EMDB-16951: cryo-EM structure of human tRNA(AspGUC) - PUS4 and PUS7 modified

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-16951

タイトル

cryo-EM structure of human tRNA(AspGUC) - PUS4 and PUS7 modified

マップデータ

main map

試料

複合体: free Asp tRNA

キーワード

tRNA / human / RNA

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.83 Å

データ登録者

Biela AP

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of human tRNAs by single particle cryo-EM
著者: Biela AD / Biela AP / Lin TY / Glatt S

履歴

登録	2023年3月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年10月9日	-
マップ公開	2024年10月9日	-
更新	2024年10月9日	-
現状	2024年10月9日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_16951.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_16951.map.gz	7.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-16951-v30.xml emd-16951.xml	13.2 KB 13.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_16951_fsc.xml	4.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_16951.png	19.3 KB
Filedesc metadata	emd-16951.cif.gz	4 KB
その他	emd_16951_half_map_1.map.gz emd_16951_half_map_2.map.gz	7.4 MB 7.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16951 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16951	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_16951_validation.pdf.gz	700.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_16951_full_validation.pdf.gz	700.4 KB	表示
XML形式データ	emd_16951_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_16951_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16951 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16951	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16939C 16940C 16941C 16943C 16945C 16946C 16947C 16948C 16950C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_16951.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

main map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.69 Å/pix. x 128 pix. = 216.576 Å	1.69 Å/pix. x 128 pix. = 216.576 Å	1.69 Å/pix. x 128 pix. = 216.576 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.692 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 1.59
最小 - 最大	-4.2268095 - 7.510343
平均 (標準偏差)	0.006296379 (±0.1989369)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: half map A

ファイル

emd_16951_half_map_1.map

注釈

half map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイル

emd_16951_half_map_2.map

注釈

half map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : free Asp tRNA

全体	名称: free Asp tRNA
要素	複合体: free Asp tRNA

-
超分子 #1: free Asp tRNA

超分子	名称: free Asp tRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	1 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec. / 詳細: 8mA
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7511 / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 676016
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 81488
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
最終 3次元分類	クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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