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万見
- EMDB-18833: INTS9-INTS11-BRAT1-WDR73 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18833
タイトルINTS9-INTS11-BRAT1-WDR73 complex
マップデータOverall map
試料
  • 複合体: Protein Complex
    • タンパク質・ペプチド: BRCA1-associated ATM activator 1
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 73
  • リガンド: ZINC ION
キーワードChaperone / nuclear import / Integrator complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA 3'-end processing / snRNA processing / mitochondrion localization / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / response to ionizing radiation / nucleus organization / cleavage furrow / RNA polymerase II transcribes snRNA genes ...snRNA 3'-end processing / snRNA processing / mitochondrion localization / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / response to ionizing radiation / nucleus organization / cleavage furrow / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / cytoplasmic microtubule organization / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / spindle pole / glucose metabolic process / cell migration / positive regulation of cell growth / cell population proliferation / blood microparticle / positive regulation of protein phosphorylation / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing protein 73 / BRCA1-associated ATM activator 1 / : / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator IntS11, C-terminal domain / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain ...WD repeat-containing protein 73 / BRCA1-associated ATM activator 1 / : / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator IntS11, C-terminal domain / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEAT repeat / HEAT repeat / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 11 / WD repeat-containing protein 73 / BRCA1-associated ATM activator 1 / Integrator complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Sabath K / Qiu C / Jonas S
資金援助 スイス, European Union, 8件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation141735 スイス
Swiss National Science Foundation182880 スイス
Swiss National Science Foundation205601 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_179498 スイス
Other governmentMB22.00064
European Molecular Biology Organization (EMBO)4918European Union
Other governmentETH-31 18-1
Other governmentKevin Sabath
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Assembly mechanism of Integrator's RNA cleavage module.
著者: Kevin Sabath / Chunhong Qiu / Stefanie Jonas /
要旨: The modular Integrator complex is a transcription regulator that is essential for embryonic development. It attenuates coding gene expression via premature transcription termination and performs 3'- ...The modular Integrator complex is a transcription regulator that is essential for embryonic development. It attenuates coding gene expression via premature transcription termination and performs 3'-processing of non-coding RNAs. For both activities, Integrator requires endonuclease activity that is harbored by an RNA cleavage module consisting of INTS4-9-11. How correct assembly of Integrator modules is achieved remains unknown. Here, we show that BRAT1 and WDR73 are critical biogenesis factors for the human cleavage module. They maintain INTS9-11 inactive during maturation by physically blocking the endonuclease active site and prevent premature INTS4 association. Furthermore, BRAT1 facilitates import of INTS9-11 into the nucleus, where it is joined by INTS4. Final BRAT1 release requires locking of the mature cleavage module conformation by inositol hexaphosphate (IP). Our data explain several neurodevelopmental disorders caused by BRAT1, WDR73, and INTS11 mutations as Integrator assembly defects and reveal that IP is an essential co-factor for cleavage module maturation.
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18833.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18833.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Overall map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 220 pix.
= 290.4 Å		1.32 Å/pix.
x 220 pix.
= 290.4 Å		1.32 Å/pix.
x 220 pix.
= 290.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0192
最小 - 最大-0.06478513 - 0.1234442
平均 (標準偏差)0.00017443237 (±0.002373235)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 290.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Locally refined cryo-EM map around INTS11-WDR73

ファイルemd_18833_additional_1.map
注釈Locally refined cryo-EM map around INTS11-WDR73
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally refined cryo-EM map around INTS9-BRAT1

ファイルemd_18833_additional_2.map
注釈Locally refined cryo-EM map around INTS9-BRAT1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_18833_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_18833_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Protein Complex

全体名称: Protein Complex
要素
  • 複合体: Protein Complex
    • タンパク質・ペプチド: BRCA1-associated ATM activator 1
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 73
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Protein Complex

超分子名称: Protein Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: BRCA1-associated ATM activator 1

分子名称: BRCA1-associated ATM activator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.766328 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPSQSNMDPE CAQLLPALCA VLVDPRQPVA DDTCLEKLLD WFKTVTEGES SVVLLQEHPC LVELLSHVLK VQDLSSGVLS FSLRLAGTF AAQENCFQYL QQGELLPGLF GEPGPLGRAT WAVPTVRSGW IQGLRSLAQH PSALRFLADH GAVDTIFSLQ G DSSLFVAS ...文字列:
GPSQSNMDPE CAQLLPALCA VLVDPRQPVA DDTCLEKLLD WFKTVTEGES SVVLLQEHPC LVELLSHVLK VQDLSSGVLS FSLRLAGTF AAQENCFQYL QQGELLPGLF GEPGPLGRAT WAVPTVRSGW IQGLRSLAQH PSALRFLADH GAVDTIFSLQ G DSSLFVAS AASQLLVHVL ALSMRGGAEG QPCLPGGDWP ACAQKIMDHV EESLCSAATP KVTQALNVLT TTFGRCQSPW TE ALWVRLS PRVACLLERD PIPAAHSFVD LLLCVARSPV FSSSDGSLWE TVARALSCLG PTHMGPLALG ILKLEHCPQA LRT QAFQVL LQPLACVLKA TVQAPGPPGL LDGTADDATT VDTLLASKSS CAGLLCRTLA HLEELQPLPQ RPSPWPQASL LGAT VTVLR LCDGSAAPAS SVGGHLCGTL AGCVRVQRAA LDFLGTLSQG TGPQELVTQA LAVLLECLES PGSSPTVLKK AFQAT LRWL LSSPKTPGCS DLGPLIPQFL RELFPVLQKR LCHPCWEVRD SALEFLTQLS RHWGGQADFR CALLASEVPQ LALQLL QDP ESYVRASAVT AMGQLSSQGL HAPTSPEHAE ARQSLFLELL HILSVDSEGF PRRAVMQVFT EWLRDGHADA AQDTEQF VA TVLQAASRDL DWEVRAQGLE LALVFLGQTL GPPRTHCPYA VALPEVAPAQ PLTEALRALC HVGLFDFAFC ALFDCDRP V AQKSCDLLLF LRDKIASYSS LREARGSPNT ASAEATLPRW RAGEQAQPPG DQEPEAVLAM LRSLDLEGLR STLAESSDH VEKSPQSLLQ DMLATGGFLQ GDEADCY

UniProtKB: BRCA1-associated ATM activator 1

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分子 #2: Integrator complex subunit 9

分子名称: Integrator complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.891219 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP ...文字列:
MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP LKDAVEVSTW RRCYTMQEVN SALSKIQLVG YSQKIELFGA VQVTPLSSGY ALGSSNWIIQ SHYEKVSYVS GS SLLTTHP QPMDQASLKN SDVLVLTGLT QIPTANPDGM VGEFCSNLAL TVRNGGNVLV PCYPSGVIYD LLECLYQYID SAG LSSVPL YFISPVANSS LEFSQIFAEW LCHNKQSKVY LPEPPFPHAE LIQTNKLKHY PSIHGDFSND FRQPCVVFTG HPSL RFGDV VHFMELWGKS SLNTVIFTEP DFSYLEALAP YQPLAMKCIY CPIDTRLNFI QVSKLLKEVQ PLHVVCPEQY TQPPP AQSH RMDLMIDCQP PAMSYRRAEV LALPFKRRYE KIEIMPELAD SLVPMEIKPG ISLATVSAVL HTKDNKHLLQ PPPRPA QPT SGKKRKRVSD DVPDCKVLKP LLSGSIPVEQ FVQTLEKHGF SDIKVEDTAK GHIVLLQEAE TLIQIEEDST HIICDND EM LRVRLRDLVL KFLQKF

UniProtKB: Integrator complex subunit 9

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分子 #3: Integrator complex subunit 11

分子名称: Integrator complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.997906 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPSDPGPKRA EFMPEIRVTP LGAGQDVGRS CILVSIAGKN VMLDCGMHMG FNDDRRFPDF SYITQNGRLT DFLDCVIISH FHLDHCGAL PYFSEMVGYD GPIYMTHPTQ AICPILLEDY RKIAVDKKGE ANFFTSQMIK DCMKKVVAVH LHQTVQVDDE L EIKAYYAG ...文字列:
GPSDPGPKRA EFMPEIRVTP LGAGQDVGRS CILVSIAGKN VMLDCGMHMG FNDDRRFPDF SYITQNGRLT DFLDCVIISH FHLDHCGAL PYFSEMVGYD GPIYMTHPTQ AICPILLEDY RKIAVDKKGE ANFFTSQMIK DCMKKVVAVH LHQTVQVDDE L EIKAYYAG HVLGAAMFQI KVGSESVVYT GDYNMTPDRH LGAAWIDKCR PNLLITESTY ATTIRDSKRC RERDFLKKVH ET VERGGKV LIPVFALGRA QELCILLETF WERMNLKVPI YFSTGLTEKA NHYYKLFIPW TNQKIRKTFV QRNMFEFKHI KAF DRAFAD NPGPMVVFAT PGMLHAGQSL QIFRKWAGNE KNMVIMPGYC VQGTVGHKIL SGQRKLEMEG RQVLEVKMQV EYMS FSAHA DAKGIMQLVG QAEPESVLLV HGEAKKMEFL KQKIEQELRV NCYMPANGET VTLPTSPSIP VGISLGLLKR EMAQG LLPE AKKPRLLHGT LIMKDSNFRL VSSEQALKEL GLAEHQLRFT CRVHLHDTRK EQETALRVYS HLKSVLKDHC VQHLPD GSV TVESVLLQAA APSEDPGTKV LLVSWTYQDE ELGSFLTSLL KKGLPQAPS

UniProtKB: Integrator complex subunit 11

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分子 #4: WD repeat-containing protein 73

分子名称: WD repeat-containing protein 73 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.391574 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPSQSNSMDP GDDWLVESLR LYQDFYAFDL SGATRVLEWI DDKGVFVAGY ESLKKNEILH LKLPLRLSVK ENKGLFPERD FKVRHGGFS DRSIFDLKHV PHTRLLVTSG LPGCYLQVWQ VAEDSDVIKA VSTIAVHEKE ESLWPRVAVF STLAPGVLHG A RLRSLQVV ...文字列:
GPSQSNSMDP GDDWLVESLR LYQDFYAFDL SGATRVLEWI DDKGVFVAGY ESLKKNEILH LKLPLRLSVK ENKGLFPERD FKVRHGGFS DRSIFDLKHV PHTRLLVTSG LPGCYLQVWQ VAEDSDVIKA VSTIAVHEKE ESLWPRVAVF STLAPGVLHG A RLRSLQVV DLESRKTTYT SDVSDSEELS SLQVLDADTF AFCCASGRLG LVDTRQKWAP LENRSPGPGS GGERWCAEVG SW GQGPGPS IASLGSDGRL CLLDPRDLCH PVSSVQCPVS VPSPDPELLR VTWAPGLKNC LAISGFDGTV QVYDATSWDG TRS QDGTRS QVEPLFTHRG HIFLDGNGMD PAPLVTTHTW HPCRPRTLLS ATNDASLHVW DWVDLCAPR

UniProtKB: WD repeat-containing protein 73

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 63.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178895
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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