EMDB-18700: Sulfolobus acidocaldarius Archaellum filament.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-18700

タイトル

Sulfolobus acidocaldarius Archaellum filament.

マップデータ

試料

細胞器官・細胞要素: Filament
- タンパク質・ペプチド: Flagellin

キーワード

cell surface appendage / N-glycosylation / PROTEIN FIBRIL

機能・相同性

archaeal-type flagellum / Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / Flagellin/pilin, N-terminal / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / membrane / Flagellin

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Isupov MN / Gaines M / McLaren M / Daum B

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sulfolobus acidocaldarius Archaellum filament.
著者: Isupov MN / Gaines M / McLaren M / Daum B

履歴

登録	2023年10月22日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年10月30日	-
マップ公開	2024年10月30日	-
更新	2024年11月13日	-
現状	2024年11月13日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_18700.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_18700.map.gz	44.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-18700-v30.xml emd-18700.xml	13.6 KB 13.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_18700_fsc.xml	9.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_18700.png	141.5 KB
Filedesc metadata	emd-18700.cif.gz	5.3 KB
その他	emd_18700_half_map_1.map.gz emd_18700_half_map_2.map.gz	83.6 MB 83.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18700 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18700	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_18700_validation.pdf.gz	960.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_18700_full_validation.pdf.gz	960.4 KB	表示
XML形式データ	emd_18700_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_18700_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18700 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18700	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qx4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_18700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 288 pix. = 238.752 Å	0.83 Å/pix. x 288 pix. = 238.752 Å	0.83 Å/pix. x 288 pix. = 238.752 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.829 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.03
最小 - 最大	-0.043653537 - 0.16486481
平均 (標準偏差)	0.003694864 (±0.0126816705)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_18700_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_18700_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Filament

全体	名称: Filament
要素	細胞器官・細胞要素: Filament タンパク質・ペプチド: Flagellin

-
超分子 #1: Filament

超分子	名称: Filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

-
分子 #1: Flagellin

分子	名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
分子量	理論値: 31.209258 KDa
配列	文字列: LAGLDTAIIL IAFIITAAVL AYVAVNMGLF VTQKAKTTIN KGEETASTAL SLSGNVLYAV NYPTNTKSYW MYFTVSPSSG VSSVDLSPS TTAISFTAAS RGVSLSNIYQ FSLLSVLPSQ VNNKVQVKLG TSIINLTLAF SSNSAGQTYV YYSDPNYALL A LNYTLGQE ...文字列: LAGLDTAIIL IAFIITAAVL AYVAVNMGLF VTQKAKTTIN KGEETASTAL SLSGNVLYAV NYPTNTKSYW MYFTVSPSSG VSSVDLSPS TTAISFTAAS RGVSLSNIYQ FSLLSVLPSQ VNNKVQVKLG TSIINLTLAF SSNSAGQTYV YYSDPNYALL A LNYTLGQE VKGGQLTSSP LYIISNTSIV ASKPWLKNDN VFTFNISVNG TEVEYYAYVN KTFAFTYPVS GFPLAGSDIA PA GSVIGVM ILFGPGEATN VFQYETVTIQ ITPNIGSPLT ISQYIYQPDG KVTVIG UniProtKB: Flagellin

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

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試料調製

緩衝液	pH: 3
凍結	凍結剤: ETHANE
詳細	Mixed population of filaments isolated from Sulfolobus acidocaldarius

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電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 20579 / 平均露光時間: 2.57 sec. / 平均電子線量: 43.3 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.433 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 107.947 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 1059736
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細	Jligand was used for preparing dictionaries for an unusual sugars
精密化	空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル	PDB-8qx4: Sulfolobus acidocaldarius Archaellum filament.

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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