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- EMDB-16510: AQP7_inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16510
タイトルAQP7_inhibitor
マップデータ
試料
  • 複合体: AQP7 dimer of tetramers with inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Aquaporin-7
  • リガンド: ethyl 4-[(4-pyrazol-1-ylphenyl)methylcarbamoylamino]benzoate
キーワードaquaglyceroporin / glycerol channel / dimer of tetramers / inhibitor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction ...Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction / cell cortex / basolateral plasma membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Huang P / Venskutonyte R / Gourdon P / Lindkvist-Petersson K
資金援助 スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2017-05816, 2016-01319 スウェーデン
Other governmentSwedish Cancer Society 20 0747 PjF スウェーデン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Molecular basis for human aquaporin inhibition.
著者: Peng Huang / Hannah Åbacka / Carter J Wilson / Malene Lykke Wind / Michael Rűtzler / Anna Hagström-Andersson / Pontus Gourdon / Bert L de Groot / Raminta Venskutonytė / Karin Lindkvist-Petersson /
要旨: Cancer invasion and metastasis are known to be potentiated by the expression of aquaporins (AQPs). Likewise, the expression levels of AQPs have been shown to be prognostic for survival in patients ...Cancer invasion and metastasis are known to be potentiated by the expression of aquaporins (AQPs). Likewise, the expression levels of AQPs have been shown to be prognostic for survival in patients and have a role in tumor growth, edema, angiogenesis, and tumor cell migration. Thus, AQPs are key players in cancer biology and potential targets for drug development. Here, we present the single-particle cryo-EM structure of human AQP7 at 3.2-Å resolution in complex with the specific inhibitor compound Z433927330. The structure in combination with MD simulations shows that the inhibitor binds to the endofacial side of AQP7. In addition, cancer cells treated with Z433927330 show reduced proliferation. The data presented here serve as a framework for the development of AQP inhibitors.
履歴
登録2023年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16510.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 253.92 Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 253.92 Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 253.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8464 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.49006283 - 0.8120172
平均 (標準偏差)0.00289562 (±0.03168857)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 253.92001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16510_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16510_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16510_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AQP7 dimer of tetramers with inhibitor

全体名称: AQP7 dimer of tetramers with inhibitor
要素
  • 複合体: AQP7 dimer of tetramers with inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Aquaporin-7
  • リガンド: ethyl 4-[(4-pyrazol-1-ylphenyl)methylcarbamoylamino]benzoate

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超分子 #1: AQP7 dimer of tetramers with inhibitor

超分子名称: AQP7 dimer of tetramers with inhibitor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: sample was prepared in GDN detergent
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Aquaporin-7

分子名称: Aquaporin-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: LIG represents the inhibitor / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.264395 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MVQASGHRRS TRGSKMVSWS VIAKIQEILQ RKMVREFLAE FMSTYVMMVF GLGSVAHMVL NKKYGSYLGV NLGFGFGVTM GVHVAGRIS GAHMNAAVTF ANCALGRVPW RKFPVYVLGQ FLGSFLAAAT IYSLFYTAIL HFSGGQLMVT GPVATAGIFA T YLPDHMTL ...文字列:
MVQASGHRRS TRGSKMVSWS VIAKIQEILQ RKMVREFLAE FMSTYVMMVF GLGSVAHMVL NKKYGSYLGV NLGFGFGVTM GVHVAGRIS GAHMNAAVTF ANCALGRVPW RKFPVYVLGQ FLGSFLAAAT IYSLFYTAIL HFSGGQLMVT GPVATAGIFA T YLPDHMTL WRGFLNEAWL TGMLQLCLFA ITDQENNPAL PGTEALVIGI LVVIIGVSLG MNTGYAINPS RDLPPRIFTF IA GWGKQVF SNGENWWWVP VVAPLLGAYL GGIIYLVFIG STIPREPLKL EDSVAYEDHG ITVLPKMGSH EPTISPLTPV SVS PANRSS VHPAPPLHES MALEHF

UniProtKB: Aquaporin-7

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分子 #2: ethyl 4-[(4-pyrazol-1-ylphenyl)methylcarbamoylamino]benzoate

分子名称: ethyl 4-[(4-pyrazol-1-ylphenyl)methylcarbamoylamino]benzoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: T60
分子量理論値: 364.398 Da
Chemical component information

ChemComp-T60:
ethyl 4-[(4-pyrazol-1-ylphenyl)methylcarbamoylamino]benzoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNa3PO4sodium phosphate
100.0 mMNaClsodium chloride
0.01 %C56H92O2GDN
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 20mA for glow discharge
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: 3s blot, 3s wait, 0s drain time, 0 blot force.
詳細25uM inhibitor was supplemented into protein solution before grid freezing.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9002 / 平均露光時間: 2.16 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 484660 / 詳細: applying template picking tool.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8amx

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2) / 使用した粒子像数: 16851
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial model (PDB ID:8AMX) was fitted locally into map by Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 108
得られたモデル

PDB-8c9h:
AQP7_inhibitor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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