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- EMDB-16968: Small subunit of yeast mitochondrial ribosome. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16968
タイトルSmall subunit of yeast mitochondrial ribosome.
マップデータOversampled composite map of local-mask refined maps with sharpening and local resolution filtering
試料
  • 複合体: Small subunit of mitochondrial ribosome
    • タンパク質・ペプチド: x 32種
    • RNA: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 5種
キーワードmitochondria / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


Branched-chain amino acid catabolism / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial translational initiation / valine catabolic process / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial translation ...Branched-chain amino acid catabolism / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial translational initiation / valine catabolic process / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial translation / superoxide dismutase activity / mRNA processing / peroxisome / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / hydrolase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein VAR1 / : / : / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 ...Ribosomal protein VAR1 / : / : / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / IGR protein motif / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S7 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS43 / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein mS47 ...Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS43 / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein mS47 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS41 / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein mS42 / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein mS45 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS19m / Small ribosomal subunit protein uS13m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS8m / Small ribosomal subunit protein mS35
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Itoh Y / Chicherin I / Kamenski P / Amunts A
資金援助European Union, スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325 スウェーデン
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: METTL17 is an Fe-S cluster checkpoint for mitochondrial translation.
著者: Tslil Ast / Yuzuru Itoh / Shayan Sadre / Jason G McCoy / Gil Namkoong / Jordan C Wengrod / Ivan Chicherin / Pallavi R Joshi / Piotr Kamenski / Daniel L M Suess / Alexey Amunts / Vamsi K Mootha /
要旨: Friedreich's ataxia (FA) is a debilitating, multisystemic disease caused by the depletion of frataxin (FXN), a mitochondrial iron-sulfur (Fe-S) cluster biogenesis factor. To understand the cellular ...Friedreich's ataxia (FA) is a debilitating, multisystemic disease caused by the depletion of frataxin (FXN), a mitochondrial iron-sulfur (Fe-S) cluster biogenesis factor. To understand the cellular pathogenesis of FA, we performed quantitative proteomics in FXN-deficient human cells. Nearly every annotated Fe-S cluster-containing protein was depleted, indicating that as a rule, cluster binding confers stability to Fe-S proteins. We also observed depletion of a small mitoribosomal assembly factor METTL17 and evidence of impaired mitochondrial translation. Using comparative sequence analysis, mutagenesis, biochemistry, and cryoelectron microscopy, we show that METTL17 binds to the mitoribosomal small subunit during late assembly and harbors a previously unrecognized [FeS] cluster required for its stability. METTL17 overexpression rescued the mitochondrial translation and bioenergetic defects, but not the cellular growth, of FXN-depleted cells. These findings suggest that METTL17 acts as an Fe-S cluster checkpoint, promoting translation of Fe-S cluster-rich oxidative phosphorylation (OXPHOS) proteins only when Fe-S cofactors are replete.
履歴
登録2023年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16968.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Oversampled composite map of local-mask refined maps with sharpening and local resolution filtering
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.55333 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.12500611 - 1.1243732
平均 (標準偏差)0.0013812727 (±0.015635982)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 398.3976 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Composite map of local-mask refined maps without sharpening

ファイルemd_16968_additional_1.map
注釈Composite map of local-mask refined maps without sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Small subunit of mitochondrial ribosome

全体名称: Small subunit of mitochondrial ribosome
要素
  • 複合体: Small subunit of mitochondrial ribosome
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein VAR1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S18, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S12, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S19, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S23, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial 37S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial mRNA-processing protein COX24
    • タンパク質・ペプチド: Protein FYV4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S26, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial
    • RNA: 15S mitochondrial rRNA
  • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Small subunit of mitochondrial ribosome

超分子名称: Small subunit of mitochondrial ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7, #9-#34
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 39.507457 KDa
配列文字列: MTLAELLGRS RIAQVANNHK PLTYTGKKFH PTHQIIETKP STLYRQEWGL KSAIPSKIKS RYLVYNDLDT LERITTFEPR GGTQWNRLR FQEMGVPIVS NIGRQNPFFK YISRPEDESH AKLSLFKEMK GDTDISPAAM KKRLKKITAL IRSFQDEFKE W LVENHPDE ...文字列:
MTLAELLGRS RIAQVANNHK PLTYTGKKFH PTHQIIETKP STLYRQEWGL KSAIPSKIKS RYLVYNDLDT LERITTFEPR GGTQWNRLR FQEMGVPIVS NIGRQNPFFK YISRPEDESH AKLSLFKEMK GDTDISPAAM KKRLKKITAL IRSFQDEFKE W LVENHPDE LKLNSNKLED YVVKFLNKKL ETKTNKKFNT EIIGTGGLSY SLPGKLKNSP NGVIQRTVVP GRILNVVKEN ND NKWLAAI GGFVADVVFF QSPPSSFNSM GDFIRMKTFL FEILEASMEK NGSVSMHARL LEPQNDKTRE FFNKRPIYKP LTS RRARRP SVGNIQEANN LLNIIKGN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS1m

+
分子 #2: 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 44.205727 KDa
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2m

+
分子 #3: Ribosomal protein VAR1, mitochondrial

分子名称: Ribosomal protein VAR1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 47.170996 KDa
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3m

+
分子 #4: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 56.450949 KDa
配列文字列: MPRKANLLKS LARGRVRTSF NKYNLFNLYK KGGVDLKSKS LYQQKWTAKQ ETRAYHGEHL TEKRWQTVFK PKLDSVAQLD ASLRGGEIK ETPFLLQTFA VLEKRLDFAL FRAMFASSVR QARQFILHGN VRVNGVKIKH PSYTLKPGDM FSVKPDKVLE A LGAKKPSF ...文字列:
MPRKANLLKS LARGRVRTSF NKYNLFNLYK KGGVDLKSKS LYQQKWTAKQ ETRAYHGEHL TEKRWQTVFK PKLDSVAQLD ASLRGGEIK ETPFLLQTFA VLEKRLDFAL FRAMFASSVR QARQFILHGN VRVNGVKIKH PSYTLKPGDM FSVKPDKVLE A LGAKKPSF QEALKIDKTQ IVLWNKYVKE AKTEPKEVWE KKLENFEKMS DSNPKKLQFQ EFLRQYNKNL ESQQYNALKG CT QEGILRK LLNVEKEIGK SNNEPLSIDE LKQGLPEIQD SQLLESLNNA YQEFFKSGEI RREIISKCQP DELISLATEM MNP NETTKK ELSDGAKSAL RSGKRIIAES VKLWTKNITD HFKTRMSDIS DGSLTFDPKW AKNLKYHDPI KLSELEGDEP KARK LINLP WQKNYVYGRQ DPKKPFFTPW KPRPFLSPFA ILPHHLEISF KTCHAVYLRD PVARPGQSEV ISPFDVPVHE RAYMY YLRN GK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4m

+
分子 #5: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 34.941102 KDa
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5m

+
分子 #6: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 15.046702 KDa
配列文字列:
MLYELIGLVR ITNSNAPKLE AKELSSTIGK LIIQNRGVVR DIVPMGIRYL PKIMKKDQEK HFRAYHFLML FDSSAAVQSE ILRTLKKDP RVIRSSIVKV DLDKQLDRAS SLHRSLGKKS ILELVNEDYQ SI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6m

+
分子 #7: 37S ribosomal protein S7, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S7, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 27.857141 KDa
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7m

+
分子 #8: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 17.391443 KDa
配列文字列:
(ACE)SLVKLANTC AHLQNCSKVR VALTSIPYTK LQLQFAYNLY QQGFLSSLQK GSTMGPDKDF VEVTPDNIST RRLWVG LKY RDNKPVLSSC KLISKPNSRI HLPMEDMKKL CSGVTIRNIK PLQPGELILV RAHNNIMDIN EAISKKLDGE VLCRVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8m

+
分子 #9: 37S ribosomal protein S9, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 31.980258 KDa
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9m

+
分子 #10: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 23.45892 KDa
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MLRNTIALRS FIRTQSTRPY PVNVEAVYYA PLKLPIKYGD LVADIQLRSY DNENLDFYSD FILRTGYYLG IPLTGPKPLP TRRERWTVI KSPFVHAKSK ENFERHTHKR LIRAWDTNPE VLQMLIAYIT KHSMAGVGMK CNFFQRSEIS LDLGSDANGL E KSLSNIDE LYSLRNDDKA QTSAVGQKVL ELLDSPDFKK HLEKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10m

+
分子 #11: 37S ribosomal protein S18, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S18, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 24.60342 KDa
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11m

+
分子 #12: 37S ribosomal protein S12, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S12, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 16.94874 KDa
配列文字列:
MLSRFMSNTW CTPLRQAQRL FSSTTTMQAT LNQIKRGSGP PRRKKISTAP QLDQCPQRKG VVLRVMVLKP KKPNSAQRKA CRVRLTNGN VVSAYIPGEG HDAQEHSIVY VRGGRCQDLP GVKYHVIRGA GDLSGVVNRI SSRSKYGAKK PSKS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12m

+
分子 #13: 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: F41L valiant / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 16.087031 KDa
配列文字列:
MVVHILGKGF KGKEVIKIAL ASKFYGIGKT TAEKICSKLG LYPWMRMHQL SEPQIMSIAS ELSTMTIEGD ARAIVKDNIA LKRKIGSYS GMRHTLHLPV RGQHTRNNAK TARKLNKIDR RGIHTFSQAK VQHNPSLWSC IFGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13m

+
分子 #14: 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 13.563061 KDa
配列文字列:
MGNFRFPIKT KLPPGFINAR ILRDNFKRQQ FKENEILVKS LKFIARNMNL PTKLRLEAQL KLNALPNYMR STQIKNRCVD SGHARFVLS DFRLCRYQFR ENALKGNLPG VKKGIW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14m

+
分子 #15: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 33.116383 KDa
配列文字列: MSIVGRNAIL NLRISLCPLF MGKRSFVSSP VSNSAKAVKF LKAQRRKQKN EAKQATLKAS TDKVDPVLGR ADTPFITRIM AELKEPLVL SKGYNIEEVD KFLAAIESAK RERAELSGLN TEVVGIEDIE KLEDRREAIL RILSMRNSEN KNAIKMAVEL A RKEFERFP ...文字列:
MSIVGRNAIL NLRISLCPLF MGKRSFVSSP VSNSAKAVKF LKAQRRKQKN EAKQATLKAS TDKVDPVLGR ADTPFITRIM AELKEPLVL SKGYNIEEVD KFLAAIESAK RERAELSGLN TEVVGIEDIE KLEDRREAIL RILSMRNSEN KNAIKMAVEL A RKEFERFP GDTGSSEVQA ACMTVRIQNM ANHIKEHRKD FANTRNLRIL VQQRQAILRY LKRDNPEKYY WTIQKLGLND AA ITDEFNM DRRYMQDYEF FGDKILIRDS KKVANQKRKE IRKQKRATF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15m

+
分子 #16: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 13.663011 KDa
配列文字列:
MTCGLVRIRL ARFGRKNSPV YNIVVANSRK ARDAKPIEVL GTYVPVPSPV TKRELKRGVV PIKDVKLDFD RTKYWIGVGA QPSETVTKL LRKAGILNDA WATSKNSNVN RKVVFERMET LE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16m

+
分子 #17: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 27.683986 KDa
配列文字列: MARQNFLGLV VSQGKMQKTV KVRVETKVFN KKINKELFHR RDYLVHDEGE ISREGDLVRI EATRPLSKRK FFAIAEIIRN KGQQFALYE SEAQLSVAKE EAQKAKEFLD KRSVRENKLN EKTTLLRDIR TIQDALSSGS TPKELLEIKQ RYGIQDFSQE T VRQLLQLD ...文字列:
MARQNFLGLV VSQGKMQKTV KVRVETKVFN KKINKELFHR RDYLVHDEGE ISREGDLVRI EATRPLSKRK FFAIAEIIRN KGQQFALYE SEAQLSVAKE EAQKAKEFLD KRSVRENKLN EKTTLLRDIR TIQDALSSGS TPKELLEIKQ RYGIQDFSQE T VRQLLQLD ISGLEVNLEK QRSLIDRIQT RLSELLSNDL KCDQFLKDHG VEDPLTLKKN IKKNLLRKHV MMDMQQPSQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17m

+
分子 #18: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 15.86649 KDa
配列文字列:
MQPIIKGAVS STFKRALYNF GIKEKKSVNI EMGRTQQTKK IDQSLSKKLP KGTIYDPFDF SMGRIHLDRK YQANKNSNRN DIMKSGANP LEFYARPRIL SRYVTSTGRI QHRDITGLSA KNQRRLSKAI RRCQAIGLM

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18m

+
分子 #19: 37S ribosomal protein S19, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S19, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 10.292044 KDa
配列文字列:
MQPAARLLSR SVWKGPNIVP LPIREAMTKG TPIRTNARAA TILPQFVGLK FQIHNGKEYV PIEISEDMVG HKLGEFAPTR KRFSYTQTK NK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19m

+
分子 #20: 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 20.432744 KDa
配列文字列:
MLKSTLRLSR ISLRRGFTTI DCLRQQNSDI DKIILNPIKL AQGSNSDRGQ TSKSKTDNAD ILSMEIPVDM MQSAGRINKR ELLSEAEIA RSSVENAQMR FNSGKSIIVN KNNPAESFKR LNRIMFENNI PGDKRSQRFY MKPGKVAELK RSQRHRKEFM M GFKRLIEI VKDAKRKGY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21m

+
分子 #21: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 30.554354 KDa
配列文字列: MKIQTNAVNV LQRTSAYLKS GLLKETPAWY NVVASIPPST KFTREPRFKN PSNGHIIGKL VDVTEQPHAN NKGLYKTRPN SSDKRVGVK RLYRPPKLTY VEDRLRSLFY KQHPWELSRP KILVENEIGD ENYDWSHMLQ IGRPLDGESV IQRTMYLIKT K QYGDMVEA ...文字列:
MKIQTNAVNV LQRTSAYLKS GLLKETPAWY NVVASIPPST KFTREPRFKN PSNGHIIGKL VDVTEQPHAN NKGLYKTRPN SSDKRVGVK RLYRPPKLTY VEDRLRSLFY KQHPWELSRP KILVENEIGD ENYDWSHMLQ IGRPLDGESV IQRTMYLIKT K QYGDMVEA YDHARYEFYA LRMQEETEQQ VALEEAEMFG SLFGVSAIEH GIQKEQEVLD VWEKKVVEET ELMAARTSNP AG SWKDDTT LNTAQEEEST TSENLHF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS23

+
分子 #22: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 36.059281 KDa
配列文字列: MGKGAAKYGF KSGVFPTTRS ILKSPTTKQT DIINKVKSPK PKGVLGIGYA KGVKHPKGSH RLSPKVNFID VDNLIAKTVA EPQSIKSSN GSAQKVRLQK AELRRKFLIE AFRKEEARLL HKHEYLQKRT KELEKAKELE LEKLNKEKSS DLTIMTLDKM M SQPLLRNR ...文字列:
MGKGAAKYGF KSGVFPTTRS ILKSPTTKQT DIINKVKSPK PKGVLGIGYA KGVKHPKGSH RLSPKVNFID VDNLIAKTVA EPQSIKSSN GSAQKVRLQK AELRRKFLIE AFRKEEARLL HKHEYLQKRT KELEKAKELE LEKLNKEKSS DLTIMTLDKM M SQPLLRNR SPEESELLKL KRNYNRSLLN FQAHKKKLNE LLNLYHVANE FIVTESQLLK KIDKVFNDET EEFTDAYDVT SN FTQFGNR KLLLSGNTTL QTQINNAIMG SLSNEKFFDI SLVDSYLNKD LKNISNKIDS KLNPTSNGAG NNGNNNNTTN L

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS26

+
分子 #23: 37S ribosomal protein S23, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S23, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 50.940742 KDa
配列文字列: MLRMSTSRFI GQRLFTTARS LQAAKPAPKG KTQGFSKKSS SVSSYSSAKR VTPGSLYKNW TNTTHTAQLQ QTAVPLALPI FNFDDISKT LNKVVSYSNK QYKSLHHLGS FKKSQFNELF QKPVCLVRED ATNSFLKKLV SHPVKKFIIT GEPGVGKTVL L SQAHAYAV ...文字列:
MLRMSTSRFI GQRLFTTARS LQAAKPAPKG KTQGFSKKSS SVSSYSSAKR VTPGSLYKNW TNTTHTAQLQ QTAVPLALPI FNFDDISKT LNKVVSYSNK QYKSLHHLGS FKKSQFNELF QKPVCLVRED ATNSFLKKLV SHPVKKFIIT GEPGVGKTVL L SQAHAYAV DSKQIIINIS YPELFLNGRN DFSYDDDLKL FIQPMYLKKL IRKILKANDP ALLKSIELSK DYKFSNANPK NA SVKPFVT LNKTKNTVLD LLSVMTHPHN RGKLMKAIID ELSVQSKVPI MFTVDNFSKV LTTAYSAYRN TENKQIYSLD LQM GKLMMD IISGETKFAN GESSTILAIS GVDRTNKTLP VALGKIPVDP YVTRYHYEPK FVELLQKGNV TEFEVPKLNK QEVN ELIDY YKQSNVLLDK DITGKKWENL IDEKYFLSGN GNPRELLKSL VLSHR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS29

+
分子 #24: Mitochondrial 37S ribosomal protein S27

分子名称: Mitochondrial 37S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 12.420666 KDa
配列文字列:
MNVPKARLLK VAELSAKIFD QNFNPSGIRT GSKILNERLK GPSVASYYGN PDILKFRHLK TLYPDIEFVD LEEQYRLSMV EAKKRRGKG APKKMKKDAA ATAKGKGKKK K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS33

+
分子 #25: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 37.458496 KDa
配列文字列: MKVPLGLWKV SRGNLWSTQK RVLTMSRCLN SDAGNEAKTV REGPAFSADL YMHPEKWKGL PPQRILELYW ERMARLGSEY KPNKDELNA LLTTSEYSNV PVNDIKKLYH RGEQGAIDIK GGNVNRDNSL RPFMFDELPS QAQELVAQHR EQRFYNRLAA Y ELPLLAQY ...文字列:
MKVPLGLWKV SRGNLWSTQK RVLTMSRCLN SDAGNEAKTV REGPAFSADL YMHPEKWKGL PPQRILELYW ERMARLGSEY KPNKDELNA LLTTSEYSNV PVNDIKKLYH RGEQGAIDIK GGNVNRDNSL RPFMFDELPS QAQELVAQHR EQRFYNRLAA Y ELPLLAQY RQEYKRPSPE SHPVTYRYTS YVGEEHPNSR KVVLSVKTKE LGLEEKSLHK FRILARSRYD HTTDIFKMSS DK FEHASQN ARYLHDILQR LLAESKDLTE DDFSDVPLDT RHTIAKSLRK KKRDYEFPEH WKRPEDAPKK KFDIVDQLLS TL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS35

+
分子 #26: 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 10.709598 KDa
配列文字列:
MSGKPPVYRL PPLPRLKVKK PIIRQEANKC LVLMSNLLQC WSSYGHMSPK CAGLVTELKS CTSESALGKR NNVQKSNINY HAARLYDRI NGKPHD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS37

+
分子 #27: Mitochondrial mRNA-processing protein COX24

分子名称: Mitochondrial mRNA-processing protein COX24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 12.800426 KDa
配列文字列:
MLGRALRPGW LGITRTVVKK PSCGSYFNRT FQTAINTTMP PMQEGMLSTM MMMTATATRI TGTVSEPLNG SNIVMQLDSV MRKRKKKMK KHKLRKRRKR EKAERRKLSQ GR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS38

+
分子 #28: Protein FYV4, mitochondrial

分子名称: Protein FYV4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 15.321684 KDa
配列文字列:
MIPSRISHKF PLFLRSSLAA PKAAYRFSST IPKPSDQVPD VDAFLNKIGR NCNELKDTFE NNWNNLFQWD SKILKEKGVN IQQRKYILK QVHNYRNNRP IHEIKLGKKS FFGGERKRKA FTAKWKAENK Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS41

+
分子 #29: 37S ribosomal protein S26, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S26, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 30.257449 KDa
配列文字列: MLVFKRGIHV VPKLPNSKAL LQNGVPNILS SSGFKTVWFD YQRYLCDKLT LATAGQSLES YYPFHILLKT AGNPLQSNIF NLASSIHNN HLFVENILPS AVEHGTNSNA VVKTEPSRLF LSKIKDSFNG SDWEVVKEEM IYRAENEVLG QGWLFLVENN E KKLFILTS ...文字列:
MLVFKRGIHV VPKLPNSKAL LQNGVPNILS SSGFKTVWFD YQRYLCDKLT LATAGQSLES YYPFHILLKT AGNPLQSNIF NLASSIHNN HLFVENILPS AVEHGTNSNA VVKTEPSRLF LSKIKDSFNG SDWEVVKEEM IYRAENEVLG QGWLFLVENN E KKLFILTS NNNGTPYYFP RNQSFDLNSA ISIDEFATLK QMKELIGKST KLNGKVQDWT MPIICVNLWD HAYLHDYGVG NR SKYVKNV LDNLNWSVVN NRIFSGISK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS42

+
分子 #30: 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 36.775781 KDa
配列文字列: MLRFTGARAI RKYSTRYALE HLKEGAPLKG LFSIEGLQKA WFDRVKYLDA KLNDCTNEAQ QKPLETLIHE NSKSASKKHI VNYASSLYN LKFSMSSLQG CIRTPPEECP RLGPEALLQT PDFNRTISNE PLTTGNERLQ AALISSFGSL MEFRTLLINS N LAISGDGF ...文字列:
MLRFTGARAI RKYSTRYALE HLKEGAPLKG LFSIEGLQKA WFDRVKYLDA KLNDCTNEAQ QKPLETLIHE NSKSASKKHI VNYASSLYN LKFSMSSLQG CIRTPPEECP RLGPEALLQT PDFNRTISNE PLTTGNERLQ AALISSFGSL MEFRTLLINS N LAISGDGF TWLVARRQLD KRAMRNDMPN RDIEYDKLFI LNTYNAGTPF NFSTSGVMNE LNNQYTNMEK QRAKEAGNLE DS EMTAKQA KTKFIYETQQ KGFSGKEVSY IPLLAIDASP KTWLTDYGVF GKREYLERVW DSIEWKIVES RLPQRTKIQA FNT L

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS43

+
分子 #31: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 39.045031 KDa
配列文字列: MGTITVVINE GPILLIRALH RATTNKKMFR STVWRRFAST GEIAKAKLDE FLIYHKTDAK LKPFIYRPKN AQILLTKDIR DPKTREPLQ PRPPVKPLSK QTLNDFIYSV EPNSTELLDW FKEWTGTSIR KRAIWTYISP IHVQKMLTAS FFKIGKYAHM V GLLYGIEH ...文字列:
MGTITVVINE GPILLIRALH RATTNKKMFR STVWRRFAST GEIAKAKLDE FLIYHKTDAK LKPFIYRPKN AQILLTKDIR DPKTREPLQ PRPPVKPLSK QTLNDFIYSV EPNSTELLDW FKEWTGTSIR KRAIWTYISP IHVQKMLTAS FFKIGKYAHM V GLLYGIEH KFLKAQNPSV FDIEHFFNTN IMCALHRNRL KDYKDAEIAQ RKLQVAWKKV LNRKNNTGLA NILVATLGRQ IG FTPELTG LQPVDISLPD IPNSSSGAEL KDLLSKYEGI YLIARTLLDI DQHNAQYLEL QEFIRQYQNA LSESSDPYDT HLK ALGLLE TPPPQESTEK EEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS27

+
分子 #32: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 39.638172 KDa
配列文字列: MSYGLTGTSS KLRGTSSIFS WTQVRHFSRR RIAYPFYPFK KLGRQHPKKH DTNLKTAMRQ FLGPKNYKGE YVMNKYFTVP TNHVPNYIK PDLERGQSLE HPVTKKPLQL RYDGTLGPPP VENKRLQNIF KDRLLQPFPS NPHCKTNYVL SPQLKQSIFE E ITVEGLSA ...文字列:
MSYGLTGTSS KLRGTSSIFS WTQVRHFSRR RIAYPFYPFK KLGRQHPKKH DTNLKTAMRQ FLGPKNYKGE YVMNKYFTVP TNHVPNYIK PDLERGQSLE HPVTKKPLQL RYDGTLGPPP VENKRLQNIF KDRLLQPFPS NPHCKTNYVL SPQLKQSIFE E ITVEGLSA QQVSQKYGLK IPRVEAIVKL VSVENSWNRR NRVSSDLKTM DETLYRMFPV FDSDASFKRE NLSEIPVPQK TL ASRFLTI AESEPFGPVD AAHVLELEPA VETLRNLSTV GEHSSGHQQS TNKNTKVIYG ELVEGERSQY KFTNAKVGKV GYR YGSGNR DNKKDRRIGF NKLGQMVYI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS45

+
分子 #33: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial

分子名称: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 56.351195 KDa
配列文字列: MLRNTLKCAQ LSSKYGFKTT TRTFMTTQPQ LNVTDAPPVL FTVQDTARVI TLNRPKKLNA LNAEMSESMF KTLNEYAKSD TTNLVILKS SNRPRSFCAG GDVATVAIFN FNKEFAKSIK FFTDEYSLNF QIATYLKPIV TFMDGITMGG GVGLSIHTPF R IATENTKW ...文字列:
MLRNTLKCAQ LSSKYGFKTT TRTFMTTQPQ LNVTDAPPVL FTVQDTARVI TLNRPKKLNA LNAEMSESMF KTLNEYAKSD TTNLVILKS SNRPRSFCAG GDVATVAIFN FNKEFAKSIK FFTDEYSLNF QIATYLKPIV TFMDGITMGG GVGLSIHTPF R IATENTKW AMPEMDIGFF PDVGSTFALP RIVTLANSNS QMALYLCLTG EVVTGADAYM LGLASHYVSS ENLDALQKRL GE ISPPFNN DPQSAYFFGM VNESIDEFVS PLPKDYVFKY SNEKLNVIEA CFNLSKNGTI EDIMNNLRQY EGSAEGKAFA QEI KTKLLT KSPSSLQIAL RLVQENSRDH IESAIKRDLY TAANMCMNQD SLVEFSEATK HKLIDKQRVP YPWTKKEQLF VSQL TSITS PKPSLPMSLL RNTSNVTWTQ YPYHSKYQLP TEQEIAAYIE KRTNDDTGAK VTEREVLNHF ANVIPSRRGK LGIQS LCKI VCERKCEEVN DGLRWK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS47

+
分子 #34: 15S mitochondrial rRNA

分子名称: 15S mitochondrial rRNA / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
分子量理論値: 528.125688 KDa
配列文字列: GUAAAAAAUU UAUAAGAAUA UGAUGUUGGU UCAGAUUAAG CGCUAAAUAA GGACAUGACA CAUGCGAAUC AUACGUUUAU UAUUGAUAA GAUAAUAAAU AUGUGGUGUA AACGUGAGUA AUUUUAUUAG GAAUUAAUGA ACUAUAGAAU AAGCUAAAUA C UUAAUAUA ...文字列:
GUAAAAAAUU UAUAAGAAUA UGAUGUUGGU UCAGAUUAAG CGCUAAAUAA GGACAUGACA CAUGCGAAUC AUACGUUUAU UAUUGAUAA GAUAAUAAAU AUGUGGUGUA AACGUGAGUA AUUUUAUUAG GAAUUAAUGA ACUAUAGAAU AAGCUAAAUA C UUAAUAUA UUAUUAUAUA AAAAUAAUUU AUAUAAUAAA AAGGAUAUAU AUAUAAUAUA UAUUUAUCUA UAGUCAAGCC AA UAAUGGU UUAGGUAGUA GGUUUAUUAA GAGUUAAACC UAGCCAACGA UCCAUAAUCG AUAAUGAAAG UUAGAACGAU CAC GUUGAC UCUGAAAUAU AGUCAAUAUC UAUAAGAUAC AGCAGUGAGG AAUAUUGGAC AAUGAUCGAA AGAUUGAUCC AGUU ACUUA UUAGGAUGAU AUAUAAAAAU AUUUUAUUUU AUUUAUAAAU AUUAAAUAUU UAUAAUAAUA AUAAUAAUAA UAUAU AUAU AUAAAUUGAU UAAAAAUAAA AUCCAUAAAU AAUUAAAAUA AUGAUAUUAA UUACCAUAUA UAUUUUUAUA UGGAUA UAU AUAUUAAUAA UAAUAUUAAU UUUAUUAUUA UUAAUAAUAU AUUUUAAUAG UCCUGACUAA UAUUUGUGCC AGCAGUC GC GGUAACACAA AGAGGGCGAG CGUUAAUCAU AAUGGUUUAA AGGAUCCGUA GAAUGAAUUA UAUAUUAUAA UUUAGAGU U AAUAAAAUUA AUUAAAGAAU UAUAAUAGUA AAGAUGAAAU AAUAAUAAUA AUUAUAAGAC UAAUAUAUGU GAAAAUAUU AAUUAAAUAU UAACUGACAU UGAGGGAUUA AAACUAGAGU AGCGAAACGG AUUCGAUACC CGUGUAGUUC UAGUAGUAAA CUAUGAAUA CAAUUAUUUA UAUAUAUAUU AUAUAUAAAU AAUAAAUGAA AAUGAAAGUA UUCCACCUGA AGAGUACGUU A GCAAUAAU GAAACUCAAA ACAAUAGACG GUUACAGACU UAAGCAGUGG AGCAUGUUAU UUAAUUCGAU AAUCCACGAC UA ACCUUAC CAUAUUUUGA AUAUUAUAAU AAUUAUUAUA AUUAUUAUAU UACAGGCGUU ACAUUGUUGU CUUUAGUUCG UGC UGCAAA GUUUUAGAUU AAGUUCAUAA ACGAACAAAA CUCCAUAUAU AUAAUUUUAA UUAUAUAUAA UUUUAUAUUA UUUA UUAAU AUAAAGAAAG GAAUUAAGAC AAAUCAUAAU GAUCCUUAUA AUAUGGGUAA UAGACGUGCU AUAAUAAAAU GAUAA UAAA AUUAUAUAAA AUAUAUUUAA UUAUAUUUAA UUAAUAAUAU AAAACAUUUU AAUUUUUAAU AUAUUUUUUU AUUAUA UAU UAAUAUGAAU UAUAAUCUGA AAUUCGAUUA UAUGAAAAAA GAAUUGCUAG UAAUACGUAA AUUAGUAUGU UACGGUG AA UAUUCUAACU GUUUCGCACU AAUCACUCAU CACGCGUUGA AACAUAUUAU UAUCUUAUUA UUUAUAUAAU AUUUUUUA A UAAAUAUUAA UAAUUAUUAA UUUAUAUUUA UUUAUAUCAG AAAUAAUAUG AAUUAAUGCG AAGUUGAAAU ACAGUUACC GUAGGGGAAC CUGCGGUGGG CUUAUAAAUA UCUUAAAUAU UCUUACA

+
分子 #35: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 89 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #36: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 37 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #37: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #38: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #39: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 4206 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMKClpotassium chloride
20.0 mMHEPES-KOH buffer pH7.5
5.0 mMmagnesium acetate
2.0 mMdithiothreitol
0.05 %n-dodecyl-beta-D-maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 40 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3551

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 778978
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5mrc


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8om4:
Small subunit of yeast mitochondrial ribosome.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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