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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant in 3-down with binding site of an entry inhibitor | |||||||||||||||
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![]() | Spike / SARS COV-2 / Inhibitor / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||||||||
![]() | Adhav A / Forcada-Nadal A / Marco-Marin C / Lopez-Redondo ML / Llacer JL | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: C-2 Thiophenyl Tryptophan Trimers Inhibit Cellular Entry of SARS-CoV-2 through Interaction with the Viral Spike (S) Protein. 著者: Marta Gargantilla / Clara Francés / Anmol Adhav / Alicia Forcada-Nadal / Belén Martínez-Gualda / Olaia Martí-Marí / María Luisa López-Redondo / Roberto Melero / Clara Marco-Marín / ...著者: Marta Gargantilla / Clara Francés / Anmol Adhav / Alicia Forcada-Nadal / Belén Martínez-Gualda / Olaia Martí-Marí / María Luisa López-Redondo / Roberto Melero / Clara Marco-Marín / Nadine Gougeard / Carolina Espinosa / Antonio Rubio-Del-Campo / Rafael Ruiz-Partida / María Del Pilar Hernández-Sierra / Laura Villamayor-Belinchón / Jerónimo Bravo / José-Luis Llacer / Alberto Marina / Vicente Rubio / Ana San-Félix / Ron Geller / María-Jesús Pérez-Pérez / ![]() 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) causes COVID-19, by infecting cells via the interaction of its spike protein (S) with the primary cell receptor angiotensin-converting ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) causes COVID-19, by infecting cells via the interaction of its spike protein (S) with the primary cell receptor angiotensin-converting enzyme (ACE2). To search for inhibitors of this key step in viral infection, we screened an in-house library of multivalent tryptophan derivatives. Using VSV-S pseudoparticles, we identified compound as a potent entry inhibitor lacking cellular toxicity. Chemical optimization of rendered compounds and , which also potently inhibited genuine SARS-CoV-2 cell entry. Thermofluor and microscale thermophoresis studies revealed their binding to S and to its isolated receptor binding domain (RBD), interfering with the interaction with ACE2. High-resolution cryoelectron microscopy structure of S, free or bound to , shed light on cell entry inhibition mechanisms by these compounds. Overall, this work identifies and characterizes a new class of SARS-CoV-2 entry inhibitors with clear potential for preventing and/or fighting COVID-19. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 347.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 44.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 422.1 MB 422.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8p9yMC ![]() 8p99C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17578_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17578_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Spike glycoprotein - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
全体 | 名称: Spike glycoprotein - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Spike glycoprotein - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
超分子 | 名称: Spike glycoprotein - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Spike protein S1,Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike protein S1,Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 140.904109 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA CVNLTTRTQL PPAYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPV LPFNDGVYFA STEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLGV YYHKNNKSWM E SEFRVYSS ...文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA CVNLTTRTQL PPAYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPV LPFNDGVYFA STEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLGV YYHKNNKSWM E SEFRVYSS ANNCTFEYVS QPFLMDLEGK QGNFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPINL VRDLPQGFSA LEPLVDLPIG IN ITRFQTL LALHRSYLTP GDSSSGWTAG AAAYYVGYLQ PRTFLLKYNE NGTITDAVDC ALDPLSETKC TLKSFTVEKG IYQ TSNFRV QPTESIVRFP NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTN VYADS FVIRGDEVRQ IAPGQTGKIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN NLDSKVGGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQ AGST PCNGVEGFNC YFPLQSYGFQ PTNGVGYQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTE SNK KFLPFQQFGR DIADTTDAVR DPQTLEILDI TPCSFGGVSV ITPGTNTSNQ VAVLYQGVNC TEVPVAIHAD QLTPTWR VY STGSNVFQTR AGCLIGAEHV NNSYECDIPI GAGICASYQT QTNSPASVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTN F TISVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKDF GGFNFSQILP DPSKPSKRSF IEDLLFNKVT LADAGFIKQY GDCLGDIAAR DLICAQKFNG LTVLPPLLTD EMIAQYTSAL LAGTITSGW TFGAGAALQI PFAMQMAYRF NGIGVTQNVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQD SLSSTASALG KLQDVVNQNA Q ALNTLVKQ LSSNFGAISS VLNDILSRLD PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QS KRVDFCG KGYHLMSFPQ SAPHGVVFLH VTYVPAQEKN FTTAPAICHD GKAHFPREGV FVSNGTHWFV TQRNFYEPQI ITT DNTFVS GNCDVVIGIV NNTVYDPLQP ELDSFKEELD KYFKNHTSPD VDLGDISGIN ASVVNIQKEI DRLNEVAKNL NESL IDLQE LGKYEQYIKW PLVPRGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVFL STFLSPHHHH HHHHHEQKLI SEEDL UniProtKB: Spike glycoprotein, Spike glycoprotein |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 24 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #5: [(2~{S})-2-[[4-(2-azanylethanoylamino)-7-[[(2~{S})-3-[2-(4-nitrop...
分子 | 名称: [(2~{S})-2-[[4-(2-azanylethanoylamino)-7-[[(2~{S})-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]-1-oxidanylidene-1-sodiooxy-propan-2-yl]amino]-4-[3-[[(2~{S})-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl- ...名称: [(2~{S})-2-[[4-(2-azanylethanoylamino)-7-[[(2~{S})-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]-1-oxidanylidene-1-sodiooxy-propan-2-yl]amino]-4-[3-[[(2~{S})-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]-1-oxidanylidene-1-sodiooxy-propan-2-yl]amino]-3-oxidanylidene-propyl]-7-oxidanylidene-heptanoyl]amino]-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]propanoyl]oxysodium タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: XIO |
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分子量 | 理論値: 1.322402 KDa |
Chemical component information | ![]() ChemComp-XIO: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: HEPES pH 7.2 150 mM NaCl |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97094 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |