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- EMDB-16541: Yeast cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex with deubiq... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16541
タイトルYeast cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex with deubiquitinating enzyme Otu2
マップデータCryo-EM map of Otu2-bound cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex
試料
  • 複合体: Yeast cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex with deubiquitinating enzyme Otu2
    • タンパク質・ペプチド: x 38種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードRibosome / Translation / Ubiquitin / Deubiquitinating enzyme / Biogenesis / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / intracellular organelle / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling ...: / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / intracellular organelle / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / G-protein alpha-subunit binding / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / RNA endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cysteine-type deubiquitinase activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon-like / Ribonuclease Nob1, eukaryote / NOB1 zinc finger-like superfamily / Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon like / Low temperature viability protein Ltv1 / Ribonuclease, PIN domain / RNA-binding protein NOB1 / Low temperature viability protein ...: / : / Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon-like / Ribonuclease Nob1, eukaryote / NOB1 zinc finger-like superfamily / Nin one binding (NOB1) Zn-ribbon like / Low temperature viability protein Ltv1 / Ribonuclease, PIN domain / RNA-binding protein NOB1 / Low temperature viability protein / PIN domain of ribonuclease / Serine/threonine-protein kinase Rio2 / RIO2 kinase winged helix domain, N-terminal / Rio2, N-terminal / RIO kinase / RIO-like kinase / OTU-like cysteine protease / RIO1 family / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / OTU domain / Bystin / Bystin / OTU domain profile. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Large family of predicted nucleotide-binding domains / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / PIN domain / K Homology domain, type 1 superfamily / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
20S-pre-rRNA D-site endonuclease NOB1 / rRNA adenine N(6)-methyltransferase / non-specific serine/threonine protein kinase / ENP1 isoform 1 / PNO1 isoform 1 / LTV1 isoform 1 / TSR1 isoform 1 / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein eS17A ...20S-pre-rRNA D-site endonuclease NOB1 / rRNA adenine N(6)-methyltransferase / non-specific serine/threonine protein kinase / ENP1 isoform 1 / PNO1 isoform 1 / LTV1 isoform 1 / TSR1 isoform 1 / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein eS17A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4B / Small ribosomal subunit protein eS6B / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Small ribosomal subunit protein uS10 / OTU domain-containing protein 2 / Small ribosomal subunit protein uS14A / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Ikeuchi K / Buschauer R / Cheng J / Berninghausen O / Becker T / Beckmann R
資金援助 ドイツ, 日本, 5件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB/TRR-174 ドイツ
German Research Foundation (DFG)BE1814/15-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)BE1814/1-1 ドイツ
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JSPS Overseas Research Fellowships 日本
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF)PhD fellowship ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for recognition and deubiquitination of 40S ribosomes by Otu2.
著者: Ken Ikeuchi / Nives Ivic / Robert Buschauer / Jingdong Cheng / Thomas Fröhlich / Yoshitaka Matsuo / Otto Berninghausen / Toshifumi Inada / Thomas Becker / Roland Beckmann /
要旨: In actively translating 80S ribosomes the ribosomal protein eS7 of the 40S subunit is monoubiquitinated by the E3 ligase Not4 and deubiquitinated by Otu2 upon ribosomal subunit recycling. Despite its ...In actively translating 80S ribosomes the ribosomal protein eS7 of the 40S subunit is monoubiquitinated by the E3 ligase Not4 and deubiquitinated by Otu2 upon ribosomal subunit recycling. Despite its importance for translation efficiency the exact role and structural basis for this translational reset is poorly understood. Here, structural analysis by cryo-electron microscopy of native and reconstituted Otu2-bound ribosomal complexes reveals that Otu2 engages 40S subunits mainly between ribosome recycling and initiation stages. Otu2 binds to several sites on the intersubunit surface of the 40S that are not occupied by any other 40S-binding factors. This binding mode explains the discrimination against 80S ribosomes via the largely helical N-terminal domain of Otu2 as well as the specificity for mono-ubiquitinated eS7 on 40S. Collectively, this study reveals mechanistic insights into the Otu2-driven deubiquitination steps for translational reset during ribosome recycling/(re)initiation.
履歴
登録2023年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16541.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Otu2-bound cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 420 pix.
= 438.9 Å		1.05 Å/pix.
x 420 pix.
= 438.9 Å		1.05 Å/pix.
x 420 pix.
= 438.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-1.4740367 - 2.97017
平均 (標準偏差)0.0068025687 (±0.06706459)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 438.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_16541_half_map_1.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_16541_half_map_2.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex with deubiq...

全体名称: Yeast cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex with deubiquitinating enzyme Otu2
要素
  • 複合体: Yeast cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex with deubiquitinating enzyme Otu2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28-A
    • タンパク質・ペプチド: RPS29A isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30-A
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-rRNA-processing protein PNO1
    • タンパク質・ペプチド: ENP1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: LTV1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: TSR1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: non-specific serine/threonine protein kinase
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S0-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S1-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4-B
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6-B
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14-A
    • タンパク質・ペプチド: RPS15 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S18-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S22-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25-A
    • タンパク質・ペプチド: 20S-pre-rRNA D-site endonuclease NOB1
    • タンパク質・ペプチド: rRNA adenine N(6)-methyltransferase
    • RNA: 20S pre-ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: OTU domain-containing protein 2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Yeast cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex with deubiq...

超分子名称: Yeast cytoplasmic pre-40S ribosome biogenesis complex with deubiquitinating enzyme Otu2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#39
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303

+
分子 #1: 40S ribosomal protein S27-A

分子名称: 40S ribosomal protein S27-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 8.893391 KDa
配列文字列:
MVLVQDLLHP TAASEARKHK LKTLVQGPRS YFLDVKCPGC LNITTVFSHA QTAVTCESCS TILCTPTGGK AKLSEGTSFR RK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27A

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S28-A

分子名称: 40S ribosomal protein S28-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 7.605847 KDa
配列文字列:
MDNKTPVTLA KVIKVLGRTG SRGGVTQVRV EFLEDTSRTI VRNVKGPVRE NDILVLMESE REARRLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28A

+
分子 #3: RPS29A isoform 1

分子名称: RPS29A isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 6.675723 KDa
配列文字列:
MAHENVWFSH PRRYGKGSRQ CRVCSSHTGL IRKYGLNICR QCFREKANDI GFNKFR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14A

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S30-A

分子名称: 40S ribosomal protein S30-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 7.137541 KDa
配列文字列:
MAKVHGSLAR AGKVKSQTPK VEKTEKPKKP KGRAYKRLLY TRRFVNVTLV NGKRRMNPGP SVQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS30A

+
分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 34.841219 KDa
配列文字列: MASNEVLVLR GTLEGHNGWV TSLATSAGQP NLLLSASRDK TLISWKLTGD DQKFGVPVRS FKGHSHIVQD CTLTADGAYA LSASWDKTL RLWDVATGET YQRFVGHKSD VMSVDIDKKA SMIISGSRDK TIKVWTIKGQ CLATLLGHND WVSQVRVVPN E KADDDSVT ...文字列:
MASNEVLVLR GTLEGHNGWV TSLATSAGQP NLLLSASRDK TLISWKLTGD DQKFGVPVRS FKGHSHIVQD CTLTADGAYA LSASWDKTL RLWDVATGET YQRFVGHKSD VMSVDIDKKA SMIISGSRDK TIKVWTIKGQ CLATLLGHND WVSQVRVVPN E KADDDSVT IISAGNDKMV KAWNLNQFQI EADFIGHNSN INTLTASPDG TLIASAGKDG EIMLWNLAAK KAMYTLSAQD EV FSLAFSP NRYWLAAATA TGIKVFSLDP QYLVDDLRPE FAGYSKAAEP HAVSLAWSAD GQTLFAGYTD NVIRVWQVMT AN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

+
分子 #6: Pre-rRNA-processing protein PNO1

分子名称: Pre-rRNA-processing protein PNO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 30.380623 KDa
配列文字列: MVAPTALKKA TVTPVSGQDG GSSRIIGINN TESIDEDDDD DVLLDDSDNN TAKEEVEGEE GSRKTHESKT VVVDDQGKPR FTSASKTQG NKIKFESRKI MVPPHRMTPL RNSWTKIYPP LVEHLKLQVR MNLKTKSVEL RTNPKFTTDP GALQKGADFI K AFTLGFDL ...文字列:
MVAPTALKKA TVTPVSGQDG GSSRIIGINN TESIDEDDDD DVLLDDSDNN TAKEEVEGEE GSRKTHESKT VVVDDQGKPR FTSASKTQG NKIKFESRKI MVPPHRMTPL RNSWTKIYPP LVEHLKLQVR MNLKTKSVEL RTNPKFTTDP GALQKGADFI K AFTLGFDL DDSIALLRLD DLYIETFEVK DVKTLTGDHL SRAIGRIAGK DGKTKFAIEN ATRTRIVLAD SKIHILGGFT HI RMARESV VSLILGSPPG KVYGNLRTVA SRLKERY

UniProtKB: PNO1 isoform 1

+
分子 #7: ENP1 isoform 1

分子名称: ENP1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 55.207422 KDa
配列文字列: MARASSTKAR KQRHDPLLKD LDAAQGTLKK INKKKLAQND AANHDAANEE DGYIDSKASR KILQLAKEQQ DEIEGEELAE SERNKQFEA RFTTMSYDDE DEDEDEDEEA FGEDISDFEP EGDYKEEEEI VEIDEEDAAM FEQYFKKSDD FNSLSGSYNL A DKIMASIR ...文字列:
MARASSTKAR KQRHDPLLKD LDAAQGTLKK INKKKLAQND AANHDAANEE DGYIDSKASR KILQLAKEQQ DEIEGEELAE SERNKQFEA RFTTMSYDDE DEDEDEDEEA FGEDISDFEP EGDYKEEEEI VEIDEEDAAM FEQYFKKSDD FNSLSGSYNL A DKIMASIR EKESQVEDMQ DDEPLANEQN TSRGNISSGL KSGEGVALPE KVIKAYTTVG SILKTWTHGK LPKLFKVIPS LR NWQDVIY VTNPEEWSPH VVYEATKLFV SNLTAKESQK FINLILLERF RDNIETSEDH SLNYHIYRAV KKSLYKPSAF FKG FLFPLV ETGCNVREAT IAGSVLAKVS VPALHSSAAL SYLLRLPFSP PTTVFIKILL DKKYALPYQT VDDCVYYFMR FRIL DDGSN GEDATRVLPV IWHKAFLTFA QRYKNDITQD QRDFLLETVR QRGHKDIGPE IRRELLAGAS REFVDPQEAN DDLMI DVN

UniProtKB: ENP1 isoform 1

+
分子 #8: LTV1 isoform 1

分子名称: LTV1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 53.463254 KDa
配列文字列: MSKKFSSKNS QRYVVVHRPH DDPSFYDTDA SAHVLVPVSN PNKTSPEADL RKKDVSSTKP KGRRAHVGEA ALYGINFDDS EYDYTQHLK PIGLDPENSI FIASKGNEQK VEKKNIEDLF IEPKYRRDEI EKDDALPVFQ RGMAKPEYLL HQQDTTDEIR G FKPDMNPA ...文字列:
MSKKFSSKNS QRYVVVHRPH DDPSFYDTDA SAHVLVPVSN PNKTSPEADL RKKDVSSTKP KGRRAHVGEA ALYGINFDDS EYDYTQHLK PIGLDPENSI FIASKGNEQK VEKKNIEDLF IEPKYRRDEI EKDDALPVFQ RGMAKPEYLL HQQDTTDEIR G FKPDMNPA LREVLEALED EAYVVNDDVV VEDISKKTQL QGDNYGEEEK EDDIFAQLLG SGEAKDEDEF EDEFDEWDID NV ENFEDEN YVKEMAQFDN IENLEDLENI DYQADVRRFQ KDNSILEKHN SDDEFSNAGL DSVNPSEEED VLGELPSIQD KSK TGKKKR KSRQKKGAMS DVSGFSMSSS AIARTETMTV LDDQYDQIIN GYENYEEELE EDEEQNYQPF DMSAERSDFE SMLD DFLDN YELESGGRKL AKKDKEIERL KEAADEVSKG KLSQRRNRER QEKKKLEKVT NTLSSLKF

UniProtKB: LTV1 isoform 1

+
分子 #9: TSR1 isoform 1

分子名称: TSR1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 90.876539 KDa
配列文字列: MAGHSHRSSL KNGHKSYKSK HASKGALKRL YKGKVEKEPV GTGKPDKQVS KLQRKNKAKQ LRAQRILDSI ENRKLFEGKN GAAKIITIV PLVNDLDPLD ILYKLLKCAD DEGIMVQEVD SKRIFNVHIK KFKSNLKIII PDMTNFLNIL DCAKVADFVV F GLSGVQEV ...文字列:
MAGHSHRSSL KNGHKSYKSK HASKGALKRL YKGKVEKEPV GTGKPDKQVS KLQRKNKAKQ LRAQRILDSI ENRKLFEGKN GAAKIITIV PLVNDLDPLD ILYKLLKCAD DEGIMVQEVD SKRIFNVHIK KFKSNLKIII PDMTNFLNIL DCAKVADFVV F GLSGVQEV DEEFGEQIIR ALELQGIASY IGVISNLSAV HEKEKFQLDV KQSLESYFKH FFPSEERVYN LEKNSDALNV LR TLCQRLP RSINWRDNRG YVVADFVDFV ETSPDSGDLV IEGTVRGIGF NANRLVHIPD FGDFQLNKIE KISESSQKRK IIK EKATDS LSLELDLQTV FESNMNRDTL DEYAPEGTED WSDYDEDFEY DGLTTARYDD HGFLPGREQT SKKAAVPKGT SDYQ AKWYL DDVIDANEEE EAEQTNGKDE TMMEIDDEMM VEQDNEEVAG DEEYDIEDNE GFEELSPEEE ERQLREFRDM EKEDR EFPD EIELEPSESA IERLKRYRGL KNLYNCDWQV DEKDPSSPAE WKRLLRIGNY KNTKNRIIKE TKNEAQAIAG DRIRMF IRF PKFLLEKIQD PKQLLFAVYG LLLHEHKNAV VNFSLQRWEQ YDKPVPSQEP IVVQYGVRRY TIQPLFSQGS NSPNNVH KY ERFLHPDTVS VATCIAPVDF TQSPAIFFKP SPTDAKNIEL IGHGTFLNAD HSRILAKRAI LTGHPFRFHK TVVTVRYM F FRPEDVEWFK SIPLFTKSGR SGFIKESLGT HGYFKATFDG KLSAQDVVAM SLYKRMWPMP SLPWNGM

UniProtKB: TSR1 isoform 1

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分子 #10: non-specific serine/threonine protein kinase

分子名称: non-specific serine/threonine protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 49.192852 KDa
配列文字列: MKLDTSHMRY LTTDDFRVLQ AVEQGSRSHE VVPTPLIHQI SGMRSQSGTN RAISDLAKLS LISKMRNVKY DGYRLTYNGI DYLALKTML NRDTVYSVGN TIGVGKESDI YKVSDKNGNP RVMKIHRLGR TSFHSVRNNR DYLKKSNQGA NWMHLSRLAA N KEYQFMSM ...文字列:
MKLDTSHMRY LTTDDFRVLQ AVEQGSRSHE VVPTPLIHQI SGMRSQSGTN RAISDLAKLS LISKMRNVKY DGYRLTYNGI DYLALKTML NRDTVYSVGN TIGVGKESDI YKVSDKNGNP RVMKIHRLGR TSFHSVRNNR DYLKKSNQGA NWMHLSRLAA N KEYQFMSM LYSKGFKVPE PFDNSRHIVV MELIEGYPMR RLRKHKNIPK LYSDLMCFIV DLANSGLIHC DFNEFNIMIK DK LEDENDC GFVVIDFPQC ISIQHQDADY YFQRDVDCIR RFFKKKLKYE PKPDSSMLDT EGFGDGYKYA YPDFKRDVKR TDN LDELVQ ASGFSKKHPG DRGLETAVES MRNAVYNSDD DMSNDEAEEE NGEGDYSEED EYYDSELDNE SSEDDSEDAQ EEEN ERIIE ALSSGVENLK MDKLGNYILE

UniProtKB: non-specific serine/threonine protein kinase

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S0-A

分子名称: 40S ribosomal protein S0-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 28.083416 KDa
配列文字列: MSLPATFDLT PEDAQLLLAA NTHLGARNVQ VHQEPYVFNA RPDGVHVINV GKTWEKLVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT FGQRAVLKF AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKEASYV NIPVIALTDL DSPSEFVDVA I PCNNRGKH ...文字列:
MSLPATFDLT PEDAQLLLAA NTHLGARNVQ VHQEPYVFNA RPDGVHVINV GKTWEKLVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT FGQRAVLKF AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKEASYV NIPVIALTDL DSPSEFVDVA I PCNNRGKH SIGLIWYLLA REVLRLRGAL VDRTQPWSIM PDLYFYRFPE EVEQQVAEEA TTEEAGEEEA KEEVTEEQAE AT EWAEENA DNVEW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2A

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S1-A

分子名称: 40S ribosomal protein S1-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 28.798467 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLS KGKKGQKKRV VDPFTRKEWF DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK STGLKSASDA LKGRVVEVCL ADLQGSEDHS FRKIKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRHSYAQSS H IRAIRKVI ...文字列:
MAVGKNKRLS KGKKGQKKRV VDPFTRKEWF DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK STGLKSASDA LKGRVVEVCL ADLQGSEDHS FRKIKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRHSYAQSS H IRAIRKVI SEILTKEVQG STLAQLTSKL IPEVINKEIE NATKDIFPLQ NIHVRKVKLL KQPKFDVGAL MALHGEGSGE EK GKKVTGF KDEVLETV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1A

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 27.490826 KDa
配列文字列: MSAPEAQQQK RGGFGGRNRG RPNRRGPRNT EEKGWVPVTK LGRLVKAGKI TTIEEIFLHS LPVKEFQIID TLLPGLQDEV MNIKPVQKQ TRAGQRTRFK AVVVVGDSNG HVGLGIKTAK EVAGAIRAGI IIAKLSVIPI RRGYWGTNLG QPHSLATKTT G KCGSVTVR ...文字列:
MSAPEAQQQK RGGFGGRNRG RPNRRGPRNT EEKGWVPVTK LGRLVKAGKI TTIEEIFLHS LPVKEFQIID TLLPGLQDEV MNIKPVQKQ TRAGQRTRFK AVVVVGDSNG HVGLGIKTAK EVAGAIRAGI IIAKLSVIPI RRGYWGTNLG QPHSLATKTT G KCGSVTVR LIPAPRGSGI VASPAVKKLL QLAGVEDVYT QSNGKTRTLE NTLKAAFVAI GNTYGFLTPN LWAEQPLPVS PL DIYSDEA SAQKKRF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 26.542789 KDa
配列文字列: MVALISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEVII RATRTQDVLG ENGRRINELT LLVQKRFKYA PGTIVLYAE RVQDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVVS GKLRAARAKA MKFADGFLIH S GQPVNDFI ...文字列:
MVALISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEVII RATRTQDVLG ENGRRINELT LLVQKRFKYA PGTIVLYAE RVQDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVVS GKLRAARAKA MKFADGFLIH S GQPVNDFI DTATRHVLMR QGVLGIKVKI MRDPAKSRTG PKALPDAVTI IEPKEEEPIL APSVKDYRPA EETEAQAEPV EA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S4-B

分子名称: 40S ribosomal protein S4-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 29.46933 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RLAAPHHWLL DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TYPAGFMDV ITLDATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLGKVKKV QLGKKGVPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KIDLASGK ...文字列:
MARGPKKHLK RLAAPHHWLL DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TYPAGFMDV ITLDATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLGKVKKV QLGKKGVPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KIDLASGK ITDFIKFDAG KLVYVTGGRN LGRIGTIVHK ERHDGGFDLV HIKDSLDNTF VTRLNNVFVI GEQGKPYISL PK GKGIKLS IAEERDRRRA QQGL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4B

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S5

分子名称: 40S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 25.0726 KDa
配列文字列: MSDTEAPVEV QEDFEVVEEF TPVVLATPIP EEVQQAQTEI KLFNKWSFEE VEVKDASLVD YVQVRQPIFV AHTAGRYANK RFRKAQCPI IERLTNSLMM NGRNNGKKLK AVRIIKHTLD IINVLTDQNP IQVVVDAITN TGPREDTTRV GGGGAARRQA V DVSPLRRV ...文字列:
MSDTEAPVEV QEDFEVVEEF TPVVLATPIP EEVQQAQTEI KLFNKWSFEE VEVKDASLVD YVQVRQPIFV AHTAGRYANK RFRKAQCPI IERLTNSLMM NGRNNGKKLK AVRIIKHTLD IINVLTDQNP IQVVVDAITN TGPREDTTRV GGGGAARRQA V DVSPLRRV NQAIALLTIG AREAAFRNIK TIAETLAEEL INAAKGSSTS YAIKKKDELE RVAKSNR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S6-B

分子名称: 40S ribosomal protein S6-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 27.054486 KDa
配列文字列: MKLNISYPVN GSQKTFEIDD EHRIRVFFDK RIGQEVDGEA VGDEFKGYVF KISGGNDKQG FPMKQGVLLP TRIKLLLTKN VSCYRPRRD GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALVIVKKGEQ ELEGLTDTTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLSK EDDVRDFVIR R EVTKGEKT ...文字列:
MKLNISYPVN GSQKTFEIDD EHRIRVFFDK RIGQEVDGEA VGDEFKGYVF KISGGNDKQG FPMKQGVLLP TRIKLLLTKN VSCYRPRRD GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALVIVKKGEQ ELEGLTDTTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLSK EDDVRDFVIR R EVTKGEKT YTKAPKIQRL VTPQRLQRKR HQRALKVRNA QAQREAAAEY AQLLAKRLSE RKAEKAEIRK RRASSLKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6B

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S7-A

分子名称: 40S ribosomal protein S7-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 21.658209 KDa
配列文字列: MSAPQAKILS QAPTELELQV AQAFVELENS SPELKAELRP LQFKSIREID VAGGKKALAI FVPVPSLAGF HKVQTKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRTSRQV QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKVLLDSKDV Q QIDYKLES ...文字列:
MSAPQAKILS QAPTELELQV AQAFVELENS SPELKAELRP LQFKSIREID VAGGKKALAI FVPVPSLAGF HKVQTKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRTSRQV QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKVLLDSKDV Q QIDYKLES FQAVYNKLTG KQIVFEIPSE TH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7A

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S8-A

分子名称: 40S ribosomal protein S8-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 22.537803 KDa
配列文字列: MGISRDSRHK RSATGAKRAQ FRKKRKFELG RQPANTKIGA KRIHSVRTRG GNKKYRALRI ETGNFSWASE GISKKTRIAG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWFEAHYGQ TLGKKKNVKE EETVAKSKNA ERKWAARAAS AKIESSVESQ F SAGRLYAC ...文字列:
MGISRDSRHK RSATGAKRAQ FRKKRKFELG RQPANTKIGA KRIHSVRTRG GNKKYRALRI ETGNFSWASE GISKKTRIAG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWFEAHYGQ TLGKKKNVKE EETVAKSKNA ERKWAARAAS AKIESSVESQ F SAGRLYAC ISSRPGQSGR CDGYILEGEE LAFYLRRLTA KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8A

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S9-A

分子名称: 40S ribosomal protein S9-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 22.487893 KDa
配列文字列: MPRAPRTYSK TYSTPKRPYE SSRLDAELKL AGEFGLKNKK EIYRISFQLS KIRRAARDLL TRDEKDPKRL FEGNALIRRL VRVGVLSED KKKLDYVLAL KVEDFLERRL QTQVYKLGLA KSVHHARVLI TQRHIAVGKQ IVNIPSFMVR LDSEKHIDFA P TSPFGGAR ...文字列:
MPRAPRTYSK TYSTPKRPYE SSRLDAELKL AGEFGLKNKK EIYRISFQLS KIRRAARDLL TRDEKDPKRL FEGNALIRRL VRVGVLSED KKKLDYVLAL KVEDFLERRL QTQVYKLGLA KSVHHARVLI TQRHIAVGKQ IVNIPSFMVR LDSEKHIDFA P TSPFGGAR PGRVARRNAA RKAEASGEAA DEADEADEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4A

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S11-A

分子名称: 40S ribosomal protein S11-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 17.785934 KDa
配列文字列:
MSTELTVQSE RAFQKQPHIF NNPKVKTSKR TKRWYKNAGL GFKTPKTAIE GSYIDKKCPF TGLVSIRGKI LTGTVVSTKM HRTIVIRRA YLHYIPKYNR YEKRHKNVPV HVSPAFRVQV GDIVTVGQCR PISKTVRFNV VKVSAAAGKA NKQFAKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17A

+
分子 #22: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.488631 KDa
配列文字列:
MSDVEEVVEV QEETVVEQTA EVTIEDALKV VLRTALVHDG LARGLRESTK ALTRGEALLV VLVSSVTEAN IIKLVEGLAN DPENKVPLI KVADAKQLGE WAGLGKIDRE GNARKVVGAS VVVVKNWGAE TDELSMIMEH FSQQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 17.059945 KDa
配列文字列:
MGRMHSAGKG ISSSAIPYSR NAPAWFKLSS ESVIEQIVKY ARKGLTPSQI GVLLRDAHGV TQARVITGNK IMRILKSNGL APEIPEDLY YLIKKAVSVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY RTVAVLPPNW KYESATASAL VN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #24: 40S ribosomal protein S14-A

分子名称: 40S ribosomal protein S14-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 14.562655 KDa
配列文字列:
MSNVVQARDN SQVFGVARIY ASFNDTFVHV TDLSGKETIA RVTGGMKVKA DRDESSPYAA MLAAQDVAAK CKEVGITAVH VKIRATGGT RTKTPGPGGQ AALRALARSG LRIGRIEDVT PVPSDSTRKK GGRRGRRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11A

+
分子 #25: RPS15 isoform 1

分子名称: RPS15 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 16.031907 KDa
配列文字列:
MSQAVNAKKR VFKTHSYRGV DLEKLLEMST EDFVKLAPAR VRRRFARGMT SKPAGFMKKL RAAKLAAPEN EKPAPVRTHM RNMIIVPEM IGSVVGIYNG KAFNQVEIRP EMLGHYLGEF SITYTPVRHG RAGATTSRFI PLK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S16-A

分子名称: 40S ribosomal protein S16-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 15.87749 KDa
配列文字列:
MSAVPSVQTF GKKKSATAVA HVKAGKGLIK VNGSPITLVE PEILRFKVYE PLLLVGLDKF SNIDIRVRVT GGGHVSQVYA IRQAIAKGL VAYHQKYVDE QSKNELKKAF TSYDRTLLIA DSRRPEPKKF GGKGARSRFQ KSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9A

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S17-A

分子名称: 40S ribosomal protein S17-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.820413 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK RASKALIERY YPKLTLDFQT NKRLCDEIAT IQSKRLRNKI AGYTTHLMKR IQKGPVRGIS FKLQEEERER KDQYVPEVS ALDLSRSNGV LNVDNQTSDL VKSLGLKLPL SVINVSAQRD RRYRKRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17A

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S18-A

分子名称: 40S ribosomal protein S18-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 17.071641 KDa
配列文字列:
MSLVVQEQGS FQHILRLLNT NVDGNIKIVY ALTTIKGVGR RYSNLVCKKA DVDLHKRAGE LTQEELERIV QIMQNPTHYK IPAWFLNRQ NDITDGKDYH TLANNVESKL RDDLERLKKI RAHRGIRHFW GLRVRGQHTK TTGRRRA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13A

+
分子 #29: 40S ribosomal protein S19-A

分子名称: 40S ribosomal protein S19-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 15.942125 KDa
配列文字列:
MPGVSVRDVA AQDFINAYAS FLQRQGKLEV PGYVDIVKTS SGNEMPPQDA EGWFYKRAAS VARHIYMRKQ VGVGKLNKLY GGAKSRGVR PYKHIDASGS INRKVLQALE KIGIVEISPK GGRRISENGQ RDLDRIAAQT LEEDE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19A

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S20

分子名称: 40S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 13.929044 KDa
配列文字列:
MSDFQKEKVE EQEQQQQQII KIRITLTSTK VKQLENVSSN IVKNAEQHNL VKKGPVRLPT KVLKISTRKT PNGEGSKTWE TYEMRIHKR YIDLEAPVQI VKRITQITIE PGVDVEVVVA SN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S21-A

分子名称: 40S ribosomal protein S21-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 9.758829 KDa
配列文字列:
MENDKGQLVE LYVPRKCSAT NRIIKADDHA SVQINVAKVD EEGRAIPGEY VTYALSGYVR SRGESDDSLN RLAQNDGLLK NVWSYSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21A

+
分子 #32: 40S ribosomal protein S22-A

分子名称: 40S ribosomal protein S22-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 14.650062 KDa
配列文字列:
MTRSSVLADA LNAINNAEKT GKRQVLIRPS SKVIIKFLQV MQKHGYIGEF EYIDDHRSGK IVVQLNGRLN KCGVISPRFN VKIGDIEKW TANLLPARQF GYVILTTSAG IMDHEEARRK HVSGKILGFV Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8A

+
分子 #33: 40S ribosomal protein S23-A

分子名称: 40S ribosomal protein S23-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 16.073896 KDa
配列文字列:
MGKGKPRGLN SARKLRVHRR NNRWAENNYK KRLLGTAFKS SPFGGSSHAK GIVLEKLGIE SKQPNSAIRK CVRVQLIKNG KKVTAFVPN DGCLNFVDEN DEVLLAGFGR KGKAKGDIPG VRFKVVKVSG VSLLALWKEK KEKPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12A

+
分子 #34: 40S ribosomal protein S24-A

分子名称: 40S ribosomal protein S24-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 15.362848 KDa
配列文字列:
MSDAVTIRTR KVISNPLLAR KQFVVDVLHP NRANVSKDEL REKLAEVYKA EKDAVSVFGF RTQFGGGKSV GFGLVYNSVA EAKKFEPTY RLVRYGLAEK VEKASRQQRK QKKNRDKKIF GTGKRLAKKV ARRNAD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24A

+
分子 #35: 40S ribosomal protein S25-A

分子名称: 40S ribosomal protein S25-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 12.067272 KDa
配列文字列:
MPPKQQLSKA AKAAAALAGG KKSKKKWSKK SMKDRAQHAV ILDQEKYDRI LKEVPTYRYV SVSVLVDRLK IGGSLARIAL RHLEKEGII KPISKHSKQA IYTRATASE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25A

+
分子 #36: 20S-pre-rRNA D-site endonuclease NOB1

分子名称: 20S-pre-rRNA D-site endonuclease NOB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 51.824941 KDa
配列文字列: MTENQTAHVR ALILDATPLI TQSYTHYQNY AQSFYTTPTV FQEIKDAQAR KNLEIWQSLG TLKLVHPSEN SIAKVSTFAK LTGDYSVLS ANDLHILALT YELEIKLNNG DWRLRKKPGD ALDASKADVG TDGKQKLTED NKKEEDSESV PKKKNKRRGG K KQKAKREA ...文字列:
MTENQTAHVR ALILDATPLI TQSYTHYQNY AQSFYTTPTV FQEIKDAQAR KNLEIWQSLG TLKLVHPSEN SIAKVSTFAK LTGDYSVLS ANDLHILALT YELEIKLNNG DWRLRKKPGD ALDASKADVG TDGKQKLTED NKKEEDSESV PKKKNKRRGG K KQKAKREA REAREAENAN LELESKAEEH VEEAGSKEQI CNDENIKESS DLNEVFEDAD DDGDWITPEN LTEAIIKDSG ED TTGSLGV EASEEDRHVA LNRPENQVAL ATGDFAVQNV ALQMNLNLMN FMSGLKIKRI RNYMLRCHAC FKIFPLPKDG KPK HFCASC GGQGTLLRCA VSVDSRTGNV TPHLKSNFQW NNRGNRYSVA SPLSKNSQKR YGKKGHVHSK PQENVILRED QKEY EKVIK QEEWTRRHNE KILNNWIGGG SADNYISPFA ITGLKQHNVR IGKGRYVNSS KRRS

UniProtKB: 20S-pre-rRNA D-site endonuclease NOB1

+
分子 #37: rRNA adenine N(6)-methyltransferase

分子名称: rRNA adenine N(6)-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 36.003836 KDa
配列文字列: MGKAAKKKYS GATSSKQVSA EKHLSSVFKF NTDLGQHILK NPLVAQGIVD KAQIRPSDVV LEVGPGTGNL TVRILEQAKN VVAVEMDPR MAAELTKRVR GTPVEKKLEI MLGDFMKTEL PYFDICISNT PYQISSPLVF KLINQPRPPR VSILMFQREF A LRLLARPG ...文字列:
MGKAAKKKYS GATSSKQVSA EKHLSSVFKF NTDLGQHILK NPLVAQGIVD KAQIRPSDVV LEVGPGTGNL TVRILEQAKN VVAVEMDPR MAAELTKRVR GTPVEKKLEI MLGDFMKTEL PYFDICISNT PYQISSPLVF KLINQPRPPR VSILMFQREF A LRLLARPG DSLYCRLSAN VQMWANVTHI MKVGKNNFRP PPQVESSVVR LEIKNPRPQV DYNEWDGLLR IVFVRKNRTI SA GFKSTTV MDILEKNYKT FLAMNNEMVD DTKGSMHDVV KEKIDTVLKE TDLGDKRAGK CDQNDFLRLL YAFHQVGIHF S

UniProtKB: rRNA adenine N(6)-methyltransferase

+
分子 #39: OTU domain-containing protein 2

分子名称: OTU domain-containing protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 36.157016 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MTGMESGENL ENMEDILARH RKENKDLQNK ITGMKKQATK SKRKEVNSKC LDLQDKLKTK QENEIRDWKI ANNEVFDAEQ EDEVTPEKL LEQLSISRDE KEQQNVPVQQ QQQGQTKKRR NRQKERLAKR DAAIAKMKEE AALEASKQPD LKKMEQESID Q LCELKKLK ...文字列:
MTGMESGENL ENMEDILARH RKENKDLQNK ITGMKKQATK SKRKEVNSKC LDLQDKLKTK QENEIRDWKI ANNEVFDAEQ EDEVTPEKL LEQLSISRDE KEQQNVPVQQ QQQGQTKKRR NRQKERLAKR DAAIAKMKEE AALEASKQPD LKKMEQESID Q LCELKKLK QFDIQPDGHS LFASILDQLK LRHDPKKLDQ DMDVMKLRWL SCNYVQEHRD DFIPYLFDEE TMKMKDIDEY TK EMEHTAQ WGGEIEILAL SHVFDCPISI LMSGRPIQVY NECGKNPELK LVYYKHSYAL GEHYNSLHDS

