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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17332 | |||||||||
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タイトル | Thogoto virus polymerase in Mode B conformation and bound to 32-mer loop promoter RNA | |||||||||
マップデータ | LocScale filtered | |||||||||
試料 |
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キーワード | Thogoto / viral RNA-dependent RNA polymerase / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thogotovirus thogotoense (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Cusack S / Kouba T | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Thogoto virus polymerase 著者: Kouba T / Cusack S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17332.map.gz | 119.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17332-v30.xml emd-17332.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17332_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17332.png | 105.8 KB | ||
マスクデータ | emd_17332_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17332.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_17332_additional_1.map.gz emd_17332_half_map_1.map.gz emd_17332_half_map_2.map.gz | 228.6 MB 194.2 MB 194.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17332 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17332 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17332_validation.pdf.gz | 726 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17332_full_validation.pdf.gz | 725.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17332_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17332_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17332 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17332 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | LocScale filtered | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.827 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17332_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION post-processed
ファイル | emd_17332_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION post-processed | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17332_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17332_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase
全体 | 名称: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase |
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要素 |
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-超分子 #1: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase
超分子 | 名称: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
-分子 #1: Polymerase acidic protein
分子 | 名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 71.551383 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MTDRPDHIDS RVWELSETQE DWITQVHGHV RRVVECWKYT ICCLISNMHT HRGAPQYDVF KWQDRSTIEW ICSKKKVQYP ERDTPDLYD NERAVAYKVL LVSDLSDHSP TSGIYHDLAF NLEGEAEESC ALVLRGSQLQ DIKGFLCRAL EWVVSNNLTQ E VVETISGE ...文字列: MTDRPDHIDS RVWELSETQE DWITQVHGHV RRVVECWKYT ICCLISNMHT HRGAPQYDVF KWQDRSTIEW ICSKKKVQYP ERDTPDLYD NERAVAYKVL LVSDLSDHSP TSGIYHDLAF NLEGEAEESC ALVLRGSQLQ DIKGFLCRAL EWVVSNNLTQ E VVETISGE AKLQFSVGTT FRTLLKRDTD WDVIPTPRVE PNVPRIEGRR WTQMKKLPLL KEKEGPPSPW RALLLGADSE YI VCPPGTD QEAISWIHSQ SEIECIRESK STPASVITCL TSSLQSFAEG NPVRSRIHED IIAFGINKKQ EKKQSASSSA SGE WKRAEY QVEEMSLPPW VEEEMVLLRS DQEDNWIELE KNAIYTEVDG VAEGLVDKYI EIVGRTKVAS VIEKWQIAAT RTFS QLHTD RSRITACPII TRDPSGNCQF WGMVLLGPHH VKRDTDNAPL LIAEIMGEDT EEKYPKHSVF SLKVEGKQFL LSLKI TSFS RNKLYTFSNI RRVLIQPASI YSQVVLSRAA ENNSLNLEVN PEIQLYLEGA QRGMTLYQWV RMILCLEFLM AIYNNP QME GFLANMRRLH MSRHAMMERR QVFLPFGSRP EDKVNECIIN NPIVAYLAKG WNSMPNVYY UniProtKB: Polymerase acidic protein |
-分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 81.476703 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MNLFTPRSEI NPTTTQELLY AYTGPAPVAY GTRTRAVLEN IIRPYQYFYK EPNVQRALDI KTGCKEPEDI NVEGPSSGFH TASVLKLAD NFFRKYRPAM EKLKYWILVK LPKLKYAELS KGRQTYSFIH KRNLPAPIAL EETVEFLEQN LRRKIGPTLL S YCQAIADV ...文字列: MNLFTPRSEI NPTTTQELLY AYTGPAPVAY GTRTRAVLEN IIRPYQYFYK EPNVQRALDI KTGCKEPEDI NVEGPSSGFH TASVLKLAD NFFRKYRPAM EKLKYWILVK LPKLKYAELS KGRQTYSFIH KRNLPAPIAL EETVEFLEQN LRRKIGPTLL S YCQAIADV MELDETTYEG ARDPRPWDIQ LEEIDSDEED PLFRQVGREE TYTIKFSREE LWDQMRTLNT MWKHLERGRL NR RTIATPS MLIRGFVKIV EDAAKEILEN VPTSGVPVGG EEKLAKLASK QTFHTAVTGE LSGDQEKFNE CLDPDAMRLM WTV FLRKLG CPDWIMELFN IPFMVFKSKL ADMGEGLVYT KGKLTDRKPL GEMPSEFDDL VRNVVGNSIS CRLGMFMGMY NLTS TLLAL ISIEREELTG SHVESSDDFI HFFNCKTHEE MFKQAETLRL TLKLVGINMS PSKCILISPA GIGEFNSKFH HRDFV GNVA TELPALVPNG TNPMTDLAMG LNVIKHSVNT GQMNLCTGAL AMRIFNHAYK YAYMALGVTR RTRFMEENAI TPLLTN QGA SPVHSFSTMH LDEVALRRHL GLLDEETLRR ILNPNNPVTQ KGDPSMFFRI ENKMPQIMED YSVPSCFKYT LSRNRTI QD KPHKALLNKE ERYQRVTSII NKLFPEVLIQ EASAPGTVRE SLKRRLELVV ERSDLDEERK KRILSRIF UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit |
-分子 #3: Polymerase basic protein 2
分子 | 名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 88.172953 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MDREEPAESE CTLRALVEEY NGACKEAPKE MSKQFTDYNT FKRYTTSKKD HAPQMRLVYS VRKPWPISMT PSKEIPLVFN GTKLKDTIL DLGESKRTRA NIVVPDYWSK YGSQTSLEVV NAILYAEDLK VQRFFSTEWG EIRYGRMLPF RKPVQACPTI E EVNPASIP ...文字列: MDREEPAESE CTLRALVEEY NGACKEAPKE MSKQFTDYNT FKRYTTSKKD HAPQMRLVYS VRKPWPISMT PSKEIPLVFN GTKLKDTIL DLGESKRTRA NIVVPDYWSK YGSQTSLEVV NAILYAEDLK VQRFFSTEWG EIRYGRMLPF RKPVQACPTI E EVNPASIP HTLLQVFCPQ YTTLDSKRKA HMGAVEKLKR VMEPICKVQT QESAVHIARS LIDSNKKWLP TVVDHTPRTA EM AHFLCSK YHYVHTNTQD LSDTRSIDNL CGELVKRSLK CRCPKETLVA NLDKITIQGR PMREVLADHD GELPYLGICR VAM GLSTHH TMKIRSTKFS ILNSDHPRIE VKKVFSLSPD VQVTIPYRRF KGKAKVYFQN DQIQGYFSCT DRQIDEIKIS APKN APLLE PLLDICYYGS FIEPGFEQTF GFYPAGKREF VDSFFMHHSK DHKAFLIHMG LDKDLSLPLS PELNWKEPAL SKVCR VTEL DSTVQPYTSA TREFVLGETL NVYTQHENGL ELLICPTEIR STRGPLPPGT NLSGSEFIDI YQDPFSRAKS LLKSTI LHA ERCKEFVGNM LEEYQDPAET TVQSLVPINT WGKSAKRKLQ EEITSDPDWH QCPRKRAKMS YLAIIAGSIQ DRDKKQT NV PRAFMLRGSQ IEYDMKATRG LVVDTTNRII VGGETVLREG KGGPEGYVQT GVFEEQPRCY LVDTPDHGLS MGLSRFCV H SQGRYFQYEK KISIWEETDN IKATIDSQRD LKRRRDIEEM VSKRARIV UniProtKB: Polymerase basic protein 2 |
-分子 #4: 3'RNA
分子 | 名称: 3'RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: Thogotovirus thogotoense (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 10.21709 KDa |
配列 | 文字列: AGAGAAAUCA AGGCCCCCGG CCUGUUUUUG CU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |