[日本語] English
万見
- EMDB-16963: Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit in complex with 1-Be... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16963
タイトルLeishmania tarentolae proteasome 20S subunit in complex with 1-Benzyl-N-(3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridazine-3-carboxamide
マップデータ
試料
  • 複合体: Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit in complex with 1-Benzyl-N-(3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridazine-3-carboxamide
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 1種
キーワードProteasome 20S subunit / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / nucleus ...proteasome core complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome beta 6 subunit, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome alpha 5 subunit, putative / Proteasome subunit alpha type / Proteasome alpha 7 subunit, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta ...Proteasome beta 6 subunit, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome alpha 5 subunit, putative / Proteasome subunit alpha type / Proteasome alpha 7 subunit, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome alpha 1 subunit, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania tarentolae (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Rowland P
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2023
タイトル: Structure-Guided Design and Synthesis of a Pyridazinone Series of Proteasome Inhibitors.
著者: Michael G Thomas / Kate McGonagle / Paul Rowland / David A Robinson / Peter G Dodd / Isabel Camino-Díaz / Lorna Campbell / Juan Cantizani / Pablo Castañeda / Daniel Conn / Peter D Craggs / ...著者: Michael G Thomas / Kate McGonagle / Paul Rowland / David A Robinson / Peter G Dodd / Isabel Camino-Díaz / Lorna Campbell / Juan Cantizani / Pablo Castañeda / Daniel Conn / Peter D Craggs / Darren Edwards / Liam Ferguson / Andrew Fosberry / Laura Frame / Panchali Goswami / Xiao Hu / Justyna Korczynska / Lorna MacLean / Julio Martin / Nicole Mutter / Maria Osuna-Cabello / Christy Paterson / Imanol Peña / Erika G Pinto / Caterina Pont / Jennifer Riley / Yoko Shishikura / Frederick R C Simeons / Laste Stojanovski / John Thomas / Karolina Wrobel / Robert J Young / Filip Zmuda / Fabio Zuccotto / Kevin D Read / Ian H Gilbert / Maria Marco / Timothy J Miles / Pilar Manzano / Manu De Rycker /
要旨: There is an urgent need for new treatments for Chagas disease, a parasitic infection which mostly impacts South and Central America. We previously reported on the discovery of GSK3494245/DDD01305143, ...There is an urgent need for new treatments for Chagas disease, a parasitic infection which mostly impacts South and Central America. We previously reported on the discovery of GSK3494245/DDD01305143, a preclinical candidate for visceral leishmaniasis which acted through inhibition of the proteasome. A related analogue, active against , showed suboptimal efficacy in an animal model of Chagas disease, so alternative proteasome inhibitors were investigated. Screening a library of phenotypically active analogues against the proteasome identified an active, selective pyridazinone, the development of which is described herein. We obtained a cryo-EM co-structure of proteasome and a key inhibitor and used this to drive optimization of the compounds. Alongside this, optimization of the absorption, distribution, metabolism, and excretion (ADME) properties afforded a suitable compound for mouse efficacy studies. The outcome of these studies is discussed, alongside future plans to further understand the series and its potential to deliver a new treatment for Chagas disease.
履歴
登録2023年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16963.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.22610833 - 0.40274763
平均 (標準偏差)0.00075352343 (±0.013990045)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Flipped half map to correspond with the final map

ファイルemd_16963_half_map_1.map
注釈Flipped half map to correspond with the final map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Flipped half map to correspond with the final map

ファイルemd_16963_half_map_2.map
注釈Flipped half map to correspond with the final map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit in complex with 1-Be...

全体名称: Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit in complex with 1-Benzyl-N-(3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridazine-3-carboxamide
要素
  • 複合体: Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit in complex with 1-Benzyl-N-(3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridazine-3-carboxamide
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha 5 subunit, putative
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha 1 subunit, putative
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome alpha 7 subunit, putative
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome beta 6 subunit, putative
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
  • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
  • リガンド: ~{N}-[3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl]-6-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)pyridazine-3-carboxamide

+
超分子 #1: Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit in complex with 1-Be...