UniProtKB: OTU domain-containing protein 2

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分子 #38: 20S pre-ribosomal RNA

分子名称: 20S pre-ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 38 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 647.990375 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGUAUAAC UGUGGUAAUU C UAGAGCUA ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGUAUAAC UGUGGUAAUU C UAGAGCUA AUACAUGCUU AAAAUCUCGA CCCUUUGGAA GAGAUGUAUU UAUUAGAUAA AAAAUCAAUG UCUUCGGACU CU UUGAUGA UUCAUAAUAA CUUUUCGAAU CGCAUGGCCU UGUGCUGGCG AUGGUUCAUU CAAAUUUCUG CCCUAUCAAC UUU CGAUGG UAGGAUAGUG GCCUACCAUG GUUUCAACGG GUAACGGGGA AUAAGGGUUC GAUUCCGGAG AGGGAGCCUG AGAA ACGGC UACCACAUCC AAGGAAGGCA GCAGGCGCGC AAAUUACCCA AUCCUAAUUC AGGGAGGUAG UGACAAUAAA UAACG AUAC AGGGCCCAUU CGGGUCUUGU AAUUGGAAUG AGUACAAUGU AAAUACCUUA ACGAGGAACA AUUGGAGGGC AAGUCU GGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUUC CAGCUCCAAU AGCGUAUAUU AAAGUUGUUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GAACUUU GG GCCCGGUUGG CCGGUCCGAU UUUUUCGUGU ACUGGAUUUC CAACGGGGCC UUUCCUUCUG GCUAACCUUG AGUCCUUG U GGCUCUUGGC GAACCAGGAC UUUUACUUUG AAAAAAUUAG AGUGUUCAAA GCAGGCGUAU UGCUCGAAUA UAUUAGCAU GGAAUAAUAG AAUAGGACGU UUGGUUCUAU UUUGUUGGUU UCUAGGACCA UCGUAAUGAU UAAUAGGGAC GGUCGGGGGC AUCAGUAUU CAAUUGUCAG AGGUGAAAUU CUUGGAUUUA UUGAAGACUA ACUACUGCGA AAGCAUUUGC CAAGGACGUU U UCAUUAAU CAAGAACGAA AGUUAGGGGA UCGAAGAUGA UCAGAUACCG UCGUAGUCUU AACCAUAAAC UAUGCCGACU AG GGAUCGG GUGGUGUUUU UUUAAUGACC CACUCGGCAC CUUACGAGAA AUCAAAGUCU UUGGGUUCUG GGGGGAGUAU GGU CGCAAG GCUGAAACUU AAAGGAAUUG ACGGAAGGGC ACCACCAGGA GUGGAGCCUG CGGCUUAAUU UGACUCAACA CGGG GAAAC UCACCAGGUC CAGACACAAU AAGGAUUGAC AGAUUGAGAG CUCUUUCUUG AUUUUGUGGG UGGUGGUGCA UGGCC GUUC UUAGUUGGUG GAGUGAUUUG UCUGCUUAAU UGCGAUAACG AACGAGACCU UAACCUACUA AAUAGUGGUG CUAGCA UUU GCUGGUUAUC CACUUCUUAG AGGGACUAUC GGUUUCAAGC CGAUGGAAGU UUGAGGCAAU AACAGGUCUG UGAUGCC CU UAGACGUUCU GGGCCGCACG CGCGCUACAC UGACGGAGCC AGCGAGUCUA ACCUUGGCCG AGAGGUCUUG GUAAUCUU G UGAAACUCCG UCGUGCUGGG GAUAGAGCAU UGUAAUUAUU GCUCUUCAAC GAGGAAUUCC UAGUAAGCGC AAGUCAUCA GCUUGCGUUG AUUACGUCCC UGCCCUUUGU ACACACCGCC CGUCGCUAGU ACCGAUUGAA UGGCUUAGUG AGGCCUCAGG AUCUGCUUA GAGAAGGGGG CAACUCCAUC UCAGAGCGGA GAAUUUGGAC AAACUUGGUC AUUUAGAGGA ACUAAAAGUC G UAACAAGG UUUCCGUAGG UGAACCUGCG GAAGGAUCAU UAAAGAAAUU UAAUAAUUUU GAAAAUGGAU UUUUUUGUUU UG GCAAGAG CAUGAGAGCU UUUACUGGGC AAGAAGACAA GAGAUGGAGA GUCCAGCCGG GCCUGCGCUU AAGUGCGCGG UCU UGCUAG GCUUGUAAGU UUCUUUCUUG CUAUUCCAAA CGGUGAGAGA UUUCUGUGCU UUUGUUAUAG GACAAUUAAA ACCG UUUCA AUACAAC

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分子 #40: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #41: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 46 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 46.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4908
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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