+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18379 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of human Asc1/CD98hc heteromeric amino acid transporter | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Heteromeric amino acid transporter Transporter APC transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-alanine transmembrane transport / D-serine transmembrane transport / positive regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transport / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron ...D-alanine transmembrane transport / D-serine transmembrane transport / positive regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transport / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / negative regulation of brown fat cell differentiation / amino acid transport complex / L-serine transmembrane transporter activity / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-alanine import across plasma membrane / L-amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / valine transport / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / proline transport / neutral amino acid transport / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / anchoring junction / Basigin interactions / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / basal plasma membrane / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / melanosome / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Martinez-Molledo M / Rullo-Tubau J / Errasti-Murugarren E / Palacin M / Llorca O | |||||||||
資金援助 | スペイン, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure and mechanisms of transport of human Asc1/CD98hc amino acid transporter. 著者: Josep Rullo-Tubau / Maria Martinez-Molledo / Paola Bartoccioni / Ignasi Puch-Giner / Ángela Arias / Suwipa Saen-Oon / Camille Stephan-Otto Attolini / Rafael Artuch / Lucía Díaz / Víctor ...著者: Josep Rullo-Tubau / Maria Martinez-Molledo / Paola Bartoccioni / Ignasi Puch-Giner / Ángela Arias / Suwipa Saen-Oon / Camille Stephan-Otto Attolini / Rafael Artuch / Lucía Díaz / Víctor Guallar / Ekaitz Errasti-Murugarren / Manuel Palacín / Oscar Llorca / 要旨: Recent cryoEM studies elucidated details of the structural basis for the substrate selectivity and translocation of heteromeric amino acid transporters. However, Asc1/CD98hc is the only neutral ...Recent cryoEM studies elucidated details of the structural basis for the substrate selectivity and translocation of heteromeric amino acid transporters. However, Asc1/CD98hc is the only neutral heteromeric amino acid transporter that can function through facilitated diffusion, and the only one that efficiently transports glycine and D-serine, and thus has a regulatory role in the central nervous system. Here we use cryoEM, ligand-binding simulations, mutagenesis, transport assays, and molecular dynamics to define human Asc1/CD98hc determinants for substrate specificity and gain insights into the mechanisms that govern substrate translocation by exchange and facilitated diffusion. The cryoEM structure of Asc1/CD98hc is determined at 3.4-3.8 Å resolution, revealing an inward-facing semi-occluded conformation. We find that Ser 246 and Tyr 333 are essential for Asc1/CD98hc substrate selectivity and for the exchange and facilitated diffusion modes of transport. Taken together, these results reveal the structural bases for ligand binding and transport features specific to human Asc1. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18379.map.gz | 22.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-18379-v30.xml emd-18379.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18379.png | 21.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18379.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_18379_additional_1.map.gz emd_18379_half_map_1.map.gz emd_18379_half_map_2.map.gz | 97.1 MB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18379 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18379 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18379_validation.pdf.gz | 760.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_18379_full_validation.pdf.gz | 760.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18379_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18379_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18379 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18379 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qeyMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18379.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.831 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_18379_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18379_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18379_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Asc1/CD98hc
全体 | 名称: Asc1/CD98hc |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Asc1/CD98hc
超分子 | 名称: Asc1/CD98hc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Asc-type amino acid transporter 1
分子 | 名称: Asc-type amino acid transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56.837504 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAGHTQQPSG RGNPRPAPSP SPVPGTVPGA SERVALKKEI GLLSACTIII GNIIGSGIFI SPKGVLEHSG SVGLALFVWV LGGGVTALG SLCYAELGVA IPKSGGDYAY VTEIFGGLAG FLLLWSAVLI MYPTSLAVIS MTFSNYVLQP VFPNCIPPTT A SRVLSMAC ...文字列: MAGHTQQPSG RGNPRPAPSP SPVPGTVPGA SERVALKKEI GLLSACTIII GNIIGSGIFI SPKGVLEHSG SVGLALFVWV LGGGVTALG SLCYAELGVA IPKSGGDYAY VTEIFGGLAG FLLLWSAVLI MYPTSLAVIS MTFSNYVLQP VFPNCIPPTT A SRVLSMAC LMLLTWVNSS SVRWATRIQD MFTGGKLLAL SLIIGVGLLQ IFQGHFEELR PSNAFAFWMT PSVGHLALAF LQ GSFAFSG WNFLNYVTEE MVDARKNLPR AIFISIPLVT FVYTFTNIAY FTAMSPQELL SSNAVAVTFG EKLLGYFSWV MPV SVALST FGGINGYLFT YSRLCFSGAR EGHLPSLLAM IHVRHCTPIP ALLVCCGATA VIMLVGDTYT LINYVSFINY LCYG VTILG LLLLRWRRPA LHRPIKVNLL IPVAYLVFWA FLLVFSFISE PMVCGVGVII ILTGVPIFFL GVFWRSKPKC VHRLT ESMT HWGQELCFVV YPQDAPEEEE NGPCPPSLLP ATDKPSKPQ UniProtKB: Asc-type amino acid transporter 1 |
-分子 #2: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
分子 | 名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 68.056688 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MELQPPEASI AVVSIPRQLP GSHSEAGVQG LSAGDDSELG SHCVAQTGLE LLASGDPLPS ASQNAEMIET GSDCVTQAGL QLLASSDPP ALASKNAEVT GTMSQDTEVD MKEVELNELE PEKQPMNAAS GAAMSLAGAE KNGLVKIKVA EDEAEAAAAA K FTGLSKEE ...文字列: MELQPPEASI AVVSIPRQLP GSHSEAGVQG LSAGDDSELG SHCVAQTGLE LLASGDPLPS ASQNAEMIET GSDCVTQAGL QLLASSDPP ALASKNAEVT GTMSQDTEVD MKEVELNELE PEKQPMNAAS GAAMSLAGAE KNGLVKIKVA EDEAEAAAAA K FTGLSKEE LLKVAGSPGW VRTRWALLLL FWLGWLGMLA GAVVIIVRAP RCRELPAQKW WHTGALYRIG DLQAFQGHGA GN LAGLKGR LDYLSSLKVK GLVLGPIHKN QKDDVAQTDL LQIDPNFGSK EDFDSLLQSA KKKSIRVILD LTPNYRGENS WFS TQVDTV ATKVKDALEF WLQAGVDGFQ VRDIENLKDA SSFLAEWQNI TKGFSEDRLL IAGTNSSDLQ QILSLLESNK DLLL TSSYL SDSGSTGEHT KSLVTQYLNA TGNRWCSWSL SQARLLTSFL PAQLLRLYQL MLFTLPGTPV FSYGDEIGLD AAALP GQPM EAPVMLWDES SFPDIPGAVS ANMTVKGQSE DPGSLLSLFR RLSDQRSKER SLLHGDFHAF SAGPGLFSYI RHWDQN ERF LVVLNFGDVG LSAGLQASDL PASASLPAKA DLLLSTQPGR EEGSPLELER LKLEPHEGLL LRFPYAA UniProtKB: Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 |
-分子 #5: Digitonin
分子 | 名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: AJP |
---|---|
分子量 | 理論値: 1.229312 KDa |
Chemical component information | ChemComp-AJP: |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 31696 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 139507 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |