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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17299 | |||||||||
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タイトル | cryoEM structure of SPARTA complex ligand-free | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SPARTA / TIR / prokaryotic argonaute / ANTIVIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Maribacter polysiphoniae (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Babatunde E / Dong CN / Xu HL / Henning S | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Activation mechanism of a short argonaute-TIR prokaryotic immune system. 著者: Dongchun Ni / Xuhang Lu / Henning Stahlberg / Babatunde Ekundayo / 要旨: Short prokaryotic argonaute (pAgo) and toll/interleukin-1 receptor/resistance protein (TIR)-analog of PAZ (APAZ) form a heterodimeric SPARTA complex that provides immunity to its prokaryotic host ...Short prokaryotic argonaute (pAgo) and toll/interleukin-1 receptor/resistance protein (TIR)-analog of PAZ (APAZ) form a heterodimeric SPARTA complex that provides immunity to its prokaryotic host through an abortive infection mechanism. Monomeric SPARTA senses foreign RNA/DNA duplexes to assemble an active tetramer resulting in cell death by nicotinamide adenine dinucleotide (oxidized form) (NAD) depletion via an unknown mechanism. We report nine structures of SPARTA in different functional states at a resolution range of 4.2 to 2.9 angstroms, revealing its activation mechanism. Inactive SPARTA monomers bind to RNA/DNA duplexes to form symmetric dimers mediated by the association of Ago subunits. The initiation of tetramer assembly induces flexibility of the TIR domains enabling a symmetry-breaking rotational movement of a TIR domain in the dimer units which facilitates the TIR oligomerization, resulting in the formation of the substrate binding pocket and the activation of the SPARTA complex's NADase activity. Our findings provide detailed structural and mechanistic insights into activating a short argonaute defense system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17299.map.gz | 51.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17299-v30.xml emd-17299.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17299_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17299.png | 183 KB | ||
マスクデータ | emd_17299_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_17299_additional_1.map.gz emd_17299_half_map_1.map.gz emd_17299_half_map_2.map.gz | 53.2 MB 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17299 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17299 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17299_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17299_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17299_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17299_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17299 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17299 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8oz6MC 8ozcC 8ozdC 8ozeC 8ozfC 8ozgC 8oziC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17299.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17299_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_17299_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17299_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17299_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system
全体 | 名称: heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system |
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要素 |
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-超分子 #1: heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system
超分子 | 名称: heter complex of short argonaute-TIR antiviral defence system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: TIR domain-containing protein
分子 | 名称: TIR domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 53.270594 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRNKIFISHA TPDDNDFTRW LALKLIGLGY EVWCDILFLD KGVDFWSNIE KVIREDTCKF LLVSSSYSNQ REGVLKELAV AAKVKKQLK DDKFIIPLAI DEQLSYDDIN IDIVRLNAID FKMSWARGLK DILEAFEKQK VPKEVADASK SNLLYQQIFL H DKSVIEKE ...文字列: MRNKIFISHA TPDDNDFTRW LALKLIGLGY EVWCDILFLD KGVDFWSNIE KVIREDTCKF LLVSSSYSNQ REGVLKELAV AAKVKKQLK DDKFIIPLAI DEQLSYDDIN IDIVRLNAID FKMSWARGLK DILEAFEKQK VPKEVADASK SNLLYQQIFL H DKSVIEKE EIYDSNWLSI LSFPEELRFH EYNWMLPKRF DVRELTFPAV RYKNYLCTFA WAYDFTYHLP KTETYHKSKT IR IPTEEIL SGSYDSNFIR NAECKRLIVQ LLNKAFELRM KDKEVQEYEM SNKTAYWLEK GKLEKDKFEK TMLVGKQKDK NWH FAISGA SKLYPFPVLM ISSHIFFTAD GKKLIDSSSV QHSSRRRQGK NWWNNTWRTK LLAFIKYLSD DDTSFYLEMG SEEK VFVSN EPVKFKGNVS YNIPEKNTLE EEAELSGFNQ GEDIEELEEL IENLEAE UniProtKB: TIR domain-containing protein |
-分子 #2: Piwi domain-containing protein
分子 | 名称: Piwi domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 58.09141 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKELIYIEEP KILFAHGQKC TDARDGLALF GPLNNLYGIK SGVIGTKQGL KIFRDYLDHI QKPIYNSNSI TRPMFPGFEA VFDCKWEST GITFKEVTNE DIGKFLYNSS THKRTYDLVS LFIDKIISAN KNEDENVDVW FVIVPDEIYK YCRPNSVLPK E MVQTKALM ...文字列: MKELIYIEEP KILFAHGQKC TDARDGLALF GPLNNLYGIK SGVIGTKQGL KIFRDYLDHI QKPIYNSNSI TRPMFPGFEA VFDCKWEST GITFKEVTNE DIGKFLYNSS THKRTYDLVS LFIDKIISAN KNEDENVDVW FVIVPDEIYK YCRPNSVLPK E MVQTKALM SKSKAKSFRY EPSLFPDINI ELKEQEKEAE TYNYDAQFHD QFKARLLKHT IPTQIFREST LAWRDFKNAF GL PIRDFSK IEGHLAWTIS TAAFYKAGGK PWKLSDVRNG VCYLGLVYKK VEKSKNPRNA CCAAQMFLDN GDGTVFKGEV GPW YNPKNG QYHLEPKEAK ALLSQSLQSY KEQIGEYPKE VFIHAKTRFN HQEWDAFLEV TPKETNLVGV TISKTKPLKL YKTE GDYTI LRGNAYVVNE RSAFLWTVGY VPKIQTALSM EVPNPLFIEI NKGEADIKQV LKDILSLTKL NYNACIFADG EPVTL RFAD KIGEILTAST DIKTPPLAFK YYI UniProtKB: Piwi domain-containing protein |
-分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 4 |
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由来(天然) | 生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 5.466027 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUUUUUU UUUUUUUU |
-分子 #4: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3') タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 4 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Maribacter polysiphoniae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 4.966352 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8oz6: |