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- EMDB-16596: Rnase R bound to a 30S degradation intermediate (state II) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16596
タイトルRnase R bound to a 30S degradation intermediate (state II)
マップデータ
試料
  • 複合体: 30S ribosomal subunit in complex with 3' exonuclease RNase R
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
キーワードSSU / 30S / RNase R / ribosomal degradation / turnover / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease II / exoribonuclease II activity / miRNA catabolic process / mRNA catabolic process / P-body / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity ...exoribonuclease II / exoribonuclease II activity / miRNA catabolic process / mRNA catabolic process / P-body / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNase II/RNase R, cold shock domain / Ribonuclease B, N-terminal OB domain / Ribonuclease B OB domain / Cold shock domain / Ribonuclease R / Ribonuclease II/ribonuclease R / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R / RNB domain ...RNase II/RNase R, cold shock domain / Ribonuclease B, N-terminal OB domain / Ribonuclease B OB domain / Cold shock domain / Ribonuclease R / Ribonuclease II/ribonuclease R / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Cold shock domain / Cold shock protein domain / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / : / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / S4 RNA-binding domain / Ribosomal protein S11 / S4 domain / RNA-binding S4 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease R / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS9 ...Ribonuclease R / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.73 Å
データ登録者Paternoga H / Dimitrova-Paternoga L / Wilson DN
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)WI3285/11-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural basis of ribosomal 30S subunit degradation by RNase R.
著者: Lyudmila Dimitrova-Paternoga / Sergo Kasvandik / Bertrand Beckert / Sander Granneman / Tanel Tenson / Daniel N Wilson / Helge Paternoga /
要旨: Protein synthesis is a major energy-consuming process of the cell that requires the controlled production and turnover of ribosomes. Although the past few years have seen major advances in our ...Protein synthesis is a major energy-consuming process of the cell that requires the controlled production and turnover of ribosomes. Although the past few years have seen major advances in our understanding of ribosome biogenesis, structural insight into the degradation of ribosomes has been lacking. Here we present native structures of two distinct small ribosomal 30S subunit degradation intermediates associated with the 3' to 5' exonuclease ribonuclease R (RNase R). The structures reveal that RNase R binds at first to the 30S platform to facilitate the degradation of the functionally important anti-Shine-Dalgarno sequence and the decoding-site helix 44. RNase R then encounters a roadblock when it reaches the neck region of the 30S subunit, and this is overcome by a major structural rearrangement of the 30S head, involving the loss of ribosomal proteins. RNase R parallels this movement and relocates to the decoding site by using its N-terminal helix-turn-helix domain as an anchor. In vitro degradation assays suggest that head rearrangement poses a major kinetic barrier for RNase R, but also indicate that the enzyme alone is sufficient for complete degradation of 30S subunits. Collectively, our results provide a mechanistic basis for the degradation of 30S mediated by RNase R, and reveal that RNase R targets orphaned 30S subunits using a dynamic mechanism involving an anchored switching of binding sites.
履歴
登録2023年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0125
最小 - 最大-0.027071955 - 0.051568557
平均 (標準偏差)0.0001959823 (±0.0019775683)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 307.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_16596_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16596_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16596_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 30S ribosomal subunit in complex with 3' exonuclease RNase R

全体名称: 30S ribosomal subunit in complex with 3' exonuclease RNase R
要素
  • 複合体: 30S ribosomal subunit in complex with 3' exonuclease RNase R
    • RNA: 16S rRNA
    • RNA: RNA Substrate
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease R
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11

+
超分子 #1: 30S ribosomal subunit in complex with 3' exonuclease RNase R

超分子名称: 30S ribosomal subunit in complex with 3' exonuclease RNase R
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 503.369125 KDa
配列文字列: UUUAUCGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA CGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAGCGG ACAGAUGGGA GCUUGCUCC CUGAUGUUAG CGGCGGACGG GUGAGUAACA CGUGGGUAAC CUGCCUGUAA GACUGGGAUA ACUCCGGGAA A CCGGGGCU ...文字列:
UUUAUCGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA CGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAGCGG ACAGAUGGGA GCUUGCUCC CUGAUGUUAG CGGCGGACGG GUGAGUAACA CGUGGGUAAC CUGCCUGUAA GACUGGGAUA ACUCCGGGAA A CCGGGGCU AAUACCGGAU GGUUGUUUGA ACCGCAUGGU UCAAACAUAA AAGGUGGCUU CGGCUACCAC UUACAGAUGG AC CCGCGGC GCAUUAGCUA GUUGGUGAGG UAACGGCUCA CCAAGGCGAC GAUGCGUAGC CGACCUGAGA GGGUGAUCGG CCA CACUGG GACUGAGACA CGGCCCAGAC UCCUACGGGA GGCAGCAGUA GGGAAUCUUC CGCAAUGGAC GAAAGUCUGA CGGA GCAAC GCCGCGUGAG UGAUGAAGGU UUUCGGAUCG UAAAGCUCUG UUGUUAGGGA AGAACAAGUG CCGUUCGAAU AGGGC GGUA CCUUGACGGU ACCUAACCAG AAAGCCACGG CUAACUACGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUAC GUAGGUGGCA AGCGUU GUC CGGAAUUAUU GGGCGUAAAG GGCUCGCAGG CGGUUUCUUA AGUCUGAUGU GAAAGCCCCC GGCUCAACCG GGGAGGG UC AUUGGAAACU GGGGAACUUG AGUGCAGAAG AGGAGAGUGG AAUUCCACGU GUAGCGGUGA AAUGCGUAGA GAUGUGGA G GAACACCAGU GGCGAAGGCG ACUCUCUGGU CUGUAACUGA CGCUGAGGAG CGAAAGCGUG GGGAGCGAAC AGGAUUAGA UACCCUGGUA GUCCACGCCG UAAACGAUGA GUGCUAAGUG UUAGGGGGUU UCCGCCCCUU AGUGCUGCAG CUAACGCAUU AAGCACUCC GCCUGGGGAG UACGGUCGCA AGACUGAAAC UCAAAGGAAU UGACGGGGGC CCGCACAAGC GGUGGAGCAU G UGGUUUAA UUCGAAGCAA CGCGAAGAAC CUUACCAGGU CUUGACAUCC UCUGACAAUC CUAGAGAUAG GACGUCCCCU UC GGGGGCA GAGUGACAGG UGGUGCAUGG UUGUCGUCAG CUCGUGUCGU GAGAUGUUGG GUUAAGUCCC GCAACGAGCG CAA CCCUUG AUCUUAGUUG CCAGCAUUCA GUUGGGCACU CUAAGGUGAC UGCCGGUGAC AAACCGGAGG AAGGUGGGGA UGAC GUCAA AUCAUCAUGC CCCUUAUGAC CUGGGCUACA CACGUGCUAC AAUGGACAGA ACAAAGGGCA GCGAAACCGC GAGGU UAAG CCAAUCCCAC AAAUCUGUUC UCAGUUCGGA UCGCAGUCUG CAACUCGACU GCGUGAAGCU GGAAUCGCUA GUAAUC GCG GAUCAGCAUG CCGCGGUGAA UACGUUCCCG GGCCUUGUAC ACACCGCCCG UCACACCACG AGAGUUUGUA ACACCCG AA GUCGGUGAGG UAACCUUUUA GGAGCCAGCC GCCGAAGGUG GGACAGAUGA UUGGGGUGAA GUCGUAACAA GGUAGCCG U AUCGGAAGGU GCGGCUGGAU CACCUCCUUU CUA

GENBANK: GENBANK: AL009126.3

+
分子 #2: RNA Substrate

分子名称: RNA Substrate / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 3.576306 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA A

+
分子 #3: Ribonuclease R

分子名称: Ribonuclease R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exoribonuclease II
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 88.886312 KDa
配列文字列: MEKEAFMEKL LSFMKEEAYK PLTVQELEEM LNITEAEEFK ELVKALVALE EKGLIVRTRS DRYGIPEKMN LIKGKISAHA KGFAFLLPE DTSLSDVFIP PNELNTAMNG DIVMVRLNSQ SSGSRQEGTV IRILERAIQR VVGTYTETRN FGFVIPDDKK I TSDIFIPK ...文字列:
MEKEAFMEKL LSFMKEEAYK PLTVQELEEM LNITEAEEFK ELVKALVALE EKGLIVRTRS DRYGIPEKMN LIKGKISAHA KGFAFLLPE DTSLSDVFIP PNELNTAMNG DIVMVRLNSQ SSGSRQEGTV IRILERAIQR VVGTYTETRN FGFVIPDDKK I TSDIFIPK NGKNGAAEGH KVVVKLTSYP EGRMNAEGEV ETILGHKNDP GIDILSVIHK HGLPGEFPAD AMEQASSTPD TI DEKDLKD RRDLRDQVIV TIDGADAKDL DDAVTVTKLD DGSYKLGVHI ADVSHYVTEN SPIDKEALER GTSVYLVDRV IPM IPHRLS NGICSLNPKV DRLTLSCEMT INSQGQVTEH EIFQSVIKTT ERMTYSDVNK ILVDDDEELK QKYEPLVPMF KDME RLAQI LRDKRMDRGA VDFDFKEAKV LVDDEGAVKD VVIRERSVAE KLIEEFMLVA NETVAEHFHW MNVPFIYRIH EEPNA EKLQ KFLEFVTTFG YVVKGTAGNI HPRALQSILD AVRDRPEETV ISTVMLRSMK QAKYDPQSLG HFGLSTEFYT HFTSPI RRY PDLIVHRLIR TYLINGKVDE ATQEKWAERL PDIAEHTSSM ERRAVDAERE TDDLKKAEYM LDKIGEEFDG MISSVTN FG MFVELPNTIE GLVHVSFMTD DYYRFDEQHF AMIGERTGNV FRIGDEITVK VVDVNKDERN IDFEIVGMKG TPRRPREL D SSRSRKRGKP ARKRVQSTNT PVSPAPSEEK GEWFTKPKKK KKKRGFQNAP KQKRKKKK

UniProtKB: Ribonuclease R

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 22.874271 KDa
配列文字列: MARYTGPSWK LSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGPHGPGQ RKKLSEYGLQ LQEKQKLRHM YGVNERQFRT LFDKAGKLAG KHGENFMIL LDSRLDNVVY KLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGSRVDIP SYLVKPGQTI GVREKSRNLS IIKESVEVNN F VPEYLTFD ...文字列:
MARYTGPSWK LSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGPHGPGQ RKKLSEYGLQ LQEKQKLRHM YGVNERQFRT LFDKAGKLAG KHGENFMIL LDSRLDNVVY KLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGSRVDIP SYLVKPGQTI GVREKSRNLS IIKESVEVNN F VPEYLTFD AEKLEGTFTR LPERSELAPE INEALIVEFY SR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 17.650625 KDa
配列文字列:
MRRIDPSKLE LEERLVTVNR VAKVVKGGRR FRFAALVVVG DKNGHVGFGT GKAQEVPEAI RKAVEDAKKN LIEVPMVGTT IPHEIIGRF GAGNILLKPA SEGTGVIAGG PVRAVLELAG VADILSKSLG SNTPINMIRA TLQGLSELKR AEDVAKLRGK S VEELLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 17.915879 KDa
配列文字列:
MPRKGPVAKR DVLPDPIYNS KLVSRLINKM MIDGKKGKSQ TILYKSFDII KERTGNDAME VFEQALKNIM PVLEVKARRV GGANYQVPV EVRPERRTTL GLRWLVNYAR LRGEKTMEER LANEILDAAN NTGAAVKKRE DTHKMAEANK AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 14.901427 KDa
配列文字列:
MVMTDPIADM LTRIRNANMV RHEKLEIPAS KLKREIAEIL KREGFIRDVE FVEDSKQGII RVFLKYGQNN ERVITGLKRI SKPGLRVYA KSNEVPRVLN GLGIAIISTS QGVLTDKEAR AKQAGGEVLA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 14.335504 KDa
配列文字列:
MAQVQYYGTG RRKSSVARVR LVPGEGRIVV NNREISEHIP SAALIEDIKQ PLTLTETAGT YDVLVNVHGG GLSGQAGAIR HGIARALLE ADPEYRTTLK RAGLLTRDAR MKERKKYGLK GARRAPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 11.687661 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYDHRILDQ SAEKIVETAK RSGASVSGPI PLPTEKSVYT ILRAVHKYKD SREQFEMRTH KRLIDIVNPT PQTVDALMR LDLPSGVDIE IKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 15.248736 KDa
配列文字列:
MPTINQLIRK GRVSKVENSK SPALNKGYNS FKKEHTNVSS PQKRGVCTRV GTMTPKKPNS ALRKYARVRL TNGIEVTAYI PGIGHNLQE HSVVLIRGGR VKDLPGVRYH IVRGALDTAG VENRAQGRSK YGTKKPKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.818085 KDa
配列文字列:
MARIAGVDIP RDKRVVISLT YIFGIGRTTA QQVLKEAGVS EDTRVRDLTE EELGKIRDII DKLKVEGDLR REVSLNIKRL IEIGSYRGI RHRRGLPVRG QNSKNNARTR KGPRRTVANK KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.597224 KDa
配列文字列:
MAITQERKNQ LINEFKTHES DTGSPEVQIA ILTDSINNLN EHLRTHKKDH HSRRGLLKMV GKRRNLLTYL RNKDVTRYRE LINKLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.153833 KDa
配列文字列:
MAVKIRLKRM GAKKSPFYRI VVADSRSPRD GRFIETVGTY NPVAKPAEVK IDEELALKWL QTGAKPSDTV RNLFSSQGIM EKFHNAKQG K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.220979 KDa
配列文字列:
MSERNQRKVY QGRVVSDKMD KTITVVVETY KKHTLYGKRV KYSKKFKAHD ENNQAKIGDI VKIMETRPLS ATKRFRLVEV VEEAVII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 10.607309 KDa
配列文字列:
MARSLKKGPF VDGHLMTKIE KLNETDKKQV VKTWSRRSTI FPQFIGHTIA VYDGRKHVPV FISEDMVGHK LGEFAPTRTY KGHASDDKK TRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 9.622217 KDa
配列文字列:
MPNIKSAIKR TKTNNERRVH NATIKSAMRT AIKQVEASVA NNEADKAKTA LTEAAKRIDK AVKTGLVHKN TAARYKSRLA KKVNGLSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 11.140548 KDa
配列文字列:
MRKYEVMYII RPNIDEESKK AVIERFNNVL TSNGAEITGT KDWGKRRLAY EINDFRDGFY QIVNVQSDAA AVQEFDRLAK ISDDIIRHI VVKEEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 8.990613 KDa
配列文字列:
MAGGRRGGRA KRRKVCYFTS NGITHIDYKD VDLLKKFVSE RGKILPRRVT GTNAKYQRKL TAAIKRARQM ALLPYVSGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 13.952 KDa
配列文字列:
MAAARKSNTR KRRVKKNIES GIAHIRSTFN NTIVTITDTH GNAISWSSAG ALGFRGSRKS TPFAAQMAAE TAAKGSIEHG LKTLEVTVK GPGSGREAAI RALQAAGLEV TAIRDVTPVP HNGCRPPKRR RV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2303673
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ha8


詳細: Bacillus subtilis 70S
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 4011
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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