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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human KMN network (outer kinetochore) | |||||||||
![]() | Sharpened map | |||||||||
![]() |
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![]() | OUTER KINETOCHORE / KMN / COMPLEX / CELL CYCLE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / MIS12/MIND type complex / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / leucine zipper domain binding / acrosome assembly / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / MIS12/MIND type complex / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / leucine zipper domain binding / acrosome assembly / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / acrosomal vesicle / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / fibrillar center / spindle pole / Separation of Sister Chromatids / azurophil granule lumen / microtubule binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / nuclear body / nuclear speck / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / nucleolus / Golgi apparatus / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
![]() | Raisch T / Polley S / Vetter I / Musacchio A / Raunser S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Insights into human outer kinetochore assembly and force transmission from a structure-function analysis of the KMN network 著者: Polley S / Raisch T / Aponte C / Koerner M / Terbeck M / Raunser S / Graeter F / Vetter I / Musacchio A | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.6 KB 24.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 72.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 32.1 MB 57.2 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 997.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 997.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8q5hMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Non-sharpened map
ファイル | emd_18179_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Non-sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map sharpened by DeepEMhancer
ファイル | emd_18179_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Map sharpened by DeepEMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_18179_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_18179_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : KMN network
全体 | 名称: KMN network |
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要素 |
|
-超分子 #1: KMN network
超分子 | 名称: KMN network / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Kinetochore protein Spc24
分子 | 名称: Kinetochore protein Spc24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 10.344515 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MELKEIEADL ERQEKEVDED TTVTIPSAVY VAQLYHQVSK IEWDYECEPG MVKGIHHGPS VAQPIHLDST QLSRKFISDY LWSLVDTEW UniProtKB: Kinetochore protein Spc24 |
-分子 #2: Kinetochore protein Spc25
分子 | 名称: Kinetochore protein Spc25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 16.285332 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKQELEVLTA NIQDLKEEYS RKKETISTAN KANAERLKRL QKSADLYKDR LGLEIRKIYG EKLQFIFTNI DPKNPESPFM FSLHLNEAR DYEVSDSAPH LEGLAEFQEN VRKTNNFSAF LANVRKAFTA TVYNHHHHHH UniProtKB: Kinetochore protein Spc25 |
-分子 #3: Protein MIS12 homolog
分子 | 名称: Protein MIS12 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.170922 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSVDPMTYEA QFFGFTPQTC MLRIYIAFQD YLFEVMQAVE QVILKKLDGI PDCDISPVQI RKCTEKFLCF MKGHFDNLFS KMEQLFLQL ILRIPSNILL PEDKCKETPY SEEDFQHLQK EIEQLQEKYK TELCTKQALL AELEEQKIVQ AKLKQTLTFF D ELHNVGRD ...文字列: MSVDPMTYEA QFFGFTPQTC MLRIYIAFQD YLFEVMQAVE QVILKKLDGI PDCDISPVQI RKCTEKFLCF MKGHFDNLFS KMEQLFLQL ILRIPSNILL PEDKCKETPY SEEDFQHLQK EIEQLQEKYK TELCTKQALL AELEEQKIVQ AKLKQTLTFF D ELHNVGRD HGTSDFRESL VSLVQNSRKL QNIRDNVEKE SKRLKIS UniProtKB: Protein MIS12 homolog |
-分子 #4: Polyamine-modulated factor 1
分子 | 名称: Polyamine-modulated factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.368311 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAEASSANLG SGCEEKRHEG SSSESVPPGT TISRVKLLDT MVDTFLQKLV AAGSYQRFTD CYKCFYQLQP AMTQQIYDKF IAQLQTSIR EEISDIKEEG NLEAVLNALD KIVEEGKVRK EPAWRPSGIP EKDLHSVMAP YFLQQRDTLR RHVQKQEAEN Q QLADAVLA ...文字列: MAEASSANLG SGCEEKRHEG SSSESVPPGT TISRVKLLDT MVDTFLQKLV AAGSYQRFTD CYKCFYQLQP AMTQQIYDKF IAQLQTSIR EEISDIKEEG NLEAVLNALD KIVEEGKVRK EPAWRPSGIP EKDLHSVMAP YFLQQRDTLR RHVQKQEAEN Q QLADAVLA GRRQVEELQL QVQAQQQAWQ ALHREQRELV AVLREPE UniProtKB: Polyamine-modulated factor 1 |
-分子 #5: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog
分子 | 名称: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.951062 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MTSVTRSEII DEKGPVMSKT HDHQLESSLS PVEVFAKTSA SLEMNQGVSE ERIHLGSSPK KGGNCDLSHQ ERLQSKSLHL SPQEQSASY QDRRQSWRRA SMKETNRRKS LHPIHQGITE LSRSISVDLA ESKRLGCLLL SSFQFSIQKL EPFLRDTKGF S LESFRAKA ...文字列: MTSVTRSEII DEKGPVMSKT HDHQLESSLS PVEVFAKTSA SLEMNQGVSE ERIHLGSSPK KGGNCDLSHQ ERLQSKSLHL SPQEQSASY QDRRQSWRRA SMKETNRRKS LHPIHQGITE LSRSISVDLA ESKRLGCLLL SSFQFSIQKL EPFLRDTKGF S LESFRAKA SSLSEELKHF ADGLETDGTL QKCFEDSNGK ASDFSLEASV AEMKEYITKF SLERQTWDQL LLHYQQEAKE IL SRGSTEA KITEVKVEPM TYLGSSQNEV LNTKPDYQKI LQNQSKVFDC MELVMDELQG SVKQLQAFMD ESTQCFQKVS VQL GKRSMQ QLDPSPARKL LKLQLQNPPA IHGSGSGSCQ HHHHHH UniProtKB: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog |
-分子 #6: Kinetochore scaffold 1
分子 | 名称: Kinetochore scaffold 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.644453 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GAMGGSMGKL VQSAQNEREK LQIKIDEMDK ILKKIDNCLT EMETETKNLE DEEKNNPVEE WDSEMRAAEK ELEQLKTEEE ELQRNLLEL EVQKEQTLAQ IDFMQKQRNR TEELLDQLSL SEWDVVEWSD DQAVFTFVYD TIQLTITFEE SVVGFPFLDK R YRKIVDVN ...文字列: GAMGGSMGKL VQSAQNEREK LQIKIDEMDK ILKKIDNCLT EMETETKNLE DEEKNNPVEE WDSEMRAAEK ELEQLKTEEE ELQRNLLEL EVQKEQTLAQ IDFMQKQRNR TEELLDQLSL SEWDVVEWSD DQAVFTFVYD TIQLTITFEE SVVGFPFLDK R YRKIVDVN FQSLLDEDQA PPSSLLVHKL IFQYVEEKES WKKTCTTQHQ LPKMLEEFSL VVHHCRLLGE EIEYLKRWGP NY NLMNIDI NNNELRLLFS SSAAFAKFEI TLFLSAYYPS VPLPSTIQNH VGNTSQDDIA TILSKVPLEN NYLKNVVKQI YQD LFQDCH FYH UniProtKB: Kinetochore scaffold 1 |
-分子 #7: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog
分子 | 名称: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 32.208951 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAGSPELVVL DPPWDKELAA GTESQALVSA TPREDFRVRC TSKRAVTEML QLCGRFVQKL GDALPEEIRE PALRDAQWTF ESAVQENIS INGQAWQEAS DNCFMDSDIK VLEDQFDEII VDIATKRKQY PRKILECVIK TIKAKQEILK QYHPVVHPLD L KYDPDPAP ...文字列: MAGSPELVVL DPPWDKELAA GTESQALVSA TPREDFRVRC TSKRAVTEML QLCGRFVQKL GDALPEEIRE PALRDAQWTF ESAVQENIS INGQAWQEAS DNCFMDSDIK VLEDQFDEII VDIATKRKQY PRKILECVIK TIKAKQEILK QYHPVVHPLD L KYDPDPAP HMENLKCRGE TVAKEISEAM KSLPALIEQG EGFSQVLRMQ PVIHLQRIHQ EVFSSCHRKP DAKPENFITQ IE TTPTETA SRKTSDMVLK RKQTKDCPQR KWYPLRPKKI NLDT UniProtKB: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 63.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |