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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17718 | |||||||||
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タイトル | Neisseria meningitidis PilE, SB-GATDH variant, bound to the F10 nanobody | |||||||||
マップデータ | Raw map of the SB-GATDH variant of T4P bound to the F10 Nanobody | |||||||||
試料 |
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キーワード | Pilus / aggregation / adhesion / extracellular / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌) / Vicugna pacos (アルパカ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Fernandez-Martinez D / Dumenil G | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of type IV pili complexed with nanobodies reveal immune escape mechanisms. 著者: David Fernandez-Martinez / Youxin Kong / Sylvie Goussard / Agustin Zavala / Pauline Gastineau / Martial Rey / Gabriel Ayme / Julia Chamot-Rooke / Pierre Lafaye / Matthijn Vos / Ariel Mechaly ...著者: David Fernandez-Martinez / Youxin Kong / Sylvie Goussard / Agustin Zavala / Pauline Gastineau / Martial Rey / Gabriel Ayme / Julia Chamot-Rooke / Pierre Lafaye / Matthijn Vos / Ariel Mechaly / Guillaume Duménil / 要旨: Type IV pili (T4P) are prevalent, polymeric surface structures in pathogenic bacteria, making them ideal targets for effective vaccines. However, bacteria have evolved efficient strategies to evade ...Type IV pili (T4P) are prevalent, polymeric surface structures in pathogenic bacteria, making them ideal targets for effective vaccines. However, bacteria have evolved efficient strategies to evade type IV pili-directed antibody responses. Neisseria meningitidis are prototypical type IV pili-expressing Gram-negative bacteria responsible for life threatening sepsis and meningitis. This species has evolved several genetic strategies to modify the surface of its type IV pili, changing pilin subunit amino acid sequence, nature of glycosylation and phosphoforms, but how these modifications affect antibody binding at the structural level is still unknown. Here, to explore this question, we determine cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of pili of different sequence types with sufficiently high resolution to visualize posttranslational modifications. We then generate nanobodies directed against type IV pili which alter pilus function in vitro and in vivo. Cyro-EM in combination with molecular dynamics simulation of the nanobody-pilus complexes reveals how the different types of pili surface modifications alter nanobody binding. Our findings shed light on the impressive complementarity between the different strategies used by bacteria to avoid antibody binding. Importantly, we also show that structural information can be used to make informed modifications in nanobodies as countermeasures to these immune evasion mechanisms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17718.map.gz | 108.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17718-v30.xml emd-17718.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17718_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17718.png | 42.1 KB | ||
マスクデータ | emd_17718_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17718.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_17718_additional_1.map.gz emd_17718_half_map_1.map.gz emd_17718_half_map_2.map.gz | 191.5 MB 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17718 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17718 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17718_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17718_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17718_validation.xml.gz | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17718_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17718 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17718 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Raw map of the SB-GATDH variant of T4P bound to the F10 Nanobody | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17718_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: DL sharpened map of the SB-GATDH variant of...
ファイル | emd_17718_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DL sharpened map of the SB-GATDH variant of T4P bound to the F10 Nanobody | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_17718_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_17718_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Neisseria meningitidis PilE, variant SA-GATDH complexed with the ...
全体 | 名称: Neisseria meningitidis PilE, variant SA-GATDH complexed with the F10 nanobody |
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要素 |
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-超分子 #1: Neisseria meningitidis PilE, variant SA-GATDH complexed with the ...
超分子 | 名称: Neisseria meningitidis PilE, variant SA-GATDH complexed with the F10 nanobody タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌) |
-分子 #1: Pilin
分子 | 名称: Pilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌) |
分子量 | 理論値: 17.067182 KDa |
配列 | 文字列: FTLIELMIVI AIVGILAAVA LPAYQDYTAR AQVSEAILLA EGQKSAVTEY YLNHGEWPGD NSSAGVATSA DIKGKYVQSV TVANGVITA QMASSNVNNE IKSKKLSLWA KRQNGSVKWF CGQPVTRTTA TATDVAAANG KTDDKINTKH LPSTCRDDSS A S UniProtKB: Pilin |
-分子 #2: Nanobody F10
分子 | 名称: Nanobody F10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vicugna pacos (アルパカ) |
分子量 | 理論値: 15.855729 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAQLQLVESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFT LDQYAIGWFR QAPGKEREGV SCISSRGGAT NYAHSVKGRF TISRDNAKNT VYLQMNSLK PEDTAVYYCA AGVYTIVTGT GPEDGMDYWG KGTLVTVSSE PKTPKPQPAA ALEHHHHHH |
-分子 #3: SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE
分子 | 名称: SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: G3P |
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分子量 | 理論値: 172.074 Da |
Chemical component information | ChemComp-G3P: |
-分子 #4: (2~{R})-~{N}-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-methy...
分子 | 名称: (2~{R})-~{N}-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-methyl-4,6-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]-2,3-bis(oxidanyl)propanamide タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: WKE |
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分子量 | 理論値: 292.286 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |