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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18661
タイトルStructure of the Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA Polymerase bound to DNA and RNA
マップデータPhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Postprocessed Map
試料
  • 複合体: PhiKZ non-virion RNA polymerase transcribing promoter P119L
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ055
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ074
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ123
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA
    • RNA: RNA
    • DNA: DNA
  • タンパク質・ペプチド: PHIKZ068
  • リガンド: ZINC ION
キーワードPhiKZ / nvRNAP / RNA / DNA / transcription / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性PHIKZ123 / PHIKZ074 / PHIKZ068 / PHIKZ055
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者de Martin Garrido N / Yakunina M / Aylett CHS
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206212/Z/17/A 英国
Royal Society206212/Z/17/A 英国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of the Bacteriophage PhiKZ Non-virion RNA Polymerase Transcribing from its Promoter p119L.
著者: Natàlia de Martín Garrido / Chao-Sheng Chen / Kailash Ramlaul / Christopher H S Aylett / Maria Yakunina /
要旨: Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the founding member of a family of giant bacterial viruses. It has potential as a therapeutic as its host, Pseudomonas aeruginosa, kills tens of thousands of people ...Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the founding member of a family of giant bacterial viruses. It has potential as a therapeutic as its host, Pseudomonas aeruginosa, kills tens of thousands of people worldwide each year. ΦKZ infection is independent of the host transcriptional apparatus; the virus forms a "nucleus", producing a proteinaceous barrier around the ΦKZ genome that excludes the host immune systems. It expresses its own non-canonical multi-subunit non-virion RNA polymerase (nvRNAP), which is imported into its "nucleus" to transcribe viral genes. The ΦKZ nvRNAP is formed by four polypeptides representing homologues of the eubacterial β/β' subunits, and a fifth that is likely to have evolved from an ancestral homologue to σ-factor. We have resolved the structure of the ΦKZ nvRNAP initiating transcription from its cognate promoter, p119L, including previously disordered regions. Our results shed light on the similarities and differences between ΦKZ nvRNAP mechanisms of transcription and those of canonical eubacterial RNAPs and the related non-canonical nvRNAP of bacteriophage AR9.
履歴
登録2023年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18661.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18661.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Postprocessed Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 256 pix.
= 235.52 Å		0.92 Å/pix.
x 256 pix.
= 235.52 Å		0.92 Å/pix.
x 256 pix.
= 235.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.06978645 - 0.13126831
平均 (標準偏差)-0.00008823169 (±0.0066067716)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 235.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Locally Filtered Map

ファイルemd_18661_additional_1.map
注釈PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Locally Filtered Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Half Map 1

ファイルemd_18661_half_map_1.map
注釈PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Half Map 2

ファイルemd_18661_half_map_2.map
注釈PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PhiKZ non-virion RNA polymerase transcribing promoter P119L

全体名称: PhiKZ non-virion RNA polymerase transcribing promoter P119L
要素
  • 複合体: PhiKZ non-virion RNA polymerase transcribing promoter P119L
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ055
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ074
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ123
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA
    • RNA: RNA
    • DNA: DNA
  • タンパク質・ペプチド: PHIKZ068
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: PhiKZ non-virion RNA polymerase transcribing promoter P119L

超分子名称: PhiKZ non-virion RNA polymerase transcribing promoter P119L
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7, #9
詳細: Transcription from 5 bp RNA primer halted by withholding UTP
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 400 KDa

+
分子 #1: PHIKZ055

分子名称: PHIKZ055 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Tetrahedral Zn-CYS binding,Tetrahedral Zn-CYS binding
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 57.976605 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MGLYAKVVDH NEVHDQFTGK RIYANDYNTS NSDEKEEFDR HFYSHFQDSE AIESSVSCDC RAIEDAHKL GVICDICNTP VVNTSSRPIE PSMWVRTPKH VRSLINPRLI IMLTGYLVTK EFDFLAYLTD TSYRYDVESI G SKETRRKV ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MGLYAKVVDH NEVHDQFTGK RIYANDYNTS NSDEKEEFDR HFYSHFQDSE AIESSVSCDC RAIEDAHKL GVICDICNTP VVNTSSRPIE PSMWVRTPKH VRSLINPRLI IMLTGYLVTK EFDFLAYLTD TSYRYDVESI G SKETRRKV DRLLHRGFER GLNHFIDNFN EIFQFLLDAN IISNNKSEFA QFVAQNKDKL FPKYLPVPSK LCFVAESTTS GT YLDKPIE AAIDATLTFA SIDASSVPLS PIKAQNRTMR GLRLYGQFYE IYAKSRIAQK PGLARRHMFG ARLNATARAV ITS ISDPHD YDELHIPWGV GCQLLKYHLT NKLKAKFNMT TREAFSFVYE NVLQYNQIIA DLFKELIAEA APYKGMGCTF HRNP TLQRG STQQFFITKV KDDINDNSIS MSVLCLKAPN ADFDGDQLNL TLMPDVYLTK ATERIAPHTW VLSIDEPHEI SGNLE LQGP VVETIINWAH EKYLPPLEEW LKAK

