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万見
- EMDB-17153: AAA+ motor subunit ChlI of magnesium chelatase, pentamer spring-w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17153
タイトルAAA+ motor subunit ChlI of magnesium chelatase, pentamer spring-washer-like conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: ChlI in the presence of ATP
    • タンパク質・ペプチド: Magnesium-chelatase subunit ChlI
キーワードAAA+ / Magnesium Chelatase / Cyanobacteria / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium chelatase / magnesium chelatase activity / chlorophyll biosynthetic process / photosynthesis / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Magnesium chelatase, ATPase subunit I / ChlI/MoxR, AAA lid domain / AAA lid domain / Magnesium-chelatase subunit ChlI-like / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnesium-chelatase subunit ChlI
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Shvarev D / Moeller A
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)CRC 944 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1557 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 190/196-1 FUGG ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchJPND-DLR 01ED2010 ドイツ
引用ジャーナル: mBio / 年: 2023
タイトル: Conformational variability of cyanobacterial ChlI, the AAA+ motor of magnesium chelatase involved in chlorophyll biosynthesis.
著者: Dmitry Shvarev / Alischa Ira Scholz / Arne Moeller /
要旨: Photosynthesis is an essential life process that relies on chlorophyll. In photosynthetic organisms, chlorophyll synthesis involves multiple steps and depends on magnesium chelatase. This enzyme ...Photosynthesis is an essential life process that relies on chlorophyll. In photosynthetic organisms, chlorophyll synthesis involves multiple steps and depends on magnesium chelatase. This enzyme complex is responsible for inserting magnesium into the chlorophyll precursor, but the molecular mechanism of this process is not fully understood. By using cryogenic electron microscopy and conducting functional analyses, we have discovered that the motor subunit ChlI of magnesium chelatase undergoes conformational changes in the presence of ATP. Our findings offer new insights into how energy is transferred from ChlI to the other components of magnesium chelatase. This information significantly contributes to our understanding of the initial step in chlorophyll biosynthesis and lays the foundation for future studies on the entire process of chlorophyll production.
履歴
登録2023年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17153.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 288 pix.
= 266.112 Å		0.92 Å/pix.
x 288 pix.
= 266.112 Å		0.92 Å/pix.
x 288 pix.
= 266.112 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.924 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.105
最小 - 最大-0.19379497 - 0.3561555
平均 (標準偏差)0.0013450491 (±0.012977444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 266.112 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17153_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17153_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ChlI in the presence of ATP

全体名称: ChlI in the presence of ATP
要素
  • 複合体: ChlI in the presence of ATP
    • タンパク質・ペプチド: Magnesium-chelatase subunit ChlI

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超分子 #1: ChlI in the presence of ATP

超分子名称: ChlI in the presence of ATP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

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分子 #1: Magnesium-chelatase subunit ChlI

分子名称: Magnesium-chelatase subunit ChlI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: magnesium chelatase
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 42.12593 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHTPT AQTTASARRV VFPFTAIVGQ EEMKLALLLN VIDPKIGGVM IMGDRGTGKS TTIRALADLL PEIPVVANDP FNSDPSDPD LMSDEVRQKS GTGAEIPIEF KKVQMVDLPL GATEDRVCGT IDIEKALSEG VKAFEPGLLA KANRGILYVD E VNLLDDHL ...文字列:
MHHHHHHTPT AQTTASARRV VFPFTAIVGQ EEMKLALLLN VIDPKIGGVM IMGDRGTGKS TTIRALADLL PEIPVVANDP FNSDPSDPD LMSDEVRQKS GTGAEIPIEF KKVQMVDLPL GATEDRVCGT IDIEKALSEG VKAFEPGLLA KANRGILYVD E VNLLDDHL VDVLLDSAAS GWNTVEREGI SIRHPARFVL VGSGNPEEGE LRPQLLDRFG MHAEIHTVKE PALRVQIVEQ RS EFDQNPP TFLEKYNPEQ TALQKKIVEA QKLLPEVKLD YDLRVKISEV CSELDVDGLR GDIVTNRAAK ALTAYEGRTE VTV DDIRRV ITLCLRHRLR KDPLESIDSG YKVEKVFARI FGVELLEDDS SQKNGAGQIK TGVR

UniProtKB: Magnesium-chelatase subunit ChlI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24589
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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