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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18657 | |||||||||
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タイトル | PROTAC-mediated complex of KRAS with VHL/Elongin-B/Elongin-C/Cullin-2/Rbx1 | |||||||||
マップデータ | sharpened by deepemhancer | |||||||||
試料 |
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キーワード | TARGETED PROTEIN DEGRADATION / PROTAC / GTPASE / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cellular response to hypoxia / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / cellular response to chemical stress / NEDD8 transferase activity / RHOBTB3 ATPase cycle / cullin-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway ...regulation of cellular response to hypoxia / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / cellular response to chemical stress / NEDD8 transferase activity / RHOBTB3 ATPase cycle / cullin-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / Replication of the SARS-CoV-1 genome / NEDD8 ligase activity / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of response to oxidative stress / forebrain astrocyte development / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / intracellular non-membrane-bounded organelle / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of epithelial cell differentiation / ubiquitin ligase complex scaffold activity / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / type I pneumocyte differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Rac protein signal transduction / Prolactin receptor signaling / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / protein monoubiquitination / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / cullin family protein binding / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / protein K48-linked ubiquitination / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / negative regulation of signal transduction / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / Formation of RNA Pol II elongation complex / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of TORC1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Fischer G / Peter D / Arce-Solano S | |||||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Targeting cancer with small molecule pan-KRAS degraders 著者: Popow J / Farnaby W / Gollner A / Kofink C / Fischer G / Wurm M / Zollman D / Wijaya A / Mischerikow N / Hasenoehrl C / Prokofeva P / Arnhof H / Arce-Solano S / Bell S / Boeck G / Diers E / ...著者: Popow J / Farnaby W / Gollner A / Kofink C / Fischer G / Wurm M / Zollman D / Wijaya A / Mischerikow N / Hasenoehrl C / Prokofeva P / Arnhof H / Arce-Solano S / Bell S / Boeck G / Diers E / Frost A / Goodwin-Tindall J / Karolyi-Oezguer J / Khan S / Klawatsch T / Koegl M / Kousek R / Kratochvil B / Kropatsch K / Lauber A / McLennan R / Olt S / Peter D / Petermann O / Roessler V / Stolt-Bergner P / Strack P / Strauss E / Trainor N / Vetma V / Whitworth C / Zhong S / Quant J / Weinstabl H / Kuster B / Ettmayer P / Ciulli A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18657.map.gz | 189 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18657-v30.xml emd-18657.xml | 29.5 KB 29.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18657_fsc.xml | 14.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18657.png | 98.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18657.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_18657_additional_1.map.gz emd_18657_half_map_1.map.gz emd_18657_half_map_2.map.gz | 201.4 MB 3.3 MB 3.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18657 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18657 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18657_validation.pdf.gz | 444.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18657_full_validation.pdf.gz | 444.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18657_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18657_validation.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18657 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18657 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened by deepemhancer | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.99333 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map from 3D flex
ファイル | emd_18657_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map from 3D flex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_18657_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_18657_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : KRAS/ACBI3/VHL/EloB/EloC/Cul2/Rbx1
+超分子 #1: KRAS/ACBI3/VHL/EloB/EloC/Cul2/Rbx1
+分子 #1: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
+分子 #2: Elongin-B
+分子 #3: Elongin-C
+分子 #4: Cullin-2
+分子 #5: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
+分子 #6: GTPase KRas
+分子 #7: ZINC ION
+分子 #8: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #9: (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-me...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.916 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7634 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |