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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18202 | |||||||||
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タイトル | Copper-transporting ATPase HMA4 in E1 state apo | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | P-ATPase / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / vacuolar membrane / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryza sativa Japonica Group (イネ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo Z / Gourdon P / Wang K | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Diverse roles of the metal binding domains and transport mechanism of copper transporting P-type ATPases. 著者: Zongxin Guo / Fredrik Orädd / Viktoria Bågenholm / Christina Grønberg / Jian Feng Ma / Peter Ott / Yong Wang / Magnus Andersson / Per Amstrup Pedersen / Kaituo Wang / Pontus Gourdon / 要旨: Copper transporting P-type (P-) ATPases are essential for cellular homeostasis. Nonetheless, the E1-E1P-E2P-E2 states mechanism of P-ATPases remains poorly understood. In particular, the role of the ...Copper transporting P-type (P-) ATPases are essential for cellular homeostasis. Nonetheless, the E1-E1P-E2P-E2 states mechanism of P-ATPases remains poorly understood. In particular, the role of the intrinsic metal binding domains (MBDs) is enigmatic. Here, four cryo-EM structures and molecular dynamics simulations of a P-ATPase are combined to reveal that in many eukaryotes the MBD immediately prior to the ATPase core, MBD, serves a structural role, remodeling the ion-uptake region. In contrast, the MBD prior to MBD, MBD, likely assists in copper delivery to the ATPase core. Invariant Tyr, Asn and Ser residues in the transmembrane domain assist in positioning sulfur-providing copper-binding amino acids, allowing for copper uptake, binding and release. As such, our findings unify previously conflicting data on the transport and regulation of P-ATPases. The results are critical for a fundamental understanding of cellular copper homeostasis and for comprehension of the molecular bases of P-disorders and ongoing clinical trials. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18202.map.gz | 61.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18202-v30.xml emd-18202.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18202_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18202.png | 32.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18202.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_18202_half_map_1.map.gz emd_18202_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18202 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18202 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18202_validation.pdf.gz | 832.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18202_full_validation.pdf.gz | 832.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18202_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18202_validation.cif.gz | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18202 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18202 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18202.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8617 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18202_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18202_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica
全体 | 名称: Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica |
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要素 |
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-超分子 #1: Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica
超分子 | 名称: Copper-transporting ATPase HMA4 from Oryza sativa subsp. japonica タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ) |
-分子 #1: Copper-transporting ATPase HMA4
分子 | 名称: Copper-transporting ATPase HMA4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type Cu+ transporter |
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由来(天然) | 生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ) |
分子量 | 理論値: 105.236398 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MEQNGENHLK DPLLQADGGG SGASPAGASP RKERKTRKVM FNVRGISCAS CAVSIETVVA GLKGVESVSV SPLQGQAVVQ YRPEEADAR TIKEAIEGLN FEVDELQEQE IAVCRLQIKG MACTSCSESV ERALQMVPGV KKAAVGLALE EAKVHFDPNI T SRDLIIEA ...文字列: MEQNGENHLK DPLLQADGGG SGASPAGASP RKERKTRKVM FNVRGISCAS CAVSIETVVA GLKGVESVSV SPLQGQAVVQ YRPEEADAR TIKEAIEGLN FEVDELQEQE IAVCRLQIKG MACTSCSESV ERALQMVPGV KKAAVGLALE EAKVHFDPNI T SRDLIIEA IEDAGFGADL ISSGDDVNKV HLKLEGVSSP EDIKLIQSRL ESVEGVNNVE CDTAGQTIIV AYDPDVTGPR LL IQCIQDA AQPPKYFNAS LYSPPKQREA ERHHEIRNYR NQFLWSCLFS VPVFMFSMVL PMISPFGDWL FYKVCNNMTI GML LRWLLC SPVQFIIGWR FYVGAYHALK RGYSNMDVLV ALGTNAAYFY SVYIVLKALT SESFEGQDFF ETSAMLISFI LLGK YLEVV AKGKTSDALS KLTELAPETA CLLTLDKDGN AISETEISTQ LLQRNDVIKI VPGEKVPVDG VVIKGQSHVN ESMIT GEAR PIAKKPGDKV IGGTVNDNGC IIVKVTHVGS ETALSQIVQL VEAAQLARAP VQKLADRISR FFVPTVVVAA FLTWLG WFV AGQFDIYPRE WIPKAMDSFE LALQFGISVL VVACPCALGL ATPTAVMVAT GKGASQGVLI KGGNALEKAH KVKAIIF DK TGTLTVGKPS VVQTKVFSKI PLLELCDLAA GAEANSEHPL SKAIVEYTKK LREQYGSHSD HIMESKDFEV HPGAGVSA N VEGKLVLVGN KRLMQEFEVP ISSEVEGHMS ETEELARTCV LVAIDRTICG ALSVSDPLKP EAGRAISYLS SMGISSIMV TGDNWATAKS IAKEVGIGTV FAEIDPVGKA EKIKDLQMKG LTVAMVGDGI NDSPALAAAD VGLAIGAGTD VAIEAADIVL MRSSLEDVI TAIDLSRKTL SRIRLNYVWA LGYNVLGMPV AAGVLFPFTG IRLPPWLAGA CMAASSVSVV CSSLLLQLYK K PLHVEEVA AGPKNDPDLV UniProtKB: Copper-transporting ATPase HMA4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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得られたモデル | PDB-8q73: |