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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18383 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SidH from Legionella pneumophila | |||||||||
マップデータ | Local resolution filtered EM map of SidH from Legionella pneumophila | |||||||||
試料 |
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キーワード | SidH / Legionella / tRNA-binding / EF-Tu-binding / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Legionella pneumophila (バクテリア) / Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharma R / Weis F / Bhogaraju S | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for the toxicity of Legionella pneumophila effector SidH. 著者: Rahul Sharma / Michael Adams / Simonne Griffith-Jones / Tobias Sahr / Laura Gomez-Valero / Felix Weis / Michael Hons / Sarah Gharbi / Rayene Berkane / Alexandra Stolz / Carmen Buchrieser / Sagar Bhogaraju / 要旨: Legionella pneumophila (LP) secretes more than 300 effectors into the host cytosol to facilitate intracellular replication. One of these effectors, SidH, 253 kDa in size with no sequence similarity ...Legionella pneumophila (LP) secretes more than 300 effectors into the host cytosol to facilitate intracellular replication. One of these effectors, SidH, 253 kDa in size with no sequence similarity to proteins of known function is toxic when overexpressed in host cells. SidH is regulated by the LP metaeffector LubX which targets SidH for degradation in a temporal manner during LP infection. The mechanism underlying the toxicity of SidH and its role in LP infection are unknown. Here, we determined the cryo-EM structure of SidH at 2.7 Å revealing a unique alpha helical arrangement with no overall similarity to known protein structures. Surprisingly, purified SidH came bound to a E. coli EF-Tu/t-RNA/GTP ternary complex which could be modeled into the cryo-EM density. Mutation of residues disrupting the SidH-tRNA interface and SidH-EF-Tu interface abolish the toxicity of overexpressed SidH in human cells, a phenotype confirmed in infection of Acanthamoeba castellani. We also present the cryo-EM structure of SidH in complex with a U-box domain containing ubiquitin ligase LubX delineating the mechanism of regulation of SidH. Our data provide the basis for the toxicity of SidH and into its regulation by the metaeffector LubX. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18383.map.gz | 193.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18383-v30.xml emd-18383.xml | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18383_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18383.png | 55.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18383.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_18383_additional_1.map.gz emd_18383_half_map_1.map.gz emd_18383_half_map_2.map.gz | 245.4 MB 336.8 MB 337.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18383 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18383 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18383_validation.pdf.gz | 652.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18383_full_validation.pdf.gz | 652.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18383_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18383_validation.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18383 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18383 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qfsMC 8qhcC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18383.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Local resolution filtered EM map of SidH from Legionella pneumophila | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8127 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: SidH map after focussed classification on DUF domain
ファイル | emd_18383_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | SidH map after focussed classification on DUF domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap 1
ファイル | emd_18383_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap2
ファイル | emd_18383_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of SidH with E.coli tRNA and EF-Tu
全体 | 名称: Ternary complex of SidH with E.coli tRNA and EF-Tu |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of SidH with E.coli tRNA and EF-Tu
超分子 | 名称: Ternary complex of SidH with E.coli tRNA and EF-Tu / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
-分子 #1: Elongation factor Tu
分子 | 名称: Elongation factor Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 43.370492 KDa |
配列 | 文字列: MSKEKFERTK PHVNVGTIGH VDHGKTTLTA AITTVLAKTY GGAARAFDQI DNAPEEKARG ITINTSHVEY DTPTRHYAHV DCPGHADYV KNMITGAAQM DGAILVVAAT DGPMPQTREH ILLGRQVGVP YIIVFLNKCD MVDDEELLEL VEMEVRELLS Q YDFPGDDT ...文字列: MSKEKFERTK PHVNVGTIGH VDHGKTTLTA AITTVLAKTY GGAARAFDQI DNAPEEKARG ITINTSHVEY DTPTRHYAHV DCPGHADYV KNMITGAAQM DGAILVVAAT DGPMPQTREH ILLGRQVGVP YIIVFLNKCD MVDDEELLEL VEMEVRELLS Q YDFPGDDT PIVRGSALKA LEGDAEWEAK ILELAGFLDS YIPEPERAID KPFLLPIEDV FSISGRGTVV TGRVERGIIK VG EEVEIVG IKETQKSTCT GVEMFRKLLD EGRAGENVGV LLRGIKREEI ERGQVLAKPG TIKPHTKFES EVYILSKDEG GRH TPFFKG YRPQFYFRTT DVTGTIELPE GVEMVMPGDN IKMVVTLIHP IAMDDGLRFA IREGGRTVGA GVVAKVLS UniProtKB: Elongation factor Tu |
-分子 #3: Protein SidH
分子 | 名称: Protein SidH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 255.821562 KDa |
組換発現 | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
配列 | 文字列: MKHHHHHHHH HHSAGLEVLF QGPMKRTIET YIIYLKEDLK IADTCKTIKD GLLKSITDKT HFSEELATYF ERDNPNAPFK VNTTDPTQV AVLKKLLNAL ENAEKSFRAI ENIDISRDRY TAMIAKDAVM VSYKAVHEIY AALQLINHSN SDIQDIVGPH I QKLLPQMA ...文字列: MKHHHHHHHH HHSAGLEVLF QGPMKRTIET YIIYLKEDLK IADTCKTIKD GLLKSITDKT HFSEELATYF ERDNPNAPFK VNTTDPTQV AVLKKLLNAL ENAEKSFRAI ENIDISRDRY TAMIAKDAVM VSYKAVHEIY AALQLINHSN SDIQDIVGPH I QKLLPQMA LASKALGNFA PEHPEESAGA VLAGVVNMLP TEKPTESESL GKLSNLIFEL PHYFEELQKL IATGASGIAT KS ITSAEDY QSAMIKKANE TKYYFEQLSS KSGLLAIPSY LSIVKRLIAH STDLVNAGAP LTKQAYLDAV AKLEDIKHNI LPQ LISELE MVEESMGLKP GLLTDPALEQ MNKYYTQLAE QVDNIAKAAG VLDTVSDYSD SIGGKIVRFL AGDSKKLDVG PKLT PAPDL GVLMDDVFIQ KRRSNQESRL NEARLSSEDK SVLAAANRFF DKIGSYNSIH KAWSKWSLAN ISQSEKDALI KEYKQ FQPH FAALYPDIDK LVVDALTQPT GSNIVSRLYS SDYKQLWSSD HFKQVLSCKD SVLSSIQQSL AQSEFKAKLI EKTMSH SEE TAYSMNNKTT NLTTRVQPFE PLKFTLEDDK PVEYYHKRVI AASNQILELE RAQKGVAEFF NYIQKKYPHE NPSFDSL DE SDKEFLRKAY KTFQPQLLAL KHDDINTRLV SSLTSSKPTD PPLRLTDLVS LKSGINDYLN EKISDLNQDK TTLLDKEE E AREEQYAKNP LVAKGAELEK QTLFGQMSKL KLSKSVDDFF NKKFQTYLKD NLSPEVWKQL SSNGETLDFD KIPYLEFHK DSPEVAMYKQ LINSMHYMKN GLEKLESLND YGDPNNIYHR TRFVMTTFNA LVMNICFSKY YVMEAGNNPG LKAIVQEGLD LLKPLEGMP LIGDYLKTTE KQEPPKQNII TAWKKQQAVV ESGLSKGPKP KTDQQLISEQ LGKIQEAIDN FDGDLEVSDS A REKIKTQI GEFAKGISGL SFGPGSVKKI LAALTKLETQ LSNLDKESPE VTLGKLKDIH SELNAQFRAA AEYTEYHSGQ KF GSYSNNI STIVSNFCNG LVSNLPLKQE PAPKVKAPEK PVTPVITGTT NPHEVVFGTK HEEFNSVYQP YLLLKRITDE FRD QNNPYK PSFDELKEEA VSYYDKIQPL LESVDPKFDK NFIAKHKESS TLLKAIDEVM SMRQRINNPE SSFAKLKDLH LEGD FEKEE NKEKFRQLYK EIQPYLHKID STYDQTQFLE GLKTAKDFSG ALQRIMNEEN ALQQSTSLKD TSYLQLIAES LYQIP VKLN KLKAEPDTPE PSKEEIDANV KAFVEGLNGL SFGPGSVKKI LSTAAKLQMQ LSDIGKEGRE LTMGRLKEIQ AEFGTI LMA AADNAEFHLG LKPGTYSRTV SERFEKFYSS LIVNLPLEKD QTGLELLIDT TSTQKRLARE MERLESVKED TSAIDTK KS IFGTEHEQFS TLYQPYASLR HIAKDIEDGV HMNLYERTLE ELKEEASNEY KKIQPYLAKI NPEFTEDYIS KTDGEYSL L HAIDRVFEER HKINKPSSPF DKLRDLYLDG DFEKEENKEQ FLQLYAELQP HLIKINYQYD LAYFLRELQT PEDFKAATE RIINDESKLQ ELITGLDDTK RLKVKLCEER IGYFIDLLKK QELEVGPEKI QAFKEKIFFN YIHANVNSAL DAKIGSHAEQ FLQFIEKDF LDKKNEILEK ITIDQDMEEE IAKAIDRIAP DIINNKIESF KKLLFDSYIQ SDIKNSLHNE LGIYTSLFID K ISPEIHLH QSEILGNVAF DSKMGAEIGS KINAITPGIL LNNNPLKEAY VDLNNTLKEI NTLLDEENKK TRDNPCRNEK IA KLTSLKD RLSDLDSIPK ENTVEFLKKM QEETRSSLKS LESNDALINI YDVLNSLKET IENGSDLPEI KKDKLQMISD VQN ILSNFD KNPAERLNLA VQILNDSNPE VLSKTKGNFL IGEAFKGQVF TNYINTKISE QLNNELGPYG KVFLKQIMPD FIAK KSEII KEIAIDNMET GLETQFKIHA PAIFEKNKEL KAAYEQLNVH LKEVQSLIEA EEKKPKGNPC REEKIAALRS HQSQL MNTQ RIPDHETLRF LQEQNKSAKS FMGKLEKYDT MISVYDSLTE IREHVSNHKS LSKEIKDEKI QEISKMEDML KTTSKE PSI RLAEVKAHGL SDQCKNVLLK NSDNFLVSFF KTLFSKLFNI KNENETLVSS FKQRLQNIKG PEPVATPMET PENEAPL VN ANITRF UniProtKB: SidH |
-分子 #2: tRNA
分子 | 名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 24.620766 KDa |
配列 | 文字列: GCCCGGA(4SU)AG CUCAG(H2U)CGG(H2U) AGAGCAGGGG AUUGAAAAUC CCCGUG(3AU)CCU UGG(5MU)(PSU)C GAU UCCGAGUCCG GGCACCA |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 41.93 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |