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万見
- EMDB-17467: Subtomogram representing a segment of the outer wall of empty ger... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17467
タイトルSubtomogram representing a segment of the outer wall of empty germinated polar tubes from Vairimorpha necatrix.
マップデータMerged map after refinement.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-filled, germinated polar tubes from Vairimorpha necatrix.
キーワードPolar tube / Subtomogram / Microsporidia / CELL INVASION
生物種Vairimorpha necatrix (菌類)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.7 Å
データ登録者Sharma H / Ehrenbolger K / Jespersen N / Carlson LA / Barandun J
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)948655European Union
European Commission101033469European Union
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Ribosome clustering and surface layer reorganization in the microsporidian host-invasion apparatus
著者: Sharma H / Jespersen N / Ehrenbolger K / Carlson LA / Barandun J
履歴
登録2023年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2024年1月10日-
現状2024年1月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17467.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17467.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 128.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Merged map after refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.69 Å/pix.
x 32 pix.
= 278.08 Å		8.69 Å/pix.
x 32 pix.
= 278.08 Å		8.69 Å/pix.
x 32 pix.
= 278.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.65
最小 - 最大-3.2923517 - 3.8827245
平均 (標準偏差)-0.023148216 (±0.7687313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-16-16-16
サイズ323232
Spacing323232
セルA=B=C: 278.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17467_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 from refinement.

ファイルemd_17467_half_map_1.map
注釈Half map 1 from refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1 from refinement.

ファイルemd_17467_half_map_2.map
注釈Half map 1 from refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-fil...

全体名称: Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-filled, germinated polar tubes from Vairimorpha necatrix.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-filled, germinated polar tubes from Vairimorpha necatrix.

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超分子 #1: Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-fil...

超分子名称: Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-filled, germinated polar tubes from Vairimorpha necatrix.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類) / 器官: Polar tube / 細胞中の位置: spores

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
1.0 mMC4H11NO3Tris-HCl
0.17 mMKClPotassium Chloride
10.0 mMC10H16N2O8EDTA

詳細: Germination buffer (0.17 mM KCl, 1 mM Tris-HCl (pH 8.0), 10 mM EDTA)
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Subtomogram representing a segment of the outer wall of cargo-filled, germinated polar tubes from Vairimorpha nectrix.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.91) / 使用したサブトモグラム数: 1479
抽出トモグラム数: 21 / 使用した粒子像数: 19576
参照モデル: Generated by averaging manually picked particles
ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.532)
詳細: Particles were picked manually combined with surface models in the Dynamo package.
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 1479 / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.532)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.532)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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