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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16900 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum at 3.35 A resolution | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Dihydrolipoyl Succinyltransferase / E2 / Oxoglutarate / a-Ketoglutarate / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / tricarboxylic acid cycle / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Skalidis I / Tueting C / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Structural analysis of an endogenous 4-megadalton succinyl-CoA-generating metabolon. 著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Toni K Träger / Jaydeep Belapure / Gerd Hause / Marta Fratini / Francis J O'Reilly / Ingo Heilmann / Juri Rappsilber / ...著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Toni K Träger / Jaydeep Belapure / Gerd Hause / Marta Fratini / Francis J O'Reilly / Ingo Heilmann / Juri Rappsilber / Panagiotis L Kastritis / 要旨: The oxoglutarate dehydrogenase complex (OGDHc) participates in the tricarboxylic acid cycle and, in a multi-step reaction, decarboxylates α-ketoglutarate, transfers succinyl to CoA, and reduces NAD+. ...The oxoglutarate dehydrogenase complex (OGDHc) participates in the tricarboxylic acid cycle and, in a multi-step reaction, decarboxylates α-ketoglutarate, transfers succinyl to CoA, and reduces NAD+. Due to its pivotal role in metabolism, OGDHc enzymatic components have been studied in isolation; however, their interactions within the endogenous OGDHc remain elusive. Here, we discern the organization of a thermophilic, eukaryotic, native OGDHc in its active state. By combining biochemical, biophysical, and bioinformatic methods, we resolve its composition, 3D architecture, and molecular function at 3.35 Å resolution. We further report the high-resolution cryo-EM structure of the OGDHc core (E2o), which displays various structural adaptations. These include hydrogen bonding patterns confining interactions of OGDHc participating enzymes (E1o-E2o-E3), electrostatic tunneling that drives inter-subunit communication, and the presence of a flexible subunit (E3BPo), connecting E2o and E3. This multi-scale analysis of a succinyl-CoA-producing native cell extract provides a blueprint for structure-function studies of complex mixtures of medical and biotechnological value. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16900.map.gz | 32.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16900-v30.xml emd-16900.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16900_fsc.xml | 7.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16900.png | 84.2 KB | ||
マスクデータ | emd_16900_msk_1.map | 34.3 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16900.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_16900_additional_1.map.gz emd_16900_half_map_1.map.gz emd_16900_half_map_2.map.gz | 2.5 MB 31.8 MB 31.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16900 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16900 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8oiuMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.5678 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16900_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryo-EM reconstruction of the native asymmetric complex of...
ファイル | emd_16900_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of the native asymmetric complex of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core...
ファイル | emd_16900_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum, Half-Map A. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core...
ファイル | emd_16900_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum, Half-Map B. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
全体 | 名称: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
超分子 | 名称: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) |
分子量 | 理論値: 3 MDa |
-分子 #1: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
分子 | 名称: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) |
分子量 | 理論値: 45.987004 KDa |
配列 | 文字列: MLYRGLRMAA RAAPKFAVLN THAALRQLPL QFQHVRTYAD KIIKVPQMAE SITEGTLKQW NKAVGDYVEA DEEIATIETD KIDVAVNAP EAGVIKEFFV NEEDTVLVGQ DLVRLEVGGE KPAEAAKEQP KAAAPEPKVE EKKVPEAPAP EPSKTAAPAP A PPKQEAPA ...文字列: MLYRGLRMAA RAAPKFAVLN THAALRQLPL QFQHVRTYAD KIIKVPQMAE SITEGTLKQW NKAVGDYVEA DEEIATIETD KIDVAVNAP EAGVIKEFFV NEEDTVLVGQ DLVRLEVGGE KPAEAAKEQP KAAAPEPKVE EKKVPEAPAP EPSKTAAPAP A PPKQEAPA SPKPASKPAE TPAVTLGNRE ERRVKMNRMR LRIAERLKQS QNTAASLTTF NEVDMSALIE FRNKYKDEVL KK TGVKLGF MSAFSRAVVL AIRDLPVVNA SIEGPNGGDT IVYRDYVDIS VAVATEKGLV TPVVRNAETM DLITIEKTIA ELG KKARDG KLTIEDMAGG TFTISNGGVF GSLMGTPIIN LPQSAVLGLH AIKERPVAVN GKVEIRPMMY LALTYDHRLL DGRE AVQFL VKVKEYIEDP RKMLL UniProtKB: dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 200.0 mM / 構成要素 - 式: NH4CH2COOH / 構成要素 - 名称: Ammonium acetate |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: For plunging, blot force 0 and blotting time of 4 sec were applied.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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温度 | 最低: 77.15 K / 最高: 103.15 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 21381 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 92000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: all / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Initial fitting was performed in ChimeraX v1.2, then real-space refined in PHENIX v1.19 |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-8oiu: |