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万見
- EMDB-16810: RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tight... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16810
タイトルRcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tight Adherence Secretion System
マップデータRcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tigh Adherence Secretion System
試料
  • 複合体: RcpA-TadD with C13 symmetry
    • タンパク質・ペプチド: RcpA
    • タンパク質・ペプチド: TPR repeat-containing protein PA4299
キーワードSecretin / Pilotin / RcpA / TadD / TAD / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


type II protein secretion system complex / protein secretion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein UCP029658, TPR / Pilus formation protein, N-terminal / Pilus formation protein N terminal region / GspD/PilQ family / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RcpA / TPR repeat-containing protein PA4299
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tassinari M / Low HH
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust215553/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Assembly mechanism of a Tad secretion system secretin-pilotin complex.
著者: Matteo Tassinari / Marta Rudzite / Alain Filloux / Harry H Low /
要旨: The bacterial Tight adherence Secretion System (TadSS) assembles surface pili that drive cell adherence, biofilm formation and bacterial predation. The structure and mechanism of the TadSS is mostly ...The bacterial Tight adherence Secretion System (TadSS) assembles surface pili that drive cell adherence, biofilm formation and bacterial predation. The structure and mechanism of the TadSS is mostly unknown. This includes characterisation of the outer membrane secretin through which the pilus is channelled and recruitment of its pilotin. Here we investigate RcpA and TadD lipoprotein from Pseudomonas aeruginosa. Light microscopy reveals RcpA colocalising with TadD in P. aeruginosa and when heterologously expressed in Escherichia coli. We use cryogenic electron microscopy to determine how RcpA and TadD assemble a secretin channel with C13 and C14 symmetries. Despite low sequence homology, we show that TadD shares a similar fold to the type 4 pilus system pilotin PilF. We establish that the C-terminal four residues of RcpA bind TadD - an interaction essential for secretin formation. The binding mechanism between RcpA and TadD appears distinct from known secretin-pilotin pairings in other secretion systems.
履歴
登録2023年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16810.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tigh Adherence Secretion System
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.06529311 - 0.15497226
平均 (標準偏差)0.00018274676 (±0.0022917364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 396.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa...

ファイルemd_16810_half_map_1.map
注釈RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tigh Adherence Secretion System
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa...

ファイルemd_16810_half_map_2.map
注釈RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tigh Adherence Secretion System
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RcpA-TadD with C13 symmetry

全体名称: RcpA-TadD with C13 symmetry
要素
  • 複合体: RcpA-TadD with C13 symmetry
    • タンパク質・ペプチド: RcpA
    • タンパク質・ペプチド: TPR repeat-containing protein PA4299

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超分子 #1: RcpA-TadD with C13 symmetry

超分子名称: RcpA-TadD with C13 symmetry / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 900 KDa

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分子 #1: RcpA

分子名称: RcpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 45.507402 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHRSTGIGVS RWLGGLLGVA LALPALALPQ GCIELLAQAP RVDVVQGQQR DLRLAVPIER LAIGDPKIAD VQLLDRRGFL VTGKEQGST SLLIWTGCSP EPLRSLVEVE GRGSVDTRGA PAFTVGAAEE LPNQVQTDIR FVEVSRSKLK QASTSFVRRG G NLWVLGAP ...文字列:
MHRSTGIGVS RWLGGLLGVA LALPALALPQ GCIELLAQAP RVDVVQGQQR DLRLAVPIER LAIGDPKIAD VQLLDRRGFL VTGKEQGST SLLIWTGCSP EPLRSLVEVE GRGSVDTRGA PAFTVGAAEE LPNQVQTDIR FVEVSRSKLK QASTSFVRRG G NLWVLGAP GSLGDIKVNA DGSGLGGTFG TGSSGFNLIF GGGKWLSFMN ALEGSGFAYT LARPSLVAMS GQSASFLAGG EF PIPVPNG TNDNVTIEYK EFGIRLTLTP TVMNNRRIAL KVAPEVSELD YSAGIQSGGV AVPALRVRRT DTSVMLADGE SFV ISGLTS SNSVSNVDKF PWLGDIPILG AFFRSTKLDK DDRELLMIVT PHLVQPLAAD AQLPDLPGEG LRHYDPGFSR LYFL ERGEY DGQQNDTGLS DSAWSHPQFE K

UniProtKB: RcpA

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分子 #2: TPR repeat-containing protein PA4299

分子名称: TPR repeat-containing protein PA4299 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 27.759648 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKALIGIGLC AALLGGCAAL PGRDGPRECS QQLGQEQELQ MNMVRDMIRE GRLHAALANL ESMPPGLLDV REERALILRR IGDPRARAE YQALLETCKA PEAHHGLGLL ALRNGDSARA VLELREAARL RPTESRFRND LGVALLKRGD RVGARFEFIT A LELQQGGK ...文字列:
MKALIGIGLC AALLGGCAAL PGRDGPRECS QQLGQEQELQ MNMVRDMIRE GRLHAALANL ESMPPGLLDV REERALILRR IGDPRARAE YQALLETCKA PEAHHGLGLL ALRNGDSARA VLELREAARL RPTESRFRND LGVALLKRGD RVGARFEFIT A LELQQGGK LPATNLLGLL YLQGDREDAQ RLIERLQLDA RDIRAAEARA RSWGAVPTPG AAPASDDPLA ELPAEANMHT AM ANEAPGS DYKDDDDK

UniProtKB: TPR repeat-containing protein PA4299

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4Shepes
100.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
0.06 %C24H46O11bDDM

詳細: 50 mM Hepes pH 8, 100 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.06% bDDM
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: The grid was coated with graphene oxide prior to use
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 119534
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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