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- EMDB-16859: Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosome... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16859
タイトルStructure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1)
マップデータ
試料
  • 複合体: BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes
    • 複合体: DNA, Histones and Polyubiquitin-B
      • DNA: DNA (142-MER)
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • 複合体: BRCA1 associated RING domain 1
      • タンパク質・ペプチド: BRCA1 associated RING domain 1
キーワードBRCA1-BARD1 / chromatin recognition / nucleosomes / ubiquitin / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / protein K6-linked ubiquitination / regulation of phosphorylation / negative regulation of protein export from nucleus / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes ...BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / protein K6-linked ubiquitination / regulation of phosphorylation / negative regulation of protein export from nucleus / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / nucleosomal DNA binding / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Inhibition of DNA recombination at telomere / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / telomere organization / Meiotic synapsis / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Regulation of pyruvate metabolism / epigenetic regulation of gene expression / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / VLDLR internalisation and degradation / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / DNA methylation / Translesion synthesis by POLK / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Condensation of Prophase Chromosomes / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / innate immune response in mucosa / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / PRC2 methylates histones and DNA / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TCF dependent signaling in response to WNT / Defective pyroptosis / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Regulation of NF-kappa B signaling
類似検索 - 分子機能
BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Histone H2B signature. ...BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Histone H3 signature 1. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BRCA1 associated RING domain 1 / Histone H2A type 1 / Polyubiquitin-C / Histone H4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Felis catus (イエネコ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Foglizzo M / Burdett H / Wilson MD / Zeqiraj E
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T029471/1 英国
Wellcome Trust222531/Z/21/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust221524/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: BRCA1-BARD1 combines multiple chromatin recognition modules to bridge nascent nucleosomes.
著者: Hayden Burdett / Martina Foglizzo / Laura J Musgrove / Dhananjay Kumar / Gillian Clifford / Lisa J Campbell / George R Heath / Elton Zeqiraj / Marcus D Wilson /
要旨: Chromatin association of the BRCA1-BARD1 heterodimer is critical to promote homologous recombination repair of DNA double-strand breaks (DSBs) in S/G2. How the BRCA1-BARD1 complex interacts with ...Chromatin association of the BRCA1-BARD1 heterodimer is critical to promote homologous recombination repair of DNA double-strand breaks (DSBs) in S/G2. How the BRCA1-BARD1 complex interacts with chromatin that contains both damage induced histone H2A ubiquitin and inhibitory H4K20 methylation is not fully understood. We characterised BRCA1-BARD1 binding and enzymatic activity to an array of mono- and di-nucleosome substrates using biochemical, structural and single molecule imaging approaches. We found that the BRCA1-BARD1 complex preferentially interacts and modifies di-nucleosomes over mono-nucleosomes, allowing integration of H2A Lys-15 ubiquitylation signals with other chromatin modifications and features. Using high speed- atomic force microscopy (HS-AFM) to monitor how the BRCA1-BARD1 complex recognises chromatin in real time, we saw a highly dynamic complex that bridges two nucleosomes and associates with the DNA linker region. Bridging is aided by multivalent cross-nucleosome interactions that enhance BRCA1-BARD1 E3 ubiquitin ligase catalytic activity. Multivalent interactions across nucleosomes explain how BRCA1-BARD1 can recognise chromatin that retains partial di-methylation at H4 Lys-20 (H4K20me2), a parental histone mark that blocks BRCA1-BARD1 interaction with nucleosomes, to promote its enzymatic and DNA repair activities.
履歴
登録2023年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16859.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.435
最小 - 最大-2.1360242 - 3.2577093
平均 (標準偏差)0.008429022 (±0.081438005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 275.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16859_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_16859_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #2

ファイルemd_16859_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_16859_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_16859_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes

全体名称: BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes
要素
  • 複合体: BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes
    • 複合体: DNA, Histones and Polyubiquitin-B
      • DNA: DNA (142-MER)
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • 複合体: BRCA1 associated RING domain 1
      • タンパク質・ペプチド: BRCA1 associated RING domain 1

+
超分子 #1: BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes

超分子名称: BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 246 KDa

+
超分子 #2: DNA, Histones and Polyubiquitin-B

超分子名称: DNA, Histones and Polyubiquitin-B / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: BRCA1 associated RING domain 1

超分子名称: BRCA1 associated RING domain 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Felis catus (イエネコ)

+
分子 #1: DNA (142-MER)

分子名称: DNA (142-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.097586 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG) (DT)(DG) (DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC) (DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA) (DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)

+
分子 #2: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.366088 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGER

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #3: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

分子名称: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.937213 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSV YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSSK

UniProtKB: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

+
分子 #4: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.121537 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG KVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

UniProtKB: Histone H2A type 1

+
分子 #5: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #6: BRCA1 associated RING domain 1

分子名称: BRCA1 associated RING domain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Felis catus (イエネコ)
分子量理論値: 85.897531 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPGNRQLRVR SGNEPRPAPA MEPEGRGAWA HSRAAFDRLE KLLRCSRCTN ILREPVCLGG CEHIFCSNCV SDCIGTGCPV CYTPAWIQD VKINRQLDSM IQLCSKLRNL LHDNKLSDLK EDTSRQNVFN DAENKKNSIK MWFSPRSKKV RYVVTKVSVQ T QPQVIDDG ...文字列:
MPGNRQLRVR SGNEPRPAPA MEPEGRGAWA HSRAAFDRLE KLLRCSRCTN ILREPVCLGG CEHIFCSNCV SDCIGTGCPV CYTPAWIQD VKINRQLDSM IQLCSKLRNL LHDNKLSDLK EDTSRQNVFN DAENKKNSIK MWFSPRSKKV RYVVTKVSVQ T QPQVIDDG NAQQASVYKF VSTSPPTSVP ERAKKASTRS RKKQKKKTLA EINQEWNFEA EKEDGEPDSK EEFKEKLVSF CS QPSVIAS PQTNGGIDLL ASDSVTESEC SRSLTEVSLP LAEQIESPET GSRNEDATPE KNACVDHLTS KQPLPSGHNG RPG RRSRRS SPVSKRCRSS IPGTSGQQML LSENKPLPGC SSPPPSKRKV GDTLRRKNSN ISDESMSLSP GTPPSTLNSP SYRR MMFSP SAVKLSPGSL TAVKRNHRGE TLLHIASIKG DLPSVEYLLQ NGSDPNVKDH AGWTPLHEAC NHGHLKVVEL LLQHK ALVN STGYQNDSPL HDAAKNGHMD IVKLLLSYGA SRNAVNIFGL RPVDYADGEN MKSLLLLPEQ NESSSTRHCS VTNTGQ RRD GPLVLIGSGL SSEQQKMLSE LAVILKAKKC AEFDSTVTHV IVPGDTVQST LKCMLGILNG CWILKFEWVK ACLQRKA CE QEEKYEIPEG PQRSRLNKEQ LLPKLFDGCY FYFGGAFKHH PKDNLVKLVT AAGGQVLSRK PKPDSDVTQT INTVAYHA K ADSDQRFCTQ YIIYEDLSNH RPERVRQGKV WMAPSSWFID CVMSFELLPL DS

UniProtKB: BRCA1 associated RING domain 1

+
分子 #7: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

UniProtKB: Polyubiquitin-C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
50.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Quantifoil R3.5/1 200-mesh grids (Quantifoil Micro Tools GmbH) were glow-discharged for 30 s at 40 mA using a GloQube (Quorum) glow discharge unit
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force = 0 N blot time = 8 s.
詳細Purified cat BRCA1dExon11-FL BARD1 (at 3 uM) was incubated with H2AKc15ub mono-nucleosomes (at 1.5 uM) for 1 h on ice before cryo-EM grids preparation

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16015 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 36.37 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7204662
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The start up model was generated directly from this dataset, following 2D Classification and Ab Initio Reconstruction in cryoSPARC 3.2.0
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 359954
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8off:
Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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