超分子名称: Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit in complex with 1-Benzyl-N-(3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridazine-3-carboxamide
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11, #13-#14
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 27.178107 KDa
配列文字列: MNRAGFDKYI TVFSPEGSLY QVEYAFKAVT YPGLLTVAIR CKDAVLVVTQ HLIPDRLMRP DSVTALYEVT PNIGCCMTGR APDGRALVQ RAREEASDYQ YRYGVEIPIA VLAKRMGDKA QVRTQQAGLR PMGVVSTFIG MDQSDQDGSL KPQIYTVDPA G WTGGHIAC ...文字列:
MNRAGFDKYI TVFSPEGSLY QVEYAFKAVT YPGLLTVAIR CKDAVLVVTQ HLIPDRLMRP DSVTALYEVT PNIGCCMTGR APDGRALVQ RAREEASDYQ YRYGVEIPIA VLAKRMGDKA QVRTQQAGLR PMGVVSTFIG MDQSDQDGSL KPQIYTVDPA G WTGGHIAC AAGKKQVEAM AFLEKRQKST ELDALTQKEA AMIALAALQS AIGTAVKAKE VEVGRCTAAN PAFQRVPNSE VE EWLTAVA EAD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 25.179559 KDa
配列文字列: MSEAFYGLTT FSPSGKLIQI EYATTAAGKG TTALGVKATD GVVIAAKKKA PSTLVDASSI QKVFVLDEHV GCTYSGMGPD CRVLIDSAR KNCQQYKLMY NEPIPISQLV RKISAIYQEF TQSGGVRPFG CSLLVAGVDA NGYHLYQVDP SGTFWAWKAT A IGTGSPDA ...文字列:
MSEAFYGLTT FSPSGKLIQI EYATTAAGKG TTALGVKATD GVVIAAKKKA PSTLVDASSI QKVFVLDEHV GCTYSGMGPD CRVLIDSAR KNCQQYKLMY NEPIPISQLV RKISAIYQEF TQSGGVRPFG CSLLVAGVDA NGYHLYQVDP SGTFWAWKAT A IGTGSPDA KAFLEKRYTV DMELEDAVHT ALLTLKEGFD GQMTSENTQV GRVVENRFEI LSVDQLRDYL DQI

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 32.321438 KDa
配列文字列: MSHRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYAVEAIQQ AGTVIGVCTK DGVVLAGEKM VPHPLFDSES MQDKNTSGEK MYKIAEHIGC SVAGVTSDA YALLNYARLS ALRHQYTFQE PMAIEDLCRI LCDEKQLYTQ YGGVRPYGVS FLLVGWDRYY GYQLYSTEPS G DYSAWSAY ...文字列:
MSHRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYAVEAIQQ AGTVIGVCTK DGVVLAGEKM VPHPLFDSES MQDKNTSGEK MYKIAEHIGC SVAGVTSDA YALLNYARLS ALRHQYTFQE PMAIEDLCRI LCDEKQLYTQ YGGVRPYGVS FLLVGWDRYY GYQLYSTEPS G DYSAWSAY AIGQNDQVAH ALLKKDWHES MTLEDGMLLA LRVLGKTMDT AKIDLDRVEV AVMRKVPASN IDQLLDPFKH HP KTTPRFQ ILTRSELKPH AERADQAREA EEKAEAERQR QQEQALES

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 27.821605 KDa
配列文字列: MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGL AAVGVLGSDS VVIAVEKKSA VKLQDSRTIR KIYKVDANIY LAFAGLSADA RVLINKAQL ECQRFSLNYE DTMDVDMLVR YVAGVQQKST QSGGSRPFGV ATVIGGFNED GKPHLWKTDP SGMCSAWRAV A IGRHDQTV ...文字列:
MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGL AAVGVLGSDS VVIAVEKKSA VKLQDSRTIR KIYKVDANIY LAFAGLSADA RVLINKAQL ECQRFSLNYE DTMDVDMLVR YVAGVQQKST QSGGSRPFGV ATVIGGFNED GKPHLWKTDP SGMCSAWRAV A IGRHDQTV IEYMEKSYKD GMSRDECVHF AIKSLLEVVE SGSRNIELLV LQYKEARYLT EEELQKFVVE VEKEREEEAA AK KKRQAEQ E

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #5: Proteasome alpha 5 subunit, putative

分子名称: Proteasome alpha 5 subunit, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 38.312316 KDa
配列文字列: MLLPRLFSFP VCWSRALSLV CVYHVSLSFP SNSRRLCATP LLPLPCLCKL PAGHSPRKRC LFSFLSCFLD LTYFCIISFL HSVSCHLCF PLRRTRARHP IMFTSKSEYD RGVNTFSPEG RIFQIEYAVE AIKLGSTSLG IRTPEGVVLA AEKRVPSTLV V PSSMSKIM ...文字列:
MLLPRLFSFP VCWSRALSLV CVYHVSLSFP SNSRRLCATP LLPLPCLCKL PAGHSPRKRC LFSFLSCFLD LTYFCIISFL HSVSCHLCF PLRRTRARHP IMFTSKSEYD RGVNTFSPEG RIFQIEYAVE AIKLGSTSLG IRTPEGVVLA AEKRVPSTLV V PSSMSKIM EVDSHIAAVM SGMVADARIL VEHARVESQN HRFTYNEPMS VESCTLATCD LSIQFGESGG RRKLMSRPFG VS LLIAGVD EKGPQLWQTD PSGTHTRYDA QAIGGGAEAA QSVFTERYHR NMTLEEGETL AVDILKQVME DQLSPENIEV AVV RADDGK LHMYTPTEIK AIMSRMPE

UniProtKB: Proteasome alpha 5 subunit, putative

+
分子 #6: Proteasome alpha 1 subunit, putative

分子名称: Proteasome alpha 1 subunit, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 47.978633 KDa
配列文字列: MQSRKGEGWR DTGTDSLPPF SFCCSPAFSS PLAFGGEGAD GCAYILTHVC RYACIAALTL HSEGAERHMR VCVCVRRCAY NEMVLHQVV AFASLAPALH PLSPLPLPCM ATTHACCGLR VRSFSLKKSE KKNQQRRLQA PDLSQKTRTR TQKEKQTLQI Y LRCVMFKN ...文字列:
MQSRKGEGWR DTGTDSLPPF SFCCSPAFSS PLAFGGEGAD GCAYILTHVC RYACIAALTL HSEGAERHMR VCVCVRRCAY NEMVLHQVV AFASLAPALH PLSPLPLPCM ATTHACCGLR VRSFSLKKSE KKNQQRRLQA PDLSQKTRTR TQKEKQTLQI Y LRCVMFKN EYDSDITTWS PTGRLFQIEY ANEAVNNGSA TVGVKGKNFV VLAALKRSPV AELSSYQEKV FEIDEHVGMS IS GLVADGR VLARYLRTEC MNYRYMYSNG MPMNQMADMI GEKHQRHIQC SGKRPFGVGL LLAGYDRQGP HLYQTVPSGD VYD YKATAM GVRSQASRTY LERHFEHFSD CTLDELVTHA LKALASATSE GIELNVKNTT IAIVGKDTPF TIFEEESARK YLDG FKMRP EDRVAVAEED EEMLHEQPLD VEE

UniProtKB: Proteasome alpha 1 subunit, putative

+
分子 #7: Proteasome alpha 7 subunit, putative

分子名称: Proteasome alpha 7 subunit, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 25.591826 KDa
配列文字列: MAGTGSGHDQ STDVFSAEGR VFQVEYAGKA VDNSSTAVAA CCKDGVVVAV EKVHTSRMLE KGSNNRIHAV DRQAGICICG LLPDGRAIV SRARQEAENS RDIFATPIRG SVLANRVGEF MHAYTTHFAY RPFGCSAIIA SYADDGPQLF VSDPSGTVAG Y YGVALGKA ...文字列:
MAGTGSGHDQ STDVFSAEGR VFQVEYAGKA VDNSSTAVAA CCKDGVVVAV EKVHTSRMLE KGSNNRIHAV DRQAGICICG LLPDGRAIV SRARQEAENS RDIFATPIRG SVLANRVGEF MHAYTTHFAY RPFGCSAIIA SYADDGPQLF VSDPSGTVAG Y YGVALGKA KTVAKSELEK LDFSSLTCDE AVGKLASILH EVHDKQKDKL YEVEVAWVCD KSDRKFVHVP ADMVPAETSH

UniProtKB: Proteasome alpha 7 subunit, putative

+
分子 #8: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 30.28001 KDa
配列文字列: MLQRPDHTLL QEPAYPKDIA QKLTENGPAQ AGKQLFQPDP AVIDPQLSKA VSLGTTILAV SYNGGVVLAA DSRTSSGTYV VNRASNKLT KLTKKIYCCR SGSAADTQAL AERVSNYLGS YQTDIGAGVN VATAANLFQK MCYMNRWNIS AGIIVAGYDP I NGGSVYSI ...文字列:
MLQRPDHTLL QEPAYPKDIA QKLTENGPAQ AGKQLFQPDP AVIDPQLSKA VSLGTTILAV SYNGGVVLAA DSRTSSGTYV VNRASNKLT KLTKKIYCCR SGSAADTQAL AERVSNYLGS YQTDIGAGVN VATAANLFQK MCYMNRWNIS AGIIVAGYDP I NGGSVYSI PSGGSCVKLD YALGGSGSIF LYSFFDANYK PGMSKSECVA FCQRAVAHAY SRDGSSGGLI RTITLDADEP ED QTIPWNR SPYCMEKDPK YVTQATQNQP FSSSAKITGN RMSSTG

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #9: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 27.60357 KDa
配列文字列: MPGFNFENVQ RNLNLEGEGY SAPRTLKTGT TIVGVVYRDG VVLGADTRAT EGSIVADKRC RKIHYMAPNI MCCGAGTSAD TEAVTNMVS SHLALHRLET GKQSRVLEAL TLLKRHLYRY QGHVSAALVL GGVDVEGPFL ATIAPHGSTD RLPFVTMGSG S IAAMAQLE ...文字列:
MPGFNFENVQ RNLNLEGEGY SAPRTLKTGT TIVGVVYRDG VVLGADTRAT EGSIVADKRC RKIHYMAPNI MCCGAGTSAD TEAVTNMVS SHLALHRLET GKQSRVLEAL TLLKRHLYRY QGHVSAALVL GGVDVEGPFL ATIAPHGSTD RLPFVTMGSG S IAAMAQLE AAYKDNMTCE EAKELVASAI RKGIFNDPYS GTQVDVCVIT KDKTELTIGY DKPNERMYPR QEVLLPPGTT PV LKEEIRQ LVDIVDA

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #10: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 22.470887 KDa
配列文字列: MSIMAYSGGS VMAMAGKECF VIISDNRLGE QLKTISTEVP KLHVVNDSIV YGLTGLRTDQ QTFANKVQFR TEMYKLREER DITGKAFAA MITSMLYEAR FGPWFVEPVI GSIDKSTGEV YLCATDLIGA PCEPEDYVCA GTAAESLHGM CEALWRPGMS P EELFEIAA ...文字列:
MSIMAYSGGS VMAMAGKECF VIISDNRLGE QLKTISTEVP KLHVVNDSIV YGLTGLRTDQ QTFANKVQFR TEMYKLREER DITGKAFAA MITSMLYEAR FGPWFVEPVI GSIDKSTGEV YLCATDLIGA PCEPEDYVCA GTAAESLHGM CEALWRPGMS P EELFEIAA QAMLSACDRD SLSGYGAVAM IVTKDKVTTR LIKGRKD

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #11: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 23.065291 KDa
配列文字列: MAETAIAFRC KDYVMVAAAG LNAFYYIKIT DAEDKITQLD THQLVACTGE NGPRVNFTEY IKCNLALNRM RQHGRHSSCE STANFMRNC LASAIRSREG AYQVNCLFAG YDTPVSEDDD GVVGPQLFYM DYLGTLQAVP YGCHGYGACF VTALLDRLWR P DLSQQEGL ...文字列:
MAETAIAFRC KDYVMVAAAG LNAFYYIKIT DAEDKITQLD THQLVACTGE NGPRVNFTEY IKCNLALNRM RQHGRHSSCE STANFMRNC LASAIRSREG AYQVNCLFAG YDTPVSEDDD GVVGPQLFYM DYLGTLQAVP YGCHGYGACF VTALLDRLWR P DLSQQEGL ELMQKCCDEV KRRVIISNSY FFVKAVTKNG VEVITAVH

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #12: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 33.576738 KDa
配列文字列: MFADFEAVTS SNFTLDDCPR VGPFTYHNMD EDTLEEPLSL CSYRRAPQQT DERSPASCDA VTADPLDSSR YLHGENRCWT LKVSCPVPR AIPKLDMKKG TTTLAFRFNG GIIVAVDSRA STGQYIASQT VMKVLEINDY LLGTLAGGAA DCQYWERVLG M ECRLWELR ...文字列:
MFADFEAVTS SNFTLDDCPR VGPFTYHNMD EDTLEEPLSL CSYRRAPQQT DERSPASCDA VTADPLDSSR YLHGENRCWT LKVSCPVPR AIPKLDMKKG TTTLAFRFNG GIIVAVDSRA STGQYIASQT VMKVLEINDY LLGTLAGGAA DCQYWERVLG M ECRLWELR NGSRITVAAA SKILANITYA YRNHGLSMGT MVAGWDQFGP SLYYVDDKGS RVKQDLFSVG SGSIYAYGVL DT GYRKDLS VEDACDLARR SIFHATYRDG ASGGIVTVYH VHEKGWTKIS RDDQTKLYHR YFPS

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #13: Proteasome beta 6 subunit, putative

分子名称: Proteasome beta 6 subunit, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 37.67691 KDa
配列文字列: MASSSPPLLP FSSFVVAVVA IHLSFRVFCV GAQSLCKCCS CVPACALPLC FSSSPSVSAE DVALALFAHP KVLTHRPTAR YSPILSLLH YAVMIEDHAE YGHNYYPQKL ASSTLTLPQQ GAKQQQWSPY QDNGGTTAAI AGKDFVILAG DTRLNGDFCL H SRHDQSKI ...文字列:
MASSSPPLLP FSSFVVAVVA IHLSFRVFCV GAQSLCKCCS CVPACALPLC FSSSPSVSAE DVALALFAHP KVLTHRPTAR YSPILSLLH YAVMIEDHAE YGHNYYPQKL ASSTLTLPQQ GAKQQQWSPY QDNGGTTAAI AGKDFVILAG DTRLNGDFCL H SRHDQSKI FQLTPYTYMA SNGMQADRLQ LQQMLKYRVK WYKYNNGGKV PSTKAIAQLM STMLYHRRFF PYYTFNMVVG LD EEGHGVC YSYDAVGSTE PFLYGTRGSA ASFVEPLLDC LINRQHMTSQ APPEMTKEET LAMLKNAFTG AAERDIYTGD SVS FFIITK DGVQQESFEL RKD

UniProtKB: Proteasome beta 6 subunit, putative

+
分子 #14: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
分子量理論値: 24.737232 KDa
配列文字列: MASGGSVIAI KYKGGVLMAA DTLLSYGSLA KWPNIPRIRL LGSHSAVCAT GSYADFQMMA KQVEDNIERQ KMYHNVDELS PSEVFSYLH RSIYQKRCDF DPCLCQMVFI GVRDGETFLA GVDDVGTRWE DDCIATGYGA YIALPLLRQA LEKNPDGLSR G EAMRILTD ...文字列:
MASGGSVIAI KYKGGVLMAA DTLLSYGSLA KWPNIPRIRL LGSHSAVCAT GSYADFQMMA KQVEDNIERQ KMYHNVDELS PSEVFSYLH RSIYQKRCDF DPCLCQMVFI GVRDGETFLA GVDDVGTRWE DDCIATGYGA YIALPLLRQA LEKNPDGLSR G EAMRILTD CLRVLFYREC RAINKFQVAD AASDGVRISE PFDVETHWEY EGYCFEKTAI IR

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #15: ~{N}-[3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl]-6-oxidanylidene-1-(phenylme...

分子名称: ~{N}-[3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl]-6-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)pyridazine-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: VYW
分子量理論値: 388.419 Da
Chemical component information

ChemComp-VYW:
~{N}-[3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl]-6-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)pyridazine-3-carboxamide

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 94595
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: Unpublished model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8olu:
Leishmania tarentolae proteasome 20S subunit in complex with 1-Benzyl-N-(3-(cyclopropylcarbamoyl)phenyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridazine-3-carboxamide

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る