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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of calcium-bound mTMEM16A(ac)-L647V/I733V chloride channel at 3.29 A resolution | |||||||||
![]() | Cryo-EM map of calcium-bound mTMEM16A(ac)-L647V/I733V chloride channel at 3.29 A resolution | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() glial cell projection elongation / trachea development / iodide transmembrane transporter activity / iodide transport / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / mucus secretion / cellular response to peptide / Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity ...glial cell projection elongation / trachea development / iodide transmembrane transporter activity / iodide transport / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / mucus secretion / cellular response to peptide / Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity / protein localization to membrane / chloride transport / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lam AKM / Dutzler R | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic basis of ligand efficacy in the calcium-activated chloride channel TMEM16A. 著者: Andy Km Lam / Raimund Dutzler / ![]() 要旨: Agonist binding in ligand-gated ion channels is coupled to structural rearrangements around the binding site, followed by the opening of the channel pore. In this process, agonist efficacy describes ...Agonist binding in ligand-gated ion channels is coupled to structural rearrangements around the binding site, followed by the opening of the channel pore. In this process, agonist efficacy describes the equilibrium between open and closed conformations in a fully ligand-bound state. Calcium-activated chloride channels in the TMEM16 family are important sensors of intracellular calcium signals and are targets for pharmacological modulators, yet a mechanistic understanding of agonist efficacy has remained elusive. Using a combination of cryo-electron microscopy, electrophysiology, and autocorrelation analysis, we now show that agonist efficacy in the ligand-gated channel TMEM16A is dictated by the conformation of the pore-lining helix α6 around the Ca -binding site. The closure of the binding site, which involves the formation of a π-helix below a hinge region in α6, appears to be coupled to the opening of the inner pore gate, thereby governing the channel's open probability and conductance. Our results provide a mechanism for agonist binding and efficacy and a structural basis for the design of potentiators and partial agonists in the TMEM16 family. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 12.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 81.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 159.9 MB 159.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qzcMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of calcium-bound mTMEM16A(ac)-L647V/I733V chloride channel at 3.29 A resolution | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.659 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2 of calcium-bound mTMEM16A(ac)-L647V/I733V chloride channel
ファイル | emd_18774_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 of calcium-bound mTMEM16A(ac)-L647V/I733V chloride channel | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1 of calcium-bound mTMEM16A(ac)-L647V/I733V chloride channel
ファイル | emd_18774_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 of calcium-bound mTMEM16A(ac)-L647V/I733V chloride channel | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : mouse TMEM16A ac splice variant with introduced mutations L647V a...
全体 | 名称: mouse TMEM16A ac splice variant with introduced mutations L647V and I733V in complex with calcium |
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要素 |
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-超分子 #1: mouse TMEM16A ac splice variant with introduced mutations L647V a...
超分子 | 名称: mouse TMEM16A ac splice variant with introduced mutations L647V and I733V in complex with calcium タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Anoctamin-1
分子 | 名称: Anoctamin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 111.030945 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRVPEKYSTL PAEDRSVHIV NICAIEDLGY LPSEGTLLNS LSVDPDAECK YGLYFRDGKR KVDYILVYHH KRASGSRTLA RRGLQNDMV LGTRSVRQDQ PLPGKGSPVD AGSPEVPMDY HEDDKRFRRE EYEGNLLEAG LELENDEDTK IHGVGFVKIH A PWHVLCRE ...文字列: MRVPEKYSTL PAEDRSVHIV NICAIEDLGY LPSEGTLLNS LSVDPDAECK YGLYFRDGKR KVDYILVYHH KRASGSRTLA RRGLQNDMV LGTRSVRQDQ PLPGKGSPVD AGSPEVPMDY HEDDKRFRRE EYEGNLLEAG LELENDEDTK IHGVGFVKIH A PWHVLCRE AEFLKLKMPT KKVYHISETR GLLKTINSVL QKITDPIQPK VAEHRPQTTK RLSYPFSREK QHLFDLTDRD SF FDSKTRS TIVYEILKRT TCTKAKYSMG ITSLLANGVY SAAYPLHDGD YEGDNVEFND RKLLYEEWAS YGVFYKYQPI DLV RKYFGE KVGLYFAWLG AYTQMLIPAS IVGVIVFLYG CATVDENIPS MEMCDQRYNI TMCPLCDKTC SYWKMSSACA TARA SHLFD NPATVFFSVF MALWAATFME HWKRKQMRLN YRWDLTGFEE EEEAVKDHPR AEYEARVLEK SLRKESRNKE TDKVK LTWR DRFPAYFTNL VSIIFMIAVT FAIVLGVIIY RISTAAALAM NSSPSVRSNI RVTVTATAVI INLVVIILLD EVYGCI ARW LTKIEVPKTE KSFEERLTFK AFLLKFVNSY TPIFYVAFFK GRFVGRPGDY VYIFRSFRME ECAPGGCLME LCIQLSI IM LGKQVIQNNL FEIGIPKMKK FIRYLKLRRQ SPSDREEYVK RKQRYEVDFN LEPFAGLTPE YMEMIIQFGF VTLFVASF P LAPLFALLNN IVEIRLDAKK FVTELRRPVA IRAKDIGIWY NILRGVGKLA VIINAFVISF TSDFIPRLVY LYMYSQNGT MHGFVNHTLS SFNVSDFQNG TAPNDPLDLG YEVQICRYKD YREPPWSEHK YDISKDFWAV LAARLAFVIV FQNLVMFMSD FVDWVIPDI PKDISQQIHK EKVLMVELFM REEQGKQQLL DTWMEKEKPR DVPCNNHSPT THPEAGDGSP VPSYEYHGDA L UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 62.5 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 144934 |