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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16512 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | MiniCoV-ADDomer, a SARS-CoV-2 epitope presenting viral like particle | |||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ADDomer / VLP / Viral / like / Particle / AD3 / Penton / base / vaccine / COVID-19 / COVID / MINI-COVID / Dodecahedron / pb / protein / adenovirus / human / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / T=25 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding / Penton protein 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Bufton JC / Capin J / Boruku U / Garzoni F / Schaffitzel C / Berger I | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 8件
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引用 | ジャーナル: Antib Ther / 年: 2023 タイトル: generated antibodies guide thermostable ADDomer nanoparticle design for nasal vaccination and passive immunization against SARS-CoV-2. 著者: Dora Buzas / Adrian H Bunzel / Oskar Staufer / Emily J Milodowski / Grace L Edmunds / Joshua C Bufton / Beatriz V Vidana Mateo / Sathish K N Yadav / Kapil Gupta / Charlotte Fletcher / Maia K ...著者: Dora Buzas / Adrian H Bunzel / Oskar Staufer / Emily J Milodowski / Grace L Edmunds / Joshua C Bufton / Beatriz V Vidana Mateo / Sathish K N Yadav / Kapil Gupta / Charlotte Fletcher / Maia K Williamson / Alexandra Harrison / Ufuk Borucu / Julien Capin / Ore Francis / Georgia Balchin / Sophie Hall / Mirella V Vega / Fabien Durbesson / Srikanth Lingappa / Renaud Vincentelli / Joe Roe / Linda Wooldridge / Rachel Burt / Ross J L Anderson / Adrian J Mulholland / Bristol Uncover Group / Jonathan Hare / Mick Bailey / Andrew D Davidson / Adam Finn / David Morgan / Jamie Mann / Joachim Spatz / Frederic Garzoni / Christiane Schaffitzel / Imre Berger / 要旨: BACKGROUND: Due to COVID-19, pandemic preparedness emerges as a key imperative, necessitating new approaches to accelerate development of reagents against infectious pathogens. 手法: Here, we developed an integrated approach combining synthetic, computational and structural methods with antibody selection and immunization to design, produce and validate nature-inspired ...手法: Here, we developed an integrated approach combining synthetic, computational and structural methods with antibody selection and immunization to design, produce and validate nature-inspired nanoparticle-based reagents against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). RESULTS: Our approach resulted in two innovations: (i) a thermostable nasal vaccine called ADDoCoV, displaying multiple copies of a SARS-CoV-2 receptor binding motif derived epitope and (ii) a ...RESULTS: Our approach resulted in two innovations: (i) a thermostable nasal vaccine called ADDoCoV, displaying multiple copies of a SARS-CoV-2 receptor binding motif derived epitope and (ii) a multivalent nanoparticle superbinder, called Gigabody, against SARS-CoV-2 including immune-evasive variants of concern (VOCs). generated neutralizing nanobodies and electron cryo-microscopy established authenticity and accessibility of epitopes displayed by ADDoCoV. Gigabody comprising multimerized nanobodies prevented SARS-CoV-2 virion attachment with picomolar EC. Vaccinating mice resulted in antibodies cross-reacting with VOCs including Delta and Omicron. CONCLUSION: Our study elucidates Adenovirus-derived dodecamer (ADDomer)-based nanoparticles for use in active and passive immunization and provides a blueprint for crafting reagents to combat ...CONCLUSION: Our study elucidates Adenovirus-derived dodecamer (ADDomer)-based nanoparticles for use in active and passive immunization and provides a blueprint for crafting reagents to combat respiratory viral infections. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16512.map.gz | 116.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16512-v30.xml emd-16512.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16512_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16512.png | 60.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16512.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_16512_half_map_1.map.gz emd_16512_half_map_2.map.gz | 117.6 MB 117.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16512 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16512 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16512_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16512_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16512_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16512_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16512 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16512 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c9nMC 11730 M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16512.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16512_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16512_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human...
全体 | 名称: ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human Ad3 penton base protein. |
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要素 |
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-超分子 #1: ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human...
超分子 | 名称: ADDomer Mini-COVID viral like particle vaccine derived from Human Ad3 penton base protein. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 3.9930516 MDa |
-分子 #1: Penton protein
分子 | 名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 66.618547 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MRRRAVLGGA VVYPEGPPPS YESVMQQQAA MIQPPLEAPF VPPRYLAPTE GRNSIRYSEL SPLYDTTKLY LVDNKSADIA SLNYQNDHS NFLTTVVQNN DFTPTEASTQ TINFDERSRW GGQLKTIMHT NMPNVNEYMF SNKFKARVMV SRKAPEGEFY Q AGSTPCNG ...文字列: MRRRAVLGGA VVYPEGPPPS YESVMQQQAA MIQPPLEAPF VPPRYLAPTE GRNSIRYSEL SPLYDTTKLY LVDNKSADIA SLNYQNDHS NFLTTVVQNN DFTPTEASTQ TINFDERSRW GGQLKTIMHT NMPNVNEYMF SNKFKARVMV SRKAPEGEFY Q AGSTPCNG VEGFNCYFPL QSYGFQPTNG VGYGPVNDTY DHKEDILKYE WFEFILPEGN FSATMTIDLM NNAIIDNYLE IG RQNGVLE SDIGVKFDTR NFRLGWDPET KLIMPGVYTY EAFHPDIVLL PGCGVDFTES RLSNLLGIRK RHPFQEGFKI MYE DLEGGN IPALLDVTAY EESKKDTTTA RETTTLAVAE ETSEDVDDDI TRGDTYITEL EKQKREAAAA EVSRKKELKI QPLE KDSKS RSYNVLEDKI NTAYRSWYLS YNYGNPEKGI RSWTLLTTSD VTCGAEQVYW SLPDMMQDPV TFRSTRQVNN YPVVG AELM PVFSKSFYNE QAVYSQQLRQ ATSLTHVFNR FPENQILIRP PAPTITTVSE NVPALTDHGT LPLRSSIRGV QRVTVT DAR RRTCPYVYKA LGIVAPRVLS SRTF UniProtKB: Penton protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |