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- EMDB-18030: Charging of vitreous samples in cryogenic electron microscopy mit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18030
タイトルCharging of vitreous samples in cryogenic electron microscopy mitigated by graphene - BfrB - Dataset 3 - Quantifoil 300 mesh R1.2/1.3 - Large Beam
マップデータ
試料
  • 複合体: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin BfrB
キーワードIRON STORAGE / FERROXIDASE / BACTERIAL FERRITIN / OCTAHEDRAL SYMMETRY. / METAL TRANSPORT / METAL BINDING PROTEIN
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者van schayck JP / Zhang Y / Ravelli RBG
資金援助 オランダ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
Health-HollandLSHM21029 オランダ
European Commission815128European Union
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2023
タイトル: Charging of Vitreous Samples in Cryogenic Electron Microscopy Mitigated by Graphene.
著者: Yue Zhang / J Paul van Schayck / Adrián Pedrazo-Tardajos / Nathalie Claes / Willem E M Noteborn / Peng-Han Lu / Hans Duimel / Rafal E Dunin-Borkowski / Sara Bals / Peter J Peters / Raimond B G Ravelli /
要旨: Cryogenic electron microscopy can provide high-resolution reconstructions of macromolecules embedded in a thin layer of ice from which atomic models can be built . However, the interaction between ...Cryogenic electron microscopy can provide high-resolution reconstructions of macromolecules embedded in a thin layer of ice from which atomic models can be built . However, the interaction between the ionizing electron beam and the sample results in beam-induced motion and image distortion, which limit the attainable resolutions. Sample charging is one contributing factor of beam-induced motions and image distortions, which is normally alleviated by including part of the supporting conducting film within the beam-exposed region. However, routine data collection schemes avoid strategies whereby the beam is not in contact with the supporting film, whose rationale is not fully understood. Here we characterize electrostatic charging of vitreous samples, both in imaging and in diffraction mode. We mitigate sample charging by depositing a single layer of conductive graphene on top of regular EM grids. We obtained high-resolution single-particle analysis (SPA) reconstructions at 2 Å when the electron beam only irradiates the middle of the hole on graphene-coated grids, using data collection schemes that previously failed to produce sub 3 Å reconstructions without the graphene layer. We also observe that the SPA data obtained with the graphene-coated grids exhibit a higher factor and reduced particle movement compared to data obtained without the graphene layer. This mitigation of charging could have broad implications for various EM techniques, including SPA and cryotomography, and for the study of radiation damage and the development of future sample carriers. Furthermore, it may facilitate the exploration of more dose-efficient, scanning transmission EM based SPA techniques.
履歴
登録2023年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18030.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18030.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 324 pix.
= 270.216 Å		0.83 Å/pix.
x 324 pix.
= 270.216 Å		0.83 Å/pix.
x 324 pix.
= 270.216 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.03766001 - 0.076360665
平均 (標準偏差)-0.000029619154 (±0.003517229)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 270.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18030_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18030_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN

全体名称: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN
要素
  • 複合体: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin BfrB

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超分子 #1: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN

超分子名称: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

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分子 #1: Ferritin BfrB

分子名称: Ferritin BfrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTEYEGPKTK FHALMQEQI H NEFTAAQQ YV AIAVYFD SED LPQLAK HFYS QAVEE RNHAM MLVQ HLLDRD LRV EIPGVDT VR NQFDRPRE A LALALDQER TVTDQVGRLT AVARDEGDF L GEQFMQWF LQ EQIEEVA LMA TLVRVA DRAG ANLFE ...文字列:
MTEYEGPKTK FHALMQEQI H NEFTAAQQ YV AIAVYFD SED LPQLAK HFYS QAVEE RNHAM MLVQ HLLDRD LRV EIPGVDT VR NQFDRPRE A LALALDQER TVTDQVGRLT AVARDEGDF L GEQFMQWF LQ EQIEEVA LMA TLVRVA DRAG ANLFE LENFV AREV DVAPAA SGA PHAAGGR L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 6000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2226 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 596238
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 596238
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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