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万見
- EMDB-17702: Cas9 bound to cognate DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17702
タイトルCas9 bound to cognate DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
マップデータMap sharpened using phenix.auto_sharpen_1.21rc1-4903 using _iso_to_d_cut procedure and 3.24A cutoff.
試料
  • 複合体: Complex of Cas9 bound to crRNA:tracrRNA and to a cognate DNA duplex
    • 複合体: CRISPR-associated endonuclease Cas9
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas9
    • 複合体: crRNA, chain B and tracrRNA, chain C
      • RNA: crRNA, chain B
      • RNA: tracrRNA, chain C
    • 複合体: DNA oligoduplex, target strand, chains D,E and DNA oligoduplex, non-target strand, chain F
      • DNA: DNA oligoduplex, target strand, chains D,E
      • DNA: DNA oligoduplex, non-target strand, chain F
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCas9 / CRISPR-Cas / PAM / spacer acquisition / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Sasnauskas G / Gaizauskaite U / Tamulaitiene G
資金援助リトアニア, 1件
OrganizationGrant number国
Research Council of LithuaniaS-MIP-19-32リトアニア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for spacer acquisition in a type II-A CRISPR-Cas system
著者: Sasnauskas G / Gaizauskaite U / Tamulaitiene G
履歴
登録2023年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17702.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17702.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map sharpened using phenix.auto_sharpen_1.21rc1-4903 using _iso_to_d_cut procedure and 3.24A cutoff.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.1 Å/pix.
x 200 pix.
= 220. Å		1.1 Å/pix.
x 200 pix.
= 220. Å		1.1 Å/pix.
x 200 pix.
= 220. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-22.785442 - 35.520446999999997
平均 (標準偏差)0.00000000000844 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 220.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17702_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_17702_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_17702_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_17702_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Cas9 bound to crRNA:tracrRNA and to a cognate DNA duplex

全体名称: Complex of Cas9 bound to crRNA:tracrRNA and to a cognate DNA duplex
要素
  • 複合体: Complex of Cas9 bound to crRNA:tracrRNA and to a cognate DNA duplex
    • 複合体: CRISPR-associated endonuclease Cas9
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas9
    • 複合体: crRNA, chain B and tracrRNA, chain C
      • RNA: crRNA, chain B
      • RNA: tracrRNA, chain C
    • 複合体: DNA oligoduplex, target strand, chains D,E and DNA oligoduplex, non-target strand, chain F
      • DNA: DNA oligoduplex, target strand, chains D,E
      • DNA: DNA oligoduplex, non-target strand, chain F
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Complex of Cas9 bound to crRNA:tracrRNA and to a cognate DNA duplex

超分子名称: Complex of Cas9 bound to crRNA:tracrRNA and to a cognate DNA duplex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: CRISPR-associated endonuclease Cas9

超分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas9 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)

+
超分子 #3: crRNA, chain B and tracrRNA, chain C

超分子名称: crRNA, chain B and tracrRNA, chain C / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)

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超分子 #4: DNA oligoduplex, target strand, chains D,E and DNA oligoduplex, n...

超分子名称: DNA oligoduplex, target strand, chains D,E and DNA oligoduplex, non-target strand, chain F
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas9

