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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18398 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 | |||||||||
マップデータ | Composite map of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ubiquitin ligase / DNA repair / LIGASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont ...regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / viral release from host cell / cullin family protein binding / ectopic germ cell programmed cell death / response to X-ray / transcription-coupled nucleotide-excision repair / protein autoubiquitination / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of viral genome replication / response to UV / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of DNA repair / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / nuclear matrix / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / site of double-strand break / Neddylation / chromosome / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to oxidative stress / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee S-H / Sixma TK | |||||||||
資金援助 | オランダ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 著者: Lee S-H / Sixma TK | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18398.map.gz | 92.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18398-v30.xml emd-18398.xml | 22.5 KB 22.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18398.png | 50.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18398.cif.gz | 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18398 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18398 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18398_validation.pdf.gz | 332.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18398_full_validation.pdf.gz | 331.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18398_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18398_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18398 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18398 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.057 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1
全体 | 名称: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1
超分子 | 名称: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#4, #1 詳細: Ternary complex of ubiquitinated UVSSA-USP7-CSA-DDB1-DDA1. USP7 is invisible in the cryoEM map. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 210 KDa |
-分子 #1: UV-stimulated scaffold protein A
分子 | 名称: UV-stimulated scaffold protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The construct contains an N-terminal His tag. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 82.923164 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELF VRSHQFRMLV VSNFQEFLEL TLGTDPAQPL PPPREAAQRL RQATTRAVEG WNEKFGEAYK KLALGYHFLR H NKKVDFQD ...文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELF VRSHQFRMLV VSNFQEFLEL TLGTDPAQPL PPPREAAQRL RQATTRAVEG WNEKFGEAYK KLALGYHFLR H NKKVDFQD TNARSLAERK REEEKQKHLD KIYQERASQA EREMQEMSGE IESCLTEVES CFRLLVPFDF DPNPETESLG MA SGMSDAL RSSCAGQVGP CRSGTPDPRD GEQPCCSRDL PASAGHPRAG GGAQPSQTAT GDPSDEDEDS DLEEFVRSHG LGS HKYTLD VELCSEGLKV QENEDNLALI HAARDTLKLI RNKFLPAVCS WIQRFTRVGT HGGCLKRAID LKAELELVLR KYKE LDIEP EGGERRRTEA LGDAEEDEDD EDFVEVPEKE GYEPHIPDHL RPEYGLEAAP EKDTVVRCLR TRTRMDEEVS DPTSA AAQL RQLRDHLPPP SSASPSRALP EPQEAQKLAA ERARAPVVPY GVDLHYWGQE LPTAGKIVKS DSQHRFWKPS EVEEEV VNA DISEMLRSRH ITFAGKFEPV QHWCRAPRPD GRLCERQDRL KCPFHGKIVP RDDEGRPLDP EDRAREQRRQ LQKQERP EW QDPELMRDVE AATGQDLGSS RYSGKGRGKK RRYPSLTNLK AQADTARARI GRKVFAKAAV RRVVAAMNRM DQKKHEKF S NQFNYALN UniProtKB: UV-stimulated scaffold protein A |
-分子 #2: DNA excision repair protein ERCC-8
分子 | 名称: DNA excision repair protein ERCC-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: The construct contains a Strep tag II at the C-terminus コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.465613 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV ...文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV QLCDLKSGSC SHILQGHRQE ILAVSWSPRY DYILATASAD SRVKLWDVRR ASGCLITLDQ HNGKKSQAVE SA NTAHNGK VNGLCFTSDG LHLLTVGTDN RMRLWNSSNG ENTLVNYGKV CNNSKKGLKF TVSCGCSSEF VFVPYGSTIA VYT VYSGEQ ITMLKGHYKT VDCCVFQSNF QELYSGSRDC NILAWVPSLY EPVPDDDETT TKSQLNPAFE DAWSSSDEEG GTSA WSHPQ FEK UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-8 |
-分子 #3: DNA damage-binding protein 1
分子 | 名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: The construct contains an N-terminal His tag. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 129.298867 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRP KGESKDLLFI LTAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL F KVIPLDRD ...文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRP KGESKDLLFI LTAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL F KVIPLDRD NKELKAFNIR LEELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VI AVPEPFG GAIIIGQESI TYHNGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDL RVELLG ETSIAECLTY LDNGVVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSG AFKEG SLRIIRNGIG IHEHASIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFC GNVA HQQLIQITSA SVRLVSQEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVAC LDI TPLGDSNGLS PLCAIGLWTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIET GL LSDRKKVTLG TQPTVLRTFR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLT I GTIDEIQKLH IRTVPLYESP RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHET SFGEEVEVHN LLIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGA VYSMVEFNGK LLASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME G NFEEIARD FNPNWMSAVE ILDDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ET STPTQGS VLFGTVNGMI GLVTSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDI SRPKMQ EVVANLQYDD GSGMKREATA DDLIKVVEEL TRIH UniProtKB: DNA damage-binding protein 1 |
-分子 #4: DET1- and DDB1-associated protein 1
分子 | 名称: DET1- and DDB1-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 詳細: The construct contains a TwinStrep tag and a Flag tag at the C-terminus. コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 16.997615 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MADFLKGLPV YNKSNFSRFH ADSVCKASNR RPSVYLPTRE YPSEQIIVTE KTNILLRYLH QQWDKKNAAK KRDQEQVELE GESSAPPRK VARTDSPDMH EDTDVLFQGP GAWSHPQFEK GGGSGGGSGG GSWSHPQFEK GASGEDYKDD DDK UniProtKB: DET1- and DDB1-associated protein 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.13 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: The grid was coated with graphene oxide. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | This sample was glutaraldehyde crosslinked |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN) |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1382 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Additional densities are observed near several cysteine residues (A/Cys222, A/Cys260, A/Cys288, B/Cys363, B/Cys725, B/Cys1008). We expect these are oxidized products or crosslinking side products. | ||||||||||||||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||
得られたモデル | PDB-8qh5: |