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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Single particle cryo-EM structure of homohexameric 2-oxoglutarate dehydrogenase OdhA from Corynebacterium glutamicum following reaction with the 2-oxoglutarate analogue succinyl phosphonate | |||||||||
![]() | OdhA_SP main_map_dens_mod | |||||||||
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![]() | 2-oxoglutarate dehydrogenase / ODH / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.26 Å | |||||||||
![]() | Yang L / Mechaly AM / Bellinzoni M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High resolution cryo-EM and crystallographic snapshots of the actinobacterial two-in-one 2-oxoglutarate dehydrogenase. 著者: Lu Yang / Tristan Wagner / Ariel Mechaly / Alexandra Boyko / Eduardo M Bruch / Daniela Megrian / Francesca Gubellini / Pedro M Alzari / Marco Bellinzoni / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Actinobacteria possess unique ways to regulate the oxoglutarate metabolic node. Contrary to most organisms in which three enzymes compose the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex (ODH), ...Actinobacteria possess unique ways to regulate the oxoglutarate metabolic node. Contrary to most organisms in which three enzymes compose the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex (ODH), actinobacteria rely on a two-in-one protein (OdhA) in which both the oxidative decarboxylation and succinyl transferase steps are carried out by the same polypeptide. Here we describe high-resolution cryo-EM and crystallographic snapshots of representative enzymes from Mycobacterium smegmatis and Corynebacterium glutamicum, showing that OdhA is an 800-kDa homohexamer that assembles into a three-blade propeller shape. The obligate trimeric and dimeric states of the acyltransferase and dehydrogenase domains, respectively, are critical for maintaining the overall assembly, where both domains interact via subtle readjustments of their interfaces. Complexes obtained with substrate analogues, reaction products and allosteric regulators illustrate how these domains operate. Furthermore, we provide additional insights into the phosphorylation-dependent regulation of this enzymatic machinery by the signalling protein OdhI. #1: ![]() タイトル: High resolution cryo-EM and crystallographic snapshots of the large actinobacterial 2-oxoglutarate dehydrogenase: an all-in-one fusion with unique properties 著者: Yang L / Wagner T / Mechaly A / Boyko A / Bruch EM / Megrian D / Gubellini F / Alzari PM / Bellinzoni M | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 232.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 76.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 318 MB 318 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8p5wMC ![]() 8p5rC ![]() 8p5sC ![]() 8p5tC ![]() 8p5uC ![]() 8p5vC ![]() 8p5xC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | OdhA_SP main_map_dens_mod | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: OdhA SP half map 1 no mask cryoSPARC
ファイル | emd_17455_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | OdhA_SP half_map_1_no_mask_cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: OdhA SP half map 2 no mask cryoSPARC
ファイル | emd_17455_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | OdhA_SP half_map_2_no_mask_cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Homohexameric 2-oxoglutarate dehydrogenase
全体 | 名称: Homohexameric 2-oxoglutarate dehydrogenase |
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要素 |
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-超分子 #1: Homohexameric 2-oxoglutarate dehydrogenase
超分子 | 名称: Homohexameric 2-oxoglutarate dehydrogenase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 808 KDa |
-分子 #1: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1/E2 component
分子 | 名称: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1/E2 component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 134.972078 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSMSSASTFG QNAWLVDEMF QQFQKDPKSV DKEWRELFEA QGGPNTTPAT TEAQPSAPKE SAKPAPKAAP AAKAAPRVET KPADKTAPK AKESSVPQQP KLPEPGQTPI RGIFKSIAKN MDISLEIPTA TSVRDMPARL MFENRAMVND QLKRTRGGKI S FTHIIGYA ...文字列: GSMSSASTFG QNAWLVDEMF QQFQKDPKSV DKEWRELFEA QGGPNTTPAT TEAQPSAPKE SAKPAPKAAP AAKAAPRVET KPADKTAPK AKESSVPQQP KLPEPGQTPI RGIFKSIAKN MDISLEIPTA TSVRDMPARL MFENRAMVND QLKRTRGGKI S FTHIIGYA MVKAVMAHPD MNNSYDVIDG KPTLIVPEHI NLGLAIDLPQ KDGSRALVVA AIKETEKMNF SEFLAAYEDI VA RSRKGKL TMDDYQGVTV SLTNPGGIGT RHSVPRLTKG QGTIIGVGSM DYPAEFQGAS EDRLAELGVG KLVTITSTYD HRV IQGAVS GEFLRTMSRL LTDDSFWDEI FDAMNVPYTP MRWAQDVPNT GVDKNTRVMQ LIEAYRSRGH LIADTNPLSW VQPG MPVPD HRDLDIETHN LTIWDLDRTF NVGGFGGKET MTLREVLSRL RAAYTLKVGS EYTHILDRDE RTWLQDRLEA GMPKP TQAE QKYILQKLNA AEAFENFLQT KYVGQKRFSL EGAEALIPLM DSAIDTAAGQ GLDEVVIGMP HRGRLNVLFN IVGKPL ASI FNEFEGQMEQ GQIGGSGDVK YHLGSEGQHL QMFGDGEIKV SLTANPSHLE AVNPVMEGIV RAKQDYLDKG VDGKTVV PL LLHGDAAFAG LGIVPETINL AKLRGYDVGG TIHIVVNNQI GFTTTPDSSR SMHYATDYAK AFGCPVFHVN GDDPEAVV W VGQLATEYRR RFGKDVFIDL VCYRLRGHNE ADDPSMTQPK MYELITGRET VRAQYTEDLL GRGDLSNEDA EAVVRDFHD QMESVFNEVK EGGKKQAEAQ TGITGSQKLP HGLETNISRE ELLELGQAFA NTPEGFNYHP RVAPVAKKRV SSVTEGGIDW AWGELLAFG SLANSGRLVR LAGEDSRRGT FTQRHAVAID PATAEEFNPL HELAQSKGNN GKFLVYNSAL TEYAGMGFEY G YSVGNEDS IVAWEAQFGD FANGAQTIID EYVSSGEAKW GQTSKLILLL PHGYEGQGPD HSSARIERFL QLCAEGSMTV AQ PSTPANH FHLLRRHALS DLKRPLVIFT PKSMLRNKAA ASAPEDFTEV TKFQSVINDP NVADAAKVKK VMLVSGKLYY ELA KRKEKD GRDDIAIVRI EMLHPIPFNR ISEALAGYPN AEEVLFVQDE PANQGPWPFY QEHLPELIPN MPKMRRVSRR AQSS TATGV AKVHQLEEKQ LIDEAFEA UniProtKB: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1/E2 component |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: ACETYL COENZYME *A
分子 | 名称: ACETYL COENZYME *A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ACO |
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分子量 | 理論値: 809.571 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ACO: |
-分子 #4: (4~{S})-4-[(2~{R})-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4...
分子 | 名称: (4~{S})-4-[(2~{R})-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-[2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxyethyl]-2~{H}-1,3-thiazol-2-yl]-4-oxidanyl-4-phosphono-butanoic acid タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: QSP |
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分子量 | 理論値: 608.391 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-QSP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 12.0 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16647 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / 詳細: Each image was composed by 60 frames |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-8p5w: |