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- EMDB-16976: Human tRNA guanine transglycosylase (TGT) bound to tRNAAsp -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16976
タイトルHuman tRNA guanine transglycosylase (TGT) bound to tRNAAsp
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp
    • タンパク質・ペプチド: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
    • RNA: tRNAAsp
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 9-DEAZAGUANINE
キーワードRNA modification / transglycosylation / nucleid acid-protein complex / tRNA binding / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanine transglycosylase complex / tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / tRNA modification / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity ...tRNA-guanine transglycosylase complex / tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / tRNA modification / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit QTRTD1 / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sievers K / Neumann P / Susac L / Trowitzsch S / Tampe R / Ficner R
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural and functional insights into tRNA recognition by human tRNA guanine transglycosylase.
著者: Katharina Sievers / Piotr Neumann / Lukas Sušac / Stefano Da Vela / Melissa Graewert / Simon Trowitzsch / Dmitri Svergun / Robert Tampé / Ralf Ficner /
要旨: Eukaryotic tRNA guanine transglycosylase (TGT) is an RNA-modifying enzyme which catalyzes the base exchange of the genetically encoded guanine 34 of tRNAs for queuine, a hypermodified 7-deazaguanine ...Eukaryotic tRNA guanine transglycosylase (TGT) is an RNA-modifying enzyme which catalyzes the base exchange of the genetically encoded guanine 34 of tRNAs for queuine, a hypermodified 7-deazaguanine derivative. Eukaryotic TGT is a heterodimer comprised of a catalytic and a non-catalytic subunit. While binding of the tRNA anticodon loop to the active site is structurally well understood, the contribution of the non-catalytic subunit to tRNA binding remained enigmatic, as no complex structure with a complete tRNA was available. Here, we report a cryo-EM structure of eukaryotic TGT in complex with a complete tRNA, revealing the crucial role of the non-catalytic subunit in tRNA binding. We decipher the functional significance of these additional tRNA-binding sites, analyze solution state conformation, flexibility, and disorder of apo TGT, and examine conformational transitions upon tRNA binding.
履歴
登録2023年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16976.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16976.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 71.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 266 pix.
= 207.48 Å		0.78 Å/pix.
x 266 pix.
= 207.48 Å		0.78 Å/pix.
x 266 pix.
= 207.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.122
最小 - 最大-0.54850495 - 1.1693897
平均 (標準偏差)-0.0003401108 (±0.035405926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ266266266
Spacing266266266
セルA=B=C: 207.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16976_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16976_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16976_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp

全体名称: Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp
要素
  • 複合体: Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp
    • タンパク質・ペプチド: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
    • RNA: tRNAAsp
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 9-DEAZAGUANINE

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超分子 #1: Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp

超分子名称: Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1

分子名称: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Zn ion and 9DG are ligands / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.25177 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPMAGAATQA SLESAPRIMR LVAECSRSRA RAGELWLPHG TVATPVFMPV GTQATMKGIT TEQLDALGCR ICLGNTYHLG LRPGPELIQ KANGLHGFMN WPHNLLTDSG GFQMVSLVSL SEVTEEGVRF RSPYDGNETL LSPEKSVQIQ NALGSDIIMQ L DDVVSSTV ...文字列:
GPMAGAATQA SLESAPRIMR LVAECSRSRA RAGELWLPHG TVATPVFMPV GTQATMKGIT TEQLDALGCR ICLGNTYHLG LRPGPELIQ KANGLHGFMN WPHNLLTDSG GFQMVSLVSL SEVTEEGVRF RSPYDGNETL LSPEKSVQIQ NALGSDIIMQ L DDVVSSTV TGPRVEEAMY RSIRWLDRCI AAHQRPDKQN LFAIIQGGLD ADLRATCLEE MTKRDVPGFA IGGLSGGESK SQ FWRMVAL STSRLPKDKP RYLMGVGYAT DLVVCVALGC DMFDCVFPTR TARFGSALVP TGNLQLRKKV FEKDFGPIDP ECT CPTCQK HSRAFLHALL HSDNTAALHH LTVHNIAYQL QLMSAVRTSI VEKRFPDFVR DFMGAMYGDP TLCPTWATDA LASV GITLG

UniProtKB: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1

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分子 #2: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2

分子名称: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Zn is an ion / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.77568 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKLSLTKVVN GCRLGKIKNL GKTGDHTMDI PGCLLYTKTG SAPHLTHHTL HNIHGVPAMA QLTLSSLAEH HEVLTEYKEG VGKFIGMPE SLLYCSLHDP VSPCPAGYVT NKSVSVWSVA GRVEMTVSKF MAIQKALQPD WFQCLSDGEV SCKEATSIKR V RKSVDRSL ...文字列:
MKLSLTKVVN GCRLGKIKNL GKTGDHTMDI PGCLLYTKTG SAPHLTHHTL HNIHGVPAMA QLTLSSLAEH HEVLTEYKEG VGKFIGMPE SLLYCSLHDP VSPCPAGYVT NKSVSVWSVA GRVEMTVSKF MAIQKALQPD WFQCLSDGEV SCKEATSIKR V RKSVDRSL LFLDNCLRLQ EESEVLQKSV IIGVIEGGDV MEERLRSARE TAKRPVGGFL LDGFQGNPTT LEARLRLLSS VT AELPEDK PRLISGVSRP DEVLECIERG VDLFESFFPY QVTERGCALT FSFDYQPNPE ETLLQQNGTQ EEIKCMDQIK KIE TTGCNQ EITSFEINLK EKKYQEDFNP LVRGCSCYCC KNHTRAYIHH LLVTNELLAG VLLMMHNFEH YFGFFHYIRE ALKS DKLAQ LKELIHRQAS

UniProtKB: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2

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分子 #3: tRNAAsp

分子名称: tRNAAsp / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.148312 KDa
配列文字列:
AGGUCGUUAG UAUAGUGGUG AGUAUCCCCG CCUGUCACGC GGGAGACCGG GGUUCGAUUC CCCGACGGCC UGCCA

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: 9-DEAZAGUANINE

分子名称: 9-DEAZAGUANINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 9DG
分子量理論値: 150.138 Da
Chemical component information

ChemComp-9DG:
9-DEAZAGUANINE / 9-デアザグアニン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 44.46 sec. / 平均電子線量: 62.1 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7nq4

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 463140
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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