UniProtKB: PHIKZ055

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase

分子名称: DNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 78.780453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSQLGRREID LTLLGHTGLD PWYGTTSSAR GAMFVTHIGQ APEVNGNESR YFLTGAELEY AKYTHDVRFP EDCRVLHVLR KYPTGIGKD SIRSNPVTTI IYENYFDKYK TIGVLHVPEY MSHHQDFGYE LVKNREVWET IAPNEMFSKD TVIAQSGAVK K DGTLGMGV ...文字列:
MSQLGRREID LTLLGHTGLD PWYGTTSSAR GAMFVTHIGQ APEVNGNESR YFLTGAELEY AKYTHDVRFP EDCRVLHVLR KYPTGIGKD SIRSNPVTTI IYENYFDKYK TIGVLHVPEY MSHHQDFGYE LVKNREVWET IAPNEMFSKD TVIAQSGAVK K DGTLGMGV NANVVFLSAA GTIEDGFVAN KNFLKRMMPT SYSTAVANAG RKAFFLNMYG DDKIYKPFPD IGDVIRPDGV IF AIRDHDD DLAPAEMTPR ALRTLDRTFD RAVIGTPGAK VIDIDIWRDE RVNPSPTPTG MDAQLVKYHT HLSSYYRELL KIY RGLLAR RKDDLHITEE FERLIVTAQM FLPQPDNVRK LSRFYRLDPL DEWRVEVTYK AQKMPAGAFK MTDFHGGKGV ICKV MEDED MPIDENGNRA DLIIFGGSTM RRSNYGRIYE HGFGAAARDL AQRLRVEAGL DRHAKPTQQQ LNSVMGNTQW VDYAF KELL GFYEIIAPTM HSKMMEHPNP AEHVKTVLMD GFPYIYAPVD DPVDLMAAVN KLINSDKYRP HYGKVSYRDQ AGKWVT TKD NVLMGPLYMM LLEKIGEDWS AAASVKTQPF GLPSKLNNAD RASTPGRETA IRSFGESETR SYNCTVGPGP TAEILDQ TN NPLAHAAVIE SWLTAEKPSS VPVAVDREKI PFGGSRPVAM FDHLLECSGI ALEYAPDH

+
分子 #3: PHIKZ074

分子名称: PHIKZ074 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Tetrahedral Zn-CYS coordination / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 77.513461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNLNRYKARD LLNLSYDDLW SLPSEWHLIE FDDGKTVVSV DRITKLSVLC WYPLKHYKDC PIPSDHHIDF NRILTDNPKD YLNVEGGRV TSKAMVKHLN KAIWNIYDWS GETVDPEVLS KLAIEGKNWL YNQTTVKLSE YLATLSMFDI AEVYNHPKVR E ANHNIEPT ...文字列:
MNLNRYKARD LLNLSYDDLW SLPSEWHLIE FDDGKTVVSV DRITKLSVLC WYPLKHYKDC PIPSDHHIDF NRILTDNPKD YLNVEGGRV TSKAMVKHLN KAIWNIYDWS GETVDPEVLS KLAIEGKNWL YNQTTVKLSE YLATLSMFDI AEVYNHPKVR E ANHNIEPT TYGIEKISYG KVKEVFNDPT QFIGNSIIEG LRSGTQKTEQ LLQAFAWRGF PTDINSDIFK YPVTTGYIDG IW NLYENMI ESRSGTKALL YNKELLRVTE YFNRKSQLIA QYVQRLHPGD CKTTILAEYP VTKLTLKAFK GKYYQKEDGK LDW IRGNET HLIGTKQKFR SVFGCNHPDS QGICMTCYGR LGINIPKGTN IGQVAAVSMG DKITSAVLST KHTDASSAVE QYKL GKIES NYLRTGEIPE TLYLKKELTQ KDYRLVIARS EAENLADILM IDDLTAYPAT SATELTSLAL VYDDEVNGEC GDVLT VSLY NRRASLSIEM LKHIKMVRWE LDQRDNIVIS LRGFDFNLPF LTLPNKHVNM YEVMKRFQSF LHSGSDSAEA GKLSTE KVG YTSKTYLKNY KSPIEALPVF ATMANEKISL NISHCEILIY AMMIRSAQYR DYRLPKPGIN GQFEKYNRLM QCRSLGG AM AFEKQHEPLN NPGSFLNKMR NDHPYDLLVK GGKLR

UniProtKB: PHIKZ074

+
分子 #4: PHIKZ123

分子名称: PHIKZ123 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 62.95909 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPDPFLIEKI RENTPCMNPT LANGITVEHT MTRDPNTGVN MTRRYIDSLF DISSVLFPDG FKYEGNRACT PLKHFEEITR EYNAKRIAN IAPTDMYMID LMFSYKGEML YPRPMLLPAF KRGNMVTING AKYIGSPVLT DVGFSVLNDS IFIPFRRTKL T FKQTDHHY ...文字列:
MPDPFLIEKI RENTPCMNPT LANGITVEHT MTRDPNTGVN MTRRYIDSLF DISSVLFPDG FKYEGNRACT PLKHFEEITR EYNAKRIAN IAPTDMYMID LMFSYKGEML YPRPMLLPAF KRGNMVTING AKYIGSPVLT DVGFSVLNDS IFIPFRRTKL T FKQTDHHY MCNGQRKIMY VIWSQIHNEM AKRTKRDLGN RPHIESCLAH YFFCQFGVTQ TFKQWANVDV KCGLLSDFPE EE YPREKWN IYSSATLKGK HPTGEMVLVI PRHQESIFAT RLIAGFWYVV DAFPMRFTRP EYVDSTNLWR VILGHMVFGD FEH QGKVEE NIDSHLHSFC NSLDEMTIEE LKTVGVNVST IWELLYEIMT SLAHHLYATD IDETSMYGKR LTVLHYLMSE FNYA VSMFG YMFQSRRDRE WTVQELNEGL KRSFKLQTAI KRLTVDHGEL DTMSNPNSSM LIKGTSILVT QDRAKTAKAH NKSLI NDSS RIIHASIAEV GQYKNQPKNN PDGRGRLNMY TKVGPTGLVE RREEVREIID NAQLMFRAK

UniProtKB: PHIKZ123

+
分子 #8: PHIKZ068

分子名称: PHIKZ068 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: N-terminus represents docked AlphaFold2 model (CA only); C-terminus built de novo
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 59.41977 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEIIVTGVQG TGFTEVATEH NGKRLTWTTT AYSKIRVQDQ QRVFQEINDY WSGLSAEAQQ HIWNCYVEIR KIMDMAMDPM RIAMSLSYY IKEMYKAMPM NSFRRWLLTI GKLYIPVDIE EVITDDSRYN RPDQTYLKHD YINLASVSLA LRPLVPIWGE F IDQGTSQE ...文字列:
MEIIVTGVQG TGFTEVATEH NGKRLTWTTT AYSKIRVQDQ QRVFQEINDY WSGLSAEAQQ HIWNCYVEIR KIMDMAMDPM RIAMSLSYY IKEMYKAMPM NSFRRWLLTI GKLYIPVDIE EVITDDSRYN RPDQTYLKHD YINLASVSLA LRPLVPIWGE F IDQGTSQE MHKECEVISL ISDCEVNHWP VDEISIDGTP VETAYDKLSA YVKFCVEDEA PTLANLYRGM SSAEVPDILQ AK VMVRRLT ILPLNDATSH SIVSNMFRYV KSNLNPAERS TADRVNDKRP DKGGIDDDDK TSFIESHKTK QRVTPGDIVA YNL DALDVV KLVHKIDDTV PVELIQECLD CVAVTATKDI YPHQILLAQW VMHKAFPARA FSHINKNAVN HLLAAAQSLM WHWG FQQVA VFMQVELYYS GEHAMSIQPR NSTRIQIKYK DVMDELYPHQ RQQRAINGVP VAPVNIAGIA VQSAHASIRS SNWIY HGPD RLFKEAEQVT QNKVLVVPAT IKSVITELVI HLGKLNQ

UniProtKB: PHIKZ068

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分子 #5: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 23.098877 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA) (DA) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT) ...文字列:
(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA) (DA) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA) (DA)(DG) (DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)

+
分子 #6: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 23.058852 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA) (DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC) (DA)(DT)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA) (DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC) (DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)

GENBANK: GENBANK: NC_004629.1

+
分子 #9: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 9 / 詳細: DNA - unregistered sequence / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 3.016672 KDa
配列文字列:
(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN) (DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)(DN)

+
分子 #7: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 2.589625 KDa
配列文字列:
GUAGACAG

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分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度式
40.0 mMTris-Cl
10.0 mMMgCl2
5.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Settings: -6 blot force, 4 s waiting time and 0.5-1 s blotting time..
詳細PhiKZ nvRNAP complexes were mixed at 0.1 mg/mL final concentration with the P119L DNA/RNA template at a 1:1 ratio in the presence of 1 mM ATP, CTP and GTP. Reactions were incubated for 30 min at 37 C before use.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3092 / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 15000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1198587
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Prior map from GLACIOS
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 39919
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 27796 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
source_name: Other, initial_model_type: in silico modelidealised B-DNA
source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7ogp

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7ogr

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-8que:
Structure of the Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA Polymerase bound to DNA and RNA

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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