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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17879 | |||||||||
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タイトル | Chaetomium thermophilum Rix1-complex | |||||||||
マップデータ | Chaetomium thermophilum Rix1-complex - local resolution filtered | |||||||||
試料 |
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キーワード | biogenesis / pre-60S / 5S RNP / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rixosome complex / nuclear pre-replicative complex / DNA-templated DNA replication / rRNA processing / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å | |||||||||
データ登録者 | Thoms M / Cheng J / Denk T / Berninghausen O / Beckmann R | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2023 タイトル: Structural insights into coordinating 5S RNP rotation with ITS2 pre-RNA processing during ribosome formation. 著者: Matthias Thoms / Benjamin Lau / Jingdong Cheng / Lisa Fromm / Timo Denk / Nikola Kellner / Dirk Flemming / Paulina Fischer / Laurent Falquet / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt / 要旨: The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from ...The rixosome defined in Schizosaccharomyces pombe and humans performs diverse roles in pre-ribosomal RNA processing and gene silencing. Here, we isolate and describe the conserved rixosome from Chaetomium thermophilum, which consists of two sub-modules, the sphere-like Rix1-Ipi3-Ipi1 and the butterfly-like Las1-Grc3 complex, connected by a flexible linker. The Rix1 complex of the rixosome utilizes Sda1 as landing platform on nucleoplasmic pre-60S particles to wedge between the 5S rRNA tip and L1-stalk, thereby facilitating the 180° rotation of the immature 5S RNP towards its mature conformation. Upon rixosome positioning, the other sub-module with Las1 endonuclease and Grc3 polynucleotide-kinase can reach a strategic position at the pre-60S foot to cleave and 5' phosphorylate the nearby ITS2 pre-rRNA. Finally, inward movement of the L1 stalk permits the flexible Nop53 N-terminus with its AIM motif to become positioned at the base of the L1-stalk to facilitate Mtr4 helicase-exosome participation for completing ITS2 removal. Thus, the rixosome structure elucidates the coordination of two central ribosome biogenesis events, but its role in gene silencing may adapt similar strategies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17879.map.gz | 2.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17879-v30.xml emd-17879.xml | 26.1 KB 26.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17879.png | 119.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17879.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_17879_additional_1.map.gz emd_17879_additional_2.map.gz emd_17879_additional_3.map.gz emd_17879_additional_4.map.gz emd_17879_additional_5.map.gz emd_17879_half_map_1.map.gz emd_17879_half_map_2.map.gz | 41.5 MB 2.6 MB 41.8 MB 77.8 MB 77.8 MB 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17879 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17879 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17879_validation.pdf.gz | 654.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17879_full_validation.pdf.gz | 654 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17879_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17879_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17879 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17879 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ptwMC 8puwC 8pv1C 8pv2C 8pv3C 8pv4C 8pv5C 8pv6C 8pv7C 8pv8C 8pvkC 8pvlC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Chaetomium thermophilum Rix1-complex - local resolution filtered | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex
ファイル | emd_17879_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Chaetomium thermophilum Rix1-complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - local...
ファイル | emd_17879_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - local resolution filtered | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry
ファイル | emd_17879_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - half map A
ファイル | emd_17879_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - half map B
ファイル | emd_17879_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | Chaetomium thermophilum Rix1-complex - C1 symmetry - half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - half map A
ファイル | emd_17879_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Chaetomium thermophilum Rix1-complex - half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Chaetomium thermophilum Rix1-complex - half map B
ファイル | emd_17879_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Chaetomium thermophilum Rix1-complex - half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Chaetomium thermophilum Rix1-complex
全体 | 名称: Chaetomium thermophilum Rix1-complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Chaetomium thermophilum Rix1-complex
超分子 | 名称: Chaetomium thermophilum Rix1-complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) |
-分子 #1: Pre-rRNA-processing protein IPI3
分子 | 名称: Pre-rRNA-processing protein IPI3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) |
分子量 | 理論値: 47.627816 KDa |
配列 | 文字列: MLTEEFVSAI CGPPLSSNTA IAKDVGIYCH TLSPSYSVKS TFKKSSVPVN CLAVSDTHIF AGQHEKAYVH VYSRLRGNQE AFVALPERI RCLILIGDIL VVGTTEGRLM LWEICTGRLV STPARHVQAV SCVAATPSHV LTGSDDSDIH VWSLSQLLEL D SAAEHEPL ...文字列: MLTEEFVSAI CGPPLSSNTA IAKDVGIYCH TLSPSYSVKS TFKKSSVPVN CLAVSDTHIF AGQHEKAYVH VYSRLRGNQE AFVALPERI RCLILIGDIL VVGTTEGRLM LWEICTGRLV STPARHVQAV SCVAATPSHV LTGSDDSDIH VWSLSQLLEL D SAAEHEPL RTLANHRAAI TALAVSPSDS ADTNFCVSAS KDKSCIIWNY QTGDALRTLI FPGYPLCMSL DPSSRAIFVS CE DSSLYVA EMFGEKPLLG PGSEDPSTVV QISTPFGATQ PDVGPASCLS VSYDGTMLLT GHPRGQIMRW DISENKSPVE LAN LNAAVT NLIFVSPFLT SKPTKTVNII KPSQAERAYT FTAQFEPMSF TKSRLDSLLN ATGFPADALE SAIVAFYQPV TQSA GDQEL QRQNEELWEI INEQRALQKE TLQRYVEAKS SR UniProtKB: Pre-rRNA-processing protein IPI3 |
-分子 #2: Pre-rRNA-processing protein RIX1
分子 | 名称: Pre-rRNA-processing protein RIX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) |
分子量 | 理論値: 84.849219 KDa |
配列 | 文字列: MTAPPDLRVV CHRLASTPVD SLPRLCPLLI NHVLRCGGPL SEPQDAKGKD RTSETAMLVH KFRTHITSLL TGKSPAGRFT AVCLIKAVI DVGGWESLRS AEPWIRGLIG VLQKPDPLSS KELSIVTLTK LYILLQDYQT LIREMATPTL PGYATACLQL I KPPASGRP ...文字列: MTAPPDLRVV CHRLASTPVD SLPRLCPLLI NHVLRCGGPL SEPQDAKGKD RTSETAMLVH KFRTHITSLL TGKSPAGRFT AVCLIKAVI DVGGWESLRS AEPWIRGLIG VLQKPDPLSS KELSIVTLTK LYILLQDYQT LIREMATPTL PGYATACLQL I KPPASGRP LKVPLNFVDT VAWSLSKLVV LYSTTMRPFS GQIKSALRPY IAPTSSDNVV VPQSLKENSR NLLILLTYTA PK NGSSDEW VKAIRATILD CHTTADQVFR AVRESWESTT GYHIQPVNAT GEPSGGGDSV DELPPWSGLQ AGAERLTGLL EYL TAYFNN PTRAPVNVPL GELLDLTTRL TLVIPPSLGA EDSIETNPAI GRDEKAELWS ALPDIHHAVL RLHCAIIRRL EANA IPLAT DIIDQMVRVS TASKQLPSVR ETAYILAKEI LLLAGSTLPK LTVDILIPLI QSSCHDILTA AGHAQPAQSQ SSVPV TASK QQKSSSPALT NADAFLPGQS SSSTPKTSTA SPVSQAASAL LPTFFTHLPQ KHLPPDIRGL LDRTAILSHN QSAMLA SCL HPYRDSRGRY YPSILPFLVR RFPRDESVEV LRSNLVKVGG SDASRGWDLS NGVTRDISYG REFAQEMISE EKGVVKE DE TFAKEIEPVK STAKPATSAN AWGVEMELDV EHVNVAPIPE TTNPFATVVG TTSQPSTLIQ PACPSSPLKR KSDAEEFD E GSRPKRVDTG KAVSHPQMAV ISSVPKPEED KSDESSDSEG SVQIDMTLED DEEDEEEEDE UniProtKB: Pre-rRNA-processing protein RIX1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 239033 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |