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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18145 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome | |||||||||||||||
マップデータ | E. coli 70S-fMet-tRNA-mRNA-arbekacin complex | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | arbekacin / ribosome / protein synthesis inhibitor / aminoglycoside | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / ribosomal large subunit assembly / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Majumdar S / Parajuli NP / Ge X / Emmerich A / Sanyal S | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 4件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome 著者: Majumdar S / Parajuli NP / Ge X / Emmerich A / Sanyal S | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18145.map.gz | 55.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18145-v30.xml emd-18145.xml | 70.8 KB 70.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18145_fsc.xml | 17.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18145.png | 101.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18145.cif.gz | 13.3 KB | ||
その他 | emd_18145_additional_1.map.gz emd_18145_half_map_1.map.gz emd_18145_half_map_2.map.gz | 233.9 MB 381 MB 381.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18145 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q4fMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli 70S-fMet-tRNA-mRNA-arbekacin complex | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8513 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Escherichia coli 70S ribosome bound to fret-tRNA mRNA
+超分子 #1: Escherichia coli 70S ribosome bound to fret-tRNA mRNA
+分子 #1: Large ribosomal subunit protein bL33
+分子 #2: Large ribosomal subunit protein bL34
+分子 #3: Large ribosomal subunit protein bL35
+分子 #4: Large ribosomal subunit protein bL36A
+分子 #5: Large ribosomal subunit protein bL31A
+分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS2
+分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS3
+分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS4
+分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS5
+分子 #11: Small ribosomal subunit protein bS6, fully modified isoform
+分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS7
+分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS8
+分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS9
+分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS10
+分子 #16: Small ribosomal subunit protein uS11
+分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS12
+分子 #18: Small ribosomal subunit protein uS13
+分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS14
+分子 #20: Small ribosomal subunit protein uS15
+分子 #21: Small ribosomal subunit protein bS16
+分子 #22: Small ribosomal subunit protein uS17
+分子 #23: Small ribosomal subunit protein bS18
+分子 #24: Small ribosomal subunit protein uS19
+分子 #25: Small ribosomal subunit protein bS20
+分子 #26: Small ribosomal subunit protein bS21
+分子 #31: Large ribosomal subunit protein uL2
+分子 #32: 50S ribosomal protein L3
+分子 #33: Large ribosomal subunit protein uL4
+分子 #34: Large ribosomal subunit protein uL5
+分子 #35: Large ribosomal subunit protein uL6
+分子 #36: Large ribosomal subunit protein uL13
+分子 #37: Large ribosomal subunit protein uL14
+分子 #38: Large ribosomal subunit protein uL15
+分子 #39: 50S ribosomal protein L16
+分子 #40: Large ribosomal subunit protein bL17
+分子 #41: Large ribosomal subunit protein uL18
+分子 #42: Large ribosomal subunit protein bL19
+分子 #43: Large ribosomal subunit protein bL20
+分子 #44: Large ribosomal subunit protein bL21
+分子 #45: Large ribosomal subunit protein uL23
+分子 #46: Large ribosomal subunit protein uL24
+分子 #47: Large ribosomal subunit protein bL25
+分子 #48: Large ribosomal subunit protein bL27
+分子 #49: Large ribosomal subunit protein bL28
+分子 #50: Large ribosomal subunit protein uL29
+分子 #51: Large ribosomal subunit protein uL30
+分子 #52: Large ribosomal subunit protein bL32
+分子 #6: 16S rRNA
+分子 #27: mRNA
+分子 #28: tRNA-fMet
+分子 #29: 23S rRNA
+分子 #30: 5S rRNA
+分子 #53: Arbekacin
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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ソフトウェア | 名称: EPU (ver. v2.11.1) |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.37 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |