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- EMDB-16657: Cryo-EM structure of the fd bacteriophage capsid major coat prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16657
タイトルCryo-EM structure of the fd bacteriophage capsid major coat protein pVIII
マップデータCryo-EM map of the intact fd bacteriophage capsid
試料
  • ウイルス: Enterobacteria phage fd (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein pVIII
キーワードBacteriophage (ファージ) / fd / inovirus / ff / helical / phage (ファージ) / filamentous / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P / helical viral capsid / host cell membrane / 生体膜 / Capsid protein G8P
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Enterobacteria phage fd (ファージ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Boehning J / Bharat TAM
資金援助 英国, フランス, 米国, European Union, 7件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/31 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGY0074/2021 フランス
The Vallee Foundation Inc.Vallee Scholarship 米国
Leverhulme TrustPhilip Leverhulme Prize 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)EMBO YIPEuropean Union
The Lister Institute of Preventive MedicineLister Prize 英国
UK Research and Innovation (UKRI)MR/V022385/1 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Biophysical basis of filamentous phage tactoid-mediated antibiotic tolerance in P. aeruginosa.
著者: Jan Böhning / Miles Graham / Suzanne C Letham / Luke K Davis / Ulrike Schulze / Phillip J Stansfeld / Robin A Corey / Philip Pearce / Abul K Tarafder / Tanmay A M Bharat /
要旨: Inoviruses are filamentous phages infecting numerous prokaryotic phyla. Inoviruses can self-assemble into mesoscale structures with liquid-crystalline order, termed tactoids, which protect bacterial ...Inoviruses are filamentous phages infecting numerous prokaryotic phyla. Inoviruses can self-assemble into mesoscale structures with liquid-crystalline order, termed tactoids, which protect bacterial cells in Pseudomonas aeruginosa biofilms from antibiotics. Here, we investigate the structural, biophysical, and protective properties of tactoids formed by the P. aeruginosa phage Pf4 and Escherichia coli phage fd. A cryo-EM structure of the capsid from fd revealed distinct biochemical properties compared to Pf4. Fd and Pf4 formed tactoids with different morphologies that arise from differing phage geometries and packing densities, which in turn gave rise to different tactoid emergent properties. Finally, we showed that tactoids formed by either phage protect rod-shaped bacteria from antibiotic treatment, and that direct association with a tactoid is required for protection, demonstrating the formation of a diffusion barrier by the tactoid. This study provides insights into how filamentous molecules protect bacteria from extraneous substances in biofilms and in host-associated infections.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Biophysical basis of phage liquid crystalline droplet-mediated antibiotic tolerance in pathogenic bacteria
著者: Bohning J / Graham M / Letham S / Davis L / Schulze U / Stansfeld P / Corey R / Pearce P / Tarafder A / Bharat T
履歴
登録2023年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2024年1月10日-
現状2024年1月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16657.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the intact fd bacteriophage capsid
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.092 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.027363125 - 0.07787412
平均 (標準偏差)0.00010592476 (±0.002854244)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 327.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_16657_half_map_1.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_16657_half_map_2.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterobacteria phage fd

全体名称: Enterobacteria phage fd (ファージ)
要素
  • ウイルス: Enterobacteria phage fd (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein pVIII

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超分子 #1: Enterobacteria phage fd

超分子名称: Enterobacteria phage fd / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Purified by PEG precipitation from the supernatant of infected E. coli cells.
NCBI-ID: 10864 / 生物種: Enterobacteria phage fd / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Major capsid protein pVIII

分子名称: Major capsid protein pVIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 5.244 KDa
配列文字列:
AEGDDPAKAA FDSLQASATE YIGYAWAMVV VIVGATIGIK LFKKFTSKAS

UniProtKB: Capsid protein G8P

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate-buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細fd phage in PBS

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 53.9 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Cylindrical reference with no internal features (unbiased)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 16.62 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -35.46 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C5 (5回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Relion 3.1 / 使用した粒子像数: 84458
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 79.94
得られたモデル

PDB-8ch5:
Cryo-EM structure of the fd bacteriophage capsid major coat protein pVIII

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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