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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Vaccinia Virus palisade layer A10 trimer | |||||||||
![]() | Final map after Phenix density modification of RELION-refined Vaccinia virus A10 trimer cryo-EM data. | |||||||||
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![]() | Poxvirus / Vaccinia Virus / core / cryo-electron tomography / AlphaFold / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Poxvirus P4A / Poxvirus P4A protein / virion component / structural molecule activity / Major core protein OPG136 precursor![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Datler J / Hansen JM / Thader A / Schloegl A / Hodirnau VV / Schur FKM | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Multi-modal cryo-EM reveals trimers of protein A10 to form the palisade layer in poxvirus cores. 著者: Julia Datler / Jesse M Hansen / Andreas Thader / Alois Schlögl / Lukas W Bauer / Victor-Valentin Hodirnau / Florian K M Schur / ![]() 要旨: Poxviruses are among the largest double-stranded DNA viruses, with members such as variola virus, monkeypox virus and the vaccination strain vaccinia virus (VACV). Knowledge about the structural ...Poxviruses are among the largest double-stranded DNA viruses, with members such as variola virus, monkeypox virus and the vaccination strain vaccinia virus (VACV). Knowledge about the structural proteins that form the viral core has remained sparse. While major core proteins have been annotated via indirect experimental evidence, their structures have remained elusive and they could not be assigned to individual core features. Hence, which proteins constitute which layers of the core, such as the palisade layer and the inner core wall, has remained enigmatic. Here we show, using a multi-modal cryo-electron microscopy (cryo-EM) approach in combination with AlphaFold molecular modeling, that trimers formed by the cleavage product of VACV protein A10 are the key component of the palisade layer. This allows us to place previously obtained descriptions of protein interactions within the core wall into perspective and to provide a detailed model of poxvirus core architecture. Importantly, we show that interactions within A10 trimers are likely generalizable over members of orthopox- and parapoxviruses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 61.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 77.6 MB 99 MB 99.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8p4kMC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map after Phenix density modification of RELION-refined Vaccinia virus A10 trimer cryo-EM data. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Final map after Phenix density modification of RELION-refined...
ファイル | emd_17410_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Final map after Phenix density modification of RELION-refined Vaccinia virus A10 trimer cryo-EM data. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Final map after Phenix density modification of RELION-refined...
ファイル | emd_17410_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Final map after Phenix density modification of RELION-refined Vaccinia virus A10 trimer cryo-EM data. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 10A low-pass filtered map after Phenix density modification...
ファイル | emd_17410_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 10A low-pass filtered map after Phenix density modification of RELION-refined Vaccinia virus A10 trimer cryo-EM data. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Vaccinia virus Western Reserve
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Vaccinia virus Western Reserve
超分子 | 名称: Vaccinia virus Western Reserve / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Purified from HeLa cells infected with Vaccinia Virus Western Reserve. NCBI-ID: 696871 / 生物種: Vaccinia virus Western Reserve / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Core protein OPG136
分子 | 名称: Core protein OPG136 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 69.068242 KDa |
配列 | 文字列: MMPIKSIVTL DQLEDSEYLF RIVSTVLPHL CLDYKVCDQL KTTFVHPFDI LLNNSLGSVT KQDELQAAIS KLGINYLIDT TSRELKLFN VTLNAGNIDI INTPINISSE TNPIINTHSF YDLPPFTQHL LNIRLTDTEY RARFIGGYIK PDGSDSMDVL A EKKYPDLN ...文字列: MMPIKSIVTL DQLEDSEYLF RIVSTVLPHL CLDYKVCDQL KTTFVHPFDI LLNNSLGSVT KQDELQAAIS KLGINYLIDT TSRELKLFN VTLNAGNIDI INTPINISSE TNPIINTHSF YDLPPFTQHL LNIRLTDTEY RARFIGGYIK PDGSDSMDVL A EKKYPDLN FDNTYLFNIL YKDVINAPIK EFKAKIVNGV LSRQDFDNLI GVRQYITIQD RPRFDDAYNI ADAARHYGVN LN TLPLPNV DLTTMPTYKH LIMFEQYFIY TYDRVDIYYN GNKMLFDDEI INFTISMRYQ SLIPRLVDFF PDIPVNNNIV LHT RDPQNA AVNVTVALPN VQFVDINRNN KFFINFFNLL AKEQRSTAIK VTKSMFWDGM DYEEYKSKNL QDMMFINSTC YVFG LYNHN NTTYCSILSD IISAEKTPIR VCLLPRVVGG KTVTNLISET LKSISSMTIR EFPRKDKSIM HIGLSETGFM RFFQL LRLM ADKPHETAIK EVVMAYVGIK LGDKGSPYYI RKESYQDFIY LLFASMGFKV TTRRSIMGSN NISIISIRPR VTKQYI VAT LMKTSCSKNE AEKLITSAFD LLNFMVSVSD FRDYQS UniProtKB: Major core protein OPG136 precursor |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 9 構成要素:
詳細: diluted 1:1 with 0.25% Trypsin (final concentration 0.125%) and 1:1 4% paraformaldehyde (final concentration 2%) in 1 mM Tris-HCl. | |||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Leica GP2. | |||||||||
詳細 | Isolated viral cores with some detached soluble monodispersed particles. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 9264 / 平均電子線量: 53.04 e/Å2 / 詳細: 34 frames total. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: version 2.3 |
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詳細 | Rosetta relaxation |
精密化 | プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-8p4k: |