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万見
- EMDB-17000: Structure of Setaria italica NRAT in complex with a nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17000
タイトルStructure of Setaria italica NRAT in complex with a nanobody
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex between SiNRAT and a nanobody used as a fiducial marker for structure determination
    • タンパク質・ペプチド: NRAMP related aluminium transporter
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody1
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  • リガンド: water水
キーワードNRAT / NRAMP / SLC11 / Metal uptake / Aluminium transporter / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性aluminum ion transmembrane transporter activity / aluminum cation transport / NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / manganese ion transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / response to aluminum ion / 細胞膜 / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Setaria italica (アワ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Ramanadane K / Liziczai M / Markovic D / Straub MS / Rosalen GT / Udovcic A / Dutzler R / Manatschal C
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
Other government スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural and functional properties of a plant NRAMP-related aluminum transporter.
著者: Karthik Ramanadane / Márton Liziczai / Dragana Markovic / Monique S Straub / Gian T Rosalen / Anto Udovcic / Raimund Dutzler / Cristina Manatschal /
要旨: The transport of transition metal ions by members of the SLC11/NRAMP family constitutes a ubiquitous mechanism for the uptake of Fe and Mn across all kingdoms of life. Despite the strong conservation ...The transport of transition metal ions by members of the SLC11/NRAMP family constitutes a ubiquitous mechanism for the uptake of Fe and Mn across all kingdoms of life. Despite the strong conservation of the family, two of its branches have evolved a distinct substrate preference with one mediating Mg uptake in prokaryotes and another the transport of Al into plant cells. Our previous work on the SLC11 transporter from revealed the basis for its Mg selectivity (Ramanadane et al., 2022). Here, we have addressed the structural and functional properties of a putative Al transporter from . We show that the protein transports diverse divalent metal ions and binds the trivalent ions Al and Ga, which are both presumable substrates. Its cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure displays an occluded conformation that is closer to an inward- than an outward-facing state, with a binding site that is remodeled to accommodate the increased charge density of its transported substrate.
履歴
登録2023年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年10月25日-
現状2023年10月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17000.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17000.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.302 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.355
最小 - 最大-3.2556012 - 3.80419
平均 (標準偏差)0.00017259609 (±0.06327917)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 234.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17000_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17000_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17000_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between SiNRAT and a nanobody used as a fiducial marker f...

全体名称: Complex between SiNRAT and a nanobody used as a fiducial marker for structure determination
要素
  • 複合体: Complex between SiNRAT and a nanobody used as a fiducial marker for structure determination
    • タンパク質・ペプチド: NRAMP related aluminium transporter
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody1
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Complex between SiNRAT and a nanobody used as a fiducial marker f...

超分子名称: Complex between SiNRAT and a nanobody used as a fiducial marker for structure determination
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Setaria italica (アワ)

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分子 #1: NRAMP related aluminium transporter

分子名称: NRAMP related aluminium transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Setaria italica (アワ)
分子量理論値: 60.147227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSERAREVGE TGREARHGVL QSGSDTGDHK DKTVELEKDE QFQGQPKWRK FLAHVGPGAL VAIGFLDPSN LETDMQAGAD FKYELLWVV LVGMIFALLI QTLAANLGVK TGRHLAELCR EEYPRYVNIC LWIIAELAVI SDDIPEVLGT AFAFNILLKI P VWAGVILT ...文字列:
MSERAREVGE TGREARHGVL QSGSDTGDHK DKTVELEKDE QFQGQPKWRK FLAHVGPGAL VAIGFLDPSN LETDMQAGAD FKYELLWVV LVGMIFALLI QTLAANLGVK TGRHLAELCR EEYPRYVNIC LWIIAELAVI SDDIPEVLGT AFAFNILLKI P VWAGVILT VFSTLLLLGV QRFGARKLEF IIAAFMFTMA ACFFGELSYL RPSAKEVVKG MFVPSLQGKG AAANAIALFG AI ITPYNLF LHSALVLSRK TPRSVKSIRA ACRYFLIECS LAFIVAFLIN VSVVVVAGTI CNADNLSPTD SNTCSDLTLQ SAP MLLRNV LGRSSSVVYA VALLASGQST TISCTFAGQV IMQGFLDMKM KNWVRNLITR VIAIAPSLIV SIVSGPSGAG KLII FSSMV LSFEMPFALI PLLKFCNSSK KVGPLKESIY TVVIAWILSF ALIVVNTYFL VWTYVDWLVH NHLPKYANAL VSIVV FALM AAYLVFVVYL TFRRDTVSTY VPVSERAQGQ VEAGGAQAVA SAADADQPAP FRKDLADASM ALEVLFQG

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: Nanobody1

分子名称: Nanobody1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.071546 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QWQLVESGGG LVQAGGSLRL SCVGSGRAFS SGAMGWFRQT PGQEREFVAA ISWSGGSTVY AESVKGRFTI SMDNAKNTVY LRMNSLQPE DTAVYYCAAG TSTFALRRSP EYWGKGTPVT VSS

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分子 #3: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.7 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 69.68 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5m94

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 300000
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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