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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17438 | |||||||||
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タイトル | Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin, the tail region of the toxin | |||||||||
マップデータ | EM density for the bottom part of the protein. It was used to prepare the composite map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacterial toxin / TOXIN (毒素) | |||||||||
機能・相同性 | TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / Toxin protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Belyy A / Heilen P / Hofnagel O / Raunser S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure and activation mechanism of the Makes caterpillars floppy 1 toxin. 著者: Alexander Belyy / Philipp Heilen / Philine Hagel / Oliver Hofnagel / Stefan Raunser / 要旨: The bacterial Makes caterpillars floppy 1 (Mcf1) toxin promotes apoptosis in insects, leading to loss of body turgor and death. The molecular mechanism underlying Mcf1 intoxication is poorly ...The bacterial Makes caterpillars floppy 1 (Mcf1) toxin promotes apoptosis in insects, leading to loss of body turgor and death. The molecular mechanism underlying Mcf1 intoxication is poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of Mcf1 from Photorhabdus luminescens, revealing a seahorse-like shape with a head and tail. While the three head domains contain two effectors, as well as an activator-binding domain (ABD) and an autoprotease, the tail consists of two putative translocation and three putative receptor-binding domains. Rearrangement of the tail moves the C-terminus away from the ABD and allows binding of the host cell ADP-ribosylation factor 3, inducing conformational changes that position the cleavage site closer to the protease. This distinct activation mechanism that is based on a hook-loop interaction results in three autocleavage reactions and the release of two toxic effectors. Unexpectedly, the BH3-like domain containing ABD is not an active effector. Our findings allow us to understand key steps of Mcf1 intoxication at the molecular level. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17438.map.gz | 16.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17438-v30.xml emd-17438.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17438.png | 72.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17438.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_17438_half_map_1.map.gz emd_17438_half_map_2.map.gz | 60.1 MB 60.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17438 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | EM density for the bottom part of the protein. It was used to prepare the composite map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: First half-map
ファイル | emd_17438_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | First half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Second half-map
ファイル | emd_17438_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Second half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin
全体 | 名称: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin |
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要素 |
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-超分子 #1: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin
超分子 | 名称: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
-分子 #1: Makes caterpillars floppy toxin (MCF)
分子 | 名称: Makes caterpillars floppy toxin (MCF) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SEQKLISEED LSMASISKDF TNLLNTLIDG QIGAASRQTE WFNMSPDERT DYIKQVDERL QEMQQSTLSV LAAQHFQMQD NPVSVGDQLQ TLQKRRQQMT DVPGTPAINA YKQQLDRDIL LYRRQQTAMT HFDSTWRKVL VMLGPDDSKP ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SEQKLISEED LSMASISKDF TNLLNTLIDG QIGAASRQTE WFNMSPDERT DYIKQVDERL QEMQQSTLSV LAAQHFQMQD NPVSVGDQLQ TLQKRRQQMT DVPGTPAINA YKQQLDRDIL LYRRQQTAMT HFDSTWRKVL VMLGPDDSKP LNATTLRENA VDKQAKLDTE IKRLEQQLTI QVADSTFSQK YVTLFSELQA YKDVNARYNA LLKASATEEA AALGALTKVP QASDDLPVNI SLLMMEERPG YIRMNVALVN ASTDGRFKDF FLENGRLVVL TDGVLNFSFG TAARSLAWQQ QYRLKSEPPS FRSPTYTPIR SVLVKTEFVE KYFANYLVSE STLRGGFKAQ LLGNGRKMLL TSVDRKVPNQ IGIQVSGQAP NTTITREVPL ASALSDLINQ NADIASFRTI GLEGFRQSSY HPDRDGLFVN IHELERSVGF AGRQYLLEMP QDNDYLSATP FGVMSVDGDK VSSSHLSKAQ TDTLYQYNAA FFEKLEQLRS GGMKASRLFE GSIERTAFVQ QLVRLLERNH ITPAGVLAPE YPRDNMRDIK GNNLNKVLWE QAFAASVWRS RDNDPLLFRL ATRLVKNPAV VKVLQNGYVQ SDIAQARELL APLYEQWRTR AVEAETQRVA SANAAQHPSN PKVHVFDQAE VERSLDDKLL ILLLTGPQSL EGTDVQLRPM VEAALLSNEG RSLRKQILFH ALRPVADSFS KAAAPVNPHA ELGVGKIMIN NRLNQPDPYL ILNTSSEEQA YRDGSYLIKD DKYRSYNQFR PDFKNDATRY MNDLDTPFVG GISGTTQTVS NVLTELFGGA LSVKQYWQFQ MANAAFMIRN GYHSFFETFY VAARYEPEGA DSIGKEMLQM FDKYRVEGSK KALQGKLYDG VMARVLPIIN QGLSAADEFH PPRFTRIGPR PALLGQAVKD LELKAGLTSV GDGFEPRQGS ADIHQFVTDP VLFAKTHTVS AEALVRSGRL PAEGSAQLVK VGSGLYELEY TEQSANDISS SSIPAYFLGY NGPNQANAVP AYVDIPKRTI AGNFLFTGTL SGGSLVVTSL DANTFRVYHD GRVNSSLLYD NVVMAVDYKD YQIAGTAEGL AAAYMQYVNH EWQLVLQRQE YQRDGQMLRL RLRDDEEPLS IQVADSQVVE RNQAQFVAYR EQIHQQLKKV ATQFEVSISG VSDGVYTEGE FSPDHPAIAA WAKLCAEVYD RINADTKQLV DKRNKLYENR RNTIRRDLIN QQIKQLNITL EYYKAQYDTV LREAGFVEQS WLWQQIKAKN GSAAVVRIDD TAIQGGGKQR TDSVGERYAI SEAYQRGARG TGFSDGLRNF REIEIPGVDD KMSALEMKRL FLEGKLTSEQ QGALSGRITE TSRAEYIDKV LRQTAVFSED FHDAGSVFDR LVPQDFYLSL VGDRSGGRCY PLVRAMTVAL ASGGEAGINS LVQKLFFASA DPQAGSSTLL RNSLIKLHSN VEAVQASTEL GQFGLSEVVS RLAATTGTSM FALNTQNHSM MVGSTVTTEG RRYYFYDPNV GIFAFDNTKS LSRAMEQHLV GRRLAVHYGS FGSKSAPAFN LIEIDTGKMA EVPVGNGLNV ADLTRFEELS SVIGQRRQVE QVMSAQERIT EDLQLSTALQ AFDAEQWGAR FEAASTRLAQ EHQLDSRWLP IIATTEEQGE GRYRVQFINR DQPEQTRWLD TDDSTFVEFR RFVDEHMSVL NEHFTLESGR MRPRGGVGEA APVDGLNAGF AVQALIQWFS DKNRHDAANG MASPDLATAL KVHSYLNFVQ MVHGGVQDVI KVTALVRTAL RGEVVAAQTS FKEFALSLGH TVNEGVGVLF GGAMIGLDAY ELAHAENDVQ KAVFGTQLAF DSASFVTGAA GIGAGLVGAS TAGAVLGGAG VILGGLAVGF TALAQAFGAV AEDAKAVGRY FDTVDKAYKG NGYRYDNEKQ VLVPLAGAVI KTLDLSKNQI DFDSQYIYRT HSGSTGSGKI NYFFWVGDFP RMVHDRGQAI EVRSGIGYKD VSRPLEHGDS NVVILPGTPK SYISYEYMLL PGATTRHDAG FDVIRRLEED KRFDYDFYIF PGEETIRRIH HEYVDTPIEV VLDQRNRQLV APELPKELHG FLCYEIKGAG GEYLIGLNEG AKVNLTSDVA STWIIDSSQL ASDSISVSKD QLLVGEKGKE VVVKLYLAQN SQVLVVNGKG EVRKVDFTSL TAQVISEDAS KWQVPGQQIE QHLSDLAKAH QLHGQYVVVE NYRHQGRDVG RAFYDVTKDR MLFTDTTNEQ AKRAQLGAVM GDYAYFYDAD NAVAWRVDIA TGQVDAQFEP WFNQNAGHIS RFWQEGDVVY LARRYRLKER EAELGYRIIG DRMELVSAVG DDALLQLSAR IGRHGDELEA ILQGYRSNST QRGTLMYTLG ARLIQPTSAA LVTVFGVDAA GVPHRYWIRT SDGTLIKPNL APPADQTLHF EAHEQTRSAW QIPADLVLAG SMPLLGGKEV FFFYSKEQKT LFRQEGPGQE VLDANQPSAL RVTTPALTNV INLNGHLVVV TEDGRVARLD ALGQLSYAAV NEHWLKGRIH WWQDLTSVTD GRATLAVFGV KDTDGKSLLP VWYHNGQVVV ASAALQDKHP QFLGFEVDGS SARLFEPASG KLYRQPAMTA DALAAAFGTD EVLEASAQLP AANELEPELH LKAAEQVDAG LRLTTVKGEI LLRTHDGKLQ LVAVDKDWQQ DNLVRLSQAL AEVAGQWRVK GVLTLQGDDT QGWFDVGSGQ VFSIGGIPAT DNLRFIGIAV GKKGAYVYNP TDQMLYQVKE SGAQKLNHYA DVERIGSSLL LQDGGKGDLS PMLIAGVDSV VLHGGAGSDT YRLSQTMWSY YRTVVIDNDD PNQVLDRLII LAVDAEKIFV SRHEDDLMLT DSVNGTVLVI RKVFGSQAVT HRHLQIDLEG SSSVISVDHL VKGFTRLGTA NIGLFELPWA IELDYKDDDD K UniProtKB: Toxin protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 21741 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 363044 |