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- EMDB-18323: Chimeric Adenovirus-derived dodecamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18323
タイトルChimeric Adenovirus-derived dodecamer
マップデータ
試料
  • ウイルス: unidentified adenovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
キーワードAdenovirus / capsid protein / virus-like particle / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / T=25 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding / Penton protein
機能・相同性情報
生物種Human adenovirus sp. (ヒトアデノウイルス) / unidentified adenovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Buzas D / Borucu U / Bufton J / Kapadalakere SY / Toelzer C
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Bristol Centre for Minimal Biology - University of Bristol 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Engineering the ADDobody protein scaffold for generation of high-avidity ADDomer super-binders.
著者: Dora Buzas / Huan Sun / Christine Toelzer / Sathish K N Yadav / Ufuk Borucu / Gunjan Gautam / Kapil Gupta / Joshua C Bufton / Julien Capin / Richard B Sessions / Frederic Garzoni / Imre ...著者: Dora Buzas / Huan Sun / Christine Toelzer / Sathish K N Yadav / Ufuk Borucu / Gunjan Gautam / Kapil Gupta / Joshua C Bufton / Julien Capin / Richard B Sessions / Frederic Garzoni / Imre Berger / Christiane Schaffitzel /
要旨: Adenovirus-derived nanoparticles (ADDomer) comprise 60 copies of adenovirus penton base protein (PBP). ADDomer is thermostable, rendering the storage, transport, and deployment of ADDomer-based ...Adenovirus-derived nanoparticles (ADDomer) comprise 60 copies of adenovirus penton base protein (PBP). ADDomer is thermostable, rendering the storage, transport, and deployment of ADDomer-based therapeutics independent of a cold chain. To expand the scope of ADDomers for new applications, we engineered ADDobodies, representing PBP crown domain, genetically separated from PBP multimerization domain. We inserted heterologous sequences into hyper-variable loops, resulting in monomeric, thermostable ADDobodies expressed at high yields in Escherichia coli. The X-ray structure of an ADDobody prototype validated our design. ADDobodies can be used in ribosome display experiments to select a specific binder against a target, with an enrichment factor of ∼10-fold per round. ADDobodies can be re-converted into ADDomers by genetically reconnecting the selected ADDobody with the PBP multimerization domain from a different species, giving rise to a multivalent nanoparticle, called Chimera, confirmed by a 2.2 Å electron cryo-microscopy structure. Chimera comprises 60 binding sites, resulting in ultra-high, picomolar avidity to the target.
履歴
登録2023年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18323.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0232
最小 - 最大-0.16850562 - 0.30924708
平均 (標準偏差)0.00087228685 (±0.010918029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18323_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map1

ファイルemd_18323_half_map_1.map
注釈half-map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map2

ファイルemd_18323_half_map_2.map
注釈half-map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : unidentified adenovirus

全体名称: unidentified adenovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: unidentified adenovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein

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超分子 #1: unidentified adenovirus

超分子名称: unidentified adenovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10535 / 生物種: unidentified adenovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus sp. (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 63.195812 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MMRRAYPEGP PPSYESVMQQ AMAAAAAMQP PLEAPYVPPR YLAPTEGRNS IRYSELSPLY DTTRLYLVDN KSADIASLNY QNDHSNFLT TVVQNNDFTP TEASTQTINF DERSRWGGQL KTIMHTNMPN VNEYMFSNKF KARVMVSRKA PEGEFVTVND G PVNDTYDH ...文字列:
MMRRAYPEGP PPSYESVMQQ AMAAAAAMQP PLEAPYVPPR YLAPTEGRNS IRYSELSPLY DTTRLYLVDN KSADIASLNY QNDHSNFLT TVVQNNDFTP TEASTQTINF DERSRWGGQL KTIMHTNMPN VNEYMFSNKF KARVMVSRKA PEGEFVTVND G PVNDTYDH KEDILKYEWF EFILPEGNFS ATMTIDLMNN AIIDNYLEIG RQNGVLESDI GVKFDTRNFR LGWDPETKLI MP GVYTYEA FHPDIVLLPG CGVDFTESRL SNLLGIRKRH PFQEGFKIMY EDLEGGNIPA LLDVTAYEES KKDTTTARET TTL AVAEET SEDVDDDITR GDTYITELEK QKREAAAAEV SRKKELKIQP LEKDSKSRSY NVLEDKINTA YRSWYLSYNY GNPE KGIRS WTLLTTSDVT CGVEQVYWSL PDMMQDPVTF RSTRQVSNYP VVGAELMPVF SKSFYNEQAV YSQQLRQATS LTHVF NRFP ENQILIRPPA PTITTVSENV PALTDHGTLP LRSSIRGVQR VTVTDARRRT CPYVYKALGI VAPRVLSSRT F

UniProtKB: Penton protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.06 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6hcr

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 566795
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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