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- EMDB-18657: PROTAC-mediated complex of KRAS with VHL/Elongin-B/Elongin-C/Cull... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18657
タイトルPROTAC-mediated complex of KRAS with VHL/Elongin-B/Elongin-C/Cullin-2/Rbx1
マップデータsharpened by deepemhancer
試料
  • 複合体: KRAS/ACBI3/VHL/EloB/EloC/Cul2/Rbx1
    • タンパク質・ペプチド: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-2
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: GTPase KRas
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2,3-triazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[(1R)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]-2-oxidanyl-ethyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide
キーワードTARGETED PROTEIN DEGRADATION / PROTAC / GTPASE / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / negative regulation of beige fat cell differentiation / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / RHOBTB3 ATPase cycle / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling ...regulation of cellular response to hypoxia / negative regulation of beige fat cell differentiation / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / RHOBTB3 ATPase cycle / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / target-directed miRNA degradation / elongin complex / positive regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / Replication of the SARS-CoV-1 genome / transcription elongation factor activity / NEDD8 ligase activity / protein K27-linked ubiquitination / negative regulation of response to oxidative stress / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / response to mineralocorticoid / GMP binding / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / forebrain astrocyte development / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / SCF ubiquitin ligase complex / LRR domain binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Prolactin receptor signaling / negative regulation of mitophagy / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / type I pneumocyte differentiation / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Rac protein signal transduction / myoblast proliferation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / skeletal muscle cell differentiation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / cullin family protein binding / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / negative regulation of signal transduction / protein monoubiquitination / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / positive regulation of Rac protein signal transduction / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / glial cell proliferation / MET activates RAS signaling / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / site of DNA damage / Signaling by FGFR4 in disease / Signaling by CSF3 (G-CSF) / RNA Polymerase II Transcription Elongation / FRS-mediated FGFR3 signaling / Formation of RNA Pol II elongation complex / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / signal transduction in response to DNA damage / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin, N-terminal / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Elongin-C / Elongin B / Cullin / : / Cullin alpha+beta domain / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase KRas / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Fischer G / Peter D / Arce-Solano S
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateBoehringer Ingelheim オーストリア
引用
ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Targeting cancer with small-molecule pan-KRAS degraders.
著者: Johannes Popow / William Farnaby / Andreas Gollner / Christiane Kofink / Gerhard Fischer / Melanie Wurm / David Zollman / Andre Wijaya / Nikolai Mischerikow / Carina Hasenoehrl / Polina ...著者: Johannes Popow / William Farnaby / Andreas Gollner / Christiane Kofink / Gerhard Fischer / Melanie Wurm / David Zollman / Andre Wijaya / Nikolai Mischerikow / Carina Hasenoehrl / Polina Prokofeva / Heribert Arnhof / Silvia Arce-Solano / Sammy Bell / Georg Boeck / Emelyne Diers / Aileen B Frost / Jake Goodwin-Tindall / Jale Karolyi-Oezguer / Shakil Khan / Theresa Klawatsch / Manfred Koegl / Roland Kousek / Barbara Kratochvil / Katrin Kropatsch / Arnel A Lauber / Ross McLennan / Sabine Olt / Daniel Peter / Oliver Petermann / Vanessa Roessler / Peggy Stolt-Bergner / Patrick Strack / Eva Strauss / Nicole Trainor / Vesna Vetma / Claire Whitworth / Siying Zhong / Jens Quant / Harald Weinstabl / Bernhard Kuster / Peter Ettmayer / Alessio Ciulli /
要旨: Mutations in the Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog (KRAS) protein are highly prevalent in cancer. However, small-molecule concepts that address oncogenic KRAS alleles remain elusive beyond ...Mutations in the Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog (KRAS) protein are highly prevalent in cancer. However, small-molecule concepts that address oncogenic KRAS alleles remain elusive beyond replacing glycine at position 12 with cysteine (G12C), which is clinically drugged through covalent inhibitors. Guided by biophysical and structural studies of ternary complexes, we designed a heterobifunctional small molecule that potently degrades 13 out of 17 of the most prevalent oncogenic KRAS alleles. Compared with inhibition, KRAS degradation results in more profound and sustained pathway modulation across a broad range of KRAS mutant cell lines, killing cancer cells while sparing models without genetic KRAS aberrations. Pharmacological degradation of oncogenic KRAS was tolerated and led to tumor regression in vivo. Together, these findings unveil a new path toward addressing KRAS-driven cancers with small-molecule degraders.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Targeting cancer with small molecule pan-KRAS degraders
著者: Popow J / Farnaby W / Gollner A / Kofink C / Fischer G / Wurm M / Zollman D / Wijaya A / Mischerikow N / Hasenoehrl C / Prokofeva P / Arnhof H / Arce-Solano S / Bell S / Boeck G / Diers E / ...著者: Popow J / Farnaby W / Gollner A / Kofink C / Fischer G / Wurm M / Zollman D / Wijaya A / Mischerikow N / Hasenoehrl C / Prokofeva P / Arnhof H / Arce-Solano S / Bell S / Boeck G / Diers E / Frost A / Goodwin-Tindall J / Karolyi-Oezguer J / Khan S / Klawatsch T / Koegl M / Kousek R / Kratochvil B / Kropatsch K / Lauber A / McLennan R / Olt S / Peter D / Petermann O / Roessler V / Stolt-Bergner P / Strack P / Strauss E / Trainor N / Vetma V / Whitworth C / Zhong S / Quant J / Weinstabl H / Kuster B / Ettmayer P / Ciulli A
履歴
登録2023年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18657.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened by deepemhancer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.99 Å/pix.
x 384 pix.
= 381.44 Å		0.99 Å/pix.
x 384 pix.
= 381.44 Å		0.99 Å/pix.
x 384 pix.
= 381.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.99333 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.000902001 - 2.3546982
平均 (標準偏差)0.0013088719 (±0.0283065)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 381.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
追加マップ: unsharpened map from 3D flex

ファイルemd_18657_additional_1.map
注釈unsharpened map from 3D flex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_18657_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_18657_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KRAS/ACBI3/VHL/EloB/EloC/Cul2/Rbx1

全体名称: KRAS/ACBI3/VHL/EloB/EloC/Cul2/Rbx1
要素
  • 複合体: KRAS/ACBI3/VHL/EloB/EloC/Cul2/Rbx1
    • タンパク質・ペプチド: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-2
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: GTPase KRas
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2,3-triazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[(1R)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]-2-oxidanyl-ethyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide

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超分子 #1: KRAS/ACBI3/VHL/EloB/EloC/Cul2/Rbx1

超分子名称: KRAS/ACBI3/VHL/EloB/EloC/Cul2/Rbx1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: PROTAC-mediated complex of KRAS with VHL/Elongin-B/Elongin-C/Cullin-2/Rbx1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 168 KDa

+
分子 #1: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

分子名称: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.049545 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PRRAENWDEA EVGAEEAGVE EYGPEEDGGE ESGAEESGPE ESGPEELGAE EEMEAGRPRP VLRSVNSREP SQVIFCNRSP RVVLPVWLN FDGEPQPYPT LPPGTGRRIH SYRGHLWLFR DAGTHDGLLV NQTELFVPSL NVDGQPIFAN ITLPVYTLKE R CLQVVRSL ...文字列:
PRRAENWDEA EVGAEEAGVE EYGPEEDGGE ESGAEESGPE ESGPEELGAE EEMEAGRPRP VLRSVNSREP SQVIFCNRSP RVVLPVWLN FDGEPQPYPT LPPGTGRRIH SYRGHLWLFR DAGTHDGLLV NQTELFVPSL NVDGQPIFAN ITLPVYTLKE R CLQVVRSL VKPENYRRLD IVRSLYEDLE DHPNVQKDLE RLTQERIAHQ RMGD

UniProtKB: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

+
分子 #2: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.016586 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DVFLMIRRHK TTIFTDAKES STVFELKRIV EGILKRPPDE QRLYKDDQLL DDGKTLGECG FTSQTARPQA PATVGLAFRA DDTFEALCI EPFSSPPELP DVMKPQDSGS SANEQAVQ

UniProtKB: Elongin-B

+
分子 #3: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.353939 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DGEEKTYGGC EGPDAMYVKL ISSDGHEFIV KREHALTSGT IKAMLSGPGQ FAENETNEVN FREIPSHVLS KVCMYFTYKV RYTNSSTEI PEFPIAPEIA LELLMAANFL DC

UniProtKB: Elongin-C

+
分子 #4: Cullin-2

分子名称: Cullin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.967734 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SLKPRVVDFD ETWNKLLTTI KAVVMLEYVE RATWNDRFSD IYALCVAYPE PLGERLYTET KIFLENHVRH LHKRVLESEE QVLVMYHRY WEEYSKGADY MDCLYRYLNT QFIKKNKLTE ADLQYGYGGV DMNEPLMEIG ELALDMWRKL MVEPLQAILI R MLLREIKN ...文字列:
SLKPRVVDFD ETWNKLLTTI KAVVMLEYVE RATWNDRFSD IYALCVAYPE PLGERLYTET KIFLENHVRH LHKRVLESEE QVLVMYHRY WEEYSKGADY MDCLYRYLNT QFIKKNKLTE ADLQYGYGGV DMNEPLMEIG ELALDMWRKL MVEPLQAILI R MLLREIKN DRGGEDPNQK VIHGVINSFV HVEQYKKKFP LKFYQEIFES PFLTETGEYY KQEASNLLQE SNCSQYMEKV LG RLKDEEI RCRKYLHPSS YTKVIHECQQ RMVADHLQFL HAECHNIIRQ EKKNDMANMY VLLRAVSTGL PHMIQELQNH IHD EGLRAT SNLTQENMPT LFVESVLEVH GKFVQLINTV LNGDQHFMSA LDKALTSVVN YREPKSVCKA PELLAKYCDN LLKK SAKGM TENEVEDRLT SFITVFKYID DKDVFQKFYA RMLAKRLIHG LSMSMDSEEA MINKLKQACG YEFTSKLHRM YTDMS VSAD LNNKFNNFIK NQDTVIDLGI SFQIYVLQAG AWPLTQAPSS TFAIPQELEK SVQMFELFYS QHFSGRKLTW LHYLCT GEV KMNYLGKPYV AMVTTYQMAV LLAFNNSETV SYKELQDSTQ MNEKELTKTI KSLLDVKMIN HDSEKEDIDA ESSFSLN MN FSSKRTKFKI TTSMQKDTPQ EMEQTRSAVD EDRKMYLQAA IVRIMKARKV LRHNALIQEV ISQSRARFNP SISMIKKC I EVLIDKQYIE RSQASADEYS YVA

UniProtKB: Cullin-2

+
分子 #5: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.15878 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AAAMDVDTPS GTNSGAGKKR FEVKKWNAVA LWAWDIVVDN CAICRNHIMD LCIECQANQA SATSEECTVA WGVCNHAFHF HCISRWLKT RQVCPLDNRE WEFQKYGH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

+
分子 #6: GTPase KRas

分子名称: GTPase KRas / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: small monomeric GTPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.354824 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GMTEYKLVVV GAVGVGKSAL TIQLIQNHFV DEYDPTIEDS YRKQVVIDGE TCLLDILDTA GQEEYSAMRD QYMRTGEGFL CVFAINNTK SFEDIHHYRE QIKRVKDSED VPMVLVGNKS DLPSRTVDTK QAQDLARSYG IPFIETSAKT RQGVDDAFYT L VREIRKHK EK

UniProtKB: GTPase KRas

+
分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #8: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #9: (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-me...

分子名称: (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2,3- ...名称: (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2,3-triazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[(1R)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]-2-oxidanyl-ethyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: WYL
分子量理論値: 1.019247 KDa
Chemical component information

ChemComp-WYL:
(2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2,3-triazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[(1R)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]-2-oxidanyl-ethyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.916 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
50.0 mMTRIS
100.0 mMNaCl
0.5 mMTCEP
2.0 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7634 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2414442 / 詳細: before 2D classification
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: cryoSPARC ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: 3Dflex reconstruction / 詳細: cryoSPARC 3Dflex reconstruction / 使用した粒子像数: 217000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 162900 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5n4w


Chain - Chain ID: F / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: KRAS-structure
得られたモデル

PDB-8qu8:
PROTAC-mediated complex of KRAS with VHL/Elongin-B/Elongin-C/Cullin-2/Rbx1

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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