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 162.498531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌)
配列文字列: MTKPYSIGLD IGTNSVGWAV ITDNYKVPSK KMKVLGNTSK KYIKKNLLGV LLFDSGITAE GRRLKRTARR RYTRRRNRIL YLQEIFSTE MATLDDAFFQ RLDDSFLVPD DKRDSKYPIF GNLVEEKVYH DEFPTIYHLR KYLADSTKKA DLRLVYLALA H MIKYRGHF ...文字列:
MTKPYSIGLD IGTNSVGWAV ITDNYKVPSK KMKVLGNTSK KYIKKNLLGV LLFDSGITAE GRRLKRTARR RYTRRRNRIL YLQEIFSTE MATLDDAFFQ RLDDSFLVPD DKRDSKYPIF GNLVEEKVYH DEFPTIYHLR KYLADSTKKA DLRLVYLALA H MIKYRGHF LIEGEFNSKN NDIQKNFQDF LDTYNAIFES DLSLENSKQL EEIVKDKISK LEKKDRILKL FPGEKNSGIF SE FLKLIVG NQADFRKCFN LDEKASLHFS KESYDEDLET LLGYIGDDYS DVFLKAKKLY DAILLSGFLT VTDNETEAPL SSA MIKRYN EHKEDLALLK EYIRNISLKT YNEVFKDDTK NGYAGYIDGK TNQEDFYVYL KNLLAEFEGA DYFLEKIDRE DFLR KQRTF DNGSIPYQIH LQEMRAILDK QAKFYPFLAK NKERIEKILT FRIPYYVGPL ARGNSDFAWS IRKRNEKITP WNFED VIDK ESSAEAFINR MTSFDLYLPE EKVLPKHSLL YETFNVYNEL TKVRFIAESM RDYQFLDSKQ KKDIVRLYFK DKRKVT DKD IIEYLHAIYG YDGIELKGIE KQFNSSLSTY HDLLNIINDK EFLDDSSNEA IIEEIIHTLT IFEDREMIKQ RLSKFEN IF DKSVLKKLSR RHYTGWGKLS AKLINGIRDE KSGNTILDYL IDDGISNRNF MQLIHDDALS FKKKIQKAQI IGDEDKGN I KEVVKSLPGS PAIKKGILQS IKIVDELVKV MGGRKPESIV VEMARENQYT NQGKSNSQQR LKRLEKSLKE LGSKILKEN IPAKLSKIDN NALQNDRLYL YYLQNGKDMY TGDDLDIDRL SNYDIDHIIP QAFLKDNSID NKVLVSSASN RGKSDDFPSL EVVKKRKTF WYQLLKSKLI SQRKFDNLTK AERGGLLPED KAGFIQRQLV ETRQITKHVA RLLDEKFNNK KDENNRAVRT V KIITLKST LVSQFRKDFE LYKVREINDF HHAHDAYLNA VIASALLKKY PKLEPEFVYG DYPKYNSFRE RKSATEKVYF YS NIMNIFK KSISLADGRV IERPLIEVNE ETGESVWNKE SDLATVRRVL SYPQVNVVKK VEEQNHGLDR GKPKGLFNAN LSS KPKPNS NENLVGAKEY LDPKKYGGYA GISNSFAVLV KGTIEKGAKK KITNVLEFQG ISILDRINYR KDKLNFLLEK GYKD IELII ELPKYSLFEL SDGSRRMLAS ILSTNNKRGE IHKGNQIFLS QKFVKLLYHA KRISNTINEN HRKYVENHKK EFEEL FYYI LEFNENYVGA KKNGKLLNSA FQSWQNHSID ELCSSFIGPT GSERKGLFEL TSRGSAADFE FLGVKIPRYR DYTPSS LLK DATLIHQSVT GLYETRIDLA KLGEGLEGHH HHHH

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas9

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分子 #2: crRNA, chain B

分子名称: crRNA, chain B / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 13.609083 KDa
配列文字列:
CGCUAAAGAG GAAGAGGACA GUUUUAGAGC UGUGUUGUUU CG

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分子 #3: tracrRNA, chain C

分子名称: tracrRNA, chain C / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 24.119357 KDa
配列文字列:
CGAAACAACA CAGCGAGUUA AAAUAAGGCU UAGUCCGUAC UCAACUUGAA AAGGUGGCAC CGAUUCGGUG UUUUU

GENBANK: GENBANK: HQ712120.1

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分子 #4: DNA oligoduplex, target strand, chains D,E

分子名称: DNA oligoduplex, target strand, chains D,E / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.670199 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA) (DG)(DC)(DG)

+
分子 #5: DNA oligoduplex, non-target strand, chain F

分子名称: DNA oligoduplex, non-target strand, chain F / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.718427 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DC)

+
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1744 / 平均露光時間: 46.33 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 894269 / 詳細: Blob picking in cryoSPARC live session
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab-initio cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / 使用した粒子像数: 119790
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8pj9:
Cas9 bound to cognate DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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