechanism of eukaryotic low-affinity phosphate transporters. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18859.map.gz | 483.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18859-v30.xml emd-18859.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18859_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18859.png | 109.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18859.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_18859_additional_1.map.gz emd_18859_additional_2.map.gz emd_18859_half_map_1.map.gz emd_18859_half_map_2.map.gz | 12.5 MB 249.7 MB 474.2 MB 474.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18859 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18859 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18859_validation.pdf.gz | 859.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18859_full_validation.pdf.gz | 858.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18859_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18859_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18859 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18859 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.573 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #2
ファイル | emd_18859_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_18859_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18859_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18859_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dimeric ScPho90
全体 | 名称: Dimeric ScPho90 |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimeric ScPho90
超分子 | 名称: Dimeric ScPho90 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: PHO90 isoform 1
分子 | 名称: PHO90 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 97.786219 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MRFSHFLKYN AVPEWQNHYM DYSELKNLIY TLQTDELQVG DNEEGFGAGK SSNITDRFKN KFSFKNAKED TSSGMNKDAG IVEETIELR ELPTAQTVAA KPSPFRRMKE KIFYKRRSSS ASSVSSTANE NLQLDTYDTF VGDLTAEKQK VDDFYKRTEA K FYDKFDAL ...文字列: MRFSHFLKYN AVPEWQNHYM DYSELKNLIY TLQTDELQVG DNEEGFGAGK SSNITDRFKN KFSFKNAKED TSSGMNKDAG IVEETIELR ELPTAQTVAA KPSPFRRMKE KIFYKRRSSS ASSVSSTANE NLQLDTYDTF VGDLTAEKQK VDDFYKRTEA K FYDKFDAL VKDLKKIGVI EYDIDDDTLF NEPIASTNDE VPPLDLDDDE DDDEFYDDQS NIEDNTALLH HSQYNIKSQK KS LLKKSIV NLYIDLCQLK SFIELNRIGF AKITKKSDKV LHLNTRTELI ESEQFFKDTY AFQAETIELL NSKISQLVTF YAR ITDRPH NISHSKQELK SYLHDHIVWE RSNTWKDMLG LLSQADELTP KETEYNANKL VGKLDLEYYR WPLPRPINLK FTSI NNVAL PKLFFTKKAY KIYFIILVTG LLLGIKTFND AAQHRCMALV ECVAFLWASE AIPLHITAFL VPLLVVLFKV LKTSD GAIM SAASASSEIL AAMWSSTIMI LLAGFTLGEV LAQYNIAKVL ASWLLAFAGC KPRNVLLMAM CVVFFLSMWI SNVAAP VLT YSLLSPLLDA MDADSPFAQA LVLGVALAAN IGGMSSPISS PQNIISMSYL KPYGIGWGQF FAVALPSGIL AMLLVWI LL FTTFKMNKTK LEKFKPIKTK FTVKQYYIIT VTVATILLWC VESQIEGAFG SSGQIAIIPI VLFFGTGLLS TQDLNAFP W SIVILAMGGI ALGKAVSSSG LLSTIAKALQ KKIENDGVFA ILCIFGILML VVGTFVSHTV SAIIIIPLVQ EVGDKLGNP KAAPILVFGC ALLSSCGMGL ASSGFPNVTA ISKVDRKGDR YLSVMTFLTR GVPASILAFL CVITLGYGIM ASVVKGNATS A UniProtKB: PHO90 isoform 1 |
-分子 #2: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: 3PH |
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分子量 | 理論値: 704.998 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PH: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 328 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.0 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |