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- EMDB-17088: EcoR124I bound to dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17088
タイトルEcoR124I bound to dsDNA
マップデータType IC restriction modification system EcoR124I bound to 38-mer dsDNA
試料
  • 複合体: EcoR124I+DNA
    • Other: Type I C restriction-modification complex EcoR124I
キーワードPentameric complex / restriction-modification enzyme / restriction endonuclease / methyltransferase / ANTIVIRAL PROTEIN
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Pradeep HN
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: EcoR124I bound to dsDNA
著者: Pradeep HN
履歴
登録2023年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17088.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Type IC restriction modification system EcoR124I bound to 38-mer dsDNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.71 Å/pix.
x 296 pix.
= 211.344 Å		0.71 Å/pix.
x 296 pix.
= 211.344 Å		0.71 Å/pix.
x 296 pix.
= 211.344 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.714 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.744
最小 - 最大-0.825075 - 2.0479963
平均 (標準偏差)0.012050212 (±0.07978109)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 211.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Type IC restriction modification system EcoR124I bound to...

ファイルemd_17088_half_map_1.map
注釈Type IC restriction modification system EcoR124I bound to 38-mer dsDNA - halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Type IC restriction modification system EcoR124I bound to...

ファイルemd_17088_half_map_2.map
注釈Type IC restriction modification system EcoR124I bound to 38-mer dsDNA - halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EcoR124I+DNA

全体名称: EcoR124I+DNA
要素
  • 複合体: EcoR124I+DNA
    • Other: Type I C restriction-modification complex EcoR124I

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超分子 #1: EcoR124I+DNA

超分子名称: EcoR124I+DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 0.4 kDa/nm

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分子 #1: Type I C restriction-modification complex EcoR124I

分子名称: Type I C restriction-modification complex EcoR124I / タイプ: other / ID: 1
詳細: Subunit HsdR (2x); Subunit HsdM (2x); Subunit HsdS (1x)
分類: other
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTHQTHTIAE SNNFIVLDKY IKAEPTGDSY QSESDLEREL IQDLRNQGYE FISVKSQSAM LANVREQLQ NLNGVVFNDS EWRRFTEQYL DNPSDGILDK TRKIHIDYIC DFIFDDERLE N IYLIDKKN LMRNKVQIIQ QFEQAGSHAN RYDVTILVNG LPLVQIELKK ...文字列:
MTHQTHTIAE SNNFIVLDKY IKAEPTGDSY QSESDLEREL IQDLRNQGYE FISVKSQSAM LANVREQLQ NLNGVVFNDS EWRRFTEQYL DNPSDGILDK TRKIHIDYIC DFIFDDERLE N IYLIDKKN LMRNKVQIIQ QFEQAGSHAN RYDVTILVNG LPLVQIELKK RGVAIREAFN QI HRYSKES FNSENSLFKY LQLFVISNGT DTRYFANTTK RDKNSFDFTM NWAKSDNTLI KDL KDFTAT CFQKHTLLNV LVNYSVFDSS QTLLVMRPYQ IAATERILWK IKSSFTAKNW SKPE SGGYI WHTTGSGKTL TSFKAARLAT ELDFIDKVFF VVDRKDLDYQ TMKEYQRFSP DSVNG SENT AGLKRNLDKD DNKIIVTTIQ KLNNLMKAES DLPVYNQQVV FIFDECHRSQ FGEAQK NLK KKFKRYYQFG FTGTPIFPEN ALGSETTASV FGRELHSYVI TDAIRDEKVL KFKVDYN DV RPQFKSLETE TDEKKLSAAE NQQAFLHPMR IQEITQYILN NFRQKTHRTF PGSKGFNA M LAVSSVDAAK AYYATFKRLQ EEAANKSATY KPLRIATIFS FAANEEQNAI GEISDETFD TSAMDSSAKE FLDAAIREYN SHFKTNFSTD SNGFQNYYRD LAQRVKNQDI DLLIVVGMFL TGFDAPTLN TLFVDKNLRY HGLMQAFSRT NRIYDATKTF GNIVTFRDLE RSTIDAITLF G DKNTKNVV LEKSYTEYME GFTDAATGEA KRGFMTVVSE LEQRFPDPTS IESEKEKKDF VK LFGEYLR AENILQNYDE FATLKALQQI DLSDPVAVEK FKAEHYVDDE KFAELQTIRL PAD RKIQDY RSAYNDIRDW QRREKEAEKK EKSTTDWDDV VFEVDLLKSQ EINLDYILGL IFEH NRQNK GKGEMIEEVK RLIRSSLGNR AKEGLVVDFI QQTNLDDLPD KASIIDAFFT FAQRE QQRE AEALIKEENL NEDAAKRYIR TSLKREYATE NGTELNETLP KLSPLNPQYK TKKQAV FRK SSRLLRSLKA MKMTSIQQRA ELHRQIWQIA NDVRGSVDGW DFKQYVLGAL FYRFISE NF SSYIEAGDDS ICYAKLDDSV ITDDIKDDAI KTKGYFIYPS QLFCNVAAKA NTNDRLNA D LNSIFVAIES SAYGYPSEAD IKGLFADFDT TSNRLGNTVK DKNARLAAVL KGVEGLKLG DFNEHQIDLF GDAYEFLISN YAANAGKSGG EFFTPQHVSK LIAQLAMHGQ THVNKIYDPA AGSGSLLLQ AKKQFDNHII EEGFFGQEIN HTTYNLARMN MFLHNINYDK FDIKLGNTLT E PHFRDEKP FDAIVSNPPY SVKWIGSDDP TLINDERFAP AGVLAPKSKA DFAFVLHALN YL SAKGRAA IVCFPGIFYR GGAEQKIRQY LVDNNYVETV ISLAPNLFFG TTIAVNILVL SKH KTDTNV QFIDASELFK KETNNNILTD AHIEQIMQVF ASKEDVAHLA KSVAFETVVA NDYN LSVSS YVEAKDNREI IDIAELNAEL KTTVSKIDQL RKDIDAIVAE IEGCEVQKMS EMSYL EKLL DGVEVEWLPL GEITKYEQPT KYLVKAKDYH DTYTIPVLTA GKTFILGYTN ETHGIY QAS KAPVIIFDDF TTANKWVDFD FKAKSSAMKM VTSCDDNKTL LKYVYYWLNT LPSEFAE GD HKRQWISNYS QKKIPIPCPD NPEKSLAIQS EIVRILDKFT ALTAELTAEL NMRKKQYN Y YRDQLLSFKE GEVEWKTLGE IGKWYGGGTP SKNKIEFWEN GSIPWISPKD MGRTLVDSS EDYITEEAVL HSSTKLIPAN SIAIVVRSSI LDKVLPSALI KVPATLNQDM KAVIPHENIL VKYIYHMIG SRGSDILRAA KKTGGSVASI DSKKLFSFKI PVPNINEQQR IVEILDKFDT L TNSITEGL PREIELRQKQ YEYYRDLLFS FPKPETVSNM KMTSIQQRAE LHRQIWQIAN DV RGSVDGW DFKQYVLGAL FYRFISENFS SYIEAGDDSI CYAKLDDSVI TDDIKDDAIK TKG YFIYPS QLFCNVAAKA NTNDRLNADL NSIFVAIESS AYGYPSEADI KGLFADFDTT SNRL GNTVK DKNARLAAVL KGVEGLKLGD FNEHQIDLFG DAYEFLISNY AANAGKSGGE FFTPQ HVSK LIAQLAMHGQ THVNKIYDPA AGSGSLLLQA KKQFDNHIIE EGFFGQEINH TTYNLA RMN MFLHNINYDK FDIKLGNTLT EPHFRDEKPF DAIVSNPPYS VKWIGSDDPT LINDERF AP AGVLAPKSKA DFAFVLHALN YLSAKGRAAI VCFPGIFYRG GAEQKIRQYL VDNNYVET V ISLAPNLFFG TTIAVNILVL SKHKTDTNVQ FIDASELFKK ETNNNILTDA HIEQIMQVF ASKEDVAHLA KSVAFETVVA NDYNLSVSSY VEAKDNREII DIAELNAELK TTVSKIDQLR KDIDAIVAE IEGCEVQKMT HQTHTIAESN NFIVLDKYIK AEPTGDSYQS ESDLERELIQ D LRNQGYEF ISVKSQSAML ANVREQLQNL NGVVFNDSEW RRFTEQYLDN PSDGILDKTR KI HIDYICD FIFDDERLEN IYLIDKKNLM RNKVQIIQQF EQAGSHANRY DVTILVNGLP LVQ IELKKR GVAIREAFNQ IHRYSKESFN SENSLFKYLQ LFVISNGTDT RYFANTTKRD KNSF DFTMN WAKSDNTLIK DLKDFTATCF QKHTLLNVLV NYSVFDSSQT LLVMRPYQIA ATERI LWKI KSSFTAKNWS KPESGGYIWH TTGSGKTLTS FKAARLATEL DFIDKVFFVV DRKDLD YQT MKEYQRFSPD SVNGSENTAG LKRNLDKDDN KIIVTTIQKL NNLMKAESDL PVYNQQV VF IFDECHRSQF GEAQKNLKKK FKRYYQFGFT GTPIFPENAL GSETTASVFG RELHSYVI T DAIRDEKVLK FKVDYNDVRP QFKSLETETD EKKLSAAENQ QAFLHPMRIQ EITQYILNN FRQKTHRTFP GSKGFNAMLA VSSVDAAKAY YATFKRLQEE AANKSATYKP LRIATIFSFA ANEEQNAIG EISDETFDTS AMDSSAKEFL DAAIREYNSH FKTNFSTDSN GFQNYYRDLA Q RVKNQDID LLIVVGMFLT GFDAPTLNTL FVDKNLRYHG LMQAFSRTNR IYDATKTFGN IV TFRDLER STIDAITLFG DKNTKNVVLE KSYTEYMEGF TDAATGEAKR GFMTVVSELE QRF PDPTSI ESEKEKKDFV KLFGEYLRAE NILQNYDEFA TLKALQQIDL SDPVAVEKFK AEHY VDDEK FAELQTIRLP ADRKIQDYRS AYNDIRDWQR REKEAEKKEK STTDWDDVVF EVDLL KSQE INLDYILGLI FEHNRQNKGK GEMIEEVKRL IRSSLGNRAK EGLVVDFIQQ TNLDDL PDK ASIIDAFFTF AQREQQREAE ALIKEENLNE DAAKRYIRTS LKREYATENG TELNETL PK LSPLNPQYKT KKQAVFRKSS RLLRSLKA
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM NaCl, 50 mM HEPEs
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 %
詳細This sample is heterogeneous

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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