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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | N5-methyl-H4MPT:CoM methyltransferase -coenzyme M complex + CoM | |||||||||
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![]() | methanogenesis / tetrahydromethanopterin / coenzyme M / vitamin B12 / Na+ transport / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tetrahydromethanopterin S-methyltransferase / tetrahydromethanopterin S-methyltransferase activity / methyltransferase complex / methanogenesis, from carbon dioxide / vesicle membrane / cobalt ion binding / sodium ion transport / one-carbon metabolic process / methylation / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å | |||||||||
![]() | Aziz I / Vonck J / Ermler U | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the methanogenic Na+ translocating N5-methyl-H4MPT:CoM methyltransferase complex 著者: Aziz I / Kayastha K / Kaltwasser S / Vonck J / Welsch S / Murohy BJ / Kahnt J / Wu D / Wagner T / Shima S / Ermler U | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 45.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 98.2 MB 98.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8q54 M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.837 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18162_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18162_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Methyl-H4MPT:CoM methyltransferase
+超分子 #1: Methyl-H4MPT:CoM methyltransferase
+分子 #1: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A 1
+分子 #2: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit B
+分子 #3: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit C
+分子 #4: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit D
+分子 #5: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit E
+分子 #6: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit F
+分子 #7: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit G
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: [(2~{S},7~{R},11~{R},15~{S},19~{S},22~{S},26~{S},30~{R},34~{R},39...
+分子 #10: SODIUM ION
+分子 #11: 1-THIOETHANESULFONIC ACID
+分子 #12: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 73.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |