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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18180 | |||||||||
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タイトル | cryoEM structure of SARS-CoV2 Spike trimer in complex with Fab23 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Antibody / Spike. / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Hallberg M / Das H | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Multi-compartmental diversification of neutralizing antibody lineages dissected in SARS-CoV-2 spike-immunized macaques. 著者: Marco Mandolesi / Hrishikesh Das / Liset de Vries / Yiqiu Yang / Changil Kim / Manojj Dhinakaran / Xaquin Castro Dopico / Julian Fischbach / Sungyong Kim / Mariia V Guryleva / Monika Àdori / ...著者: Marco Mandolesi / Hrishikesh Das / Liset de Vries / Yiqiu Yang / Changil Kim / Manojj Dhinakaran / Xaquin Castro Dopico / Julian Fischbach / Sungyong Kim / Mariia V Guryleva / Monika Àdori / Mark Chernyshev / Aron Stålmarck / Leo Hanke / Gerald M McInerney / Daniel J Sheward / Martin Corcoran / B Martin Hällberg / Ben Murrell / Gunilla B Karlsson Hedestam / 要旨: The continued evolution of SARS-CoV-2 underscores the need to understand qualitative aspects of the humoral immune response elicited by spike immunization. Here, we combine monoclonal antibody (mAb) ...The continued evolution of SARS-CoV-2 underscores the need to understand qualitative aspects of the humoral immune response elicited by spike immunization. Here, we combine monoclonal antibody (mAb) isolation with deep B cell receptor (BCR) repertoire sequencing of rhesus macaques immunized with prefusion-stabilized spike glycoprotein. Longitudinal tracing of spike-sorted B cell lineages in multiple immune compartments demonstrates increasing somatic hypermutation and broad dissemination of vaccine-elicited B cells in draining and non-draining lymphoid compartments, including the bone marrow, spleen and, most notably, periaortic lymph nodes. Phylogenetic analysis of spike-specific monoclonal antibody lineages identified through deep repertoire sequencing delineates extensive intra-clonal diversification that shaped neutralizing activity. Structural analysis of the spike in complex with a broadly neutralizing mAb provides a molecular basis for the observed differences in neutralization breadth between clonally related antibodies. Our findings highlight that immunization leads to extensive intra-clonal B cell evolution where members of the same lineage can both retain the original epitope specificity and evolve to recognize additional spike variants not previously encountered. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18180.map.gz | 8.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18180-v30.xml emd-18180.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18180_fsc.xml | 16.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18180.png | 104.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18180.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_18180_half_map_1.map.gz emd_18180_half_map_2.map.gz | 474.7 MB 474.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18180 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18180_validation.pdf.gz | 762.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18180_full_validation.pdf.gz | 762.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18180_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18180_validation.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18180 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q5yMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18180.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.01 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18180_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18180_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV2 Spike trimer
全体 | 名称: SARS-CoV2 Spike trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV2 Spike trimer
超分子 | 名称: SARS-CoV2 Spike trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #2: SARS-CoV2 spike
超分子 | 名称: SARS-CoV2 spike / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Monoclonal antibody Mab 23 (Light chain)
分子 | 名称: Monoclonal antibody Mab 23 (Light chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.234852 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSA LSASVGDRVT ISCRASQNID GFLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASRLQSGIPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFAAYYCQ QVYSAPLTFG GGTKVEFKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPSA LSASVGDRVT ISCRASQNID GFLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASRLQSGIPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFAAYYCQ QVYSAPLTFG GGTKVEFKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #2: Monoclonal antibody Mab 23 (Heavy Chain)
分子 | 名称: Monoclonal antibody Mab 23 (Heavy Chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48.925918 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCTASGFTFS NYGFHWVRQA PGKGLEWVTI ISYDGITKHY ADSVKDRFTV SRDNSKTMVY LQMNNLKLD DTAVYYCARD LGTYDDSWGQ GVLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALG(UNK)LVKDY FPE (UNK)VT(UNK)SW ...文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCTASGFTFS NYGFHWVRQA PGKGLEWVTI ISYDGITKHY ADSVKDRFTV SRDNSKTMVY LQMNNLKLD DTAVYYCARD LGTYDDSWGQ GVLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALG(UNK)LVKDY FPE (UNK)VT(UNK)SW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDK(UNK)VEPK SC DKTHTCP PCPAPELLGG PSVFLFPPKP KDTLMISRTP EVTCVVVDVS HEDPEVKFNW YVDGVEVHNA KTKPREEQYN STY RVVSVL TVLHQDWLNG KEYKCKVSNK ALPAPIEKTI SKAKGQPREP QVYTLPPSRD E(UNK)TKNQVSLT CLVKGFYPSD IAVEWESNG QPENNYKTTP PVLDSDGSFF LYSKLTVDKS RWQQGNVFSC SVMHEALHNH YTQKSLSLSP GK |
-分子 #3: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.427438 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSPLGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |